genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28389484--28389526	19	2.5	16	85	14	59	39	0	0	60	0.97
28390174--28390214	19	2.1	20	86	13	59	41	0	4	53	1.22
28390279--28390324	22	2.0	24	84	16	62	52	2	4	41	1.33
28391360--28391403	22	2.0	21	87	12	63	34	0	0	65	0.93
28392764--28392815	26	2.0	26	92	0	86	42	17	9	30	1.81
28395977--28396010	16	2.1	17	94	5	61	67	5	0	26	1.13
28395989--28396041	26	2.0	27	81	3	63	56	9	5	28	1.54
28396046--28396107	3	20.3	3	90	3	97	64	0	3	32	1.09
28397677--28397786	44	2.5	44	83	2	132	30	20	21	28	1.98
28398090--28398639	44	12.7	43	80	8	525	26	24	19	29	1.98
28398650--28399046	88	4.5	88	90	0	632	19	23	27	29	1.98
28398713--28399041	44	7.5	44	63	7	155	18	23	29	28	1.98
28400121--28400223	42	2.5	42	78	0	116	23	29	13	33	1.93
28404791--28404827	17	2.1	17	95	5	65	67	5	0	27	1.12
28404865--28404907	3	14.3	3	85	0	59	60	0	4	34	1.17
28404868--28404912	15	3.0	15	86	0	54	57	2	4	35	1.31
28404934--28404998	3	21.7	3	100	0	130	67	0	32	0	0.91
28409565--28409593	13	2.1	14	93	6	51	0	34	0	65	0.93
28410467--28410690	27	8.3	27	78	3	200	43	19	15	21	1.87
28410486--28410690	81	2.5	80	86	2	275	43	20	15	20	1.87
28411048--28411122	30	2.4	30	79	18	82	16	24	25	34	1.95
28411592--28411632	20	2.0	20	95	0	73	43	17	14	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28416898--28416936	20	2.0	20	85	10	53	33	10	30	25	1.89
28418839--28418888	18	2.6	19	81	15	59	4	28	2	66	1.21
28419794--28419969	27	6.5	27	83	3	205	43	15	18	22	1.88
28419794--28419969	81	2.2	81	82	6	248	43	15	18	22	1.88
28420147--28420219	26	2.8	26	85	0	83	13	21	24	39	1.90
28424852--28424901	13	3.8	13	78	0	64	40	24	2	34	1.66
28424852--28424902	26	2.0	26	88	0	75	39	23	3	33	1.73
28425185--28425220	7	5.1	7	100	0	72	58	0	0	41	0.98
28429415--28429603	51	3.7	50	81	3	218	31	26	15	26	1.96
28432112--28432150	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
28432271--28432308	14	2.7	14	91	0	58	36	13	7	42	1.73
28434706--28434731	12	2.2	12	100	0	52	23	7	7	61	1.49
28436360--28436423	6	10.3	6	90	6	92	85	0	0	14	0.59
28436364--28436433	12	5.5	12	84	8	77	84	0	1	14	0.70
28436360--28436433	38	1.9	38	89	5	114	83	0	1	14	0.71
28436357--28436432	33	2.3	32	88	6	118	84	0	2	13	0.73
28444927--28444995	29	2.4	29	80	4	77	36	24	10	28	1.88
28467396--28467494	50	2.0	50	87	0	144	47	12	13	27	1.78
28495506--28495564	29	2.0	29	96	0	109	8	27	6	57	1.53
28496507--28496534	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
28514590--28514759	39	4.4	39	87	0	250	32	15	34	17	1.91
28514688--28514749	19	3.2	19	69	13	54	33	16	33	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28514590--28514730	20	7.2	20	64	10	76	32	15	34	17	1.92
28523804--28523836	17	1.9	17	100	0	66	51	0	12	36	1.39
28525986--28526985	249	4.0	250	84	3	1215	39	13	14	33	1.85
28525986--28526985	499	2.0	501	85	2	1355	39	13	14	33	1.85
28530046--28530216	46	3.8	46	92	1	283	36	9	23	29	1.88
28547123--28547382	132	2.0	132	88	3	389	33	12	10	43	1.78
28552132--28552190	18	3.3	18	72	9	57	25	13	13	47	1.79
28552123--28552217	36	2.6	36	74	0	91	27	21	13	37	1.91
28554700--28554812	44	2.6	42	82	8	118	17	18	19	44	1.87
28554737--28554813	20	3.6	21	78	13	86	16	22	19	41	1.90
28556831--28556870	19	2.1	19	95	0	71	62	10	7	20	1.50
28560541--28560575	12	3.0	12	87	4	54	31	0	0	68	0.90
28560699--28560760	30	2.1	30	90	0	97	58	12	4	24	1.54
28562595--28562736	69	2.1	69	83	2	178	14	31	12	40	1.84
28564785--28564849	26	2.5	26	100	0	130	26	26	26	21	2.00
28570315--28570647	23	14.9	22	79	6	332	26	0	24	48	1.57
28570313--28570559	68	3.7	68	86	6	328	26	1	24	47	1.59
28570315--28570647	45	7.5	44	77	8	316	26	0	24	48	1.57
28570816--28570862	21	2.2	21	88	0	67	4	27	38	29	1.76
28571118--28571160	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
28571807--28571832	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
28572002--28572039	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28580905--28581134	23	10.1	23	72	2	142	46	20	13	20	1.83
28580913--28581107	46	4.2	46	80	2	185	46	20	12	20	1.83
28580917--28581134	46	4.8	46	80	2	172	46	20	13	19	1.83
28580905--28581124	92	2.4	92	78	0	233	46	20	12	20	1.82
28599131--28599264	23	5.8	23	74	3	117	39	19	17	23	1.92
28606723--28606855	28	4.6	28	81	10	160	32	21	23	23	1.98
28606723--28606855	61	2.3	59	84	8	175	32	21	23	23	1.98
28607234--28607469	81	2.9	79	81	9	287	21	14	21	43	1.87
28607248--28607468	27	8.2	26	80	7	246	20	14	20	44	1.86
28610168--28610366	28	7.1	27	88	4	254	28	23	25	23	1.99
28610174--28610374	56	3.6	56	86	4	289	28	22	25	23	1.99
28610174--28610374	84	2.4	84	89	3	289	28	22	25	23	1.99
28610481--28610556	26	2.9	26	80	0	80	32	23	23	19	1.97
28610788--28611173	27	14.4	27	82	4	363	18	16	20	44	1.87
28619033--28619088	25	2.2	26	79	17	73	62	1	1	33	1.16
28619438--28619479	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
28626928--28626968	6	7.2	6	91	2	59	63	0	2	34	1.08
28630962--28631008	21	2.2	21	88	0	67	46	25	14	12	1.80
28637619--28637648	3	10.0	3	92	0	51	3	0	30	66	1.07
28639349--28639437	27	3.3	27	90	0	133	35	10	25	28	1.88
28642284--28642341	27	2.1	27	87	0	80	27	29	10	32	1.90
28645666--28645714	21	2.3	22	79	10	57	53	4	14	28	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28657888--28658315	45	9.4	45	82	5	402	41	13	20	24	1.88
28657966--28658313	91	3.8	91	84	3	389	43	13	19	23	1.87
28662495--28662522	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
28666316--28666399	25	3.4	25	86	0	123	29	23	22	23	1.99
28666297--28666427	25	5.3	25	80	6	106	32	22	21	23	1.98
28666391--28666452	25	2.5	25	89	0	88	32	19	24	24	1.98
28674128--28674159	14	2.3	14	100	0	64	28	15	34	21	1.94
28674149--28674231	25	3.3	25	83	6	114	32	21	24	21	1.98
28674149--28674244	50	1.9	50	86	0	138	31	23	22	21	1.99
28674149--28674246	25	3.9	24	78	12	90	31	23	23	21	1.98
28674153--28674260	50	2.2	49	81	6	119	30	24	23	22	1.99
28682714--28682766	21	2.5	21	87	0	79	32	7	35	24	1.84
28683159--28683257	49	2.0	49	98	0	189	24	9	20	46	1.79
28689000--28689482	45	10.7	45	82	7	473	39	15	20	24	1.91
28689260--28689332	22	3.3	22	62	11	58	45	13	17	23	1.84
28689090--28689482	91	4.3	91	85	5	485	40	15	20	23	1.90
28695514--28695593	33	2.3	34	83	10	92	10	25	7	57	1.57
28695584--28695640	12	4.3	14	86	8	59	3	26	0	70	1.03
28695587--28695620	6	5.7	6	100	0	68	0	17	0	82	0.67
28695717--28695749	13	2.8	12	86	13	50	6	18	3	72	1.18
28696637--28696669	13	2.5	13	100	0	66	12	0	6	81	0.85
28699038--28699095	27	2.1	27	87	0	80	34	18	12	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28705640--28705715	11	6.8	11	68	24	52	53	2	1	42	1.23
28705646--28705715	37	1.9	36	82	8	88	54	2	1	41	1.24
28709410--28709442	17	1.9	17	88	11	50	18	33	15	33	1.92
28712844--28712870	13	2.1	13	100	0	54	44	7	25	22	1.79
28715439--28715475	19	1.9	19	88	0	56	56	24	0	18	1.41
28716657--28716712	29	1.9	29	85	0	76	19	10	25	44	1.83
28720098--28720150	25	2.2	25	89	3	81	33	20	24	20	1.97
28721465--28721592	69	1.9	68	88	1	193	42	3	5	49	1.41
28731456--28731484	12	2.3	13	94	5	51	17	0	24	58	1.38
28742171--28743244	533	2.0	537	90	2	1674	30	18	18	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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