genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23953348--23953406	31	1.9	31	82	3	75	52	6	3	37	1.45
23958104--23958317	35	6.1	35	85	3	263	35	6	13	44	1.69
23958097--23958317	107	2.1	103	87	5	309	35	6	13	45	1.68
23961346--23961392	19	2.6	19	87	9	64	25	0	6	68	1.13
23962987--23963042	19	2.9	19	84	7	69	69	0	26	3	1.04
23962981--23963039	13	4.3	13	77	10	55	66	1	28	3	1.18
23964547--23964728	43	4.2	43	81	5	195	23	31	16	28	1.96
23971208--23971243	17	2.0	19	89	10	58	52	5	16	25	1.65
23993069--23993096	11	2.5	11	100	0	56	53	14	0	32	1.41
23993090--23993155	22	3.0	22	90	0	105	40	22	7	28	1.81
23996615--23996653	19	2.1	19	90	0	60	58	0	0	41	0.98
23997708--23997763	19	2.9	19	84	7	69	69	0	28	1	0.98
23997712--23997763	13	4.0	13	79	13	54	69	0	28	1	0.99
24020303--24020494	55	3.6	55	81	5	209	25	38	14	21	1.91
24021386--24021432	5	9.4	5	79	6	51	74	2	21	2	1.03
24021386--24021426	14	2.8	15	88	3	57	75	2	21	0	0.92
24024420--24024744	68	4.8	68	82	0	328	33	18	9	38	1.84
24028592--24028628	19	1.9	19	88	0	56	27	0	10	62	1.28
24036351--24036381	16	1.9	16	100	0	62	16	0	0	83	0.64
24038786--24039255	159	3.0	157	95	1	861	32	10	17	38	1.85
24039406--24039567	43	3.8	43	84	6	188	25	19	33	21	1.97
24039823--24039881	22	2.7	22	83	0	73	28	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24042281--24042395	60	1.9	60	85	3	160	24	19	17	39	1.92
24052361--24052512	28	5.3	28	78	13	139	38	11	9	39	1.75
24052339--24052512	59	3.0	58	83	5	217	39	12	9	39	1.76
24052339--24052510	29	5.9	28	79	8	173	39	12	9	38	1.75
24061754--24061800	22	2.0	24	84	15	64	48	6	25	19	1.72
24069385--24069425	21	2.0	21	85	0	55	26	26	19	26	1.99
24078220--24078338	41	2.9	42	89	2	186	21	23	33	21	1.97
24086849--24086951	38	2.6	40	90	3	165	21	40	17	20	1.91
24086884--24086947	19	3.4	19	68	8	58	20	40	17	21	1.91
24089953--24090095	60	2.4	58	83	9	164	32	16	19	30	1.94
24090103--24090746	60	10.7	60	75	8	362	36	9	15	38	1.80
24090103--24090664	180	3.1	179	77	7	535	36	9	15	39	1.79
24091913--24092620	281	2.6	272	78	8	707	40	11	14	34	1.82
24094621--24095081	62	7.5	62	76	6	348	35	19	21	23	1.96
24094621--24095081	124	3.7	123	81	5	484	35	19	21	23	1.96
24098226--24098307	28	2.9	28	83	0	110	34	21	14	29	1.93
24098299--24098324	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
24100152--24100199	21	2.3	21	85	0	69	31	18	16	33	1.94
24100366--24100405	21	1.9	21	89	0	62	45	22	5	27	1.73
24110182--24110206	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24111600--24111640	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
24111596--24111641	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24111683--24111722	5	8.0	5	91	0	62	40	0	22	37	1.54
24117264--24117288	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24119185--24119289	43	2.5	43	85	4	133	20	35	18	25	1.95
24123179--24123213	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
24135091--24135145	27	2.0	27	96	0	101	40	21	1	36	1.64
24154738--24154768	15	2.0	16	93	6	55	25	0	0	74	0.82
24154738--24154771	12	2.8	13	86	13	54	26	0	0	73	0.83
24161645--24161702	3	20.0	3	75	19	52	34	37	1	25	1.67
24161643--24161703	23	2.7	23	89	0	95	32	39	3	24	1.72
24161712--24161821	43	2.6	43	80	2	123	21	33	16	28	1.95
24171006--24171124	43	2.8	43	77	0	139	24	33	16	25	1.96
24171148--24171177	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
24182545--24182585	21	2.1	19	86	9	55	60	9	0	29	1.28
24182969--24183114	73	2.0	74	83	5	188	25	17	15	41	1.89
24186822--24186924	38	2.7	38	89	3	143	22	39	16	21	1.92
24186857--24186920	19	3.4	19	68	8	58	20	40	17	21	1.91
24187808--24187849	19	2.2	19	83	8	50	50	9	26	14	1.73
24192844--24192896	14	3.7	14	75	10	54	0	28	0	71	0.86
24192843--24192900	29	2.0	28	87	9	82	0	25	0	74	0.82
24192844--24192888	7	6.9	7	80	10	51	0	26	0	73	0.84
24203814--24204032	35	6.2	35	81	4	235	45	11	6	36	1.67
24203813--24204032	70	3.1	70	83	6	275	45	11	6	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203814--24204032	106	2.1	105	84	4	280	45	11	6	36	1.67
24203814--24204061	35	7.2	33	79	8	203	45	11	7	35	1.69
24209661--24209700	19	2.2	19	86	4	55	50	0	2	47	1.14
24209683--24209712	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
24211485--24211564	2	39.5	2	90	7	126	46	0	2	50	1.15
24222212--24222240	12	2.3	13	94	5	51	24	13	6	55	1.63
24234128--24234190	2	31.5	2	96	0	117	50	0	0	47	1.01
24236742--24236993	138	1.8	137	94	0	450	50	5	8	35	1.58
24254086--24254150	30	2.2	30	83	5	80	30	7	16	44	1.76
24268060--24268117	25	2.4	24	76	18	59	46	17	12	24	1.81
24269035--24269232	54	3.7	54	74	12	174	33	15	15	35	1.89
24274450--24274491	19	2.2	19	83	8	50	59	0	19	21	1.38
24275449--24275485	2	18.5	2	88	0	56	43	0	5	51	1.24
24279406--24279444	14	2.7	15	88	4	53	2	23	5	69	1.21
24280366--24280450	36	2.4	36	85	0	107	24	11	37	25	1.90
24288663--24288716	23	2.4	22	78	3	63	46	5	35	12	1.66
24297533--24297621	37	2.4	37	88	0	124	35	20	12	31	1.89
24297612--24297737	28	4.4	28	68	20	89	35	28	8	26	1.86
24299433--24299471	20	2.0	20	89	0	60	30	15	10	43	1.80
24299611--24299741	21	6.1	22	75	12	67	45	16	6	30	1.74
24299707--24299752	21	2.2	21	92	0	74	45	19	8	26	1.79
24301827--24301955	36	3.6	36	81	4	152	32	20	11	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24307394--24307519	60	2.1	60	83	2	164	34	18	22	25	1.96
24307891--24308000	43	2.6	43	82	2	132	20	36	17	26	1.94
24308768--24308797	16	1.9	15	93	6	51	66	0	33	0	0.92
24310244--24310299	25	2.2	25	83	0	67	23	26	19	30	1.98
24313581--24313637	21	2.7	21	78	10	62	1	35	0	63	1.05
24314113--24314160	21	2.3	21	100	0	96	29	35	4	31	1.76
24315965--24316003	19	2.1	19	95	0	69	20	23	15	41	1.90
24320472--24320506	17	1.9	19	88	11	56	74	5	0	20	1.02
24321252--24321364	36	3.1	36	84	2	147	30	20	13	36	1.91
24323452--24323491	19	2.1	19	100	0	80	42	10	10	37	1.72
24330117--24330219	2	51.5	2	92	3	136	46	0	0	46	1.09
24338442--24338485	23	1.9	23	81	9	54	38	0	4	56	1.20
24342482--24342517	18	2.0	18	94	0	63	0	16	30	52	1.44
24358971--24359035	28	2.3	29	89	5	98	41	12	9	36	1.75
24359200--24359232	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
24359132--24359356	111	2.0	110	95	1	414	36	8	10	44	1.68
24359311--24359343	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
24359160--24359384	111	2.0	111	86	5	296	40	6	9	42	1.63
24370296--24370384	36	2.7	33	81	11	101	31	47	7	13	1.71
24371177--24371219	15	2.9	14	86	6	50	67	0	25	6	1.15
24377812--24377850	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
24389605--24389651	10	4.9	10	82	14	55	2	25	0	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24389613--24389651	21	1.9	20	89	5	60	2	25	0	71	0.98
24391468--24391555	36	2.5	36	76	8	85	28	35	13	22	1.92
24392436--24392468	14	2.4	14	90	10	50	69	0	24	6	1.10
24394685--24394728	22	2.0	22	95	0	79	27	9	25	38	1.86
24402970--24403009	14	2.9	14	96	0	71	62	12	15	10	1.54
24406158--24406188	3	10.0	3	93	6	53	64	0	32	3	1.09
24410803--24410840	14	2.6	15	83	4	51	55	5	28	10	1.56
24413336--24413372	17	2.2	17	90	0	56	32	21	35	10	1.88
24416589--24416740	74	2.0	75	91	1	243	39	15	9	35	1.80
24418136--24418167	11	3.0	11	95	4	57	46	0	6	46	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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