genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27698622--27698686	20	3.2	20	74	8	69	16	33	13	35	1.89
27700105--27700133	12	2.3	13	94	5	51	27	34	20	17	1.95
27700208--27700234	12	2.2	12	100	0	54	29	18	44	7	1.77
27700139--27700419	121	2.3	121	87	1	393	23	20	32	23	1.98
27702293--27702369	26	2.9	26	80	5	93	15	14	40	29	1.87
27705427--27705466	18	2.2	19	90	4	64	20	20	0	60	1.37
27718589--27718759	27	6.3	26	84	8	157	42	19	19	18	1.89
27718589--27718759	54	3.2	54	86	5	195	42	19	19	18	1.89
27718589--27718784	81	2.4	79	77	11	209	41	19	19	19	1.91
27718737--27718827	43	2.1	43	83	4	112	40	17	17	24	1.90
27718873--27718969	24	4.0	24	83	2	106	26	7	21	44	1.78
27719155--27719309	32	4.9	32	80	9	174	21	18	20	40	1.92
27719152--27719309	63	2.5	64	86	3	221	21	18	20	39	1.92
27719316--27719365	22	2.3	22	78	0	55	20	14	20	46	1.84
27719540--27719627	46	1.9	46	86	4	124	22	21	18	37	1.94
27740717--27740769	20	2.7	20	81	0	70	13	24	15	47	1.81
27747810--27747922	43	2.7	42	83	9	133	26	18	26	28	1.98
27753826--27753880	25	2.2	25	78	12	60	20	27	21	30	1.98
27756094--27756133	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
27757814--27757869	5	11.8	5	87	9	82	41	1	16	41	1.58
27758181--27758246	29	2.2	30	78	2	71	42	3	7	46	1.47
27759285--27759324	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27759362--27759425	29	2.2	30	85	2	85	25	1	12	60	1.40
27767667--27767713	7	6.6	7	83	9	51	14	0	38	46	1.45
27774896--27774983	30	3.1	29	76	15	94	59	3	2	35	1.27
27775113--27775147	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
27775276--27775314	3	13.0	3	88	0	51	61	2	5	30	1.31
27775297--27775356	21	2.9	20	74	16	59	65	6	1	26	1.27
27775631--27775677	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
27775669--27775694	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
27778391--27778488	32	3.0	33	86	7	130	40	10	10	38	1.73
27780585--27780713	49	2.6	49	75	8	120	24	25	19	30	1.98
27780675--27780773	50	2.0	50	87	0	144	19	26	26	28	1.99
27781165--27781220	29	1.9	29	85	0	76	28	26	5	39	1.78
27784055--27784079	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27785520--27785561	21	2.0	21	100	0	84	42	19	23	14	1.87
27792640--27792671	14	2.3	14	94	0	55	31	9	28	31	1.88
27799273--27799442	50	3.4	48	79	7	135	30	22	26	21	1.99
27799740--27802040	472	4.9	472	92	1	3659	32	12	19	35	1.89
27799740--27802040	943	2.4	943	91	1	3688	32	12	19	35	1.89
27806203--27806259	13	4.4	13	80	8	53	26	3	15	54	1.57
27807497--27807560	25	2.6	23	76	13	65	21	14	15	48	1.80
27813893--27814017	41	3.0	43	78	11	132	27	26	16	29	1.97
27814152--27814572	92	4.6	92	85	2	526	43	16	8	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27814152--27814572	123	3.4	122	88	2	560	43	16	8	31	1.78
27814152--27814572	31	13.7	31	87	2	537	43	16	8	31	1.78
27815591--27815617	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
27821291--27821359	26	2.7	26	95	0	120	15	17	24	42	1.88
27825557--27825584	10	2.8	10	100	0	56	60	7	0	32	1.24
27833766--27833804	15	2.7	15	84	4	53	17	5	28	48	1.68
27839248--27839330	40	2.1	40	86	4	114	30	8	19	42	1.81
27839538--27839642	45	2.3	44	87	4	147	23	14	16	45	1.84
27839618--27839667	18	2.7	18	84	3	64	24	16	12	48	1.79
27839618--27839667	12	4.1	13	75	12	52	24	16	12	48	1.79
27842395--27842471	22	3.2	22	67	22	64	54	2	7	35	1.43
27845651--27845892	50	4.7	50	79	6	211	24	28	20	26	1.99
27857847--27857905	25	2.4	25	79	0	64	33	15	23	27	1.95
27865786--27866082	27	11.1	28	77	10	219	22	15	20	40	1.90
27865809--27866082	54	5.1	54	81	4	295	23	15	19	41	1.90
27865803--27866082	80	3.5	79	80	3	319	23	15	19	41	1.89
27867247--27867300	25	2.2	25	83	6	65	20	44	11	24	1.83
27872255--27872309	26	2.1	26	89	0	83	38	23	18	20	1.93
27874088--27874412	41	7.9	41	86	0	452	29	19	27	23	1.98
27876492--27876619	48	2.7	48	80	0	148	42	8	29	18	1.80
27888243--27888282	20	2.0	20	85	9	55	32	22	32	12	1.91
27888276--27888341	20	3.3	20	71	0	60	40	16	30	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27899860--27899974	19	5.7	21	80	8	71	40	16	6	37	1.73
27899896--27899987	19	4.8	19	89	0	148	36	16	9	36	1.82
27899889--27899987	38	2.7	38	92	3	166	36	17	9	37	1.81
27900089--27900119	14	2.2	14	94	0	53	12	0	9	77	0.99
27901117--27901157	19	2.2	19	86	0	55	0	21	0	78	0.76
27901125--27901168	12	3.6	12	85	14	63	0	18	0	81	0.68
27901125--27901168	18	2.4	19	92	3	72	0	18	0	81	0.68
27901136--27901175	18	2.2	18	90	0	62	0	20	0	80	0.72
27901116--27901177	24	2.6	23	82	5	79	0	25	0	74	0.82
27905516--27905568	19	2.8	19	85	0	79	37	16	9	35	1.82
27906834--27906875	16	2.6	16	88	0	57	45	7	21	26	1.77
27908831--27908862	15	2.1	15	100	0	64	43	6	12	37	1.68
27920867--27920896	15	2.0	15	100	0	60	53	13	0	33	1.40
27923760--27923796	9	4.1	9	100	0	74	32	10	10	45	1.74
27925260--27925290	10	3.1	10	95	0	53	38	6	19	35	1.77
27925485--27925512	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
27933409--27933442	16	2.1	16	94	0	59	29	8	14	47	1.75
27935106--27935262	82	1.9	82	92	0	260	42	21	12	24	1.87
27937142--27937170	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
27946522--27946629	24	4.6	24	86	6	150	47	2	29	20	1.64
27949078--27949258	91	2.0	92	90	2	283	32	27	16	24	1.96
27955399--27955445	18	2.4	19	82	13	60	23	36	4	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27968366--27968470	40	2.6	41	79	4	108	40	19	18	22	1.92
27968531--27968881	41	8.6	41	89	0	513	17	19	29	33	1.95
27974637--27974929	43	6.8	43	79	2	302	21	18	30	29	1.97
27974619--27974878	86	3.0	86	90	1	371	22	18	29	30	1.97
27976084--27976135	19	2.8	19	75	11	54	69	5	0	25	1.10
27976071--27976127	29	1.9	30	85	3	80	68	5	0	26	1.11
27976102--27976175	30	2.6	28	83	10	96	68	5	0	25	1.10
27976358--27976415	19	2.8	22	73	21	63	29	8	1	60	1.36
27978962--27979655	138	5.0	138	91	1	1097	40	8	5	45	1.59
27978962--27979655	275	2.5	275	90	2	1079	40	8	5	45	1.59
27979365--27979583	71	3.2	71	63	17	161	39	8	5	46	1.58
27979721--27979753	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
27984314--27984358	18	2.5	18	82	7	56	37	4	17	40	1.70
27986970--27987033	27	2.4	27	86	2	85	29	10	17	42	1.83
27988727--27988775	23	2.1	23	96	0	89	48	8	10	32	1.66
27990679--27990726	24	2.0	24	100	0	96	37	12	29	20	1.90
27992391--27992466	33	2.3	33	90	0	116	27	23	15	32	1.95
28003786--28003927	41	3.5	41	87	1	196	33	19	16	30	1.95
28003786--28003946	41	3.9	40	81	3	146	33	20	17	28	1.95
28007589--28007613	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
28009503--28009551	24	2.0	24	84	0	62	24	18	18	38	1.93
28009527--28009751	43	5.2	43	89	3	312	31	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28014217--28014264	21	2.3	21	88	0	69	47	10	27	14	1.76
28016068--28016115	15	3.3	15	77	16	55	43	35	0	20	1.52
28016132--28016164	14	2.4	14	94	0	57	48	33	0	18	1.48
28016283--28016352	7	10.0	7	78	6	63	54	30	1	14	1.49
28016364--28016403	17	2.4	17	86	0	62	32	22	22	22	1.98
28016461--28016606	40	3.7	40	82	0	175	27	21	21	29	1.99
28016652--28017017	40	9.3	40	70	7	183	26	21	21	30	1.98
28016385--28016996	195	3.1	194	83	3	764	27	20	20	30	1.98
28021880--28021934	27	2.0	27	96	0	101	38	12	7	41	1.71
28050088--28050164	25	3.2	24	78	12	77	25	19	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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