genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23724369--23724399	14	2.2	14	94	0	53	25	12	25	35	1.92
23729136--23729180	24	2.0	21	87	12	63	51	0	2	46	1.13
23744076--23744169	25	3.8	24	70	6	62	36	21	20	22	1.95
23746383--23746492	41	2.7	41	91	0	184	22	24	20	32	1.97
23746534--23746584	19	2.6	20	73	14	52	33	19	0	47	1.50
23755078--23755104	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
23755072--23755124	26	2.0	26	85	7	72	22	1	1	73	1.03
23758820--23758868	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
23758811--23758868	22	2.6	22	78	10	73	22	1	3	72	1.09
23759856--23759895	16	2.5	15	92	8	62	32	7	12	47	1.69
23760534--23760563	15	2.0	15	100	0	60	26	13	20	40	1.89
23762283--23762405	61	2.0	61	90	0	192	34	23	14	26	1.94
23762913--23763008	51	2.0	49	86	10	135	29	4	13	53	1.58
23765207--23765290	43	2.0	43	90	4	134	21	17	25	35	1.95
23765539--23765583	23	2.0	21	84	16	56	35	20	11	33	1.88
23771901--23771951	21	2.4	22	83	6	61	9	21	0	68	1.18
23774480--23777540	560	5.5	561	94	0	5410	30	17	16	35	1.92
23788006--23788045	6	6.7	6	85	0	53	67	15	0	17	1.23
23788006--23788036	12	2.6	12	100	0	62	61	16	0	22	1.34
23790287--23790336	8	7.0	7	82	17	59	70	0	14	16	1.18
23790286--23790336	13	3.6	14	86	10	59	70	0	13	15	1.17
23791570--23791807	128	1.9	127	86	3	343	31	19	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23791776--23792305	44	12.2	44	71	9	266	27	19	25	27	1.99
23791776--23792318	218	2.5	218	90	0	838	27	19	25	27	1.99
23796888--23796931	6	7.3	6	80	10	54	77	2	20	0	0.88
23801510--23801604	49	2.0	47	91	4	154	31	5	8	54	1.53
23802601--23802723	61	2.0	61	91	0	201	34	21	15	27	1.94
23805445--23805506	30	2.1	30	96	0	115	35	6	9	48	1.62
23808863--23808926	24	2.5	26	80	10	78	34	4	35	25	1.77
23810411--23810513	36	2.9	36	89	2	145	26	40	12	20	1.88
23810825--23810865	20	2.0	20	95	0	73	39	26	9	24	1.86
23811002--23811078	27	2.8	28	78	2	75	29	10	10	49	1.70
23813754--23813839	43	2.0	42	88	2	127	32	20	19	26	1.97
23815027--23815070	19	2.2	21	88	8	65	77	2	13	6	1.07
23824473--23824497	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
23824665--23824696	16	2.0	16	100	0	64	68	6	0	25	1.12
23827794--23827833	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
23827917--23827970	17	3.1	18	79	12	51	7	20	3	68	1.30
23828844--23828889	11	3.9	11	86	13	65	17	10	0	71	1.13
23828932--23828972	11	3.6	11	86	3	55	12	4	9	73	1.24
23828931--23828973	12	3.7	12	84	6	61	11	4	9	74	1.20
23828932--23828976	23	2.0	23	95	0	81	13	4	11	71	1.29
23844476--23844521	12	3.8	12	85	2	56	63	2	21	13	1.40
23855987--23856021	18	2.0	17	88	5	52	22	25	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23870573--23870622	10	5.0	10	78	9	57	30	14	28	28	1.95
23870576--23870622	20	2.3	20	89	7	69	27	14	29	27	1.96
23875126--23875162	18	2.1	18	90	10	58	5	18	2	72	1.15
23879266--23879305	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
23879385--23879434	18	2.8	17	82	11	55	10	18	4	68	1.34
23884375--23884817	219	2.0	218	89	1	681	15	23	24	36	1.93
23887819--23887856	21	1.9	20	89	10	60	55	5	0	39	1.23
23888461--23888556	33	3.2	33	65	27	93	43	14	9	32	1.77
23889165--23889250	29	3.1	28	84	12	90	33	8	12	45	1.72
23889178--23889250	29	2.5	29	95	0	128	31	9	13	45	1.76
23896106--23896191	29	3.1	28	84	12	90	33	8	12	45	1.72
23896119--23896191	29	2.5	29	95	0	128	31	9	13	45	1.76
23901962--23902001	12	3.3	12	82	0	53	15	22	2	60	1.47
23902031--23902077	15	3.1	15	84	9	60	12	17	0	70	1.17
23902201--23902274	35	2.1	35	100	0	148	20	18	25	35	1.96
23903159--23903220	14	4.4	14	73	13	56	3	16	1	79	0.95
23907617--23907665	13	3.6	13	86	10	71	20	8	0	71	1.11
23911865--23912018	49	3.1	49	76	10	152	30	14	12	42	1.83
23924485--23924535	21	2.4	22	83	6	61	7	21	1	68	1.25
23924499--23924551	27	1.9	28	84	3	72	9	20	0	69	1.15
23928602--23928681	42	1.9	42	82	10	101	12	21	2	63	1.40
23928644--23928722	18	4.4	18	87	3	106	6	20	2	70	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23928644--23928722	36	2.2	36	88	8	117	6	20	2	70	1.20
23928629--23928724	6	16.0	6	73	0	84	6	20	2	70	1.19
23937003--23937029	11	2.5	11	100	0	54	22	0	7	70	1.12
23937094--23937123	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
23947528--23947592	20	3.3	19	73	16	60	36	9	27	26	1.87
23947873--23947937	12	5.2	12	75	14	60	18	6	4	70	1.26
23952287--23952359	29	2.5	29	90	0	119	46	13	9	30	1.75
23962606--23962631	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
23975366--23975414	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
23975365--23975414	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
23976802--23976854	17	3.0	18	77	5	63	52	9	11	26	1.67
23977145--23977189	11	3.8	12	82	11	65	73	4	6	15	1.21
23977146--23977192	13	3.8	13	83	11	71	72	4	4	19	1.18
23977146--23977193	24	2.0	24	100	0	96	70	4	4	20	1.21
23978149--23978174	6	4.3	6	100	0	52	80	0	19	0	0.71
23980003--23980165	82	2.0	82	86	2	229	33	14	25	26	1.94
23982514--23982551	19	2.1	18	90	5	58	18	21	13	47	1.82
23988210--23988271	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
23988210--23988272	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
23988581--23988634	15	3.6	15	85	7	65	75	1	7	14	1.09
23988568--23988632	14	4.5	14	81	12	62	73	3	9	13	1.19
23991207--23991256	21	2.4	22	80	10	59	64	2	26	8	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23991286--23991352	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
23998458--23998678	43	5.4	42	77	15	225	34	28	15	21	1.94
24000777--24000841	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
24014125--24014172	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
24014125--24014183	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
24015175--24015229	10	5.1	11	78	17	53	18	7	3	70	1.25
24015188--24015229	10	4.1	10	84	3	57	21	7	0	71	1.09
24015188--24015225	20	1.9	20	94	0	67	18	5	0	76	0.97
24025384--24025461	41	1.9	41	97	0	147	29	19	17	33	1.95
24029091--24029163	29	2.5	29	90	0	119	30	9	13	46	1.75
24033766--24033866	52	1.9	53	93	2	177	26	18	22	31	1.97
24052404--24052440	16	2.4	15	86	8	56	13	8	2	75	1.13
24066017--24066117	52	1.9	52	95	0	184	32	21	18	26	1.97
24087672--24087772	52	1.9	52	95	0	184	26	18	21	32	1.97
24102366--24102408	6	7.3	6	86	2	52	79	2	16	2	0.95
24102364--24102437	18	4.2	17	73	20	64	71	2	18	6	1.20
24102366--24102417	24	2.2	24	86	3	70	76	3	15	3	1.07
24110462--24110508	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
24110452--24110511	10	5.9	10	75	9	50	26	28	15	30	1.96
24114268--24114309	21	2.0	21	85	0	57	11	26	2	59	1.45
24132731--24132770	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
24134212--24134251	20	2.1	19	85	4	53	37	10	12	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24136314--24136361	10	4.7	10	82	14	62	16	6	2	75	1.11
24136314--24136361	11	4.5	11	85	12	57	16	6	2	75	1.11
24142615--24142663	14	3.7	12	91	5	53	20	10	0	69	1.17
24142614--24142669	13	4.0	14	90	6	87	23	12	0	64	1.27
24142613--24142672	15	4.2	15	89	8	90	21	15	0	63	1.31
24147409--24147452	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
24165040--24165088	6	8.3	6	77	4	55	75	2	18	4	1.06
24165572--24165601	16	1.9	15	93	6	51	20	3	33	43	1.68
24171205--24171311	29	3.4	30	71	15	83	64	2	12	20	1.39
24172300--24172364	6	11.2	6	77	6	71	76	4	15	3	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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