genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19191428--19191466	16	2.4	17	83	12	55	20	2	0	76	0.90
19192040--19192155	34	3.4	34	79	1	126	28	10	29	31	1.90
19192040--19192181	68	2.1	68	81	3	162	30	11	26	31	1.91
19194501--19194605	54	1.9	54	88	3	158	26	13	25	34	1.93
19194549--19194662	60	1.9	60	81	3	140	28	15	22	33	1.95
19200604--19200722	43	2.8	43	89	2	177	21	21	37	19	1.94
19200614--19200735	43	2.8	43	88	2	174	22	18	39	18	1.92
19200721--19200783	20	3.2	20	90	2	101	25	3	41	30	1.71
19214480--19214666	66	2.8	65	78	8	200	35	26	14	24	1.93
19214501--19214666	67	2.5	66	80	2	199	35	25	13	25	1.93
19225434--19225458	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
19227166--19227220	28	2.0	27	86	10	76	58	3	10	27	1.49
19228281--19228436	54	3.0	52	88	3	231	22	13	30	33	1.92
19235662--19235701	19	2.2	19	86	4	55	50	0	2	47	1.14
19235684--19235718	11	3.2	11	95	0	61	57	0	0	42	0.99
19235674--19235713	14	2.9	15	78	14	50	52	0	0	47	1.00
19237371--19237405	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
19237902--19237962	28	2.2	28	93	0	104	22	18	36	22	1.95
19239192--19239273	38	2.2	37	82	2	101	23	35	17	24	1.95
19247032--19247176	35	4.3	32	74	12	123	25	11	24	37	1.89
19247048--19247195	67	2.2	67	85	4	192	27	13	23	35	1.93
19247075--19247215	67	2.1	67	82	2	176	27	14	23	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19256501--19256562	12	5.2	12	80	3	72	45	0	33	20	1.52
19256501--19256562	23	2.6	23	79	5	70	45	0	33	20	1.52
19256485--19256564	35	2.3	36	91	6	137	43	0	33	22	1.53
19257126--19257161	17	2.1	17	94	0	63	33	22	36	8	1.84
19259722--19259842	63	1.9	63	83	3	154	47	15	14	23	1.82
19259718--19259853	63	2.1	63	78	4	148	44	13	15	26	1.84
19260357--19260441	36	2.4	36	86	4	109	29	10	25	34	1.90
19261540--19261782	67	3.6	67	83	7	246	30	21	18	29	1.97
19261540--19261784	68	3.7	67	83	5	275	30	21	18	29	1.97
19265394--19265424	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
19266078--19266183	35	3.1	34	76	1	113	27	10	31	31	1.90
19268172--19268254	35	2.4	35	95	0	148	21	6	39	32	1.78
19268172--19268279	35	3.1	34	86	5	144	21	8	40	29	1.82
19289046--19289111	33	2.0	33	85	11	91	34	22	10	31	1.88
19292298--19292512	25	8.6	25	75	1	99	42	14	9	33	1.78
19292326--19292522	50	3.9	50	79	2	189	42	15	9	32	1.79
19293331--19293428	27	3.6	27	84	5	117	27	17	21	33	1.96
19293564--19293636	34	2.2	33	85	2	92	20	19	23	36	1.95
19293814--19293856	20	2.2	20	87	4	61	39	13	2	44	1.57
19293833--19293891	29	2.0	29	83	0	73	40	11	8	38	1.72
19298232--19298277	21	2.1	22	84	8	58	56	2	0	41	1.11
19299197--19299239	16	2.7	16	82	10	52	62	11	0	25	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19300356--19300415	31	1.9	31	83	6	77	38	5	31	25	1.77
19305854--19305943	25	3.5	26	76	8	76	23	16	31	28	1.96
19308906--19308936	15	2.0	16	93	6	55	0	22	0	77	0.77
19316259--19316298	21	1.9	21	85	10	55	15	40	2	42	1.60
19318234--19318259	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19320696--19320788	40	2.3	40	75	1	98	31	21	19	27	1.97
19328329--19328478	60	2.5	62	86	6	227	35	24	17	22	1.95
19328863--19328981	43	2.8	43	84	2	141	20	36	20	23	1.95
19329768--19329805	19	2.0	20	89	5	60	39	15	23	21	1.92
19338400--19338449	2	25.0	2	87	0	73	46	4	0	50	1.20
19339729--19339792	30	2.2	30	94	2	112	32	20	3	43	1.67
19339886--19340637	251	3.0	248	82	6	892	46	6	12	34	1.67
19344865--19344912	20	2.4	20	82	6	53	25	0	8	66	1.19
19347114--19347152	20	2.0	20	89	0	60	33	7	15	43	1.75
19350557--19350600	22	2.0	22	82	8	54	31	11	20	36	1.88
19350634--19350689	5	11.2	5	94	0	94	41	0	21	37	1.53
19360648--19361011	60	6.0	60	81	5	358	23	30	17	28	1.97
19360648--19361014	121	3.0	119	82	6	407	23	30	17	28	1.97
19361586--19361615	15	2.1	14	93	6	51	0	16	0	83	0.65
19361535--19361691	69	2.3	69	86	2	219	1	32	4	61	1.24
19361772--19361807	13	2.8	13	82	0	54	0	25	0	75	0.81
19362867--19362915	20	2.5	20	93	0	80	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19367915--19368155	60	4.0	60	80	4	252	22	30	19	27	1.98
19367914--19368156	121	2.0	122	86	0	344	22	30	19	27	1.98
19368667--19368698	15	2.1	15	100	0	64	0	18	0	81	0.70
19368670--19368718	25	2.0	24	88	4	71	0	22	0	77	0.77
19368667--19368928	68	3.8	69	85	7	329	1	30	2	64	1.18
19369046--19369090	16	2.9	15	84	15	56	2	24	0	73	0.95
19369045--19369100	26	2.2	26	84	12	71	1	26	0	71	0.96
19372286--19372349	27	2.4	27	81	2	76	39	15	15	29	1.89
19372389--19372462	28	2.7	28	83	4	98	50	12	13	24	1.76
19372207--19372537	118	2.7	125	77	9	360	41	12	15	30	1.84
19373367--19373427	28	2.1	29	93	3	106	22	13	1	62	1.39
19373673--19373763	31	2.9	31	78	14	98	19	35	16	28	1.94
19381205--19381251	24	2.0	24	95	0	85	53	4	21	21	1.63
19384818--19384879	31	2.0	31	96	0	115	30	3	19	46	1.65
19388731--19388809	41	1.9	41	82	5	97	41	16	13	27	1.86
19392308--19392349	22	1.9	22	85	9	59	54	9	9	26	1.63
19394517--19394562	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
19410335--19410393	2	29.5	2	85	0	82	47	6	0	45	1.29
19419989--19420018	13	2.3	13	94	0	51	20	20	16	43	1.88
19422078--19422147	35	2.0	36	85	2	97	25	11	22	40	1.88
19434251--19434320	35	2.0	34	86	2	95	30	28	14	27	1.95
19434282--19434457	67	2.6	67	88	3	257	34	26	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19434309--19434457	35	4.5	32	78	12	156	36	26	12	24	1.91
19434844--19434998	73	2.1	73	89	2	231	23	23	15	38	1.93
19434844--19435041	73	2.7	73	81	6	224	21	22	16	39	1.91
19445177--19445288	43	2.6	43	85	2	154	25	17	35	21	1.95
19445632--19445678	21	2.3	21	82	10	62	23	27	19	29	1.98
19445634--19445769	60	2.3	60	86	6	195	22	19	25	32	1.97
19454482--19454535	27	2.0	27	92	0	90	18	11	48	22	1.79
19457917--19457956	20	1.9	20	85	10	53	50	2	7	40	1.44
19459471--19459520	25	2.0	25	92	0	82	38	14	14	34	1.85
19460590--19460639	19	2.6	19	74	22	59	12	32	8	48	1.69
19468619--19468656	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
19468678--19468769	42	2.2	41	80	1	103	22	21	32	22	1.98
19476247--19476349	38	2.6	39	86	8	140	22	40	16	20	1.91
19487342--19487378	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
19490788--19490895	35	3.1	35	91	0	162	30	31	11	26	1.91
19492146--19492183	19	2.0	19	89	0	58	36	10	36	15	1.82
19496939--19497316	43	9.0	42	80	5	397	26	18	32	22	1.97
19496939--19497291	83	4.2	83	86	2	490	26	18	32	22	1.97
19501328--19501352	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19517133--19517179	22	2.2	22	88	3	69	25	19	27	27	1.99
19517368--19517464	34	2.7	36	87	9	144	20	36	11	31	1.88
19521430--19521467	19	2.0	20	89	5	60	39	15	23	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19534992--19535284	42	7.0	42	86	1	354	23	31	21	23	1.98
19535008--19535284	126	2.2	126	88	0	410	23	31	20	23	1.98
19537657--19537832	35	5.0	35	84	4	221	27	32	9	30	1.89
19541901--19541982	36	2.3	35	91	4	130	30	10	35	23	1.89
19547137--19547311	35	5.0	35	82	5	194	27	32	10	29	1.91
19549387--19549411	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19549802--19549886	35	2.4	35	80	2	89	38	21	25	14	1.91
19551052--19551126	33	2.3	33	100	0	150	30	20	14	34	1.92
19551044--19551111	20	3.8	20	69	25	69	32	17	14	35	1.91
19552523--19552560	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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