genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20999765--20999851	21	4.1	21	80	2	102	27	22	13	35	1.92
21000474--21000518	20	2.3	20	78	21	51	17	0	33	48	1.48
21006822--21006898	23	3.3	23	64	25	61	41	10	12	35	1.78
21006822--21006917	48	2.0	48	100	0	192	39	12	12	35	1.81
21015813--21015882	34	2.1	34	97	0	131	27	11	20	41	1.86
21016802--21016942	74	1.9	74	82	2	176	40	13	20	25	1.89
21031100--21031125	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
21039167--21039267	42	2.3	43	88	6	143	51	0	2	44	1.23
21039305--21039396	46	2.0	46	97	2	168	55	0	4	39	1.20
21039779--21039814	18	1.9	19	88	5	56	55	5	2	36	1.38
21039351--21040055	197	3.6	191	83	5	842	52	3	3	40	1.36
21039351--21040055	392	1.8	388	86	3	1038	52	3	3	40	1.36
21041955--21042083	42	3.0	42	80	6	136	51	1	3	43	1.26
21044202--21044439	68	3.5	69	74	7	186	35	22	11	30	1.90
21045805--21045840	16	2.2	16	100	0	72	44	11	11	33	1.75
21046044--21046091	14	3.4	14	75	11	53	18	2	18	60	1.46
21046037--21046091	28	2.0	28	96	0	101	20	1	16	61	1.43
21050244--21050517	142	1.9	143	93	0	478	35	25	8	31	1.86
21051701--21051757	28	2.1	27	81	12	71	31	22	19	26	1.98
21052986--21053108	42	2.9	42	92	0	210	21	21	33	22	1.97
21053343--21053404	26	2.4	26	94	0	106	24	3	40	32	1.71
21058360--21058554	73	2.7	72	80	5	221	27	21	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21061970--21062042	32	2.3	32	78	2	85	23	10	31	34	1.89
21063342--21063382	13	3.0	14	82	13	50	51	0	0	48	1.00
21081667--21081708	20	2.2	19	86	4	57	33	28	21	16	1.95
21095424--21095542	43	2.8	43	84	0	148	19	33	21	26	1.97
21107686--21107813	63	2.0	63	90	3	204	32	13	8	46	1.73
21109030--21109071	21	1.9	23	85	9	61	69	9	2	19	1.28
21109385--21109776	197	2.0	196	95	0	703	35	16	8	38	1.79
21124061--21124093	16	2.1	16	88	11	50	30	24	0	45	1.53
21134850--21134970	47	2.6	47	94	0	206	49	10	4	34	1.59
21137978--21138024	21	2.2	20	78	10	58	14	21	6	57	1.60
21137983--21138023	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
21138267--21138324	27	2.1	28	83	6	73	25	17	20	36	1.94
21141265--21141327	25	2.5	25	86	0	90	15	20	12	50	1.77
21141330--21141359	15	2.0	15	93	0	51	0	16	0	83	0.65
21141319--21141358	20	2.0	21	90	5	64	2	15	0	82	0.77
21141560--21141606	24	1.9	25	83	12	62	36	25	10	27	1.89
21143443--21143731	136	2.1	136	83	3	350	33	9	20	36	1.85
21155188--21155230	18	2.4	18	84	0	59	46	4	32	16	1.67
21155378--21155565	92	2.0	92	92	0	313	23	7	18	49	1.74
21160055--21160103	22	2.3	21	80	16	57	34	0	0	65	0.93
21161874--21161947	27	2.7	27	78	0	85	21	50	12	16	1.77
21164097--21164333	48	5.3	48	72	16	193	23	13	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21164152--21164310	40	3.8	40	78	14	176	25	13	26	35	1.92
21164289--21164332	22	2.0	23	90	4	72	18	15	27	38	1.91
21164109--21164333	87	2.6	88	86	0	308	23	13	25	36	1.92
21164858--21164917	30	2.0	30	86	0	84	23	16	28	31	1.96
21165556--21166211	111	5.8	111	85	2	837	17	11	26	45	1.82
21165992--21166251	118	2.2	118	85	2	353	18	10	26	44	1.82
21166068--21166299	118	2.0	118	82	5	290	18	12	25	43	1.86
21171481--21171560	29	2.8	29	86	1	108	46	7	28	17	1.75
21173219--21173244	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
21183592--21183671	29	2.8	29	86	1	108	46	7	28	17	1.75
21183932--21184008	26	3.0	26	86	0	82	20	22	18	38	1.93
21183949--21184011	26	2.4	26	91	0	99	19	23	19	38	1.93
21188433--21188635	74	2.7	74	82	3	230	22	19	17	41	1.90
21189614--21189659	21	2.3	21	88	7	69	39	8	21	30	1.84
21199310--21199346	14	2.7	14	84	16	51	21	8	5	64	1.40
21204118--21204157	3	13.3	3	94	0	71	35	0	0	65	0.93
21206417--21206484	26	2.6	27	83	6	86	66	1	4	27	1.20
21206514--21206561	6	7.7	6	77	9	51	75	0	0	25	0.81
21206481--21206562	33	2.5	32	90	4	119	69	0	0	30	0.89
21206780--21206842	15	4.1	15	79	2	72	34	22	9	33	1.86
21220576--21220658	43	2.0	43	88	7	125	39	4	20	34	1.74
21220576--21220658	42	2.0	42	88	7	123	39	4	20	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21224104--21224233	50	2.6	50	77	9	149	32	20	13	34	1.90
21226588--21226632	20	2.2	21	84	4	56	22	17	20	40	1.92
21229866--21229921	21	2.7	21	85	0	76	23	21	23	32	1.98
21230389--21230431	2	22.0	2	95	4	79	51	48	0	0	1.00
21230431--21230463	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
21234916--21234943	11	2.5	11	100	0	56	53	14	0	32	1.41
21234937--21234999	22	2.9	22	97	0	117	42	25	4	26	1.75
21239655--21240356	350	2.0	350	95	0	1271	30	18	18	32	1.95
21245550--21245589	21	1.9	21	89	0	62	42	5	2	50	1.37
21256224--21256270	22	2.1	23	88	4	69	51	12	4	31	1.59
21256464--21257173	357	2.0	357	86	3	989	37	15	12	33	1.86
21270702--21270739	18	2.2	17	86	13	51	23	0	5	71	1.07
21272574--21272626	26	2.0	26	100	0	106	33	0	18	47	1.49
21272785--21272838	20	2.7	20	77	11	58	37	11	20	31	1.88
21273960--21274172	40	5.4	40	83	1	250	30	35	11	23	1.90
21273960--21274176	79	2.7	79	83	4	258	29	35	11	23	1.89
21275077--21275115	20	2.0	20	95	5	71	23	25	15	35	1.94
21276404--21276567	60	2.7	60	82	4	188	30	21	21	26	1.98
21277667--21277711	20	2.2	20	84	7	56	26	26	6	40	1.81
21283925--21284133	35	6.0	35	91	0	292	24	33	11	31	1.90
21285000--21285024	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
21292982--21293014	16	2.1	16	88	5	50	0	21	15	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21300584--21300697	52	2.3	51	86	6	144	41	6	17	35	1.74
21300723--21300903	92	2.0	92	86	2	256	30	18	16	34	1.93
21303460--21303484	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
21308767--21309045	139	2.0	138	90	2	443	35	22	18	22	1.96
21312585--21313608	517	2.0	513	91	1	1636	31	17	14	36	1.90
21314095--21314215	40	3.0	40	92	0	197	33	9	21	35	1.87
21315136--21315167	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21315410--21315435	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
21316541--21316565	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21320693--21320842	40	3.7	38	83	11	165	46	1	2	50	1.24
21320774--21320844	8	8.9	8	70	21	51	45	1	1	52	1.18
21322837--21322939	38	2.6	39	83	6	120	22	39	15	22	1.91
21335136--21335479	180	1.9	181	90	1	548	33	15	12	38	1.85
21336546--21336795	35	7.1	35	82	2	266	41	12	8	37	1.74
21336567--21336814	71	3.6	69	80	5	288	42	12	7	37	1.71
21336546--21336821	142	2.0	138	88	5	412	42	13	7	37	1.72
21339203--21339243	11	3.5	12	83	12	50	9	29	0	60	1.28
21347522--21347772	107	2.4	105	84	6	321	45	12	6	35	1.68
21347503--21347779	36	7.9	35	85	3	308	44	13	6	36	1.69
21356598--21356637	18	2.2	19	90	4	64	35	35	7	22	1.82
21357666--21357793	67	1.9	67	83	3	168	22	14	27	35	1.93
21360547--21360645	42	2.4	42	91	0	162	22	23	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21360849--21360894	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
21369042--21369173	67	2.0	67	88	5	196	24	10	27	37	1.88
21377676--21377700	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
21382839--21383094	35	7.3	35	81	5	277	44	14	6	34	1.71
21382816--21383094	142	2.0	139	85	3	380	44	13	6	35	1.71
21384176--21384218	20	2.2	20	86	0	59	48	13	18	18	1.80
21385331--21385367	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
21385380--21385442	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
21385441--21385550	43	2.6	43	89	2	159	20	38	19	22	1.94
21403344--21403381	17	2.2	17	100	0	76	26	15	28	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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