genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28499428--28499528	2	51.0	2	89	2	141	48	1	1	46	1.24
28499794--28499847	23	2.4	23	79	11	60	3	37	1	57	1.27
28507816--28507845	15	1.9	16	93	6	53	43	6	0	50	1.28
28509790--28509838	20	2.5	20	86	0	71	30	22	18	28	1.97
28510602--28510662	28	2.2	28	93	0	104	21	22	29	26	1.99
28515280--28515318	19	2.0	20	85	5	53	74	2	5	17	1.12
28516164--28516198	18	2.1	16	89	10	52	14	2	11	71	1.25
28516656--28516827	24	7.4	24	65	15	92	37	22	17	23	1.94
28516656--28516872	69	3.1	69	90	1	337	36	20	17	24	1.94
28516725--28517228	114	4.4	114	79	2	530	35	20	18	25	1.95
28516816--28516917	45	2.3	45	89	3	152	33	16	19	30	1.94
28516845--28516986	69	2.1	69	86	0	194	36	19	17	26	1.94
28516889--28517055	24	7.2	24	66	13	89	36	20	19	23	1.95
28516912--28517236	45	7.2	45	76	8	232	35	21	18	24	1.96
28516957--28517167	69	3.1	68	86	4	289	37	22	17	22	1.94
28517101--28517236	45	3.0	45	93	0	236	33	22	16	27	1.95
28517252--28517326	24	2.9	25	76	11	80	44	16	13	26	1.84
28517252--28517325	26	2.9	25	80	9	87	43	16	13	27	1.85
28517301--28517385	29	2.8	32	71	14	88	42	9	11	36	1.74
28517323--28517398	29	2.7	28	81	4	73	40	10	10	38	1.74
28528312--28528444	24	5.7	24	70	10	87	36	21	18	24	1.95
28528273--28528558	69	4.1	69	88	2	380	36	19	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28528489--28528580	45	2.0	45	91	0	148	30	17	21	30	1.96
28528597--28528644	24	1.9	26	83	8	64	45	14	14	25	1.83
28528612--28528675	32	2.1	31	85	8	87	46	14	14	25	1.81
28528564--28528688	29	4.3	30	75	17	111	40	12	14	32	1.84
28528641--28528703	29	2.2	29	82	0	72	46	11	9	33	1.72
28529867--28529944	29	2.6	29	84	8	104	28	8	14	48	1.73
28542306--28542330	6	4.2	6	100	0	50	0	16	52	32	1.44
28546659--28546722	30	2.2	29	86	8	85	50	12	7	29	1.68
28549338--28549427	29	3.2	29	73	23	102	51	0	2	46	1.13
28549393--28549479	44	2.0	43	84	6	113	47	0	4	48	1.22
28549517--28549568	27	1.9	27	88	0	77	50	1	3	44	1.31
28550619--28550655	16	2.2	17	95	4	67	59	0	5	35	1.20
28552111--28552311	109	1.9	108	83	7	264	34	9	17	38	1.83
28552027--28552311	27	10.6	27	75	8	231	33	10	18	38	1.84
28554602--28554647	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
28554607--28554647	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
28568751--28568812	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
28569047--28569169	42	2.9	42	92	0	210	22	33	21	21	1.97
28580490--28580612	32	3.8	32	76	10	122	34	26	12	26	1.92
28580475--28580613	67	2.1	67	90	0	215	33	26	11	28	1.91
28580519--28580630	35	3.3	34	73	14	106	32	25	12	29	1.93
28580489--28580630	67	2.1	67	88	2	205	33	24	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28580508--28580645	67	2.1	67	86	5	190	36	26	11	25	1.90
28590405--28590521	42	2.8	42	79	7	139	24	29	20	25	1.99
28613413--28613482	35	2.0	35	94	0	122	22	22	5	48	1.72
28613718--28613786	36	1.9	36	88	5	104	31	11	23	33	1.90
28613665--28613918	89	2.9	88	87	2	343	31	12	20	35	1.90
28615206--28615247	7	6.0	7	78	10	50	80	2	14	2	0.90
28615203--28615246	13	3.1	14	81	12	63	77	2	18	2	0.98
28615849--28616016	60	2.8	58	85	5	221	25	19	31	23	1.98
28619665--28619695	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
28623500--28623545	23	2.0	23	87	4	67	0	39	2	58	1.10
28623499--28623548	22	2.3	22	82	6	66	0	42	2	56	1.11
28651668--28651703	19	1.9	19	94	5	65	41	16	16	25	1.89
28652387--28652455	27	2.5	26	79	9	68	13	20	33	33	1.91
28652491--28652536	18	2.6	18	85	0	65	23	32	23	19	1.97
28652543--28652605	27	2.4	26	83	2	81	17	25	20	36	1.94
28652603--28652670	26	2.6	27	75	11	68	13	27	25	33	1.93
28656387--28656424	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
28664298--28664355	17	3.6	17	64	17	52	43	22	0	34	1.54
28667261--28667294	12	2.6	14	86	13	54	44	8	11	35	1.72
28668042--28668084	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28672932--28672973	21	2.0	21	95	0	75	42	16	4	35	1.69
28674001--28674248	35	7.1	35	82	2	277	35	6	12	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28674021--28674248	106	2.2	106	86	2	307	35	7	12	43	1.71
28673994--28674252	141	1.9	138	86	4	367	35	6	12	44	1.70
28674798--28674834	19	1.9	19	100	0	74	27	0	29	43	1.55
28677525--28677555	13	2.4	13	100	0	62	45	0	0	54	0.99
28686598--28686798	73	2.7	74	83	2	262	38	16	21	22	1.93
28703592--28703647	20	2.8	20	82	10	71	48	1	5	44	1.36
28704649--28704722	29	2.5	30	77	4	78	35	2	9	52	1.48
28720542--28721072	276	1.9	270	83	6	683	35	15	18	30	1.92
28723187--28723278	38	2.5	36	78	3	94	38	0	1	60	1.04
28724031--28724102	32	2.2	33	82	7	85	33	2	8	55	1.44
28724379--28724516	73	1.9	73	87	0	204	39	4	7	47	1.53
28724565--28724681	35	3.2	37	77	21	122	41	0	4	54	1.20
28727509--28727543	17	2.0	17	88	5	52	60	0	2	37	1.12
28727544--28727612	29	2.4	29	82	4	86	33	1	2	62	1.19
28727563--28727645	30	2.8	30	83	3	87	43	2	2	51	1.27
28727680--28727754	33	2.3	32	79	6	80	44	4	16	36	1.66
28727850--28727919	29	2.4	30	76	9	72	55	1	5	37	1.32
28741848--28742082	122	1.9	120	89	1	362	40	17	16	25	1.90
28747379--28747444	29	2.4	25	73	23	62	46	3	3	46	1.33
28747721--28747775	2	28.5	2	75	14	53	54	1	1	41	1.21
28748934--28748964	8	4.0	8	95	4	55	64	12	0	22	1.27
28751071--28751278	107	1.9	108	90	2	330	36	8	22	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28764502--28764527	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28768028--28768079	26	2.0	25	82	14	61	53	1	15	28	1.52
28772972--28773019	21	2.3	21	85	7	62	31	0	2	66	1.03
28773017--28773055	20	2.0	20	90	10	62	56	2	7	33	1.41
28773274--28773343	18	3.8	18	71	17	54	4	22	0	72	1.01
28774795--28774836	20	2.0	22	86	9	61	47	4	0	47	1.23
28774811--28774897	45	1.9	45	88	4	131	50	1	3	44	1.26
28774872--28774953	23	3.7	23	73	12	73	52	0	3	43	1.18
28791016--28791180	63	2.6	62	83	3	188	26	19	29	24	1.98
28791237--28791312	2	38.0	2	97	0	143	50	1	0	48	1.09
28799717--28799776	26	2.3	26	78	13	70	61	8	5	25	1.44
28799717--28799787	27	2.7	27	78	10	76	61	7	4	26	1.40
28802129--28802229	52	1.9	53	95	2	186	27	5	19	46	1.73
28804083--28804166	43	2.0	43	90	0	132	28	11	13	46	1.78
28805369--28805751	188	2.0	188	86	3	538	25	16	19	37	1.93
28806894--28806931	14	2.7	14	88	8	51	31	0	5	63	1.17
28834340--28834405	31	2.2	30	86	2	87	34	9	4	51	1.54
28834711--28834769	31	1.9	30	82	3	73	52	1	1	44	1.21
28836212--28836253	22	2.0	22	86	9	61	7	14	14	64	1.48
28843218--28844181	161	6.0	161	97	0	1808	44	17	18	19	1.87
28843218--28844181	321	3.0	321	98	0	1831	44	17	18	19	1.87
28844597--28844621	6	4.2	6	100	0	50	0	52	32	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28851200--28851233	2	17.0	2	93	0	59	50	0	47	2	1.16
28852353--28852494	74	1.9	74	88	0	212	40	4	8	46	1.54
28852585--28852634	13	4.0	13	73	17	52	46	0	0	54	1.00
28852586--28852642	8	7.5	8	70	18	50	43	0	0	56	0.99
28852576--28852659	34	2.6	34	81	10	104	45	0	1	53	1.08
28860219--28860291	36	2.0	36	100	0	146	21	31	32	13	1.93
28868969--28868999	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
28871065--28871214	76	2.0	75	86	3	212	40	14	12	32	1.84
28873751--28873810	33	1.9	32	83	10	79	46	1	3	48	1.28
28874613--28874686	30	2.5	31	82	6	89	50	6	12	31	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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