genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796270--21796329	21	2.9	21	84	0	84	20	8	23	48	1.76
21796115--21796531	201	2.0	206	85	4	567	19	12	27	40	1.87
21799479--21799538	23	2.6	23	94	0	102	33	41	1	23	1.64
21799584--21799666	43	1.9	43	85	4	114	21	27	16	33	1.95
21806524--21806580	23	2.5	23	91	0	96	38	21	12	28	1.89
21806539--21806599	23	2.7	23	81	0	59	34	27	8	29	1.86
21808117--21808179	23	2.7	23	72	0	54	28	19	17	34	1.94
21808485--21808546	26	2.4	26	83	5	72	59	9	12	17	1.59
21810863--21811076	54	4.0	54	86	1	304	21	14	40	23	1.90
21826695--21826770	38	2.0	37	94	2	134	34	17	5	42	1.71
21826759--21826804	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
21827294--21827382	25	3.4	25	85	4	115	15	22	12	49	1.78
21827439--21827481	22	2.0	22	85	0	59	11	39	11	37	1.78
21827602--21827697	34	2.8	33	80	6	111	31	28	13	27	1.94
21827761--21827808	25	1.9	25	83	8	62	22	29	6	41	1.78
21843557--21843607	21	2.7	18	80	17	50	66	3	29	0	1.09
21846179--21846278	42	2.4	42	87	0	137	19	36	19	26	1.95
21846299--21846351	28	1.9	27	100	0	97	50	13	7	26	1.67
21856735--21856828	37	2.5	37	82	0	107	23	37	13	25	1.92
21872100--21872149	26	2.0	25	88	4	73	70	6	10	14	1.33
21880631--21880655	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21885224--21885266	19	2.2	20	83	4	52	18	2	9	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21890107--21890131	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21891071--21891105	18	2.0	18	94	5	63	45	0	2	51	1.16
21897620--21897654	18	1.9	18	88	11	54	82	2	11	2	0.88
21898843--21899055	54	3.9	54	86	1	282	23	41	13	21	1.89
21898843--21899056	108	2.0	110	87	3	317	23	41	13	21	1.89
21899969--21900024	24	2.4	24	85	8	71	73	5	17	3	1.17
21901102--21901155	19	2.8	19	80	5	56	20	1	9	68	1.27
21902254--21902284	13	2.3	14	94	5	55	35	0	12	51	1.40
21903060--21903091	10	3.0	11	90	9	57	43	18	9	28	1.81
21903093--21903142	18	2.8	19	84	6	61	26	10	20	44	1.82
21903390--21903447	9	6.4	9	87	0	89	27	8	20	43	1.81
21903390--21903447	27	2.1	27	96	0	107	27	8	20	43	1.81
21906248--21906272	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21911622--21911800	43	4.2	43	88	1	225	22	33	17	26	1.96
21918379--21918421	22	2.0	22	90	0	68	32	27	16	23	1.96
21918740--21918875	43	3.2	42	82	4	164	22	32	17	27	1.97
21921132--21921166	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
21930035--21930069	18	1.9	18	88	0	52	31	5	17	45	1.71
21936048--21936090	22	2.0	22	85	0	59	34	20	11	32	1.89
21936202--21936315	36	3.2	36	83	7	142	30	34	12	22	1.91
21946612--21946654	22	2.0	22	85	0	59	37	18	11	32	1.87
21946767--21946852	36	2.4	36	88	3	129	31	36	9	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21951267--21951293	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
21953191--21953279	44	2.0	44	93	0	151	23	23	3	49	1.65
21957588--21957614	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
21967783--21967826	20	2.2	21	88	8	65	38	13	25	22	1.91
21969973--21970017	21	2.2	20	84	15	56	68	4	4	22	1.25
21975492--21975655	84	2.0	84	92	0	274	28	23	20	26	1.99
21975828--21975942	37	3.1	37	92	5	196	25	37	9	27	1.87
21976821--21976860	17	2.4	17	87	4	55	32	20	12	35	1.90
21977171--21977260	40	2.2	40	92	0	144	30	20	21	28	1.98
21977591--21977693	38	2.7	38	86	3	134	19	35	20	24	1.95
21977810--21977835	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21981307--21981422	35	3.4	35	76	9	132	34	26	12	26	1.92
21981309--21981444	67	2.0	67	91	2	220	36	25	12	25	1.91
21981330--21981434	35	3.1	35	73	8	117	35	26	12	25	1.92
21981829--21982030	73	2.8	73	86	0	269	25	20	14	40	1.90
21982660--21982728	34	2.0	34	97	0	129	40	15	11	31	1.84
21987131--21987170	19	2.0	20	90	4	64	32	0	25	42	1.55
21989804--21989904	32	3.1	32	70	13	87	41	22	10	24	1.86
21989769--21989904	67	2.0	67	88	0	200	37	24	11	26	1.90
21991974--21992053	23	3.6	23	86	10	121	32	41	2	23	1.68
21991979--21992050	20	3.5	20	81	10	90	33	40	2	23	1.69
21991974--21992058	43	2.0	43	88	4	127	32	42	2	22	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21992099--21992181	43	1.9	43	90	0	130	21	34	18	25	1.96
21993685--21993775	43	2.1	43	83	4	112	24	21	34	19	1.97
21996463--21996536	37	2.0	37	91	0	121	41	24	9	24	1.84
22005800--22005875	33	2.3	33	97	0	143	47	2	26	23	1.65
22015666--22015744	40	2.0	40	92	0	131	37	12	22	26	1.90
22018081--22018145	30	2.2	29	81	5	69	30	7	20	41	1.80
22021582--22021625	17	2.6	16	79	10	52	50	0	4	45	1.22
22021796--22021828	16	2.0	17	94	5	59	30	6	0	63	1.18
22024013--22024079	33	2.0	33	100	0	134	52	5	20	20	1.68
22024443--22024468	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22027559--22027618	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
22031340--22032353	506	2.0	504	97	0	1920	33	17	16	33	1.92
22033052--22033104	21	2.5	21	87	0	70	45	20	9	24	1.81
22033071--22033116	21	2.2	21	88	7	67	43	21	8	26	1.81
22036613--22036649	17	2.1	17	90	5	56	56	0	8	35	1.29
22038053--22038100	16	3.1	15	82	8	60	18	2	2	77	0.97
22039532--22039572	3	13.7	3	84	0	55	39	2	26	31	1.70
22045026--22045051	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
22045117--22045326	110	1.9	110	91	1	341	24	8	14	52	1.69
22047591--22047653	32	2.1	30	91	8	101	34	12	7	42	1.72
22064790--22064828	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
22069899--22069976	32	2.5	32	77	10	90	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22070045--22070125	31	2.6	31	84	11	105	48	6	22	23	1.73
22071373--22071404	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
22081465--22081683	114	1.9	113	92	0	366	21	23	12	42	1.87
22084485--22084519	18	1.9	18	94	0	61	57	17	0	25	1.40
22094510--22094551	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
22096845--22096894	21	2.3	21	83	10	57	42	12	8	38	1.71
22097577--22097622	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
22097701--22097728	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
22100220--22100260	21	1.9	22	90	5	66	51	4	24	19	1.66
22100220--22100264	20	2.2	21	84	11	58	55	4	22	17	1.60
22100218--22100265	21	2.3	20	79	10	60	56	4	22	16	1.58
22105483--22106986	778	1.9	778	87	3	2199	30	19	14	35	1.92
22108668--22108769	35	2.9	35	89	0	150	30	33	8	27	1.87
22108672--22108782	35	3.2	35	86	0	123	28	36	9	26	1.87
22109810--22109862	14	4.1	13	79	13	56	69	0	26	3	1.05
22109810--22109870	12	4.8	12	82	8	50	68	0	27	3	1.05
22110051--22110228	47	3.8	47	93	0	284	33	10	25	30	1.90
22110366--22110435	22	3.2	22	87	0	104	34	12	41	11	1.79
22110482--22110519	17	2.2	17	90	9	60	81	0	18	0	0.69
22110518--22110588	25	2.8	25	91	0	115	45	9	26	18	1.81
22110518--22110601	25	3.3	25	88	1	114	46	11	25	16	1.81
22113550--22113601	20	2.7	20	78	3	52	40	5	40	13	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22114590--22114810	71	3.2	68	82	6	264	33	6	15	45	1.71
22114590--22114808	107	2.1	103	86	3	294	33	6	15	44	1.72
22114590--22114810	35	6.3	35	86	3	259	33	6	15	45	1.71
22114629--22114831	107	1.9	107	83	2	264	33	7	16	42	1.76
22115334--22115364	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
22117950--22117998	21	2.3	21	75	6	55	67	4	2	26	1.19
22119253--22119297	22	2.0	22	87	8	65	46	20	6	26	1.75
22122440--22122482	21	2.0	21	95	0	77	16	23	6	53	1.67
22126253--22126345	42	2.2	41	83	9	125	24	15	34	25	1.94
22129742--22129774	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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