genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26106673--26106742	24	2.9	24	79	14	65	22	24	20	32	1.97
26106699--26106746	25	2.0	25	87	4	71	22	22	18	35	1.96
26106817--26106885	25	2.8	25	93	0	120	18	24	20	36	1.95
26114290--26114334	23	2.0	23	90	0	72	40	20	22	17	1.92
26124091--26124145	23	2.4	23	93	0	92	25	18	18	38	1.93
26124107--26124158	23	2.3	23	82	0	59	28	17	25	28	1.97
26139094--26139136	20	2.2	20	100	0	86	32	23	4	39	1.75
26141623--26141671	18	2.7	18	74	0	53	42	12	16	28	1.84
26142213--26142253	17	2.4	17	95	0	73	19	39	29	12	1.88
26145888--26145952	16	4.1	16	91	0	112	20	35	4	40	1.73
26150939--26150980	20	2.0	21	86	13	59	50	19	2	28	1.60
26155265--26155338	27	2.7	27	93	0	121	20	35	20	24	1.96
26162672--26162740	30	2.3	30	94	0	120	33	26	1	39	1.65
26164113--26164172	18	3.3	18	95	0	102	23	28	6	41	1.79
26164547--26164661	58	2.0	59	84	5	153	40	2	7	49	1.46
26167836--26168097	126	2.1	126	91	0	425	29	18	17	34	1.94
26168153--26168277	34	3.7	34	76	5	128	46	15	0	38	1.46
26176357--26176397	9	4.7	9	82	11	50	56	19	0	24	1.42
26176380--26176502	60	2.1	57	83	7	149	55	17	1	25	1.51
26176489--26176579	25	3.8	24	72	15	71	58	16	3	21	1.53
26176583--26176679	23	4.7	21	71	17	69	53	16	5	24	1.63
26176518--26176688	9	19.0	9	67	21	67	54	16	4	24	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26176546--26176679	60	2.2	60	98	0	259	55	17	5	22	1.62
26177617--26177645	10	2.9	10	100	0	58	20	0	17	62	1.33
26177634--26177707	36	2.1	36	94	0	130	18	5	24	51	1.67
26180050--26180207	83	1.9	83	89	0	244	27	8	27	36	1.86
26182025--26182203	28	6.4	28	89	5	283	29	22	25	22	1.99
26182305--26182383	26	3.0	26	77	0	86	35	25	20	18	1.95
26182619--26182778	53	3.0	53	87	4	232	18	18	21	41	1.90
26182619--26182778	27	6.0	27	83	5	200	18	18	21	41	1.90
26186102--26186131	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
26188767--26188812	21	2.2	20	84	3	56	30	13	15	41	1.85
26191738--26191829	17	5.4	18	70	23	58	52	3	3	41	1.34
26191691--26191827	68	2.0	70	85	7	190	50	5	2	41	1.39
26194216--26194247	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
26203192--26203242	20	2.5	20	87	6	66	49	0	9	41	1.36
26203192--26203251	21	2.8	21	85	7	68	48	1	8	41	1.43
26204381--26204474	49	1.9	49	93	0	161	31	17	26	24	1.97
26214298--26214324	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
26223407--26223478	23	3.2	23	80	4	83	15	9	25	50	1.74
26223407--26223478	22	3.2	22	80	5	81	15	9	25	50	1.74
26225968--26226202	119	2.0	117	91	1	380	41	5	8	43	1.59
26228410--26228453	18	2.4	19	77	11	56	47	13	29	9	1.74
26229725--26229965	50	4.8	50	86	4	315	27	21	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26230230--26230268	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
26235747--26236304	138	4.1	138	90	1	854	43	6	9	40	1.62
26235747--26236304	275	2.0	275	90	2	879	43	6	9	40	1.62
26236280--26236504	75	3.0	76	87	5	325	29	13	7	49	1.69
26239783--26239815	14	2.4	14	100	0	66	33	9	36	21	1.85
26240904--26240940	17	2.2	17	100	0	74	35	40	5	18	1.74
26244431--26244472	12	3.5	12	86	0	57	45	16	21	16	1.86
26244715--26244802	40	2.2	41	85	2	115	40	19	7	31	1.80
26245552--26245584	17	1.9	17	93	0	57	3	15	9	72	1.21
26245609--26245652	3	14.7	3	81	9	54	61	2	0	36	1.09
26251872--26251964	46	2.0	46	93	0	159	36	21	18	23	1.95
26258410--26258434	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
26258901--26258947	22	2.1	23	96	4	87	40	0	23	36	1.55
26260052--26260278	41	5.5	41	96	0	400	28	20	28	23	1.99
26267016--26267151	40	3.4	41	75	10	131	32	21	19	27	1.97
26266974--26267125	80	1.9	80	81	5	182	30	23	19	26	1.98
26267397--26267556	52	3.1	52	84	0	203	39	23	10	26	1.87
26269104--26269148	22	2.0	22	95	0	81	42	22	2	33	1.66
26269209--26269242	12	2.8	12	100	0	68	41	14	8	35	1.77
26276590--26277557	323	3.0	324	96	0	1758	30	14	17	37	1.90
26293533--26293574	18	2.3	19	88	12	61	50	0	2	47	1.14
26293565--26293601	19	2.0	19	89	5	58	32	0	10	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26293591--26293638	20	2.5	20	89	3	71	33	2	10	54	1.46
26294405--26294454	24	2.0	25	85	11	68	56	14	12	18	1.68
26295437--26295529	46	2.0	46	100	0	186	25	12	6	54	1.62
26295660--26295771	45	2.5	45	97	0	206	34	4	7	53	1.48
26308093--26308216	39	3.2	39	89	1	167	33	19	15	32	1.93
26311787--26311834	23	2.0	24	88	4	71	29	25	18	27	1.98
26322773--26322811	16	2.4	16	87	8	53	69	5	15	10	1.34
26325335--26325402	34	2.0	34	97	0	127	33	5	25	35	1.80
26338252--26338608	126	2.8	126	88	0	556	34	17	19	29	1.94
26338844--26338891	24	2.0	24	87	0	69	6	39	37	16	1.74
26338897--26340236	85	15.7	85	81	3	1302	17	30	34	18	1.94
26338897--26340236	341	3.9	340	85	2	1514	17	30	34	18	1.94
26340017--26340236	42	5.2	42	79	7	230	14	30	36	18	1.91
26342833--26343099	49	5.5	49	95	0	473	44	8	2	43	1.51
26342926--26343009	29	3.2	29	62	28	78	45	9	2	42	1.49
26343224--26343279	21	2.6	22	77	8	62	7	14	46	32	1.71
26345394--26345420	11	2.5	11	100	0	54	37	0	29	33	1.58
26345384--26345447	34	1.9	33	81	9	76	45	0	25	29	1.54
26362300--26362328	14	2.0	15	93	6	51	13	0	41	44	1.44
26366192--26366244	21	2.5	21	84	0	61	32	33	7	26	1.84
26381821--26381858	15	2.4	16	82	13	51	34	7	10	47	1.67
26381830--26381861	15	2.1	15	100	0	64	37	6	6	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26387192--26387381	50	3.7	50	77	4	164	22	28	22	27	1.99
26387725--26387785	30	2.1	29	81	9	70	32	21	9	36	1.86
26391189--26391264	23	3.4	23	87	3	102	19	22	23	34	1.97
26391189--26391297	23	5.1	21	80	9	87	19	22	22	34	1.96
26391227--26391284	20	2.7	21	86	7	73	17	29	24	29	1.97
26391654--26391679	12	2.2	12	100	0	52	42	0	26	30	1.56
26394846--26394916	30	2.4	29	83	2	79	28	18	19	33	1.95
26394937--26395009	29	2.5	28	75	16	67	27	13	16	42	1.86
26395898--26395968	35	2.0	35	100	0	142	35	25	16	22	1.95
26405290--26405373	41	2.0	41	100	0	168	30	9	19	40	1.83
26411550--26411641	42	2.2	42	90	0	139	20	28	30	20	1.98
26412314--26412388	16	4.8	15	71	9	51	41	9	16	33	1.80
26412355--26412388	15	2.2	16	89	5	52	41	8	14	35	1.77
26429850--26429983	59	2.3	57	82	8	153	41	2	4	50	1.37
26431487--26431519	16	2.1	16	100	0	66	30	6	24	39	1.79
26436980--26437012	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
26436966--26437006	20	2.0	20	85	4	55	48	0	0	51	1.00
26437810--26437849	17	2.2	19	83	16	50	40	25	5	30	1.77
26446084--26446135	12	4.3	12	80	0	59	15	32	13	38	1.86
26446092--26446151	24	2.5	24	94	0	102	16	28	15	40	1.89
26453292--26453368	40	1.9	40	84	5	102	28	29	18	23	1.97
26455087--26455225	42	3.3	42	75	7	122	17	23	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26461357--26461419	29	2.2	29	94	2	110	41	23	12	22	1.88
26466168--26466285	45	2.6	46	94	2	213	35	4	16	44	1.67
26469989--26470013	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26470851--26471036	48	3.9	48	84	0	246	22	29	21	27	1.99
26474935--26475039	25	4.2	25	74	3	88	34	17	25	22	1.96
26488609--26488654	6	7.8	6	92	4	76	34	47	0	17	1.48
26491917--26491960	18	2.5	18	81	3	54	54	0	0	45	0.99
26492475--26492514	20	2.0	21	90	5	64	42	0	2	55	1.13
26493466--26493535	27	2.5	29	88	9	117	34	0	10	55	1.33
26496515--26496558	18	2.3	20	88	7	65	2	31	2	63	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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