genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28050106--28050175	23	2.8	26	79	12	85	31	18	27	22	1.97
28062314--28062744	215	2.0	215	96	0	792	29	23	18	29	1.98
28077309--28077520	106	2.0	106	99	0	415	37	18	13	29	1.90
28079426--28079560	69	1.9	71	86	3	193	23	20	25	30	1.99
28079539--28079690	33	4.4	33	77	12	169	20	20	27	31	1.97
28079497--28079690	107	1.8	108	93	1	336	21	19	27	31	1.97
28086308--28086360	27	2.0	27	92	0	88	18	24	30	26	1.98
28086339--28086582	33	6.9	33	71	15	148	22	20	26	31	1.98
28086339--28086578	108	2.2	108	91	1	383	21	20	26	31	1.98
28086625--28086659	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
28094373--28094434	22	2.8	22	78	7	63	64	4	6	24	1.37
28094812--28094840	15	1.9	15	100	0	58	41	20	13	24	1.89
28094857--28094908	20	2.5	20	76	14	52	36	0	0	63	0.95
28094871--28094914	19	2.2	20	84	11	56	31	0	0	68	0.90
28115247--28115386	61	2.3	61	78	2	147	42	14	6	37	1.71
28117690--28117742	26	2.0	26	100	0	106	30	22	7	39	1.82
28118955--28119048	45	2.1	45	89	0	143	31	25	17	25	1.97
28119054--28119240	51	3.7	51	77	8	202	29	26	17	26	1.98
28119052--28119236	101	1.8	102	89	5	295	30	25	17	25	1.98
28123424--28123458	18	1.9	18	88	11	54	22	0	14	62	1.31
28128201--28128238	9	4.4	9	80	12	53	76	13	0	10	1.02
28128203--28128238	16	2.2	16	95	0	63	75	13	0	11	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28129109--28129197	46	2.0	45	84	2	115	42	19	21	16	1.89
28130502--28130838	45	7.5	45	90	0	512	29	15	24	30	1.95
28131263--28131297	18	1.9	18	88	11	54	22	0	14	62	1.31
28133028--28133120	29	3.2	29	75	3	98	20	19	24	35	1.96
28136576--28136615	14	2.8	14	92	3	62	30	0	47	22	1.52
28136579--28136615	7	5.1	7	90	3	56	29	0	45	24	1.53
28147013--28147041	7	4.1	7	100	0	58	27	0	44	27	1.54
28150937--28151065	68	1.9	69	90	1	206	50	4	3	41	1.39
28160486--28160541	21	2.6	22	78	13	71	44	25	16	14	1.84
28160873--28160922	25	2.0	25	84	11	66	36	22	0	42	1.54
28161255--28161288	11	3.0	11	91	4	50	0	26	0	73	0.83
28168900--28168953	17	3.5	17	74	25	66	38	7	0	53	1.29
28168918--28168947	12	2.5	12	100	0	60	40	6	0	53	1.27
28181934--28181968	17	2.1	17	100	0	70	51	17	0	31	1.45
28182516--28182552	16	2.3	16	90	0	56	13	24	2	59	1.47
28184563--28184591	11	2.7	11	94	5	51	13	6	27	51	1.66
28191103--28191135	17	1.9	17	93	0	57	45	18	6	30	1.73
28191551--28191593	22	2.0	22	85	0	59	11	13	25	48	1.77
28191683--28191851	43	4.0	42	87	6	234	31	21	21	26	1.98
28191683--28191848	87	1.9	86	89	6	255	31	21	21	25	1.98
28192272--28192311	12	3.3	12	92	0	53	2	37	17	42	1.63
28192296--28192364	21	3.3	21	83	0	84	1	40	21	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28195019--28195268	9	28.0	9	72	10	140	36	4	14	46	1.63
28195081--28195274	27	6.9	27	79	14	212	37	2	11	47	1.54
28195392--28195451	17	3.6	16	71	15	50	33	3	13	50	1.58
28195387--28195663	9	30.9	9	72	13	153	34	3	12	49	1.59
28195392--28195663	27	9.8	27	76	14	214	34	4	12	48	1.59
28196288--28196324	13	2.9	13	88	4	58	37	5	2	54	1.38
28199287--28199364	39	2.0	38	82	7	95	34	21	16	26	1.95
28199162--28199456	115	2.6	114	80	4	299	27	22	19	30	1.98
28201315--28201363	25	2.0	25	91	0	80	40	2	30	26	1.67
28202476--28202505	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
28203056--28203103	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
28203288--28203334	24	1.9	25	83	12	62	38	17	10	34	1.84
28214254--28214296	18	2.3	19	84	8	61	44	2	0	53	1.13
28225438--28225472	6	5.5	6	87	12	52	14	17	0	68	1.21
28226361--28226423	30	2.1	30	93	0	108	55	15	3	25	1.55
28226457--28226483	14	1.9	14	100	0	54	51	14	11	22	1.73
28232072--28232162	37	2.5	37	90	0	137	34	21	17	26	1.96
28232098--28232287	104	1.8	105	90	1	310	31	20	19	29	1.97
28232968--28233002	18	2.1	17	89	10	54	77	0	22	0	0.78
28237661--28237733	24	3.1	23	75	7	74	35	19	26	19	1.95
28237798--28237855	26	2.2	26	93	0	98	36	24	24	15	1.94
28239490--28239528	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28244378--28244404	12	2.2	12	100	0	54	29	7	22	40	1.81
28258524--28258562	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
28259565--28259639	16	5.2	15	68	23	54	38	0	24	37	1.55
28268610--28268659	25	1.9	27	84	15	70	50	0	2	48	1.12
28268626--28268675	21	2.3	22	82	6	66	46	0	0	54	1.00
28268640--28268687	8	6.4	8	86	13	75	39	0	0	60	0.97
28270721--28271968	70	17.6	70	78	3	719	34	23	17	24	1.96
28270869--28271400	284	1.9	284	82	2	674	34	22	17	25	1.96
28272037--28272215	58	3.1	58	70	9	166	37	18	9	34	1.84
28272370--28272427	27	2.1	27	90	0	89	24	22	24	29	1.99
28272386--28272441	27	2.1	27	82	0	67	26	23	26	23	2.00
28272373--28272702	110	3.0	110	90	0	516	25	21	21	30	1.98
28282354--28282410	24	2.4	24	80	8	71	40	3	5	50	1.42
28287922--28288016	40	2.4	40	87	0	127	40	21	15	23	1.91
28288103--28288292	41	4.6	41	84	1	211	22	18	27	31	1.97
28292011--28292041	16	1.9	16	93	0	53	35	12	9	41	1.76
28293213--28293482	43	6.3	43	91	0	416	18	19	32	28	1.96
28293213--28293482	128	2.1	129	90	2	436	18	19	32	28	1.96
28296083--28296359	130	2.2	130	87	2	398	15	13	15	55	1.69
28296656--28296752	30	3.2	30	86	2	140	25	6	34	34	1.81
28298155--28298213	30	2.0	30	89	0	91	30	23	27	18	1.98
28298321--28298371	26	2.0	26	92	0	84	39	25	21	13	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28298580--28298734	27	5.7	27	90	1	240	24	16	20	38	1.92
28299625--28299681	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
28299738--28299776	2	19.5	2	89	0	60	48	0	2	48	1.15
28300531--28300556	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
28301529--28301636	45	2.4	45	83	6	146	29	24	13	32	1.94
28307872--28308035	69	2.3	69	91	6	256	46	2	14	36	1.57
28307917--28308057	69	2.0	69	83	5	178	47	3	14	34	1.62
28309987--28310037	16	3.2	16	86	2	68	29	11	5	52	1.61
28313138--28313184	16	2.9	17	75	12	53	46	17	6	29	1.72
28313137--28313191	16	3.4	16	71	16	51	43	20	7	29	1.78
28319886--28320301	4	105.0	4	91	1	660	26	0	23	49	1.56
28329347--28329375	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
28331173--28331205	9	3.8	9	88	4	50	90	0	9	0	0.44
28337430--28337454	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
28343720--28343757	20	1.9	20	88	0	58	26	21	18	34	1.96
28343750--28343813	20	3.2	20	71	10	58	26	21	20	31	1.98
28347627--28347675	22	2.3	22	79	13	57	73	4	14	8	1.21
28347631--28347674	21	2.1	21	83	8	54	72	4	13	9	1.24
28352819--28352875	30	1.9	30	85	0	78	33	40	15	10	1.82
28366159--28366198	13	3.0	13	85	7	53	75	7	2	15	1.14
28366164--28366201	14	2.8	13	88	7	58	78	7	0	13	0.94
28368180--28368547	102	3.6	102	91	0	619	17	20	30	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28374108--28374220	50	2.2	50	85	1	154	38	6	30	25	1.80
28380261--28380303	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
28385482--28385526	19	2.2	21	88	7	67	8	26	13	51	1.70
28387740--28387780	21	2.0	20	90	4	64	65	0	4	29	1.13
28387854--28387888	11	3.2	11	95	0	61	54	0	14	31	1.40
28387854--28387894	11	3.8	11	93	3	57	58	0	12	29	1.34
28387872--28387923	27	1.9	28	92	7	90	65	0	3	30	1.10
28389419--28389476	10	6.0	10	84	10	68	34	0	0	65	0.93
28389420--28389523	28	3.4	28	70	26	86	37	0	0	61	1.03
28389420--28389523	9	11.3	9	72	18	72	37	0	0	61	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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