genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27426691--27426730	19	2.1	19	90	0	62	35	2	25	37	1.69
27426690--27426722	5	6.8	5	93	6	59	39	0	21	39	1.53
27430066--27430091	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
27437793--27437825	16	2.1	16	94	0	57	21	6	0	72	1.05
27446443--27446469	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27453013--27453068	26	2.2	25	84	9	76	37	1	0	60	1.07
27453035--27453251	20	11.0	19	65	18	70	39	1	1	56	1.21
27453202--27453243	15	2.7	16	82	14	52	47	0	0	52	1.00
27453511--27453569	15	3.5	17	75	15	52	15	5	0	79	0.89
27453645--27453684	19	2.2	19	90	4	64	40	2	0	57	1.12
27453639--27453690	26	2.0	26	88	0	77	44	1	0	53	1.11
27453654--27453758	7	15.6	7	67	25	50	40	0	1	56	1.17
27453654--27453731	26	3.0	26	82	14	90	42	1	0	56	1.07
27453585--27453876	159	1.9	154	87	5	406	39	1	2	56	1.22
27453601--27453910	159	2.0	153	82	9	365	40	0	3	55	1.25
27464801--27464825	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27477745--27477801	26	2.1	27	87	9	82	64	12	0	22	1.26
27477756--27477803	15	3.5	15	72	21	50	66	10	0	22	1.22
27482834--27482860	7	3.9	7	100	0	54	29	11	14	44	1.80
27491029--27491081	28	2.0	27	85	7	72	28	18	18	33	1.95
27491135--27491172	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
27498785--27498842	30	1.9	31	85	3	82	63	6	1	27	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27501008--27501052	22	2.0	22	83	8	56	48	2	4	44	1.35
27501104--27501136	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27502082--27502167	43	2.1	40	89	6	127	47	1	38	12	1.49
27502082--27502167	40	2.1	42	82	10	106	47	1	38	12	1.49
27503530--27503574	2	22.5	2	95	0	81	51	2	0	46	1.13
27504875--27504914	20	2.0	20	90	0	62	27	7	32	32	1.85
27504946--27505199	102	2.5	103	86	0	330	25	12	23	38	1.91
27505728--27505787	30	2.0	30	90	0	93	26	15	26	31	1.95
27506422--27506852	111	3.8	111	81	9	491	17	11	26	44	1.82
27506531--27506924	117	3.4	117	81	7	423	16	11	27	44	1.83
27506422--27506936	111	4.5	117	79	9	337	17	12	26	43	1.84
27511339--27511398	26	2.3	26	88	0	84	40	26	15	18	1.90
27511387--27511440	21	2.6	21	84	0	72	33	20	22	24	1.97
27516078--27516143	26	2.8	23	79	18	73	57	6	13	22	1.58
27516085--27516136	26	2.0	26	96	0	95	57	7	13	21	1.61
27517713--27517826	24	4.9	24	72	10	110	22	27	18	31	1.97
27517683--27517837	69	2.2	69	88	0	229	20	29	18	30	1.97
27517986--27518026	15	2.7	15	100	0	82	34	19	41	4	1.73
27527971--27528000	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27533127--27533165	9	4.3	9	86	0	60	46	0	20	33	1.51
27533130--27533161	12	2.7	12	95	0	55	43	0	21	34	1.53
27543889--27544025	66	2.1	62	81	5	148	49	0	2	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27543948--27544025	33	2.5	31	85	8	97	52	0	0	47	1.00
27543988--27544028	13	3.1	13	82	3	55	43	0	0	56	0.99
27543976--27544046	33	2.2	29	78	14	52	50	4	0	45	1.21
27545106--27545150	24	1.9	24	90	4	74	17	17	13	51	1.77
27546578--27546627	21	2.5	20	76	23	52	68	8	0	24	1.16
27550452--27550584	45	2.9	46	80	8	123	24	10	26	39	1.87
27550475--27550718	23	10.9	23	74	9	148	22	12	25	39	1.89
27550520--27550625	43	2.4	44	84	6	133	24	14	23	37	1.92
27550475--27550733	112	2.3	112	81	4	290	23	12	25	39	1.89
27550475--27550733	45	5.8	45	76	7	177	23	12	25	39	1.89
27550704--27550765	23	2.7	23	77	5	54	25	9	29	35	1.88
27560553--27560586	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
27561572--27561619	19	2.5	20	76	13	55	18	18	0	62	1.33
27563859--27563883	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
27576394--27576439	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
27578235--27578259	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
27584132--27584189	22	2.6	22	89	5	73	51	25	6	15	1.68
27584140--27584189	22	2.2	23	92	3	84	54	24	8	14	1.66
27584301--27584399	38	2.6	38	81	0	117	41	24	16	18	1.89
27584383--27584460	41	1.9	41	84	5	104	35	26	12	24	1.92
27584451--27584503	22	2.4	21	84	12	63	41	26	13	18	1.87
27619091--27619137	23	2.0	23	83	0	58	23	8	6	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27626719--27626760	21	2.0	21	86	9	59	23	0	26	50	1.50
27628224--27628268	25	1.9	23	82	13	56	44	13	2	40	1.56
27630484--27630575	46	2.0	47	95	4	170	34	17	2	45	1.61
27696768--27696960	97	2.0	97	88	3	289	59	11	12	16	1.62
27696889--27696990	53	1.9	54	86	6	145	57	7	12	21	1.60
27696980--27697107	68	1.9	67	90	7	206	50	3	22	22	1.65
27702200--27702237	19	2.0	19	94	0	67	44	26	0	28	1.54
27709847--27709887	20	2.2	20	83	12	52	26	0	2	70	0.99
27712900--27712945	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
27712990--27713042	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
27712990--27713048	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
27715575--27715622	24	2.0	25	87	4	71	45	10	0	43	1.38
27734222--27734294	33	2.3	31	81	11	94	39	2	15	42	1.61
27741533--27741586	22	2.5	22	93	0	90	25	25	11	37	1.89
27760925--27761058	42	3.2	42	79	1	160	29	16	30	23	1.96
27794283--27794313	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
27794313--27794419	3	34.7	3	90	5	169	32	0	3	62	1.13
27794476--27794534	31	2.0	31	83	6	77	45	5	27	22	1.73
27795586--27795671	39	2.2	39	91	0	136	30	16	19	33	1.94
27795812--27795919	57	1.9	57	88	0	162	22	9	27	40	1.84
27799414--27799506	39	2.4	40	87	7	129	26	16	25	31	1.96
27833758--27833783	6	4.3	6	100	0	52	30	0	53	15	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27841514--27841576	34	1.9	32	83	6	81	73	6	17	3	1.18
27842066--27842090	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
27843823--27843951	33	3.9	32	77	6	105	35	15	30	18	1.92
27843889--27843968	33	2.4	33	80	0	97	36	15	31	17	1.91
27845019--27845073	27	2.0	27	89	6	85	40	16	3	40	1.66
27846040--27846083	23	1.9	23	85	0	61	54	22	0	22	1.45
27854545--27854802	78	3.0	91	79	17	325	40	25	11	22	1.87
27859310--27859342	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
27868867--27868944	21	3.7	21	73	13	79	48	5	1	44	1.32
27870773--27870883	45	2.5	46	80	7	120	31	14	18	35	1.91
27870749--27870901	23	6.7	23	78	4	139	32	13	18	35	1.90
27874737--27874865	31	4.4	30	69	18	83	20	22	31	26	1.98
27874560--27875174	172	3.6	172	85	0	802	20	20	30	28	1.98
27874560--27875148	258	2.3	258	87	0	829	20	19	30	29	1.97
27874560--27875174	86	7.2	86	86	2	729	20	20	30	28	1.98
27876566--27876737	81	2.1	81	84	6	215	27	33	16	22	1.95
27879017--27879095	31	2.5	31	95	0	140	35	26	16	21	1.94
27879072--27879133	25	2.5	25	91	0	97	22	24	25	27	2.00
27879172--27879542	55	6.8	55	85	0	456	46	30	11	11	1.76
27879245--27879328	27	3.1	27	69	16	82	51	30	8	9	1.64
27880010--27880360	104	3.4	103	75	3	337	23	35	13	27	1.93
27880154--27880210	23	2.5	23	76	0	69	22	33	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27879991--27880451	208	2.3	195	81	5	519	23	33	14	28	1.94
27880354--27880406	23	2.4	22	80	3	61	26	28	11	33	1.91
27880258--27880460	91	2.2	92	80	1	237	24	33	12	30	1.92
27880567--27880615	23	2.1	23	84	0	62	26	36	6	30	1.81
27880644--27880699	23	2.4	23	90	0	85	23	35	14	26	1.93
27880659--27880708	23	2.3	21	86	10	66	24	42	14	20	1.88
27880567--27880755	100	1.9	102	82	6	240	27	34	9	28	1.88
27885367--27885406	20	2.0	20	85	9	55	25	5	40	30	1.77
27885792--27885877	39	2.2	39	97	0	163	23	23	20	32	1.98
27885713--27885846	60	2.2	60	76	10	141	29	20	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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