genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7667655--7667710	29	1.9	29	82	7	69	23	3	12	60	1.47
7669561--7669601	22	1.9	21	85	14	57	24	2	19	53	1.57
7675858--7675924	8	7.5	8	72	21	53	65	1	0	32	1.02
7675858--7675927	19	3.9	17	73	23	63	64	1	0	34	1.03
7677238--7678988	630	2.7	623	87	5	2343	38	11	19	30	1.86
7682869--7682894	5	5.2	5	100	0	52	57	0	42	0	0.98
7683393--7683653	89	2.9	90	92	2	427	42	5	21	30	1.76
7685223--7685347	10	13.8	9	72	19	59	56	0	2	40	1.12
7685220--7685298	10	8.1	10	77	16	76	54	0	1	44	1.08
7685776--7685829	27	2.0	27	82	7	65	53	3	1	40	1.29
7687987--7688061	22	3.5	22	85	1	98	13	33	24	29	1.93
7694937--7694973	17	2.1	18	90	5	58	18	18	40	21	1.91
7699999--7700033	17	2.0	17	88	5	52	17	0	40	42	1.49
7710956--7710986	7	4.4	7	100	0	62	29	25	0	45	1.54
7711122--7711257	66	2.1	66	97	1	256	24	11	11	52	1.71
7711768--7711863	47	2.0	48	95	2	176	44	8	11	35	1.71
7712387--7712450	6	10.7	6	96	0	119	34	0	17	48	1.47
7715611--7715644	16	2.1	16	100	0	68	38	14	17	29	1.90
7717657--7717717	30	2.0	30	93	0	104	27	34	26	11	1.91
7725938--7725994	28	2.0	28	86	6	80	40	7	24	28	1.81
7750758--7750981	62	3.6	62	74	10	181	24	25	25	25	2.00
7751984--7752030	18	2.5	20	72	10	53	25	36	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7752161--7752223	25	2.4	27	84	10	78	53	12	15	17	1.72
7752925--7752957	6	5.5	6	96	0	57	60	0	0	39	0.97
7758498--7758552	23	2.4	23	84	3	76	50	1	5	41	1.36
7758846--7758898	20	2.8	18	75	13	52	45	15	5	33	1.69
7759389--7759444	27	2.1	26	93	3	94	58	3	23	14	1.51
7767837--7767861	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
7772141--7772215	34	2.2	33	84	9	98	24	30	1	44	1.62
7772141--7772218	11	7.0	11	74	21	74	24	29	1	44	1.62
7772141--7772218	22	3.5	22	81	18	99	24	29	1	44	1.62
7774081--7774120	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
7774587--7775042	23	20.3	22	75	11	363	49	24	0	25	1.54
7774587--7775042	45	10.2	44	79	9	363	49	24	0	25	1.54
7774779--7775042	21	12.0	22	74	10	193	47	24	0	27	1.57
7774779--7774944	91	1.8	89	87	2	242	49	23	0	26	1.55
7774779--7775042	64	4.0	64	74	10	185	47	24	0	27	1.57
7779590--7779687	51	1.9	51	87	4	144	46	4	23	25	1.69
7779663--7779718	11	5.2	11	82	2	69	44	1	28	25	1.64
7781346--7781602	41	6.3	40	88	4	327	21	22	24	31	1.98
7781626--7781804	88	2.0	89	95	1	324	41	3	6	48	1.46
7782095--7782127	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
7782221--7782372	83	1.8	82	91	1	250	29	1	24	44	1.62
7782948--7782986	7	5.6	7	84	0	51	20	2	48	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7783346--7783389	19	2.3	19	88	0	61	77	2	2	18	0.98
7788681--7788907	43	5.3	43	83	6	225	28	21	28	22	1.99
7789023--7789065	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
7789297--7789333	20	1.9	19	89	10	58	43	0	32	24	1.55
7789657--7789693	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
7789744--7789774	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
7797559--7797622	13	4.9	13	79	7	67	39	25	4	31	1.76
7798862--7798900	19	2.0	20	85	5	53	53	5	0	41	1.23
7799440--7799465	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
7803066--7803100	11	3.1	11	95	4	61	20	34	0	45	1.51
7803733--7803777	23	2.0	23	86	8	65	8	6	11	73	1.25
7805676--7805701	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
7805770--7806098	112	2.9	112	83	6	391	26	21	25	25	2.00
7805997--7806239	73	3.4	73	82	1	301	26	20	25	27	1.99
7805997--7806239	72	3.4	73	82	1	310	26	20	25	27	1.99
7806140--7806362	114	2.0	113	85	2	304	23	20	27	28	1.99
7806362--7806386	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
7806379--7806408	12	2.5	12	100	0	60	46	0	6	46	1.29
7806577--7806644	22	3.1	21	77	8	73	16	5	41	36	1.72
7806668--7806903	7	33.3	7	68	12	61	20	2	32	44	1.66
7806664--7806732	15	4.6	15	81	3	77	21	1	33	43	1.62
7806687--7806729	8	5.6	8	86	10	54	25	0	32	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7806885--7807103	103	2.1	103	93	3	395	27	4	29	38	1.77
7806917--7807081	49	3.3	49	63	17	120	27	4	31	35	1.78
7807020--7807078	24	2.4	24	78	10	66	25	5	37	32	1.78
7806924--7807127	103	2.0	102	83	3	259	30	4	28	35	1.78
7807345--7807643	116	2.6	113	80	9	331	22	14	19	42	1.88
7810005--7810336	9	35.4	9	77	10	281	48	15	1	33	1.55
7810268--7810336	29	2.5	27	75	13	50	49	17	1	31	1.56
7819979--7820023	23	2.0	22	83	12	56	13	2	13	71	1.25
7820250--7820368	44	2.7	44	80	3	143	23	25	21	29	1.99
7820548--7820990	87	5.1	87	91	1	663	24	24	22	28	1.99
7820620--7820756	43	3.2	43	65	24	115	24	21	24	29	1.99
7822219--7822256	7	5.4	7	81	12	51	13	15	0	71	1.16
7822632--7822699	28	2.3	30	77	7	86	13	11	5	69	1.36
7824413--7824448	17	2.1	17	100	0	72	27	13	19	38	1.90
7826931--7827124	108	1.8	106	89	2	307	36	20	17	26	1.94
7842342--7842388	14	3.3	14	85	5	58	42	4	10	42	1.59
7843225--7843263	20	2.0	20	100	0	78	30	10	15	43	1.80
7844467--7844523	28	2.0	28	93	0	96	43	19	14	22	1.86
7849345--7849438	34	2.8	34	81	0	116	37	28	10	23	1.88
7853080--7853127	25	1.9	25	86	0	69	20	25	20	33	1.97
7858384--7858578	51	3.8	51	84	4	250	25	13	27	33	1.94
7858388--7858579	102	1.9	102	90	2	305	25	14	27	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7863573--7863627	27	2.0	27	89	0	83	38	18	20	23	1.93
7869021--7869074	18	3.0	18	86	8	74	16	1	9	72	1.19
7869021--7869089	6	11.0	6	86	9	66	17	2	7	72	1.20
7870902--7870965	30	2.1	30	88	0	92	23	29	29	17	1.97
7871077--7871172	45	2.1	45	88	0	138	44	23	19	11	1.83
7879762--7879836	37	2.0	37	100	0	150	38	18	16	26	1.91
7882858--7883043	24	8.0	22	68	21	105	46	20	6	26	1.75
7882829--7883053	69	3.3	69	94	0	396	45	19	8	26	1.78
7883814--7883950	41	3.3	41	83	0	157	35	27	17	19	1.95
7885015--7885039	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7893323--7893417	46	2.1	44	84	9	129	36	5	23	34	1.77
7899402--7899565	59	2.8	59	80	0	175	32	10	29	26	1.91
7907054--7907267	107	2.0	107	89	4	333	35	18	15	30	1.92
7910823--7910910	45	2.0	44	88	2	131	39	12	21	26	1.89
7911744--7911955	105	2.0	105	99	0	415	45	21	7	25	1.78
7924267--7924593	163	2.0	161	89	2	503	36	13	14	35	1.85
7927576--7927665	36	2.5	36	89	8	130	47	12	4	35	1.61
7927784--7927900	39	3.0	39	94	1	200	17	3	28	50	1.62
7933980--7934321	171	2.0	171	97	0	639	26	21	10	42	1.85
7938532--7938687	43	3.7	43	86	1	208	26	32	19	21	1.97
7938550--7938709	86	1.9	86	88	2	241	27	30	18	23	1.98
7938547--7938715	43	4.0	43	84	2	189	29	30	17	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7938636--7938862	116	2.0	116	88	1	339	39	21	11	27	1.88
7942064--7942088	13	1.9	13	100	0	50	72	0	20	8	1.10
7942908--7942967	10	5.7	11	75	18	56	46	5	0	48	1.24
7942901--7942975	29	2.5	29	81	12	82	48	5	1	45	1.33
7942901--7942973	30	2.4	30	82	8	87	49	4	1	45	1.29
7942908--7942970	20	3.1	20	77	11	74	44	4	0	50	1.23
7943364--7943426	7	9.1	7	82	3	65	39	41	1	17	1.59
7943843--7943901	28	2.2	26	79	11	64	40	6	1	50	1.39
7943849--7943906	28	2.0	28	83	9	73	37	6	1	53	1.38
7944491--7944851	41	8.8	41	92	0	578	29	32	19	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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