genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8486736--8486791	23	2.5	22	77	5	67	41	21	8	28	1.83
8486992--8487174	60	3.1	59	83	2	231	42	16	8	32	1.78
8487287--8487321	16	2.2	16	90	5	54	40	0	2	57	1.14
8493608--8493652	22	2.0	22	83	8	56	42	2	4	51	1.34
8495663--8495703	15	2.8	15	88	3	57	29	0	0	70	0.87
8495656--8495701	20	2.2	20	84	3	56	28	0	0	71	0.86
8497401--8497514	41	2.7	42	80	2	149	26	21	31	21	1.98
8497392--8497522	42	3.1	42	80	2	165	24	22	31	21	1.98
8509393--8509450	28	2.1	28	100	0	116	8	6	20	63	1.45
8521790--8521843	22	2.5	22	96	0	99	29	7	9	53	1.60
8530121--8530178	29	2.0	29	93	0	98	31	10	13	44	1.78
8532045--8532097	23	2.3	23	93	0	88	18	15	30	35	1.92
8534262--8534315	25	2.2	24	83	9	65	38	1	0	59	1.08
8534713--8534769	24	2.4	24	87	0	87	31	21	31	15	1.94
8536845--8536927	22	3.6	22	76	12	94	38	22	14	24	1.92
8536818--8536951	48	2.8	48	90	0	214	41	23	11	24	1.87
8536819--8536939	22	5.0	25	69	14	83	40	23	11	24	1.88
8550191--8550218	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8550522--8550572	17	3.1	17	76	18	54	47	0	17	35	1.48
8555769--8555801	17	1.9	17	93	0	57	33	12	30	24	1.91
8560443--8560473	6	5.3	6	96	3	55	83	16	0	0	0.64
8569855--8569899	19	2.3	20	88	7	74	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8580349--8580514	81	2.1	79	88	2	242	40	10	6	41	1.66
8580825--8580924	23	4.3	23	76	2	83	35	14	26	25	1.93
8580931--8581044	49	2.3	50	81	4	131	35	15	21	26	1.94
8589538--8589562	6	4.2	6	100	0	50	36	0	32	32	1.58
8592126--8592153	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
8601758--8601882	62	2.0	62	98	0	241	36	16	16	30	1.91
8605781--8606006	113	2.0	113	88	1	337	36	18	15	29	1.92
8612025--8612091	20	3.3	20	72	14	57	41	0	1	56	1.08
8612056--8612090	18	1.9	18	88	11	54	42	0	0	57	0.99
8612663--8612711	7	7.0	7	95	0	80	32	28	38	0	1.57
8629595--8629656	31	2.0	31	87	6	90	37	6	17	38	1.76
8631761--8631830	29	2.4	29	87	0	95	41	17	4	37	1.69
8631955--8632299	173	2.0	170	84	5	444	37	15	9	37	1.81
8631893--8632662	87	9.0	86	74	8	527	38	15	10	35	1.82
8632552--8632601	24	2.0	25	84	3	66	40	10	10	40	1.72
8631985--8632650	29	23.2	29	74	6	413	37	15	10	36	1.82
8632436--8632645	115	1.8	118	81	7	268	37	14	10	37	1.82
8636480--8636516	18	2.1	18	100	0	74	27	5	32	35	1.79
8644256--8644286	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8646720--8646818	39	2.5	39	81	3	99	46	6	8	39	1.58
8653117--8653145	6	4.8	6	100	0	58	17	31	17	34	1.93
8656161--8656191	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8660532--8660561	12	2.5	12	88	0	51	0	23	0	76	0.78
8666063--8666101	18	2.1	18	85	4	51	82	10	5	2	0.93
8676562--8676612	2	26.0	2	78	11	52	49	1	3	45	1.32
8676701--8676737	17	2.4	16	86	13	51	37	0	2	59	1.12
8676597--8677008	208	1.9	212	86	5	593	40	7	4	47	1.51
8676864--8676915	23	2.4	22	75	18	56	36	9	0	53	1.34
8688762--8688793	7	4.4	7	92	7	55	71	0	15	12	1.14
8688762--8688793	15	2.2	14	94	5	55	71	0	15	12	1.14
8691933--8691964	15	2.1	15	100	0	64	18	40	28	12	1.87
8693640--8693699	29	2.1	29	83	0	75	50	3	5	41	1.41
8694387--8694417	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8695031--8695143	27	4.2	27	81	0	118	28	20	22	29	1.98
8695094--8695263	88	1.9	88	81	7	202	27	19	17	35	1.94
8701958--8702127	86	2.0	86	89	0	259	34	12	11	41	1.79
8701776--8702336	296	1.9	296	95	0	1005	27	15	12	44	1.82
8702325--8702724	200	2.0	199	97	1	748	31	9	6	52	1.60
8711285--8711318	15	2.3	15	89	0	50	64	0	0	35	0.94
8714248--8714290	15	2.9	15	71	0	50	46	4	9	39	1.57
8716546--8716574	14	2.0	15	93	6	51	75	0	17	6	1.01
8717143--8717285	45	3.0	48	71	18	120	47	0	1	50	1.14
8717180--8717256	33	2.3	34	84	8	97	45	1	1	51	1.17
8717150--8717242	15	5.8	16	73	13	75	48	1	1	49	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8717221--8717261	22	2.0	20	85	9	55	39	0	0	60	0.96
8717322--8717376	26	2.2	25	86	3	74	41	1	1	54	1.21
8718659--8718701	22	2.0	22	90	0	68	30	0	0	69	0.88
8719121--8719150	14	2.1	15	93	6	53	43	6	10	40	1.64
8719730--8719770	21	2.0	21	85	9	57	65	0	0	34	0.93
8722326--8722354	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8722809--8722964	40	3.9	40	87	0	222	22	0	16	60	1.39
8722809--8722964	80	2.0	80	90	0	249	22	0	16	60	1.39
8722809--8722995	80	2.3	79	82	5	180	24	1	14	59	1.41
8740570--8740610	6	6.8	6	94	0	73	53	31	14	0	1.41
8749582--8749614	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8750313--8750371	29	2.0	29	90	0	91	61	6	8	23	1.49
8756374--8756416	17	2.6	16	78	10	50	25	2	9	62	1.37
8760648--8760794	74	2.0	73	95	0	258	37	21	14	25	1.92
8761514--8761565	23	2.1	26	83	16	67	17	5	11	65	1.44
8779180--8779222	13	2.9	15	80	16	54	53	2	2	41	1.26
8800052--8800117	25	2.6	25	97	0	123	28	10	18	42	1.83
8806785--8806950	82	2.0	83	89	1	253	29	13	22	34	1.93
8809395--8809425	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8816595--8816620	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8823070--8823188	43	2.8	43	84	2	150	24	21	35	19	1.96
8823080--8823201	43	2.8	43	83	2	147	25	18	36	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823530--8823578	21	2.4	20	77	12	55	28	26	16	28	1.97
8824717--8825334	112	5.4	111	84	3	669	44	25	12	17	1.84
8825969--8826028	30	2.0	30	93	0	102	33	30	15	21	1.94
8826589--8826632	22	2.0	23	86	4	63	40	25	13	20	1.89
8826612--8826691	39	2.0	40	90	2	126	35	23	12	28	1.91
8826667--8826838	48	3.4	48	73	16	177	37	23	12	26	1.91
8826629--8826827	103	1.9	102	90	1	317	37	23	12	27	1.91
8827772--8827837	25	2.6	25	92	0	114	43	9	19	27	1.81
8828289--8828325	19	1.9	19	100	0	74	27	0	29	43	1.55
8829546--8829580	16	2.2	16	89	0	52	40	2	8	48	1.49
8832207--8832256	14	3.8	13	79	10	50	76	0	10	14	1.03
8832197--8832256	27	2.2	26	82	11	68	76	0	10	13	1.01
8838059--8838440	186	2.0	186	85	3	509	29	20	17	31	1.96
8840172--8840257	29	2.8	29	79	8	91	2	25	1	70	1.06
8840173--8840516	53	5.9	61	79	9	201	3	33	2	61	1.26
8840361--8840445	23	3.4	23	68	20	71	5	36	2	55	1.37
8840333--8840483	53	2.8	53	95	3	268	5	32	1	60	1.29
8847059--8847104	16	2.8	17	83	6	60	52	8	4	34	1.52
8852287--8852321	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
8866771--8866795	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8867294--8867343	21	2.3	20	83	10	55	62	2	0	36	1.07
8870980--8871023	23	1.9	23	100	0	88	31	25	6	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8877727--8877798	2	36.0	2	88	5	110	0	47	0	48	1.02
8890083--8890142	24	2.6	22	77	12	57	73	6	15	5	1.22
8903362--8903411	26	1.9	26	84	8	66	44	0	0	56	0.99
8905259--8905283	7	3.6	7	100	0	50	56	28	0	16	1.41
8907965--8908044	30	3.2	23	70	25	54	33	30	5	31	1.79
8907966--8908023	30	2.0	29	93	3	98	36	29	3	31	1.74
8908244--8908314	2	37.0	2	79	13	78	2	50	0	45	1.16
8910087--8910126	18	2.2	18	86	0	53	35	12	50	2	1.54
8912264--8912298	18	1.9	18	88	0	52	48	5	8	37	1.58
8913319--8913356	18	2.0	20	90	10	62	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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