genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25188051--25188375	33	9.4	33	65	25	118	35	28	17	19	1.94
25188074--25188406	102	3.3	101	92	2	560	34	28	17	19	1.95
25188354--25188403	26	1.9	26	95	0	91	30	32	22	16	1.95
25188427--25188621	51	3.8	51	78	8	236	31	27	16	24	1.96
25188429--25188613	101	1.8	102	90	3	302	31	26	17	24	1.97
25191179--25191203	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25195371--25195408	19	2.0	19	100	0	76	21	5	31	42	1.75
25212024--25212063	15	2.6	15	88	4	53	40	2	5	52	1.37
25214350--25214389	16	2.4	17	83	8	55	20	15	12	52	1.74
25220635--25220667	17	1.9	17	100	0	66	12	39	30	18	1.87
25221952--25221986	15	2.2	16	90	5	54	22	22	0	54	1.45
25222742--25222996	138	1.9	137	80	2	305	32	23	20	23	1.98
25228716--25228758	7	6.1	7	100	0	86	0	27	0	72	0.85
25228709--25228755	21	2.2	21	92	0	76	2	25	2	70	1.10
25231175--25231213	20	2.0	20	89	0	60	17	17	5	58	1.56
25231417--25231618	50	3.9	50	81	4	215	23	30	21	24	1.99
25231518--25231665	56	2.6	56	92	0	233	29	29	17	24	1.97
25235509--25235568	20	3.0	20	73	7	68	21	30	15	33	1.94
25235510--25235576	20	3.3	20	71	8	64	19	32	14	32	1.92
25235495--25235646	80	1.9	80	86	0	214	21	29	15	32	1.95
25235495--25235646	40	3.8	40	84	0	187	21	29	15	32	1.95
25242135--25242245	40	2.8	40	87	0	168	19	31	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25265449--25265504	21	2.6	21	81	13	69	37	1	0	60	1.07
25277958--25277990	16	2.1	16	100	0	66	30	6	0	63	1.18
25279147--25279177	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
25284738--25284809	25	2.9	25	81	8	76	27	20	25	26	1.99
25290464--25290613	41	3.7	41	82	0	174	19	22	25	32	1.97
25290464--25290647	82	2.2	81	78	5	181	20	22	22	34	1.97
25300085--25300124	20	2.0	20	85	0	53	17	0	35	47	1.48
25310582--25310616	15	2.3	15	90	0	52	28	8	0	62	1.24
25327325--25327435	51	2.2	51	80	3	134	33	26	17	23	1.96
25334117--25334155	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
25334426--25334593	50	3.4	50	82	4	178	21	27	20	29	1.98
25337833--25337889	29	2.0	29	86	6	80	26	5	7	61	1.43
25343570--25343618	15	3.3	15	81	13	57	14	10	4	71	1.27
25349138--25349245	20	5.4	20	78	8	121	12	26	21	39	1.88
25349140--25349267	40	3.2	40	88	0	184	11	26	20	41	1.86
25357499--25357546	5	9.0	5	78	13	51	20	4	0	75	0.97
25357500--25357552	27	1.9	28	88	3	81	20	5	0	73	1.03
25363606--25363687	33	2.5	33	93	0	137	32	29	20	17	1.95
25363635--25363841	76	2.8	74	85	4	274	31	27	17	23	1.97
25369941--25370100	80	2.0	80	88	0	239	20	27	16	36	1.93
25369943--25370123	40	4.5	40	79	2	184	19	28	16	35	1.93
25378515--25378557	20	2.2	20	95	0	77	25	30	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25386048--25386238	51	3.8	50	76	4	204	23	16	27	32	1.96
25393077--25393321	135	1.8	135	84	2	339	32	26	20	20	1.97
25399890--25399924	16	2.2	16	90	10	54	51	2	14	31	1.57
25405873--25405934	18	3.4	19	84	10	85	85	3	6	4	0.82
25405875--25405979	18	5.9	17	75	15	79	81	4	9	3	0.95
25405876--25405968	35	2.6	34	80	13	107	81	4	9	4	0.95
25405874--25405934	1	61.0	1	73	0	50	86	1	6	4	0.74
25405922--25405978	26	2.2	26	84	12	73	78	7	12	1	1.01
25405876--25405972	17	5.8	17	83	9	103	81	4	10	4	0.96
25405873--25405980	17	6.5	17	73	17	59	80	6	9	3	1.00
25406451--25406484	10	3.4	10	92	8	52	91	8	0	0	0.43
25406450--25406484	15	2.4	15	95	4	63	91	8	0	0	0.42
25408006--25408319	44	7.2	44	67	13	155	28	17	23	30	1.97
25408034--25408525	88	5.6	88	73	8	313	27	19	22	29	1.98
25407853--25408437	131	4.5	131	88	0	864	28	18	22	30	1.97
25407853--25408437	263	2.2	263	94	0	1017	28	18	22	30	1.97
25408337--25408471	44	3.1	44	72	8	148	27	18	22	31	1.97
25408357--25408505	43	3.4	43	72	9	131	28	18	24	28	1.98
25408344--25408473	45	2.9	45	73	16	144	26	19	23	30	1.98
25408165--25408657	220	2.2	218	86	2	657	27	19	23	30	1.98
25408384--25408804	132	3.2	130	84	6	533	26	19	25	28	1.99
25408353--25408572	88	2.5	88	81	7	214	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25410199--25410232	3	11.7	3	87	6	52	35	0	0	64	0.94
25410199--25410237	14	2.9	14	88	7	55	33	0	2	64	1.08
25410548--25410578	11	2.7	11	95	5	53	22	0	12	64	1.27
25411492--25411528	19	1.9	19	88	0	56	51	8	5	35	1.55
25413579--25413667	45	2.0	45	95	0	160	41	2	13	42	1.56
25414729--25414772	17	2.6	17	92	0	70	47	2	6	43	1.42
25422085--25422123	17	2.5	15	84	12	51	5	0	25	69	1.09
25446189--25446219	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
25446189--25446219	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
25447652--25447731	22	3.8	22	74	14	87	61	3	0	35	1.14
25447654--25447734	40	2.0	40	100	0	162	60	4	0	34	1.18
25451252--25451285	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
25451348--25451405	29	2.0	29	86	0	80	48	10	6	34	1.64
25453327--25453463	27	5.1	27	75	7	100	37	18	10	33	1.86
25453926--25453980	27	2.0	27	89	0	83	18	21	23	36	1.95
25458977--25459115	53	2.6	54	80	6	149	38	20	20	20	1.94
25458981--25459256	80	3.4	80	79	4	245	37	18	19	24	1.94
25459023--25459256	53	4.4	54	79	2	222	37	17	19	25	1.93
25458998--25459256	27	9.7	27	81	3	236	37	17	19	25	1.94
25459550--25459758	32	6.5	31	72	16	151	22	20	19	37	1.94
25459551--25459766	64	3.3	64	77	7	206	23	20	18	36	1.95
25459550--25459758	98	2.2	97	78	11	214	22	20	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25463629--25463675	20	2.3	20	88	3	67	12	23	23	40	1.89
25466930--25467117	51	3.7	50	80	3	198	29	24	18	28	1.98
25474565--25474752	51	3.7	50	82	3	198	31	26	16	25	1.96
25478181--25478251	36	2.0	36	88	5	108	43	15	18	22	1.87
25488617--25488762	40	3.7	40	87	3	134	39	17	28	15	1.90
25488600--25488762	80	2.0	80	82	2	193	36	17	29	16	1.92
25488650--25488752	20	5.2	20	68	4	73	36	17	30	15	1.91
25498158--25498815	327	2.0	327	99	0	1307	33	10	18	37	1.85
25499538--25499593	27	2.1	27	89	0	85	33	23	23	19	1.97
25500120--25500244	27	4.7	26	77	4	106	29	7	23	40	1.81
25500085--25500244	54	3.0	54	74	9	146	30	7	22	39	1.82
25502269--25502307	18	2.1	18	85	4	51	48	12	7	30	1.69
25502857--25502912	27	2.1	27	89	0	85	32	25	25	17	1.97
25503405--25503562	27	5.9	27	76	9	135	31	8	18	41	1.81
25506806--25506851	23	2.0	23	91	0	74	43	26	13	17	1.85
25506815--25506873	23	2.6	23	86	0	73	49	23	13	13	1.78
25508333--25508373	20	2.0	20	100	0	82	36	29	0	34	1.58
25508622--25508653	14	2.4	14	90	10	50	71	15	0	12	1.14
25513025--25513136	36	3.1	36	96	0	206	14	25	2	58	1.50
25513124--25513152	13	2.1	14	93	6	51	6	20	0	72	1.07
25513205--25513467	129	2.0	129	99	0	517	30	17	12	39	1.86
25515815--25515862	20	2.4	20	92	0	78	33	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25522912--25523161	40	6.2	40	84	1	240	21	26	16	36	1.94
25522936--25523160	80	2.8	80	84	0	297	21	26	16	35	1.94
25522930--25523169	120	2.0	120	85	0	327	20	25	16	37	1.93
25538622--25538647	6	4.3	6	100	0	52	69	0	30	0	0.89
25549677--25549757	22	3.7	22	86	0	117	30	27	14	27	1.95
25551862--25552027	78	2.1	78	93	0	278	37	18	4	39	1.70
25552340--25552369	14	2.1	14	93	0	51	0	20	3	76	0.92
25554826--25554865	17	2.4	17	95	0	71	17	30	2	50	1.59
25555737--25555936	73	2.7	73	73	12	181	36	20	24	20	1.95
25555875--25555925	26	2.0	26	92	0	84	37	21	21	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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