genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   

This is table  64  of  93  ( 11113 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24418411--24418488	34	2.3	35	86	8	115	21	11	32	34	1.89
24418782--24418825	16	2.8	15	80	10	52	79	2	18	0	0.83
24423958--24423988	2	15.5	2	93	0	53	51	45	3	0	1.17
24425280--24425470	80	2.4	80	84	4	244	32	26	16	24	1.96
24435858--24435908	5	10.2	5	89	0	75	35	21	1	41	1.65
24447437--24447475	11	3.5	11	92	0	60	48	17	2	30	1.61
24447469--24447512	22	2.0	22	90	0	70	40	25	6	27	1.80
24447895--24447926	12	2.8	12	95	4	57	59	9	0	31	1.29
24459124--24459343	54	4.1	54	90	3	354	20	12	41	26	1.87
24459673--24459866	98	2.0	98	93	0	334	21	19	23	35	1.96
24461149--24461263	43	2.7	43	83	4	144	23	32	19	25	1.97
24468765--24468868	43	2.4	43	83	4	138	24	37	15	23	1.93
24471419--24471461	20	2.2	20	83	8	52	23	4	6	65	1.37
24472567--24472593	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
24474760--24474801	19	2.2	19	86	0	57	38	7	33	21	1.81
24475188--24475227	19	2.2	19	95	4	73	42	5	0	52	1.23
24477797--24477865	35	2.0	35	82	0	84	31	14	17	36	1.90
24477835--24477885	20	2.5	20	87	0	66	31	13	21	33	1.92
24479560--24479607	25	1.9	25	86	0	69	27	33	14	25	1.94
24482739--24482775	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
24484271--24484297	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
24490618--24490731	35	3.3	35	71	9	110	24	14	27	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24490614--24490744	67	2.0	67	92	6	221	24	13	27	34	1.93
24496006--24496047	21	2.0	22	86	13	61	52	19	2	26	1.58
24509427--24509586	60	2.7	60	77	11	175	25	20	21	32	1.97
24512050--24512096	14	3.3	14	85	5	67	0	17	2	80	0.80
24512050--24512097	15	3.3	15	82	2	62	0	16	2	81	0.79
24514169--24514193	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
24514360--24514427	21	3.2	21	79	6	75	23	17	17	41	1.90
24520777--24520803	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
24523630--24523695	32	2.1	32	100	0	132	40	12	16	30	1.85
24525123--24525165	20	2.2	20	83	8	52	23	4	6	65	1.37
24526265--24526300	14	2.6	14	81	0	54	30	2	8	58	1.42
24529526--24529569	22	2.0	22	86	8	63	31	0	11	56	1.35
24530683--24530729	22	2.1	23	84	11	62	48	17	6	27	1.71
24533106--24533176	29	2.4	30	80	2	90	25	25	26	22	2.00
24533118--24533174	30	1.9	29	85	3	78	22	24	29	22	1.99
24533515--24533580	32	2.1	32	86	11	91	28	13	24	33	1.93
24535532--24535706	80	2.2	81	90	2	271	40	23	14	21	1.91
24536018--24536176	54	2.9	54	90	0	255	23	43	13	20	1.86
24552632--24552809	78	2.3	79	81	8	220	34	28	19	17	1.95
24554575--24554728	35	4.4	35	87	6	231	27	10	35	26	1.89
24554578--24554728	70	2.2	70	93	2	259	26	10	36	26	1.89
24554576--24554754	35	5.1	36	85	5	215	26	12	36	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24554821--24554868	21	2.3	21	85	0	60	37	4	10	47	1.57
24558020--24558050	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
24560807--24560889	35	2.4	35	93	0	139	26	9	34	28	1.88
24560980--24561012	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24564453--24564565	32	3.4	32	72	11	102	35	26	13	24	1.92
24564450--24564603	67	2.3	68	86	4	213	35	26	14	23	1.93
24574131--24574176	18	2.6	18	89	0	74	23	8	34	32	1.86
24574857--24574946	36	2.5	37	80	5	103	13	22	25	38	1.90
24586660--24586684	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24593949--24594070	41	2.9	43	87	4	185	26	17	32	23	1.96
24597049--24597076	11	2.5	11	100	0	56	32	0	14	53	1.41
24597100--24597130	5	6.2	5	96	0	53	38	0	22	38	1.54
24603255--24603287	13	2.5	13	95	5	57	42	39	0	18	1.50
24607317--24607356	16	2.6	16	88	4	55	5	15	0	80	0.88
24607339--24607396	31	1.9	29	83	13	73	3	25	1	68	1.14
24609301--24609478	86	2.1	84	89	2	266	28	20	29	21	1.98
24609311--24609481	43	4.0	43	78	11	192	27	19	30	22	1.98
24611233--24611272	21	1.9	21	89	0	62	42	5	0	52	1.23
24611500--24611528	13	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
24613609--24613675	33	2.0	33	100	0	134	29	8	17	43	1.80
24613811--24613851	21	2.0	21	95	0	73	31	21	19	26	1.97
24614944--24614991	13	3.7	12	79	17	51	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24614944--24614994	14	3.8	13	80	10	59	52	0	0	47	1.00
24614940--24615002	22	2.7	23	69	21	58	49	0	0	50	1.00
24616103--24616158	3	18.7	3	84	0	58	58	30	8	1	1.39
24616107--24616168	12	5.2	12	74	0	52	54	30	11	3	1.51
24616103--24616158	18	3.1	18	84	0	67	58	30	8	1	1.39
24619372--24619400	11	2.7	11	94	5	51	0	17	0	82	0.66
24621369--24621447	38	2.1	37	83	9	97	37	1	3	56	1.25
24621924--24621977	19	2.9	19	81	10	67	33	0	0	66	0.92
24621915--24621974	30	2.0	30	83	6	77	38	0	0	61	0.96
24621924--24621971	16	2.8	17	81	15	55	33	0	0	66	0.92
24622053--24622133	31	2.7	30	84	3	92	27	0	2	70	1.00
24625431--24625489	3	20.7	3	77	10	52	32	40	1	25	1.66
24625436--24625498	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
24625484--24625606	43	2.9	44	83	7	146	20	37	17	24	1.94
24626491--24626836	173	2.0	172	99	0	683	23	18	16	41	1.89
24634045--24634083	8	4.9	8	93	0	51	46	7	2	43	1.46
24634039--24634074	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
24640828--24640865	19	2.0	19	94	0	67	44	28	0	26	1.54
24641687--24644671	251	12.0	251	79	7	2693	32	10	7	49	1.65
24643837--24643886	22	2.3	22	96	0	91	30	12	6	52	1.62
24643837--24643897	22	2.9	21	87	4	70	29	13	6	50	1.66
24643916--24644668	247	3.0	244	80	8	809	32	10	7	49	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24643110--24644648	778	2.0	777	82	5	1918	32	11	7	48	1.67
24645625--24645695	25	2.8	26	78	4	90	18	26	29	25	1.98
24652994--24653077	22	3.8	22	82	0	69	20	11	25	42	1.86
24653042--24653099	22	2.6	22	86	0	71	20	12	27	39	1.88
24653122--24653167	19	2.3	21	85	7	60	10	10	30	47	1.73
24653340--24653404	22	3.0	22	88	0	103	15	7	32	44	1.75
24657007--24657066	29	2.1	29	90	0	93	41	16	11	30	1.84
24657091--24657225	22	6.1	22	91	0	207	40	21	13	25	1.89
24657282--24657372	38	2.4	38	98	0	173	42	28	10	17	1.83
24659873--24659941	33	2.1	33	86	5	95	17	27	18	36	1.94
24663046--24663142	42	2.3	42	92	0	158	37	19	12	30	1.89
24664138--24664435	156	1.9	156	87	4	440	42	9	14	32	1.78
24666199--24666241	18	2.4	18	84	7	52	60	4	20	13	1.51
24672717--24672852	68	2.0	68	94	0	236	35	20	16	27	1.94
24673014--24673123	58	1.9	58	88	1	168	37	16	9	37	1.80
24680147--24680178	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
24683909--24683952	19	2.3	19	100	0	88	25	15	15	43	1.87
24685256--24685470	39	5.6	39	78	6	190	24	12	36	26	1.90
24687483--24687633	61	2.5	61	85	2	205	32	21	19	26	1.97
24687983--24688097	43	2.7	43	87	2	160	20	37	16	25	1.93
24690288--24690373	38	2.3	38	85	4	120	23	36	16	24	1.94
24696226--24696344	42	2.8	42	84	0	166	23	36	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24700433--24700472	17	2.4	17	91	0	62	77	0	22	0	0.77
24700431--24700471	9	4.6	9	84	9	57	78	0	21	0	0.76
24700730--24700832	52	2.0	51	100	0	197	33	11	15	38	1.84
24703887--24703928	22	2.0	21	86	13	59	21	7	9	61	1.50
24729626--24729663	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
24732006--24732162	66	2.4	67	84	8	196	26	13	27	32	1.94
24732071--24732151	32	2.5	32	76	10	83	27	11	27	34	1.90
24732397--24732532	71	1.9	70	84	1	182	47	19	14	18	1.83
24732606--24732652	21	2.3	20	86	10	69	42	14	23	19	1.88
24739970--24740008	20	2.0	20	90	5	62	35	10	5	48	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93