genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14478805--14479106	147	2.1	148	86	5	434	24	1	11	61	1.40
14480185--14480260	39	1.9	39	100	0	152	23	31	26	18	1.97
14480727--14480760	14	2.4	14	100	0	68	35	14	5	44	1.70
14481905--14482090	49	3.8	49	87	2	252	44	13	12	29	1.81
14481905--14482111	49	4.3	49	86	2	251	43	13	12	30	1.80
14485564--14485750	101	1.8	102	93	3	324	24	17	26	31	1.97
14485561--14485746	51	3.7	49	82	6	214	24	17	26	31	1.97
14485752--14485836	46	1.9	45	85	7	120	23	16	27	32	1.96
14485975--14486010	16	2.3	16	90	4	56	58	0	16	25	1.38
14506721--14506751	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
14506804--14506840	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
14507752--14507798	5	9.2	5	80	13	51	25	23	14	36	1.93
14515097--14515147	25	2.0	26	85	11	70	33	5	19	41	1.76
14520684--14520722	17	2.3	17	86	8	53	15	20	43	20	1.88
14526183--14526221	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
14526473--14526662	50	3.7	51	78	9	190	24	28	20	26	1.99
14530794--14530925	48	2.7	49	76	6	153	22	15	26	35	1.94
14542647--14542685	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14542914--14542963	23	2.2	23	92	0	82	26	20	26	28	1.99
14548075--14548121	5	9.2	5	80	13	51	36	14	25	23	1.93
14548761--14548820	30	2.0	31	83	3	77	45	0	35	20	1.51
14549033--14549060	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14549103--14549145	9	4.7	9	82	2	50	34	18	13	32	1.90
14549103--14549145	18	2.3	18	92	4	68	34	18	13	32	1.90
14552787--14552829	20	2.2	20	87	4	61	55	0	0	44	0.99
14552792--14552841	25	2.0	25	88	7	75	62	0	2	36	1.07
14553518--14553607	42	2.1	42	95	0	162	37	15	15	31	1.89
14555030--14555066	15	2.5	15	90	0	56	83	2	13	0	0.74
14555881--14556000	44	2.7	44	79	7	120	23	25	21	29	1.99
14556246--14556576	173	1.9	174	90	1	531	24	22	22	29	1.99
14556246--14556576	87	3.8	87	91	0	520	24	22	22	29	1.99
14557812--14557839	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
14557811--14557852	12	3.4	12	81	12	50	11	14	0	73	1.09
14562639--14562676	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
14563047--14563089	17	2.5	17	84	0	50	53	27	9	9	1.63
14566060--14566084	12	2.1	12	100	0	50	24	8	24	44	1.80
14582943--14582985	19	2.3	19	84	4	52	53	13	11	20	1.71
14583242--14583266	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
14583287--14583344	29	2.0	29	80	12	66	24	6	24	44	1.77
14583438--14583488	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
14585444--14585487	12	3.5	13	80	20	58	47	0	0	52	1.00
14585441--14585487	25	2.0	23	91	8	76	48	0	0	51	1.00
14586497--14586521	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14587900--14587935	18	1.9	19	94	5	65	2	16	5	75	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14588125--14588195	34	2.1	34	89	0	106	18	7	25	49	1.72
14589261--14589290	15	2.0	15	93	0	51	36	0	20	43	1.52
14593665--14593729	32	2.0	32	100	0	130	18	12	35	33	1.88
14597341--14597569	40	5.7	40	84	1	262	20	31	15	31	1.94
14597341--14597565	120	1.9	120	83	1	290	20	32	15	31	1.94
14599108--14599163	22	2.3	26	73	26	75	37	12	19	30	1.89
14599115--14599176	22	2.8	22	97	0	115	33	11	22	32	1.90
14605432--14605469	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
14605703--14605737	17	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
14615529--14615574	20	2.3	20	80	0	56	26	4	23	45	1.71
14615529--14615607	25	3.2	25	80	3	79	29	7	21	41	1.80
14615566--14615620	25	2.2	25	77	6	58	34	7	20	38	1.80
14623876--14623900	12	2.1	12	100	0	50	0	48	0	52	1.00
14624079--14624613	265	2.0	265	91	2	880	27	18	15	38	1.92
14631747--14631834	44	2.0	44	100	0	176	40	13	15	29	1.86
14633239--14633350	54	2.1	54	84	0	143	28	27	27	16	1.97
14638095--14638155	23	2.7	23	74	5	61	47	1	0	50	1.10
14638164--14638219	25	2.3	25	87	6	80	55	5	1	37	1.33
14638228--14638262	18	2.0	18	88	5	54	48	5	0	45	1.26
14640955--14640987	17	1.9	17	88	11	50	45	9	0	45	1.35
14645383--14645551	85	2.0	85	80	6	191	39	18	8	34	1.81
14645922--14645976	19	2.8	20	78	5	60	34	3	3	58	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14646050--14646075	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
14646079--14646259	88	2.0	89	87	5	260	35	10	21	32	1.88
14656437--14656574	27	5.2	27	80	3	154	24	22	10	42	1.84
14656437--14656574	52	2.6	54	81	2	154	24	22	10	42	1.84
14658705--14658753	25	1.9	26	87	4	73	24	20	14	40	1.89
14662767--14662801	17	2.1	17	88	0	52	25	0	2	71	1.00
14670401--14670454	20	2.7	20	85	0	63	20	31	0	48	1.50
14672371--14672739	103	3.6	103	95	1	623	30	29	20	20	1.97
14673070--14673133	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
14673077--14673133	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
14676381--14676426	19	2.4	19	92	0	74	56	10	0	32	1.34
14678814--14678948	27	5.1	26	82	6	114	25	26	13	34	1.93
14678836--14678948	53	2.1	53	85	3	147	23	28	12	35	1.91
14680261--14680483	29	7.9	29	75	6	188	35	19	15	28	1.93
14680251--14680410	84	1.9	85	82	6	200	38	21	15	25	1.92
14680279--14680419	55	2.5	55	81	6	160	36	20	17	25	1.95
14680278--14680419	28	5.0	29	79	10	152	35	20	17	26	1.95
14689201--14689391	51	3.8	51	76	9	194	25	16	27	30	1.96
14689596--14689668	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
14694642--14694704	31	2.0	31	100	0	126	34	12	25	26	1.92
14695322--14695379	26	2.2	26	96	0	107	32	5	12	50	1.62
14696330--14696376	10	4.6	10	85	12	51	34	0	4	61	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14696495--14696539	22	2.0	22	83	8	56	42	6	0	51	1.28
14702311--14702361	25	2.0	25	96	0	93	35	13	11	39	1.82
14702476--14704723	449	5.0	449	97	0	4280	28	24	12	34	1.92
14704511--14704965	229	2.0	229	91	1	734	30	23	12	33	1.92
14712307--14712354	24	2.0	24	95	0	87	37	27	12	22	1.90
14730164--14730207	11	4.0	11	84	0	52	27	4	40	27	1.75
14733607--14733645	18	2.2	18	86	9	53	25	15	15	43	1.86
14741091--14741118	12	2.3	12	100	0	56	14	7	14	64	1.48
14748361--14748408	25	1.9	25	100	0	96	41	16	20	20	1.90
14749315--14749658	50	6.9	50	86	1	404	22	29	20	27	1.98
14752564--14752630	30	2.2	30	84	5	82	26	19	4	49	1.67
14755313--14755376	29	2.2	30	88	2	94	20	3	1	75	1.03
14755447--14755499	21	2.5	22	84	12	74	26	1	5	66	1.25
14767483--14767511	11	2.6	11	100	0	58	34	20	6	37	1.80
14768134--14768560	44	9.9	43	71	12	241	31	21	21	25	1.98
14768135--14768462	84	3.8	87	74	13	226	30	21	21	26	1.98
14769875--14769930	17	3.6	16	78	11	71	21	1	0	76	0.87
14769880--14769929	15	3.3	15	75	8	57	22	2	0	76	0.89
14769869--14769930	29	2.1	30	90	3	99	19	3	0	77	0.90
14769996--14770052	25	2.3	25	84	0	69	24	1	5	68	1.20
14772642--14772684	22	2.0	21	86	4	59	18	2	27	51	1.59
14772778--14772825	21	2.3	21	85	0	60	14	2	35	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14772765--14772837	28	2.6	28	76	8	85	19	2	31	46	1.64
14772961--14772990	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
14773197--14773234	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
14773750--14773793	19	2.2	20	88	4	63	27	43	2	27	1.67
14775909--14775942	15	2.3	15	100	0	68	41	5	5	47	1.52
14776048--14776109	27	2.2	28	94	2	108	41	8	0	50	1.32
14777373--14777408	18	2.0	18	94	0	63	5	5	19	69	1.29
14777373--14777406	17	1.9	18	88	5	52	5	5	17	70	1.28
14777410--14777474	28	2.4	28	89	2	105	49	0	9	41	1.35
14777797--14777868	20	3.8	20	70	17	71	52	5	4	37	1.44

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