genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21788292--21788373	43	1.9	43	87	0	119	23	21	28	26	1.99
21796362--21796405	16	2.8	16	85	0	61	36	0	15	47	1.46
21796373--21796428	25	2.2	25	90	0	85	37	0	17	44	1.49
21796430--21796630	9	23.7	9	69	19	87	38	0	14	45	1.52
21796434--21796484	16	3.1	16	88	5	75	33	1	21	43	1.64
21796553--21796653	22	4.8	21	71	25	79	37	0	11	50	1.39
21796514--21796672	31	5.1	31	85	9	207	38	0	11	49	1.45
21796537--21796675	62	2.2	62	97	0	260	39	0	10	49	1.42
21799724--21799830	7	14.6	7	69	14	56	37	42	0	19	1.58
21799727--21799829	16	6.4	16	70	19	72	35	42	0	20	1.59
21799752--21799824	30	2.4	29	79	4	83	32	42	1	23	1.63
21799725--21799829	37	2.9	37	77	8	108	37	41	0	20	1.58
21801627--21801986	41	8.8	40	84	4	384	34	24	25	15	1.95
21809195--21809420	88	2.6	87	87	0	290	20	25	15	38	1.91
21809195--21809406	58	3.6	58	83	2	264	19	25	16	38	1.92
21809194--21809420	29	7.8	29	82	3	233	20	25	14	39	1.91
21817417--21817464	20	2.5	18	86	6	60	25	2	2	70	1.09
21821136--21821171	10	3.6	10	92	7	56	52	19	0	27	1.46
21823788--21823892	40	2.5	40	80	14	113	45	11	10	32	1.74
21823812--21823897	40	2.2	40	86	0	127	45	12	9	32	1.74
21831360--21831471	40	2.6	44	73	15	117	47	8	11	32	1.71
21835233--21835347	22	5.2	22	88	0	158	26	25	14	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21841097--21841152	12	4.8	11	77	14	51	5	17	0	76	0.96
21844154--21844200	20	2.4	19	89	3	67	59	19	0	21	1.38
21844154--21844200	9	4.9	9	84	10	58	59	19	0	21	1.38
21844160--21844207	11	4.6	11	82	15	57	58	16	0	25	1.38
21844324--21844409	40	2.2	40	89	0	136	45	12	10	31	1.76
21844994--21845086	30	3.1	30	87	0	132	38	20	17	23	1.93
21844965--21845086	60	2.0	60	82	0	145	40	19	16	23	1.91
21850550--21850584	3	11.7	3	100	0	70	0	34	0	65	0.93
21854123--21854347	41	5.5	41	77	5	213	22	28	15	34	1.94
21854126--21854347	82	2.7	81	80	6	243	22	27	15	34	1.94
21860055--21860260	41	5.0	41	82	5	211	18	25	16	39	1.91
21860066--21860280	82	2.6	82	80	4	236	19	27	14	38	1.91
21860090--21860280	41	4.7	41	82	2	195	20	28	14	36	1.92
21864030--21864089	29	2.1	29	87	0	84	36	15	16	31	1.90
21866093--21866124	13	2.5	13	94	0	55	65	6	9	18	1.42
21867155--21867212	30	2.0	29	80	12	66	60	1	22	15	1.44
21869606--21869647	16	2.6	16	88	0	57	30	11	28	28	1.92
21877567--21877600	18	1.9	18	88	5	52	11	38	29	20	1.88
21884617--21884648	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
21884876--21885066	51	3.8	51	74	11	187	32	27	15	24	1.95
21884869--21885058	102	1.9	102	83	7	244	33	26	15	24	1.95
21891019--21891086	11	6.2	11	81	11	77	23	32	1	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21891022--21891086	33	2.0	33	88	11	98	24	30	1	43	1.64
21891273--21891303	15	2.0	16	93	6	55	25	3	6	64	1.33
21896612--21897025	126	3.3	126	94	0	711	27	21	19	31	1.97
21897061--21897340	96	2.9	94	81	6	305	41	18	3	36	1.68
21898501--21898558	26	2.6	20	75	21	53	17	8	18	55	1.67
21906820--21907344	107	4.9	106	92	1	838	31	17	17	33	1.93
21906820--21907350	106	5.0	105	92	1	837	31	17	17	33	1.93
21906820--21907350	213	2.5	211	91	2	841	31	17	17	33	1.93
21908823--21909010	51	3.7	51	84	2	236	25	16	28	30	1.97
21908823--21909010	101	1.9	102	84	3	254	25	16	28	30	1.97
21923694--21923721	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21926940--21926979	21	1.9	21	85	10	55	47	5	7	40	1.54
21927746--21927787	22	1.9	22	90	0	66	69	2	0	28	1.01
21932054--21932096	23	1.9	22	81	13	52	27	18	4	48	1.68
21933413--21933484	32	2.3	32	87	2	101	25	12	30	31	1.92
21937693--21937735	16	2.6	16	81	7	50	58	6	11	23	1.57
21939859--21939942	36	2.4	34	79	15	84	67	2	22	7	1.26
21943508--21943552	19	2.2	20	92	7	74	73	4	4	17	1.17
21943508--21943565	19	2.9	19	85	10	55	70	5	6	17	1.28
21951882--21952124	50	4.8	50	90	0	369	25	21	31	21	1.98
21953905--21953937	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21958783--21958816	6	5.7	6	90	10	52	70	14	2	11	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21958846--21958901	23	2.7	20	76	13	58	73	0	23	3	0.99
21961132--21961732	44	13.7	44	72	9	336	27	18	26	27	1.98
21961040--21961745	218	3.2	218	92	0	1135	27	18	26	27	1.98
21963276--21963347	3	24.0	3	91	0	117	34	0	1	63	1.03
21966549--21966688	22	6.4	22	89	0	199	27	26	14	31	1.95
21971659--21971844	50	3.7	50	86	0	246	25	23	31	19	1.98
21979263--21979322	30	2.0	30	90	0	93	26	16	11	45	1.82
21983208--21983495	51	5.7	50	81	8	316	29	26	15	28	1.96
21983205--21983494	102	2.9	102	83	5	367	29	26	15	27	1.96
21985462--21985529	31	2.2	31	84	5	84	44	7	19	29	1.77
21990858--21990888	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
21993944--21993985	22	1.9	22	90	9	68	71	11	0	16	1.14
21993933--21993980	12	4.2	12	76	10	55	72	14	0	12	1.11
21997355--21997400	21	2.2	21	100	0	92	23	15	23	36	1.93
22000746--22000787	12	3.7	12	75	12	52	64	7	2	26	1.32
22001742--22001836	43	2.2	43	84	1	118	49	16	18	14	1.80
22003031--22003150	48	2.6	46	82	5	134	33	19	22	25	1.97
22003077--22003509	44	9.8	43	73	11	218	32	17	21	29	1.96
22003431--22003545	44	2.6	44	83	8	151	32	21	21	24	1.98
22003119--22003554	222	2.0	222	80	8	480	32	17	21	28	1.96
22003482--22004178	143	4.9	142	87	2	898	30	20	21	27	1.98
22003525--22004178	285	2.3	286	88	2	933	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22004914--22004967	20	2.4	23	80	20	62	31	7	1	59	1.36
22007172--22007388	50	4.2	50	82	5	220	22	29	21	26	1.99
22009736--22009762	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
22013275--22013302	11	2.5	11	100	0	56	64	0	0	35	0.94
22022391--22022520	40	3.2	40	82	7	113	28	16	23	32	1.96
22022409--22022522	40	2.8	39	83	7	131	28	15	23	31	1.96
22023208--22023379	23	7.5	23	90	2	256	29	13	18	38	1.89
22024983--22025105	50	2.5	50	79	0	129	24	25	28	21	1.99
22025368--22025406	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22035479--22035515	12	3.1	12	96	0	65	51	2	0	45	1.15
22041013--22041152	50	2.8	50	79	8	149	27	18	30	24	1.98
22041406--22041444	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22048406--22048629	40	5.6	40	79	4	211	25	13	25	36	1.92
22048402--22048624	80	2.8	80	88	2	304	25	13	25	35	1.93
22049314--22049531	23	9.5	23	90	0	328	29	12	18	39	1.87
22051123--22051160	17	2.3	17	86	4	51	57	5	31	5	1.43
22053002--22053150	38	3.9	38	87	0	208	12	20	28	37	1.90
22053170--22053367	38	5.1	38	76	10	175	12	22	28	37	1.90
22053193--22053259	22	3.0	22	84	0	89	11	19	28	40	1.87
22068961--22069022	26	2.4	26	83	5	72	33	14	16	35	1.89
22085849--22086182	38	8.7	37	69	14	149	12	19	29	38	1.89
22085985--22086124	60	2.3	59	79	4	154	10	17	30	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086031--22086074	22	2.0	22	86	0	61	11	13	29	45	1.79
22090738--22090771	17	2.0	17	88	11	52	47	8	8	35	1.66
22091783--22091828	23	2.0	22	87	4	65	47	10	0	41	1.38
22092665--22092692	5	5.6	5	100	0	56	21	35	0	42	1.53
22103701--22103832	51	2.6	51	87	2	185	23	16	27	32	1.96
22103753--22103834	26	3.2	26	63	27	66	23	14	29	32	1.94
22103836--22103930	45	2.1	45	86	0	136	26	17	23	32	1.97
22104005--22104077	38	1.9	37	84	13	96	42	2	23	31	1.68
22107744--22107771	6	4.7	6	100	0	56	17	14	35	32	1.90
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