genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  88  of  190  ( 22705 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25853439--25853507	21	3.2	21	63	25	54	21	26	21	30	1.99
25855264--25855301	18	2.1	18	90	0	58	26	2	7	63	1.35
25863230--25863341	40	2.8	39	81	4	143	17	28	16	37	1.91
25863292--25863398	40	2.7	40	79	13	121	13	31	21	33	1.91
25863290--25863398	20	5.4	20	70	16	91	12	31	22	33	1.91
25866496--25866687	40	4.8	40	86	0	240	35	20	21	22	1.96
25866495--25866637	20	7.2	20	69	0	106	34	19	20	24	1.96
25866540--25866684	20	7.2	20	70	6	96	35	22	21	21	1.96
25873560--25873636	38	2.0	38	100	0	154	28	5	25	40	1.77
25873944--25874027	34	2.5	35	86	5	118	25	5	7	61	1.44
25875368--25875457	44	2.0	45	89	4	137	20	5	11	63	1.47
25877838--25877914	26	3.2	26	65	24	76	44	2	0	53	1.14
25883827--25883888	24	2.6	24	82	5	72	16	30	19	33	1.94
25883979--25884053	26	2.9	26	86	4	89	17	21	24	37	1.94
25884046--25884093	23	2.1	23	84	0	60	18	27	18	35	1.95
25884130--25884289	25	6.4	25	72	12	105	21	26	20	32	1.97
25886787--25886922	41	3.4	41	76	10	149	32	24	18	25	1.97
25887894--25887975	5	16.4	5	100	0	164	59	0	0	40	0.97
25894702--25894745	19	2.2	20	88	11	65	31	2	4	61	1.28
25900017--25900545	44	11.8	44	69	14	217	31	18	21	27	1.97
25900546--25900608	33	1.9	33	96	0	117	20	12	9	57	1.63
25900579--25900694	44	2.6	44	97	0	214	24	12	9	54	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25901394--25901454	26	2.4	26	94	2	106	31	26	27	14	1.95
25910227--25910273	22	2.1	22	84	0	58	46	2	4	46	1.34
25917478--25917510	17	1.9	17	93	0	57	15	21	30	33	1.94
25918714--25918748	18	1.9	18	88	0	52	25	8	11	54	1.64
25920558--25920606	19	2.8	17	76	11	53	18	8	10	63	1.50
25921517--25921602	32	2.6	33	80	8	104	40	10	10	38	1.74
25923892--25923931	13	3.1	13	77	0	53	60	2	0	37	1.11
25924602--25924651	13	3.2	16	70	18	52	54	0	4	42	1.19
25925485--25925522	20	1.9	20	94	0	67	18	26	0	55	1.43
25934621--25934669	23	2.1	24	84	3	64	24	42	18	14	1.87
25938028--25938436	203	2.0	202	98	1	784	33	16	15	33	1.91
25943949--25944019	16	4.7	15	76	15	67	26	39	16	16	1.91
25943966--25944020	15	3.7	14	79	16	58	27	38	18	16	1.92
25943949--25944002	15	3.8	13	79	16	54	25	40	16	16	1.89
25943948--25944020	30	2.4	31	84	13	98	26	38	17	17	1.92
25944216--25944265	24	2.1	24	82	14	59	30	14	22	34	1.93
25944378--25944427	23	2.3	21	83	13	57	26	20	20	34	1.96
25944413--25944467	28	2.0	28	85	7	76	20	23	21	34	1.97
25946198--25946330	28	4.6	28	69	15	67	32	15	22	30	1.94
25946206--25946319	57	2.0	58	87	1	167	31	14	21	31	1.94
25949256--25949303	17	2.8	17	87	0	69	27	37	22	12	1.90
25951162--25951239	19	3.8	20	75	8	68	34	3	0	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25951210--25951254	23	2.0	24	86	8	67	28	0	0	71	0.87
25951207--25951254	15	3.3	15	82	2	62	31	0	0	68	0.90
25956435--25956513	39	2.0	39	100	0	158	46	5	12	35	1.64
25961574--25961619	19	2.5	19	92	3	76	36	4	15	43	1.66
25962227--25962301	37	2.0	37	92	0	123	42	9	24	24	1.83
25967551--25967663	58	1.9	58	92	0	190	49	6	22	22	1.71
25971140--25971231	25	3.7	25	75	4	78	27	21	20	30	1.98
25971166--25971233	25	2.7	25	83	0	82	25	23	22	29	1.99
25976687--25976744	18	3.2	18	83	9	64	32	31	12	24	1.91
25991491--25991535	18	2.5	18	82	7	56	26	35	13	24	1.92
25996320--25996353	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
26005885--26005958	36	2.1	36	97	0	139	31	17	24	27	1.97
26009056--26009109	27	2.0	27	100	0	108	51	11	14	22	1.73
26009949--26010149	43	4.8	41	78	6	213	34	25	17	22	1.96
26009914--26010149	85	2.8	85	88	0	339	34	25	16	22	1.95
26009949--26010149	42	4.8	40	78	11	197	34	25	17	22	1.96
26015656--26015760	42	2.4	44	85	3	142	34	25	17	22	1.96
26015774--26015825	27	1.9	27	92	0	86	26	30	23	19	1.98
26015708--26015897	101	1.9	102	85	3	267	34	26	16	22	1.95
26022590--26022789	75	2.6	76	86	3	278	36	26	16	22	1.94
26022761--26022814	27	2.0	27	96	0	99	31	33	16	18	1.93
26022700--26022889	102	1.9	102	88	2	292	34	28	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26036864--26037075	41	5.1	41	78	4	185	34	15	29	20	1.93
26036864--26037074	83	2.6	82	82	3	235	34	15	29	20	1.94
26038516--26040013	509	3.0	506	90	3	2264	31	18	11	38	1.86
26042209--26042246	14	2.6	15	84	16	53	2	39	0	57	1.12
26045756--26045870	25	4.6	25	81	1	97	24	21	18	35	1.95
26045780--26045884	50	2.1	50	85	0	138	25	21	20	32	1.97
26045801--26045883	25	3.3	25	84	0	112	24	20	22	32	1.98
26054313--26054350	14	2.6	15	84	16	53	0	39	2	57	1.12
26059144--26059324	41	4.3	41	82	6	168	27	23	19	30	1.98
26059161--26059267	41	2.6	41	95	1	189	30	25	18	25	1.98
26059445--26059587	30	4.7	30	85	1	187	40	15	9	34	1.79
26061503--26061695	89	2.2	89	93	0	323	30	20	22	26	1.99
26061647--26061744	28	3.5	28	80	9	110	41	23	20	14	1.89
26061826--26061971	29	5.1	29	85	1	186	41	23	12	22	1.88
26061839--26061965	57	2.2	57	88	1	191	41	23	13	21	1.88
26063931--26063965	18	1.9	18	100	0	70	22	20	11	45	1.82
26064078--26064233	85	1.8	85	90	0	249	35	18	16	28	1.93
26064710--26064751	15	2.9	14	86	10	57	28	0	11	59	1.33
26067754--26067855	43	2.4	43	98	0	195	25	28	20	25	1.99
26067800--26067929	69	1.9	68	91	1	215	29	27	21	21	1.99
26067757--26067971	111	1.9	112	90	0	342	27	27	20	24	1.99
26067869--26068028	43	3.8	43	84	3	200	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26067863--26068043	43	4.2	43	82	4	197	31	27	17	23	1.97
26071785--26071902	7	16.7	7	74	8	69	42	33	2	21	1.66
26071870--26071923	7	7.6	7	81	4	63	51	25	0	22	1.48
26071935--26071980	14	3.4	14	75	6	58	43	36	0	19	1.51
26072105--26072160	21	2.7	21	78	10	62	32	39	1	26	1.67
26072125--26072171	14	3.3	14	75	16	51	31	40	2	25	1.68
26072117--26072172	29	2.0	28	89	3	85	30	39	3	26	1.73
26073497--26073589	20	4.7	20	82	4	109	24	18	33	23	1.97
26073497--26073595	40	2.5	41	83	6	123	25	18	32	24	1.97
26075271--26075309	15	2.6	15	83	0	51	2	35	0	61	1.10
26075345--26075402	18	3.2	18	90	0	89	10	18	3	67	1.35
26075301--26075381	30	2.7	28	74	12	81	12	24	2	60	1.44
26075379--26075501	36	3.2	40	86	9	102	13	27	2	56	1.51
26075414--26075501	36	2.4	36	98	0	167	13	29	2	54	1.51
26076514--26076560	11	4.4	11	84	13	62	17	4	0	78	0.90
26076514--26076560	20	2.3	21	92	3	78	17	4	0	78	0.90
26076514--26076560	21	2.3	20	88	3	67	17	4	0	78	0.90
26076524--26076548	9	2.8	9	100	0	50	16	0	0	84	0.63
26077966--26078034	20	3.5	20	85	0	102	24	15	34	24	1.95
26077958--26078033	40	1.9	39	91	2	125	25	17	34	23	1.96
26078568--26078899	41	8.1	41	76	8	286	29	28	19	21	1.98
26078571--26078804	122	1.9	122	87	6	348	29	28	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26078568--26078886	82	3.9	82	82	7	369	29	28	20	21	1.98
26078568--26078899	123	2.7	121	81	4	387	29	28	19	21	1.98
26080177--26080235	32	1.9	31	83	10	77	54	1	10	33	1.44
26082702--26082751	19	2.5	20	87	9	68	34	0	10	56	1.33
26088798--26089039	29	8.3	29	80	6	256	20	27	14	37	1.92
26088798--26089047	87	2.9	88	87	3	344	21	27	14	36	1.92
26091685--26091810	53	2.3	54	82	5	139	28	33	0	37	1.63
26095468--26095588	27	4.5	27	83	2	154	36	14	16	33	1.89
26101393--26101469	34	2.3	33	89	6	120	24	24	24	25	2.00
26101735--26101807	27	2.7	27	79	6	87	34	16	17	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190