genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241307--2241360	21	2.5	20	85	14	72	0	3	18	77	0.91
2243712--2243766	15	3.7	15	90	0	74	40	7	18	34	1.78
2243948--2244066	60	2.0	60	80	9	136	30	5	1	63	1.26
2243985--2244146	30	5.5	29	69	17	93	28	3	0	67	1.12
2244084--2244134	24	2.1	25	82	10	61	23	1	1	72	1.05
2244104--2244168	33	2.0	33	82	11	80	24	1	4	69	1.16
2253202--2253231	15	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
2254294--2254352	25	2.3	27	76	5	68	59	8	5	27	1.48
2281976--2282023	19	2.4	19	86	10	60	4	20	2	72	1.11
2292793--2292826	2	18.0	2	88	11	54	50	0	50	0	1.00
2295211--2295246	2	18.5	2	94	5	65	52	0	47	0	1.00
2299847--2299940	45	2.1	45	91	0	152	45	15	8	29	1.76
2321483--2321509	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2356419--2356450	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2364987--2365018	12	2.7	12	90	0	55	56	6	3	34	1.40
2388349--2388416	34	2.0	34	100	0	136	35	14	5	44	1.70
2392643--2392683	20	2.1	19	86	4	55	41	2	0	56	1.13
2396303--2396350	23	2.0	24	84	4	62	75	4	20	0	0.97
2406703--2406736	3	11.3	3	87	0	50	58	0	41	0	0.98
2419913--2420068	80	2.0	80	82	5	190	30	21	18	29	1.97
2425539--2425577	20	1.9	21	84	5	53	7	12	5	74	1.20
2439810--2439939	65	2.0	65	95	3	235	33	15	10	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443726--2443858	67	2.0	67	100	0	266	39	17	18	25	1.92
2453038--2453112	31	2.6	28	75	18	73	28	0	16	56	1.41
2453656--2453720	28	2.4	27	79	5	69	38	3	1	56	1.24
2458304--2458435	34	3.9	33	70	6	104	42	0	2	54	1.13
2458249--2458435	101	1.9	100	84	7	254	41	1	2	54	1.21
2458310--2458549	74	3.2	72	69	22	183	41	0	2	55	1.17
2458383--2458436	27	2.0	27	100	0	108	48	0	3	48	1.19
2458405--2458496	22	4.6	18	74	25	78	44	0	1	54	1.07
2458410--2458494	21	4.1	21	78	17	88	43	0	1	55	1.07
2458405--2458508	40	2.6	39	85	8	122	44	0	0	54	1.06
2458335--2458618	150	1.9	150	89	5	448	41	0	2	54	1.17
2458446--2458835	106	3.6	108	79	12	399	39	0	4	55	1.25
2458639--2458700	26	2.6	24	82	10	65	43	0	6	50	1.28
2458635--2458690	26	2.2	26	90	3	87	41	0	7	51	1.29
2458661--2458714	22	2.5	22	78	3	65	37	1	5	55	1.34
2458796--2458845	25	2.0	26	96	4	93	42	0	0	58	0.98
2461050--2461126	28	2.8	27	84	4	91	45	5	3	45	1.44
2461050--2461126	27	2.8	28	84	4	84	45	5	3	45	1.44
2461043--2461133	28	3.3	27	79	3	83	41	5	9	42	1.61
2461147--2461220	27	2.7	26	75	8	76	40	6	8	44	1.60
2463670--2463718	24	2.0	24	84	7	64	4	28	2	65	1.22
2463853--2463934	38	2.2	38	84	6	105	15	10	20	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465131--2465159	11	2.7	11	94	5	51	34	0	0	65	0.93
2478218--2478271	26	2.0	27	82	10	67	42	9	12	35	1.75
2478428--2478461	15	2.3	15	90	10	52	35	0	11	52	1.38
2478244--2478526	154	1.9	151	82	5	363	43	9	12	34	1.75
2478397--2478614	98	2.2	98	85	2	294	43	8	12	35	1.73
2478397--2478696	98	3.1	98	82	1	287	41	9	13	35	1.77
2479745--2480267	266	2.0	266	99	0	1028	36	11	18	34	1.86
2482986--2483014	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
2483065--2483093	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
2484655--2484684	13	2.3	13	94	0	51	0	26	0	73	0.84
2486944--2486994	24	2.2	23	85	3	66	3	47	5	43	1.46
2487224--2487353	60	2.2	60	98	0	251	17	13	36	32	1.88
2493018--2493059	20	2.1	20	95	0	75	52	2	9	35	1.47
2502801--2502856	26	2.0	29	83	16	75	19	14	10	55	1.68
2527568--2527630	4	16.2	4	83	6	67	50	20	0	28	1.48
2531340--2531371	16	1.9	17	93	6	57	50	6	0	43	1.27
2541108--2541428	117	2.8	114	79	5	340	33	9	7	49	1.64
2542618--2542843	110	2.0	111	94	2	393	18	21	14	46	1.84
2548339--2548650	161	1.9	163	94	1	547	34	13	10	41	1.79
2553795--2553824	1	30.0	1	93	0	51	0	0	96	0	0.05
2560671--2560697	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2568847--2568887	5	8.4	5	94	5	75	0	39	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574339--2574387	20	2.4	21	83	6	57	59	0	2	38	1.09
2576316--2576383	29	2.3	30	84	2	84	26	17	26	29	1.98
2577676--2577718	18	2.3	18	84	8	50	51	0	16	32	1.45
2578698--2578767	20	3.6	18	76	16	61	21	5	1	71	1.15
2578858--2578926	20	3.2	20	80	11	75	24	2	1	71	1.09
2579239--2579276	15	2.7	14	88	8	51	15	7	0	76	1.01
2579589--2579620	14	2.2	15	94	5	57	37	0	0	62	0.95
2580136--2580258	62	2.0	62	85	3	167	10	43	10	34	1.74
2580198--2580313	53	2.2	54	84	4	146	12	44	11	31	1.77
2581070--2581104	2	18.5	2	88	11	56	48	51	0	0	1.00
2585160--2585192	2	17.5	2	87	12	52	0	48	0	51	1.00
2585160--2585192	17	1.9	17	93	0	57	0	48	0	51	1.00
2595175--2595204	16	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
2598985--2599019	12	3.0	11	91	8	52	0	28	0	71	0.86
2598990--2599019	3	10.3	3	92	7	53	0	30	0	70	0.88
2600452--2600506	21	3.0	18	78	17	60	49	0	1	49	1.11
2600453--2600511	18	3.2	18	78	7	64	45	0	1	52	1.10
2605648--2605680	3	11.3	3	93	6	59	36	30	0	33	1.58
2608493--2608525	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
2608495--2608545	24	2.0	25	81	11	59	49	0	0	50	1.00
2608580--2608617	18	2.1	19	85	5	51	34	0	5	60	1.19
2608684--2608743	2	31.5	2	74	15	56	45	1	0	51	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2608682--2608769	41	2.1	41	93	6	160	45	2	0	51	1.14
2608777--2609184	216	1.9	216	84	7	558	40	8	4	46	1.53
2613825--2613868	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2616935--2617087	81	1.9	79	89	2	234	35	9	8	47	1.66
2620667--2620710	17	2.4	19	85	14	65	68	0	0	31	0.90
2620671--2620723	27	2.0	27	82	14	65	67	0	0	32	0.91
2627892--2627948	20	3.2	18	71	28	50	50	0	0	49	1.00
2627893--2627941	20	2.4	21	80	16	59	44	0	0	55	0.99
2627921--2627953	16	1.9	18	88	11	52	48	0	0	51	1.00
2629068--2629122	21	2.5	22	76	5	58	54	5	1	38	1.34
2629063--2629346	114	2.5	111	85	5	360	55	3	0	39	1.23
2629300--2629474	15	12.9	14	64	19	59	55	1	0	42	1.10
2629295--2629376	22	4.1	20	80	15	89	57	1	0	41	1.06
2629295--2629359	19	3.3	18	76	23	69	61	0	0	38	0.96
2629285--2629386	40	2.5	40	84	9	120	57	0	0	41	1.05
2629134--2629466	154	2.2	147	84	9	419	56	2	0	40	1.16
2629356--2629520	27	6.2	26	72	21	110	51	3	0	44	1.21
2629432--2629515	22	3.5	23	80	11	89	46	2	1	50	1.22
2652670--2652761	2	44.5	2	82	6	94	47	0	5	45	1.25
2652662--2652708	14	3.2	15	88	11	71	57	0	0	42	0.98
2660995--2661026	15	2.1	15	100	0	64	34	0	59	6	1.23
2685434--2685477	16	2.6	17	89	3	63	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685879--2685918	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2687025--2687111	30	2.9	30	76	13	81	28	13	4	52	1.60
2688625--2688862	86	2.9	84	80	11	260	26	14	10	47	1.77
2707131--2707430	147	2.0	147	90	1	476	26	17	12	44	1.84
2709630--2709738	27	4.0	27	85	2	130	26	19	14	39	1.90
2709628--2709736	54	2.0	54	85	3	148	27	18	14	39	1.90
2709647--2709763	27	4.3	28	84	4	134	26	17	17	39	1.91
2711462--2711504	19	2.3	18	92	4	68	60	4	2	32	1.30
2711444--2711506	19	3.5	17	73	16	56	58	3	3	34	1.30
2711478--2711531	26	2.0	27	86	10	76	62	3	1	31	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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