genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17912788--17912969	101	1.8	101	84	2	249	26	18	25	30	1.98
17920483--17920513	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
17935921--17935982	31	2.0	31	93	6	108	38	14	27	19	1.90
17938657--17938690	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
17941707--17941822	61	1.9	61	85	3	162	51	6	4	37	1.46
17941766--17941859	37	2.5	36	83	6	107	52	3	5	39	1.40
17941721--17941841	61	2.0	60	80	6	136	52	5	4	38	1.45
17947699--17947753	26	2.1	26	86	0	74	20	25	23	30	1.98
17947896--17947948	27	2.0	27	88	0	79	20	24	28	26	1.99
17947695--17948024	103	3.2	102	86	2	457	21	20	26	31	1.98
17955249--17955401	33	4.5	33	70	23	120	19	17	28	34	1.95
17955247--17955551	102	3.0	103	89	2	454	20	19	27	33	1.96
17955423--17955474	27	1.9	27	96	0	95	15	25	34	25	1.95
17955245--17955551	103	3.0	103	89	1	465	20	19	27	32	1.96
17969348--17969603	37	6.8	39	79	8	194	37	18	14	29	1.90
17969393--17969578	73	2.5	74	85	2	241	38	17	14	29	1.89
17971999--17972031	17	2.0	17	88	5	50	42	0	9	48	1.35
17987897--17987935	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
17988040--17988068	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
17988155--17988230	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
17995240--17995278	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
17995383--17995411	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17995498--17995573	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
17997345--17997465	61	2.0	61	88	0	179	29	17	17	35	1.93
18008009--18008100	45	2.0	45	91	0	148	32	23	17	26	1.97
18008102--18008291	51	3.8	50	79	5	231	32	26	15	24	1.96
18008104--18008287	100	1.8	101	88	4	282	32	26	16	25	1.96
18018456--18018485	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
18024609--18024662	24	2.3	23	87	6	81	14	25	31	27	1.95
18024793--18024964	27	6.4	27	89	2	265	34	16	13	36	1.87
18029015--18029055	21	2.0	21	85	0	55	68	4	9	17	1.35
18030192--18030228	10	3.7	10	100	0	74	8	10	18	62	1.52
18030534--18030660	62	2.0	63	86	5	179	37	4	14	43	1.67
18030534--18030713	62	2.9	62	79	8	154	36	4	15	43	1.67
18036638--18036723	27	3.2	27	94	0	145	43	22	16	18	1.88
18045364--18045466	26	4.0	26	76	8	86	31	15	9	43	1.79
18045610--18045639	12	2.5	12	94	0	51	16	26	0	56	1.40
18045713--18045755	16	2.5	16	85	11	50	11	13	0	74	1.07
18047693--18047745	26	2.1	24	93	6	88	32	7	5	54	1.52
18047702--18047755	26	2.2	25	83	6	65	42	9	5	42	1.60
18049904--18049934	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
18054244--18054274	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
18061901--18061937	8	4.5	8	96	3	65	59	0	0	40	0.97
18062550--18062603	22	2.3	24	78	15	60	35	3	7	53	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18063855--18063883	10	2.9	10	100	0	58	51	0	10	37	1.36
18068083--18068168	42	2.1	42	82	6	104	44	10	11	33	1.75
18071400--18071575	49	3.5	49	83	8	196	26	15	26	31	1.96
18072869--18072897	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18072994--18073868	433	2.0	433	97	0	1633	36	13	16	32	1.89
18076993--18077177	94	2.0	94	95	0	334	47	3	12	35	1.60
18077844--18077900	24	2.3	26	77	14	68	68	8	0	22	1.17
18081265--18081457	25	7.9	25	71	10	123	33	21	26	18	1.96
18081259--18081377	50	2.4	50	80	9	138	31	20	26	21	1.97
18081265--18081466	24	8.2	25	70	6	81	34	21	26	17	1.96
18083419--18083533	57	2.0	57	98	0	221	33	24	13	28	1.93
18083859--18083947	43	2.1	43	85	4	117	24	12	23	39	1.89
18084243--18084370	66	1.9	66	87	3	186	12	25	17	43	1.85
18105553--18105621	30	2.3	30	97	0	129	23	36	23	17	1.95
18106748--18106811	25	2.6	25	82	0	83	29	23	21	25	1.99
18107003--18107062	25	2.4	25	78	10	68	31	23	16	28	1.96
18107003--18107113	50	2.2	50	84	6	136	29	23	19	27	1.98
18107041--18107113	25	2.9	25	75	15	78	30	23	21	24	1.99
18106761--18107238	248	1.9	248	88	1	726	31	23	19	26	1.98
18113109--18113161	25	2.1	25	85	0	70	26	24	24	24	2.00
18120513--18120759	50	4.8	50	82	3	253	23	27	21	27	1.99
18125326--18125351	12	2.2	12	100	0	52	30	15	19	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18139303--18139330	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
18139351--18139435	32	2.6	32	75	15	93	45	18	9	25	1.79
18141749--18141789	22	1.9	21	85	5	55	53	2	14	29	1.54
18142614--18142844	41	5.6	41	82	1	248	22	19	21	36	1.95
18142615--18142823	82	2.5	82	85	0	283	22	19	22	36	1.95
18142630--18143149	123	4.4	122	76	10	441	21	17	23	37	1.94
18142829--18142882	25	2.2	25	89	0	81	18	14	25	40	1.89
18142779--18142923	66	2.2	66	85	2	202	22	16	22	38	1.93
18142712--18143003	148	2.0	146	84	7	378	21	17	23	38	1.93
18142859--18143122	41	6.5	41	78	7	261	20	17	24	37	1.94
18142853--18143122	82	3.3	82	82	3	303	20	17	25	36	1.94
18147422--18147510	41	2.2	41	93	2	153	50	5	22	21	1.69
18147992--18148020	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18158767--18158810	17	2.5	17	82	10	54	50	2	15	31	1.57
18167547--18167682	26	5.2	26	77	7	125	63	8	4	23	1.40
18167556--18167607	24	2.2	23	86	6	68	61	7	5	25	1.45
18167677--18167735	28	2.3	26	78	16	68	57	1	5	35	1.31
18169446--18169609	44	3.7	44	80	8	181	29	23	18	29	1.97
18169699--18169861	46	3.5	46	83	7	188	28	19	20	31	1.97
18170424--18170510	45	1.9	45	80	0	102	49	10	13	26	1.74
18179310--18179353	22	2.0	22	100	0	88	18	18	22	40	1.91
18180357--18180418	29	2.1	29	100	0	124	19	3	20	56	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18184382--18184438	22	2.5	22	85	2	69	31	10	22	35	1.88
18190042--18190090	24	2.0	24	100	0	98	34	20	8	36	1.82
18209261--18209353	44	2.1	46	87	4	136	36	29	3	31	1.73
18209343--18209386	16	2.8	16	96	0	79	27	25	2	45	1.65
18213137--18213161	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18214970--18215078	53	2.1	53	100	0	218	33	14	14	36	1.87
18217834--18217876	21	2.0	21	90	0	68	39	2	11	46	1.53
18222758--18222791	15	2.3	15	90	10	52	73	0	0	26	0.83
18223246--18223293	23	2.0	23	88	11	71	64	4	4	27	1.30
18223246--18223295	25	2.0	24	84	3	64	64	4	4	28	1.30
18224907--18225022	44	2.6	44	76	12	121	27	23	18	30	1.98
18225035--18225148	44	2.6	44	83	2	131	30	21	17	30	1.96
18225603--18225855	44	5.8	44	88	0	337	28	21	18	31	1.97
18225870--18226084	88	2.4	88	88	0	322	21	26	26	26	1.99
18228079--18228124	23	1.9	23	86	8	65	65	0	8	26	1.21
18232246--18232337	49	1.9	47	86	4	130	60	1	7	30	1.31
18232298--18232348	25	2.0	25	88	0	75	60	3	5	29	1.38
18241280--18241321	23	1.9	23	90	9	70	9	16	21	52	1.72
18243060--18243153	25	3.8	25	84	0	125	38	19	22	20	1.94
18247040--18247210	27	6.3	27	80	8	177	40	23	17	18	1.91
18247035--18247196	54	3.0	53	84	3	198	41	23	18	16	1.90
18247041--18247200	81	2.0	81	88	0	239	41	23	18	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18248433--18248468	18	2.1	18	89	5	56	44	11	27	16	1.82
18253248--18253312	32	2.0	32	96	0	121	16	15	29	38	1.90
18254688--18255022	27	12.4	27	82	3	329	44	18	18	18	1.87
18255195--18255288	26	3.6	26	84	4	109	19	23	22	35	1.96
18258206--18258253	25	1.9	25	91	8	80	29	20	20	29	1.98
18258210--18258270	25	2.4	25	78	10	70	29	21	24	24	1.99
18276048--18276112	27	2.4	27	92	0	103	41	9	12	36	1.75
18280172--18280230	27	2.2	27	93	0	100	30	18	20	30	1.96
18280183--18280260	27	2.9	27	86	3	95	32	14	24	29	1.94
18284629--18284705	13	5.9	13	85	0	100	28	7	27	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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