genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24537106--24537209	20	5.2	20	67	4	66	15	25	15	43	1.86
24539956--24540234	40	7.0	40	83	1	301	15	27	19	37	1.91
24539979--24540234	20	12.8	20	65	9	65	15	28	19	37	1.92
24539956--24540234	80	3.5	80	83	1	335	15	27	19	37	1.91
24539956--24540234	120	2.3	120	84	2	346	15	27	19	37	1.91
24542317--24542409	42	2.2	41	90	3	141	36	15	16	32	1.89
24545277--24545342	30	2.2	30	79	17	75	33	10	22	33	1.89
24545244--24545699	227	2.0	227	89	0	687	33	14	23	29	1.94
24545795--24545948	29	5.3	29	82	3	159	25	16	22	35	1.95
24545795--24545954	87	1.8	86	81	6	198	25	16	23	35	1.95
24551695--24551767	27	2.7	27	85	4	85	26	28	10	34	1.90
24553127--24553179	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
24553247--24553349	38	2.7	39	89	1	154	43	10	11	33	1.76
24557560--24557589	9	3.3	9	90	0	51	23	13	20	43	1.86
24557898--24557958	29	2.1	30	90	3	97	21	36	0	42	1.53
24572529--24572584	21	2.6	21	88	2	85	30	3	33	32	1.75
24572540--24572572	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
24576743--24576772	15	2.1	14	93	6	51	6	20	0	73	1.05
24576782--24576835	20	2.8	20	80	2	56	7	16	1	74	1.14
24579061--24579098	15	2.4	16	95	4	69	10	10	2	76	1.12
24579434--24579496	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
24582719--24582773	29	2.0	29	86	13	80	16	14	9	60	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24587108--24587433	50	6.5	50	84	1	397	20	29	21	28	1.98
24587149--24587433	150	1.9	150	90	0	453	21	29	21	27	1.98
24587880--24587916	18	2.1	18	89	0	56	18	13	5	62	1.50
24591394--24591435	22	1.9	22	95	0	75	28	0	0	71	0.86
24597277--24597321	21	2.1	22	83	4	56	55	11	0	33	1.35
24597283--24597328	22	2.1	21	88	4	65	45	10	0	43	1.39
24599659--24599703	20	2.2	20	84	7	56	53	8	6	31	1.58
24601363--24601416	18	3.1	18	78	5	65	5	16	5	72	1.23
24601372--24601416	12	3.9	11	80	8	54	4	17	4	73	1.17
24603488--24603532	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
24603499--24603537	20	2.0	20	94	0	69	46	12	10	30	1.75
24615228--24615304	24	3.2	24	80	9	93	25	20	22	31	1.98
24615242--24615333	25	3.7	24	77	11	71	28	20	21	29	1.98
24628541--24628570	13	2.3	13	94	0	51	33	33	16	16	1.92
24631340--24631454	43	2.7	43	77	10	126	28	28	19	23	1.98
24634272--24634329	25	2.4	25	88	2	82	25	24	22	27	2.00
24634293--24634340	25	1.9	25	82	0	60	31	20	18	29	1.97
24640297--24640327	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
24640556--24640740	51	3.7	50	79	6	221	30	26	17	24	1.97
24640554--24640738	101	1.8	102	91	3	311	31	25	17	24	1.97
24648392--24648443	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
24651671--24651733	23	2.6	23	71	19	56	57	0	3	39	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24658358--24658384	13	2.1	13	100	0	54	66	0	7	25	1.17
24658386--24658421	17	2.2	17	90	5	56	80	2	8	8	0.99
24658361--24658406	13	3.8	12	80	16	51	76	4	8	10	1.15
24658363--24658406	23	1.9	23	86	9	63	77	4	6	11	1.11
24669136--24669168	15	2.3	14	94	5	57	69	18	0	12	1.18
24688092--24688185	45	2.1	45	87	0	134	32	22	19	25	1.97
24688192--24688376	51	3.7	50	78	4	201	30	27	17	24	1.97
24688188--24688372	101	1.8	99	84	6	239	31	26	17	24	1.97
24691112--24691193	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
24692430--24692466	5	7.0	5	88	11	56	0	18	0	81	0.70
24692430--24692465	11	3.3	11	100	0	72	0	16	0	83	0.65
24692430--24692466	16	2.3	16	90	9	58	0	18	0	81	0.70
24692469--24692515	25	1.9	25	86	4	69	17	6	14	61	1.53
24696186--24696228	17	2.5	17	81	7	52	46	16	11	25	1.80
24696514--24696560	20	2.5	20	79	6	53	29	17	12	40	1.86
24698783--24698821	20	2.0	20	85	9	55	48	5	5	41	1.47
24701613--24701738	36	3.6	35	72	14	107	29	24	22	23	1.99
24701554--24701780	70	3.2	71	81	3	242	30	22	22	24	1.99
24705161--24705327	83	2.0	81	88	2	244	41	11	16	29	1.84
24707827--24707860	17	2.0	17	94	0	59	41	8	17	32	1.80
24714575--24714616	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
24714579--24714615	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24714648--24714704	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
24715069--24715140	31	2.3	31	81	13	76	56	5	1	36	1.31
24718786--24718901	28	3.8	32	73	19	81	26	23	23	26	2.00
24718820--24718907	28	3.1	28	90	1	131	28	22	22	26	1.99
24719252--24719470	27	8.1	27	82	2	190	19	17	20	42	1.89
24719251--24719470	54	4.1	54	82	2	257	19	18	20	42	1.89
24719251--24719466	81	2.7	81	86	3	276	19	18	19	43	1.89
24720121--24720189	35	2.0	35	86	11	97	59	8	26	5	1.50
24725408--24725483	28	2.8	28	87	2	109	27	22	25	25	2.00
24725600--24725702	26	4.0	26	84	2	100	38	19	21	20	1.93
24725865--24726220	27	13.1	27	79	7	278	19	16	20	43	1.88
24725883--24726201	108	2.9	111	85	5	323	19	15	20	43	1.87
24730149--24730280	50	2.6	52	77	7	135	37	12	15	34	1.85
24734038--24734219	91	2.0	91	89	2	276	38	14	19	27	1.91
24735848--24735907	23	2.6	23	91	0	102	50	8	3	38	1.49
24736020--24736105	40	2.2	40	80	4	93	38	22	18	20	1.94
24749741--24749784	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
24749924--24750114	51	3.8	49	81	6	213	31	27	16	24	1.96
24749926--24750110	101	1.8	101	87	5	275	31	26	17	24	1.97
24753099--24753142	18	2.3	18	80	7	52	45	0	25	29	1.54
24753191--24753384	41	4.7	41	71	11	135	24	18	25	31	1.98
24753190--24753340	43	3.6	42	80	5	144	23	19	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24758306--24758392	45	1.9	45	92	0	147	34	22	16	26	1.95
24758401--24758534	51	2.7	50	84	1	153	31	28	17	22	1.97
24763191--24763249	30	2.0	29	83	3	73	38	5	27	28	1.78
24763434--24763472	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24763701--24763818	23	5.2	23	84	6	141	23	20	24	31	1.98
24763698--24763818	45	2.6	45	89	2	179	23	19	23	32	1.98
24771108--24771156	20	2.5	20	75	15	57	12	22	6	59	1.55
24774305--24774389	40	2.2	40	97	2	163	36	14	25	23	1.93
24775979--24776134	50	3.1	50	87	0	204	26	21	32	20	1.98
24776427--24776476	20	2.5	20	75	12	57	60	6	22	12	1.53
24783506--24783530	13	1.9	13	100	0	50	16	8	16	60	1.58
24797839--24797887	14	3.6	13	82	17	64	69	0	8	22	1.14
24797839--24797887	15	3.5	14	76	18	57	69	0	8	22	1.14
24804630--24804733	23	4.5	23	79	0	118	31	5	27	34	1.81
24804634--24804724	46	2.0	46	95	0	164	29	6	28	35	1.83
24806684--24806761	38	2.1	38	95	0	138	24	12	26	35	1.92
24807993--24808021	13	2.1	14	93	6	51	44	0	6	48	1.29
24810656--24810694	20	2.0	20	100	0	78	30	10	20	38	1.86
24816838--24817016	39	4.6	39	87	0	243	31	2	20	45	1.65
24820290--24820355	21	2.9	24	70	21	68	30	12	12	45	1.78
24820680--24820772	19	5.1	19	70	12	77	47	11	10	30	1.74
24820670--24820795	54	2.3	54	93	0	216	44	14	9	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24826155--24826184	14	2.1	15	93	6	53	20	23	20	36	1.95
24829359--24829419	30	2.2	26	80	13	70	49	9	9	31	1.69
24833755--24834050	50	5.8	50	81	5	283	21	28	22	27	1.99
24836961--24837000	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
24837073--24837133	18	3.4	17	80	11	59	8	19	3	68	1.29
24838060--24838100	15	2.7	15	100	0	82	17	12	4	65	1.42
24842854--24842900	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
24848048--24848082	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
24859862--24859906	17	2.5	19	89	7	67	6	24	0	68	1.13
24859882--24859909	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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