genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24740214--24740288	38	2.0	38	86	0	105	26	17	13	42	1.86
24741962--24742103	29	4.9	28	83	6	176	38	13	10	38	1.79
24741939--24742103	59	2.8	58	84	4	215	41	12	9	36	1.75
24747380--24747456	17	4.3	17	71	11	55	20	2	3	72	1.12
24747756--24748530	59	13.2	58	82	7	872	31	16	16	35	1.91
24748357--24748455	51	1.9	51	91	0	162	31	18	16	34	1.93
24748418--24748530	60	1.9	59	87	1	163	35	15	14	34	1.88
24762211--24762235	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24766878--24766959	36	2.3	36	82	4	103	30	37	12	19	1.88
24767550--24767593	20	2.1	21	87	4	63	11	2	4	81	0.92
24767538--24767677	71	2.0	71	94	4	239	12	11	2	72	1.22
24767652--24767691	17	2.4	16	84	8	53	22	2	0	75	0.93
24767620--24767698	7	10.9	7	73	17	54	15	2	2	79	0.94
24768980--24769019	21	1.9	21	94	0	71	37	15	10	37	1.80
24771314--24771459	37	3.9	37	84	7	197	28	11	34	25	1.91
24771314--24771459	74	2.0	74	90	2	231	28	11	34	25	1.91
24776903--24776972	35	2.0	34	86	2	95	32	28	11	27	1.91
24777437--24777615	73	2.5	74	79	4	213	24	18	17	39	1.92
24777482--24777637	73	2.1	73	81	0	186	23	17	17	41	1.90
24777987--24778056	17	4.1	17	96	0	113	10	35	22	31	1.87
24778507--24778546	21	1.9	21	94	0	71	75	2	15	7	1.14
24786031--24786190	73	2.2	73	87	0	221	23	15	18	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24786031--24786211	73	2.5	73	86	0	209	22	15	18	43	1.88
24787017--24787055	16	2.4	16	82	0	51	20	20	5	53	1.64
24788513--24788556	14	3.2	14	87	6	63	40	18	2	38	1.63
24788520--24788729	80	2.6	80	89	1	296	36	22	7	33	1.83
24794031--24794159	67	1.9	67	82	3	161	24	11	27	35	1.90
24794068--24794159	32	2.8	33	74	15	91	28	11	27	32	1.92
24799087--24799115	14	2.0	15	93	6	51	34	20	13	31	1.92
24801869--24801981	35	3.3	35	84	7	142	46	13	4	35	1.63
24806923--24806979	2	28.5	2	92	0	96	49	0	1	47	1.12
24807236--24807261	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24816642--24816689	23	2.1	22	84	3	60	45	18	6	29	1.74
24819716--24819869	74	2.1	75	88	1	229	47	20	6	25	1.74
24819984--24820015	16	2.1	16	94	5	57	12	34	0	53	1.39
24835804--24835852	20	2.4	20	86	10	64	67	2	30	0	1.02
24837016--24837206	39	5.0	39	91	1	262	24	11	35	28	1.90
24839683--24839719	19	1.9	19	100	0	74	27	24	21	27	1.99
24843500--24843772	59	4.7	58	88	7	387	38	9	13	38	1.77
24843500--24843772	29	9.5	28	83	6	332	38	9	13	38	1.77
24843500--24843772	117	2.4	115	89	3	413	38	9	13	38	1.77
24845209--24845293	32	2.7	32	83	0	98	28	23	23	24	2.00
24845560--24845689	69	1.9	68	98	1	251	25	4	13	55	1.57
24845570--24845713	69	2.1	69	82	2	173	30	4	14	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24846160--24846200	21	2.1	19	86	9	55	26	2	9	60	1.40
24853887--24853915	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24862558--24862784	114	2.0	113	100	0	445	16	29	12	41	1.85
24863730--24863867	39	3.6	39	84	2	165	23	10	36	28	1.89
24865417--24865470	25	2.2	25	86	0	72	25	31	16	25	1.97
24869388--24869534	43	3.4	43	91	0	222	25	17	31	25	1.97
24869388--24869552	86	1.9	86	83	2	215	26	17	30	24	1.97
24869834--24869915	21	3.9	21	85	6	112	35	23	19	21	1.96
24869834--24869915	43	1.9	42	85	7	112	35	23	19	21	1.96
24873158--24873265	43	2.5	43	87	0	153	25	14	31	27	1.95
24882026--24882078	27	2.0	27	81	7	63	52	9	16	20	1.71
24890060--24890091	14	2.1	16	88	11	50	59	6	9	25	1.52
24910687--24910727	21	1.9	22	90	5	66	51	4	24	19	1.66
24910687--24910731	20	2.2	21	84	11	58	55	4	22	17	1.60
24910685--24910732	21	2.3	20	79	10	60	56	4	22	16	1.58
24919196--24919385	42	4.4	42	81	10	179	21	31	18	28	1.97
24919226--24919382	85	1.8	85	81	10	196	21	33	17	27	1.96
24921227--24921260	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
24925664--24925702	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
24925843--24925996	54	2.9	54	86	3	211	18	11	44	25	1.84
24933379--24933407	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
24933522--24933671	38	3.7	38	66	27	92	26	16	36	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24933492--24933665	87	2.0	87	97	0	330	24	17	37	20	1.93
24937985--24938432	29	15.4	29	80	5	503	37	11	12	38	1.80
24937985--24938432	57	7.7	58	82	4	503	37	11	12	38	1.80
24937982--24938432	86	5.2	86	82	4	512	37	11	13	38	1.80
24939472--24939516	23	2.0	23	86	0	63	44	2	20	33	1.63
24940090--24940129	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
24941100--24941236	36	3.7	36	78	13	127	27	38	13	19	1.90
24948005--24948057	21	2.5	21	93	0	88	35	22	20	20	1.96
24948055--24948117	31	2.0	31	93	0	108	30	34	20	14	1.92
24948349--24948463	36	3.2	36	83	6	126	28	33	14	23	1.94
24948438--24948542	52	2.0	52	96	0	192	31	32	14	21	1.93
24953197--24953249	23	2.4	23	84	6	65	26	18	37	16	1.93
24954404--24954498	49	1.9	49	84	0	127	37	16	17	27	1.92
24957532--24957569	19	2.1	18	90	5	58	55	10	5	28	1.56
24958270--24958344	30	2.5	30	79	10	82	57	0	5	37	1.22
24968258--24968466	107	1.9	108	94	0	366	35	16	4	43	1.69
24969209--24969296	31	2.8	31	81	13	101	26	15	5	52	1.65
24970122--24970152	16	1.9	16	93	0	53	48	12	9	29	1.73
24971132--24971180	22	2.3	22	82	10	57	53	2	0	44	1.12
24972525--24972549	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24975451--24975514	30	2.1	30	100	0	128	29	28	14	28	1.95
24983445--24983511	33	2.0	33	100	0	134	56	10	17	14	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24990981--24991021	21	2.0	21	90	0	64	21	0	53	24	1.46
25004693--25004732	21	1.9	21	100	0	80	40	20	20	20	1.92
25005572--25005625	20	2.5	23	71	20	62	25	12	27	33	1.93
25006047--25006104	9	6.7	9	75	15	59	24	1	1	72	1.03
25006066--25006103	20	1.9	20	89	10	60	26	2	2	68	1.16
25007146--25007330	55	3.5	51	84	10	198	22	15	36	25	1.94
25007177--25007330	55	2.8	54	91	3	245	23	15	34	26	1.95
25009144--25009195	16	3.2	15	81	8	50	65	7	5	21	1.40
25009781--25009821	12	3.3	13	83	13	50	68	9	9	12	1.40
25016794--25016832	20	2.0	19	90	5	60	33	25	15	25	1.95
25019830--25019911	42	2.0	42	95	0	146	21	32	23	21	1.98
25031728--25031805	34	2.2	37	88	6	117	35	30	8	24	1.86
25032378--25032429	26	2.1	23	83	16	61	30	9	5	53	1.57
25036774--25036812	20	2.0	20	94	0	69	38	17	5	38	1.72
25036890--25036927	20	1.9	20	100	0	76	36	18	10	34	1.85
25038603--25038634	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
25038401--25038662	127	2.0	130	91	4	431	35	9	14	40	1.80
25044027--25044145	43	2.8	43	82	0	139	23	35	17	23	1.95
25047567--25047726	43	3.7	43	78	8	148	21	32	21	24	1.98
25049890--25049917	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25062563--25062593	9	3.3	9	95	4	53	16	0	0	83	0.64
25065680--25065815	39	3.6	39	87	3	161	25	13	34	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25071315--25071363	20	2.4	20	86	10	64	69	0	30	0	0.89
25074661--25074763	38	2.6	39	84	6	129	20	15	40	23	1.90
25074661--25074766	40	2.7	38	85	5	133	20	15	40	23	1.90
25078844--25078896	28	1.9	27	92	3	88	37	22	16	22	1.94
25121205--25121316	36	3.0	38	89	3	165	25	32	12	29	1.93
25122487--25122528	13	3.0	14	82	10	59	2	28	0	69	1.01
25128289--25128326	19	2.0	19	100	0	76	31	31	5	31	1.80
25137334--25137389	20	2.8	20	100	0	112	42	21	5	30	1.75
25138976--25139005	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
25142078--25142148	27	2.6	29	78	8	78	50	4	1	43	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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