genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19196167--19196288	61	2.0	61	98	0	235	33	24	5	36	1.79
19196905--19196956	19	2.9	17	75	10	50	38	11	19	30	1.87
19196928--19196972	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
19201941--19201985	23	2.0	23	86	4	65	40	4	15	40	1.67
19201953--19201995	22	1.9	23	85	4	61	37	4	11	46	1.61
19204385--19204444	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
19208641--19208798	56	2.8	56	86	0	217	31	8	15	44	1.77
19210312--19210388	9	8.7	9	75	14	63	62	2	0	35	1.09
19214806--19215053	44	5.6	44	75	7	200	27	19	18	33	1.96
19218602--19218662	26	2.3	26	83	5	70	36	22	26	14	1.93
19224280--19224317	20	2.0	20	85	15	53	55	10	2	31	1.48
19228372--19228396	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19229995--19230140	41	3.6	41	90	0	238	31	30	21	16	1.95
19230321--19230358	18	2.1	18	95	0	67	36	13	15	34	1.87
19230274--19230397	65	1.9	67	83	3	162	37	16	8	37	1.80
19230245--19230564	114	3.0	106	87	7	420	37	15	7	39	1.76
19230339--19230586	47	5.1	47	73	6	235	39	14	6	39	1.73
19230339--19230779	100	4.6	100	76	16	472	39	14	6	39	1.72
19230578--19230613	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19230655--19230762	47	2.3	47	82	3	137	38	18	5	37	1.74
19236431--19236484	18	3.1	17	78	19	58	57	5	0	37	1.22
19236461--19236499	16	2.4	17	91	4	62	71	2	0	25	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19236794--19236834	17	2.4	19	76	23	54	36	0	0	63	0.95
19239942--19240265	173	1.9	173	81	5	395	27	21	21	29	1.99
19239929--19240458	44	12.2	44	70	9	253	26	23	20	30	1.98
19240446--19241472	129	8.0	129	92	0	1664	25	24	19	31	1.98
19240446--19241472	386	2.7	386	92	0	1698	25	24	19	31	1.98
19240446--19241472	257	4.0	257	92	0	1667	25	24	19	31	1.98
19243687--19243720	6	5.7	6	89	0	50	14	5	11	67	1.39
19248242--19248359	49	2.4	47	77	5	128	52	5	6	35	1.50
19248240--19248404	24	7.0	23	69	13	77	50	4	7	36	1.53
19249983--19250019	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
19252815--19252887	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
19253109--19253136	9	3.1	9	100	0	56	42	14	10	32	1.80
19254339--19254442	49	2.1	49	94	0	181	50	10	7	31	1.65
19256792--19256822	16	1.9	16	100	0	62	70	0	0	29	0.87
19258349--19258503	78	2.0	78	83	0	193	29	16	21	32	1.95
19270171--19271195	132	7.8	132	90	2	1397	29	24	18	27	1.98
19270292--19270474	44	4.2	44	66	20	103	30	23	20	25	1.98
19270337--19270681	44	7.8	44	69	7	200	29	24	17	27	1.98
19270312--19270825	44	11.7	44	65	14	146	29	24	18	27	1.98
19273369--19273421	17	3.1	17	75	20	56	1	7	9	81	0.96
19273377--19273436	24	2.5	24	78	7	59	5	6	6	81	0.98
19273412--19273494	26	3.2	27	79	5	82	10	3	10	74	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281830--19281860	12	2.6	12	94	0	53	25	29	38	6	1.81
19296644--19296738	25	3.8	25	69	15	70	29	23	21	26	1.99
19301081--19301172	48	1.9	48	84	0	121	20	18	23	36	1.94
19328438--19328654	30	7.2	30	72	10	140	38	13	23	23	1.91
19328438--19328593	60	2.6	60	82	2	170	38	13	23	24	1.91
19328438--19328740	90	3.4	90	83	5	339	38	14	24	23	1.91
19328487--19328683	60	3.3	59	83	2	223	40	13	23	23	1.89
19328574--19328713	30	4.7	30	75	10	142	41	13	23	21	1.89
19328512--19328756	30	8.2	30	71	7	122	38	14	23	23	1.91
19338631--19338664	18	1.9	17	88	5	50	20	0	8	70	1.13
19344357--19344604	50	4.8	51	84	5	286	27	21	28	23	1.99
19346787--19346922	23	6.0	23	79	5	123	19	17	17	45	1.86
19346737--19346926	68	2.8	69	79	2	197	18	16	18	45	1.85
19346742--19346922	91	2.0	91	81	4	213	18	16	19	45	1.86
19354935--19355031	35	2.8	35	93	0	167	13	17	29	39	1.88
19359947--19359980	14	2.6	13	90	9	52	29	0	2	67	1.05
19362586--19362642	10	5.6	10	78	17	55	31	1	5	61	1.28
19367989--19368111	22	5.6	22	89	0	174	26	26	14	32	1.95
19370102--19370169	29	2.5	26	75	15	73	41	1	1	55	1.18
19370112--19370173	17	4.0	17	68	21	55	43	1	1	53	1.20
19370860--19370915	25	2.2	24	79	17	69	33	1	1	62	1.16
19373972--19374179	107	1.9	107	98	0	398	49	12	11	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19374891--19375124	40	5.8	40	76	2	200	23	31	14	31	1.94
19374889--19375117	80	2.9	80	78	1	235	23	31	13	31	1.94
19377783--19377829	23	2.1	22	84	11	60	57	6	6	29	1.49
19379623--19379993	44	8.7	42	72	9	250	29	19	19	32	1.96
19379623--19380002	85	4.4	85	72	11	260	28	19	18	32	1.96
19379623--19380003	129	3.0	129	92	0	629	29	19	18	32	1.96
19382033--19382062	14	2.1	14	100	0	60	13	60	13	13	1.60
19392296--19392321	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
19392391--19392437	23	2.1	22	84	11	60	57	6	6	29	1.49
19398978--19399075	40	2.5	40	84	0	124	23	28	17	30	1.97
19411164--19411213	26	2.0	25	85	11	68	62	8	4	26	1.41
19413123--19413406	44	6.3	44	73	10	171	27	23	18	31	1.97
19413394--19413420	14	1.9	14	100	0	54	33	44	0	22	1.53
19420597--19420664	30	2.2	31	84	2	84	27	17	5	48	1.70
19422465--19422496	6	5.3	6	100	0	64	18	0	0	81	0.70
19425488--19425520	14	2.4	14	90	10	50	30	0	0	69	0.88
19428458--19428495	17	2.2	17	90	0	58	5	18	0	76	0.97
19437872--19437946	36	2.1	36	94	0	132	28	14	12	45	1.80
19440739--19440916	27	6.4	27	71	7	97	26	26	19	26	1.99
19440680--19440930	111	2.3	111	90	0	385	25	26	19	28	1.99
19440902--19440976	28	2.7	28	91	0	123	22	22	18	36	1.95
19440963--19441119	29	5.6	29	68	13	94	26	23	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19441044--19441171	57	2.2	57	83	6	152	28	23	17	31	1.97
19441291--19441447	53	3.1	53	76	9	180	24	19	14	40	1.89
19443181--19443209	3	9.7	3	100	0	58	0	65	0	34	0.93
19444146--19444330	51	3.7	50	79	6	212	28	28	18	24	1.98
19444144--19444328	101	1.8	101	91	3	309	29	27	18	24	1.98
19452641--19452831	59	3.2	59	73	11	215	41	0	3	53	1.22
19452741--19452786	18	2.6	18	86	6	58	43	0	2	54	1.12
19452636--19452890	122	2.1	121	94	2	440	42	1	4	52	1.29
19452803--19452854	22	2.4	21	79	17	54	38	0	5	55	1.24
19453123--19453155	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
19464523--19464574	26	2.0	26	100	0	104	57	7	0	34	1.27
19464622--19464715	27	3.5	27	89	2	136	26	28	27	17	1.97
19464957--19464991	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
19465180--19465216	12	3.1	12	92	0	56	21	0	16	62	1.33
19466761--19467193	159	2.7	161	72	14	374	30	12	7	49	1.69
19468025--19468216	35	5.3	35	72	20	128	0	32	0	67	0.91
19468048--19468187	38	3.3	43	76	18	159	0	30	0	69	0.89
19468059--19468235	4	43.8	4	75	17	104	0	32	0	67	0.91
19468047--19468246	74	2.7	73	78	17	182	0	34	0	66	0.92
19468018--19468230	82	2.7	79	83	14	253	0	32	0	67	0.91
19468025--19468246	115	1.9	116	82	13	280	0	33	0	66	0.92
19468386--19468456	26	2.7	26	95	2	124	47	0	9	42	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19468641--19468692	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
19469147--19469204	22	2.7	21	79	10	71	44	18	1	34	1.60
19474291--19474346	22	2.5	22	83	8	78	46	17	3	32	1.66
19482360--19482411	18	2.8	19	74	11	54	51	0	0	48	1.00
19484593--19484800	91	2.3	91	89	2	310	46	3	3	46	1.39
19484627--19484768	47	3.1	45	67	19	114	44	2	3	49	1.34
19484827--19485135	59	5.2	58	65	20	170	42	2	4	50	1.36
19484816--19485228	120	3.4	120	96	1	731	43	1	5	49	1.36
19484941--19484992	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
19485061--19485112	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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