genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 ID=Chr08-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57128820

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  52  of  190  ( 22705 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14777818--14777878	20	3.2	20	65	21	58	49	6	3	40	1.45
14777869--14778054	30	6.1	30	73	10	162	43	11	2	43	1.52
14777808--14777900	37	2.5	37	98	0	177	49	7	3	39	1.47
14777832--14778073	94	2.6	92	84	5	295	45	10	2	41	1.52
14777832--14778142	154	2.0	157	86	5	441	45	10	2	41	1.54
14778127--14778462	9	39.8	9	64	20	129	45	18	3	32	1.66
14778167--14778380	25	8.5	25	72	14	131	44	20	2	32	1.66
14778290--14778370	16	4.9	16	76	14	76	49	22	1	27	1.57
14778299--14778519	41	5.4	41	74	8	182	48	17	4	29	1.65
14778340--14778395	25	2.2	25	90	0	85	48	19	3	28	1.66
14778372--14778411	16	2.5	16	91	0	62	55	17	0	27	1.43
14778388--14778461	25	3.0	24	78	7	85	44	18	5	31	1.73
14778438--14778480	16	2.7	16	89	7	61	55	11	0	32	1.36
14778270--14778477	66	3.2	66	84	4	258	47	18	3	30	1.65
14778302--14778558	82	3.1	82	82	5	270	49	16	3	29	1.64
14778490--14778544	25	2.2	25	96	0	101	47	14	3	34	1.62
14778505--14778616	9	13.3	9	67	14	60	44	17	3	33	1.66
14778341--14778611	149	1.8	149	89	0	425	47	16	4	30	1.68
14778551--14778623	25	2.9	25	86	8	103	41	19	4	35	1.70
14782234--14782503	43	6.3	43	80	3	301	26	18	29	25	1.98
14782234--14782503	129	2.1	129	83	4	339	26	18	29	25	1.98
14782234--14782503	86	3.1	86	84	3	346	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14784453--14784690	32	7.5	32	75	2	201	34	20	22	22	1.97
14784859--14784933	24	3.1	24	71	17	66	50	20	6	22	1.71
14784962--14785468	27	18.9	27	78	4	323	24	20	19	35	1.95
14784976--14785273	163	1.8	163	88	1	463	26	20	18	34	1.96
14784961--14785429	54	8.7	54	82	3	414	24	20	18	35	1.95
14785314--14785498	54	3.4	54	80	5	164	20	20	21	38	1.94
14787589--14787659	30	2.4	30	90	4	108	52	4	0	43	1.20
14796263--14796299	11	3.2	12	81	18	51	0	27	0	72	0.84
14796257--14796307	23	2.3	22	79	3	57	7	25	0	66	1.18
14809226--14809262	14	2.6	14	95	0	65	24	0	5	70	1.08
14810380--14810419	9	4.6	9	87	6	55	70	0	2	27	1.01
14818041--14818080	20	2.0	20	100	0	80	20	20	10	50	1.76
14831814--14831970	43	3.7	43	79	12	164	24	17	25	31	1.97
14839066--14839141	10	7.5	10	74	11	66	77	0	21	1	0.84
14839064--14839143	15	5.4	14	73	18	72	78	0	20	1	0.81
14839064--14839141	21	3.9	20	80	11	88	78	0	20	1	0.83
14839064--14839143	29	2.7	29	75	21	85	78	0	20	1	0.81
14839065--14839142	36	2.2	36	81	4	95	78	0	20	1	0.83
14843700--14843737	19	2.0	19	94	0	67	63	2	10	23	1.39
14849469--14850022	34	17.5	34	72	17	201	31	1	19	46	1.61
14849436--14849608	68	2.5	68	77	9	197	31	2	18	47	1.63
14849421--14850010	25	23.5	26	67	20	205	32	2	19	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14849871--14849947	8	10.5	8	74	19	53	32	0	10	57	1.33
14849893--14850013	31	3.8	32	82	9	149	33	0	15	50	1.45
14849432--14850010	9	68.0	9	69	17	287	31	2	19	46	1.61
14849989--14850039	21	2.4	21	87	6	59	35	3	17	43	1.68
14850130--14850157	13	2.2	13	100	0	56	46	7	7	39	1.59
14850051--14850164	45	2.5	45	97	0	210	50	7	4	38	1.50
14850053--14850222	17	10.2	17	68	22	112	50	6	4	38	1.49
14850454--14850493	21	1.9	21	94	0	71	20	15	25	40	1.90
14851146--14851193	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
14851340--14851365	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
14851354--14851443	40	2.2	40	86	5	119	30	20	26	23	1.98
14851372--14851485	40	2.9	40	86	2	151	34	21	23	20	1.97
14851537--14851742	82	2.5	83	86	1	297	19	20	29	29	1.98
14851537--14851742	41	5.0	41	84	6	263	19	20	29	29	1.98
14851967--14852150	14	12.9	14	73	12	115	19	1	32	46	1.57
14852033--14852150	21	5.5	21	77	4	92	18	0	34	46	1.49
14852025--14852092	7	9.6	7	85	3	91	17	0	30	51	1.46
14851967--14852151	7	25.9	7	70	10	70	19	1	32	46	1.57
14852427--14852454	14	2.0	14	100	0	56	28	0	42	28	1.56
14855265--14855303	16	2.3	18	86	8	55	25	0	2	71	0.98
14856649--14856685	12	3.2	12	77	14	51	43	0	5	51	1.24
14857826--14858183	43	8.3	43	86	2	405	21	16	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14857826--14858183	86	4.2	86	85	2	459	21	16	33	28	1.95
14859732--14859893	81	2.0	83	84	9	217	41	26	3	28	1.73
14859970--14860002	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
14860061--14860092	14	2.3	14	94	0	55	46	21	0	31	1.52
14860369--14860406	20	1.9	20	88	0	58	63	5	5	26	1.37
14862594--14862658	32	2.0	32	100	0	130	27	12	12	47	1.77
14865890--14865940	20	2.7	17	82	17	57	29	0	0	70	0.87
14868323--14868351	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14877306--14877402	27	3.5	27	91	5	151	40	12	0	47	1.41
14877473--14877548	27	2.8	27	83	0	98	26	27	28	17	1.97
14877689--14877727	19	2.0	21	85	10	55	25	0	7	66	1.18
14877773--14877810	3	12.3	3	88	5	58	31	0	5	63	1.17
14877809--14877849	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
14877847--14877883	19	1.9	19	88	0	56	24	2	10	62	1.41
14882983--14883020	19	2.0	19	85	10	51	60	7	0	31	1.25
14883056--14883158	18	5.3	18	68	25	59	0	31	0	68	0.89
14883042--14883128	44	2.0	44	86	8	124	0	34	0	65	0.93
14883032--14883139	39	3.1	33	78	19	105	0	31	0	68	0.90
14883191--14883257	27	2.5	27	92	0	107	16	26	28	28	1.97
14883207--14883266	27	2.2	27	78	0	66	18	28	25	28	1.98
14883334--14883431	28	3.5	28	90	6	155	46	0	12	40	1.41
14883318--14883447	55	2.3	56	73	6	147	39	0	10	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14883795--14883827	13	2.3	15	90	10	52	30	0	12	57	1.35
14887656--14887823	50	3.3	50	83	0	210	21	32	21	24	1.98
14898090--14898114	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37
14905260--14905400	45	3.2	43	68	11	115	29	21	24	24	1.99
14905227--14905398	88	2.0	88	86	4	240	26	23	26	24	2.00
14905967--14906075	44	2.5	44	82	8	141	28	18	21	32	1.96
14909736--14909772	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
14909812--14909859	15	2.9	16	77	17	53	56	2	0	41	1.11
14911313--14911375	30	2.1	30	82	5	74	47	6	1	44	1.38
14914467--14914507	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
14915438--14915663	113	2.0	113	99	0	443	38	22	14	24	1.91
14916806--14916886	40	2.0	40	92	0	135	37	18	29	14	1.91
14921345--14921384	21	2.0	20	95	5	71	32	2	0	65	1.06
14921446--14921516	16	4.2	16	67	19	54	47	1	2	47	1.25
14921367--14921497	61	2.2	60	82	12	153	41	2	3	52	1.32
14921416--14921509	26	3.7	26	72	16	81	43	2	2	52	1.25
14921400--14921516	24	4.8	24	70	13	78	45	1	3	49	1.29
14921705--14921744	16	2.5	16	87	0	53	25	27	5	42	1.75
14927207--14927448	50	4.7	50	79	4	218	22	28	22	26	1.99
14934663--14934699	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14936038--14936227	50	3.7	50	83	4	191	23	28	20	27	1.99
14945930--14945978	16	2.9	17	93	6	91	40	6	28	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948071--14948842	385	2.0	384	94	0	1364	30	15	25	28	1.96
14949891--14949926	17	2.1	17	100	0	72	50	5	22	22	1.70
14951921--14951996	23	3.3	23	90	0	125	30	25	21	23	1.99
14952214--14952252	18	2.2	17	86	13	53	48	20	0	30	1.50
14953486--14953512	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
14953430--14953491	30	2.2	30	88	8	94	64	0	1	33	1.03
14963262--14963336	31	2.4	31	93	0	123	21	14	12	52	1.74
14966704--14966734	16	1.9	16	93	0	53	54	0	22	22	1.44
14973373--14973398	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
14983897--14983934	9	4.2	9	96	0	67	18	44	0	36	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190