genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   

This is table  17  of  93  ( 11113 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7749246--7749271	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
7752081--7752109	2	14.5	2	100	0	58	48	51	0	0	1.00
7755228--7755260	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
7755582--7755616	11	3.1	11	91	4	52	34	0	2	62	1.10
7775908--7776006	2	50.0	2	88	6	148	45	0	2	51	1.12
7778559--7778690	66	2.0	66	89	2	203	35	15	12	36	1.85
7787399--7787434	18	1.9	19	88	5	56	25	13	22	38	1.91
7797465--7797504	21	1.9	21	85	10	55	52	2	7	37	1.43
7799662--7800319	344	1.9	335	81	9	789	24	12	21	42	1.87
7804111--7804151	16	2.6	16	96	0	73	53	17	0	29	1.44
7805005--7805095	2	45.5	2	82	8	105	48	3	2	45	1.31
7804989--7805091	53	2.0	52	98	0	188	46	5	4	41	1.49
7814823--7814849	8	3.4	8	100	0	54	85	0	0	14	0.61
7819462--7819501	21	1.9	21	84	0	53	40	12	10	37	1.77
7820712--7821193	243	2.0	244	91	1	788	33	10	20	34	1.87
7821246--7821287	21	2.0	21	86	9	59	0	0	73	26	0.83
7829789--7829853	23	2.8	23	84	6	87	30	12	15	41	1.84
7834349--7834402	23	2.3	23	81	6	65	44	11	9	35	1.72
7839581--7839631	25	2.0	25	100	0	102	60	3	3	31	1.33
7843015--7843068	24	2.2	25	93	3	92	37	9	16	37	1.81
7842998--7843123	25	4.8	26	75	8	78	35	7	15	40	1.77
7849522--7849570	25	2.0	25	84	8	64	4	24	0	71	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7852212--7852278	29	2.3	29	89	2	100	44	8	16	29	1.78
7852398--7852427	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
7855554--7855605	2	26.5	2	84	11	72	48	0	3	48	1.20
7855719--7855848	29	4.6	28	81	7	147	16	14	21	46	1.83
7855719--7855856	57	2.4	57	84	3	172	17	15	20	47	1.83
7862033--7862081	21	2.4	21	86	10	66	26	10	10	53	1.66
7864042--7864158	27	4.4	27	74	6	96	38	5	14	41	1.68
7864025--7864139	51	2.2	51	81	7	124	37	6	14	40	1.73
7868259--7868301	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
7878067--7878125	29	2.1	28	81	15	68	37	0	0	62	0.95
7878821--7878900	31	2.9	26	76	16	79	65	3	2	28	1.23
7878842--7878900	31	1.9	31	85	0	82	62	5	1	30	1.26
7880219--7880280	21	3.0	21	83	4	90	54	12	1	30	1.48
7880694--7880734	17	2.4	17	91	0	64	73	0	4	21	1.02
7884090--7884121	15	2.2	15	94	5	57	46	0	0	53	1.00
7891561--7891930	185	2.0	183	86	6	516	27	23	17	31	1.97
7892198--7892243	14	3.5	13	75	19	51	60	0	0	39	0.97
7892186--7892239	18	3.1	19	79	12	62	64	0	0	35	0.94
7899556--7899664	37	2.9	37	97	0	200	41	6	9	43	1.62
7900103--7900144	18	2.3	18	87	0	57	28	16	26	28	1.97
7900279--7900334	21	2.7	21	74	0	58	30	28	19	21	1.98
7901126--7901207	42	2.0	42	85	0	110	31	12	10	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7902597--7902676	37	2.1	38	90	2	126	41	7	8	42	1.64
7902978--7903041	22	2.8	23	83	4	94	39	14	3	43	1.61
7906120--7906165	2	24.5	2	87	12	71	52	0	47	0	1.00
7916591--7916642	27	1.9	27	100	0	104	26	13	34	25	1.93
7922590--7922614	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7925559--7925613	27	2.0	28	89	3	85	36	30	3	29	1.75
7925745--7925775	2	15.5	2	93	0	53	48	0	51	0	1.00
7942692--7942730	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
7945991--7946210	84	2.6	84	89	4	345	28	17	24	29	1.97
7948422--7948515	35	2.6	35	80	8	91	59	13	12	13	1.61
7956750--7956782	16	2.0	17	94	5	59	69	0	30	0	0.88
7956829--7956865	6	6.5	6	87	12	60	70	0	29	0	0.88
7956887--7956935	20	2.5	19	87	9	64	67	0	32	0	0.91
7957581--7957825	61	4.0	61	84	3	316	30	17	28	23	1.97
7957600--7957825	121	1.9	120	86	4	328	28	17	29	24	1.97
7958521--7958551	16	1.9	16	100	0	62	16	0	0	83	0.64
7960647--7960693	20	2.3	20	100	0	94	19	10	8	61	1.53
7969461--7969529	10	6.5	10	74	11	57	0	23	0	76	0.78
7969463--7969531	4	18.0	4	77	16	67	0	23	0	76	0.78
7969463--7969529	19	3.5	19	82	9	75	0	22	0	77	0.77
7969549--7969582	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
7969549--7969622	21	3.5	21	76	10	71	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7969556--7969589	17	2.0	17	88	0	50	0	29	0	70	0.87
7969483--7969631	26	5.7	25	71	12	88	0	36	1	61	1.09
7969572--7969633	21	3.0	21	80	15	76	0	38	0	61	0.96
7996096--7996144	25	2.1	22	85	11	62	36	0	0	63	0.95
7996209--7996257	10	5.1	9	80	9	53	48	0	2	48	1.12
7996209--7996249	19	2.2	19	86	0	55	53	0	0	46	1.00
7997255--7997326	22	3.2	22	72	16	58	33	0	5	61	1.19
7998440--7998469	11	2.6	12	94	5	53	53	0	3	43	1.17
7998536--7998582	20	2.3	20	85	7	60	44	0	2	53	1.12
7998536--7998584	19	2.5	20	80	10	55	44	0	2	53	1.12
8006874--8006904	6	5.2	6	92	0	53	29	35	3	32	1.73
8007856--8007890	17	2.0	18	88	5	54	57	2	14	25	1.51
8008576--8008698	61	2.0	61	85	3	167	25	29	14	30	1.95
8008920--8008953	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
8017843--8017881	21	1.9	20	85	15	53	61	10	0	28	1.28
8020897--8020928	6	5.3	6	96	0	55	50	37	0	12	1.41
8023508--8023553	23	2.0	23	83	8	58	41	4	17	36	1.69
8047413--8047477	29	2.2	29	83	0	76	32	6	3	58	1.38
8047803--8047857	29	1.9	29	88	3	85	54	7	10	27	1.61
8050097--8050187	34	2.7	33	90	6	139	35	12	24	28	1.91
8058203--8058247	21	2.1	21	87	0	63	51	0	0	48	1.00
8058173--8058230	31	1.9	30	86	10	82	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8059232--8059312	24	3.4	24	75	3	92	24	13	32	29	1.94
8059232--8059474	47	5.2	47	83	3	247	26	17	29	25	1.98
8059325--8059405	24	3.4	24	70	3	83	24	18	28	28	1.98
8059302--8059383	23	3.5	23	71	3	83	26	15	30	26	1.96
8059300--8059505	94	2.2	94	83	1	234	26	19	27	26	1.99
8060165--8060392	31	7.4	31	88	1	323	25	15	19	39	1.91
8060368--8060412	21	2.1	21	95	0	81	20	11	26	42	1.85
8060337--8060440	52	2.0	52	86	3	147	24	14	22	39	1.91
8060389--8060450	31	2.0	31	87	0	88	24	17	17	40	1.91
8061865--8062126	145	1.8	145	83	1	355	30	18	18	32	1.95
8061864--8062193	145	2.3	143	79	8	339	30	18	17	32	1.95
8064261--8064678	117	3.6	117	86	1	552	29	29	18	21	1.97
8064930--8064954	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8068486--8068655	31	5.5	31	82	1	225	39	18	15	26	1.90
8068486--8068657	61	2.8	62	82	1	211	39	19	15	26	1.90
8069002--8069124	63	2.0	63	88	0	183	32	13	32	21	1.92
8069444--8069499	29	1.9	29	82	7	69	50	7	19	23	1.72
8069934--8070042	35	3.1	35	78	5	112	22	16	12	47	1.81
8070898--8070955	8	6.9	8	81	11	71	81	1	17	0	0.78
8070897--8070954	17	3.4	16	83	9	71	81	1	17	0	0.78
8070898--8070955	26	2.3	25	90	3	89	81	1	17	0	0.78
8071016--8071054	19	2.1	19	85	0	51	74	0	23	2	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8071073--8071138	25	2.7	23	80	15	62	72	0	22	4	1.02
8071072--8071152	35	2.3	35	78	6	83	71	0	22	6	1.08
8071943--8071984	18	2.2	20	87	8	61	23	9	21	45	1.81
8071899--8072022	60	2.1	60	85	0	167	31	10	18	39	1.85
8072142--8072277	22	6.1	22	74	5	85	22	8	25	43	1.82
8082035--8082074	17	2.4	17	87	4	55	30	2	0	67	1.04
8082012--8082128	56	2.1	57	87	3	166	34	10	4	51	1.55
8082014--8082131	55	2.1	56	85	4	159	35	10	4	50	1.56
8082368--8082402	8	4.4	8	88	0	52	65	0	0	34	0.93
8085101--8085213	56	2.0	55	86	1	154	57	4	6	31	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93