genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21406036--21406144	39	2.8	39	88	1	157	27	32	12	27	1.93
21405998--21406147	39	3.9	39	81	4	155	29	32	10	27	1.90
21406060--21406173	39	2.9	39	88	1	131	26	35	12	25	1.91
21407311--21407357	20	2.3	20	86	13	62	0	34	0	65	0.93
21407329--21407360	15	2.1	16	94	5	57	0	34	0	65	0.93
21411401--21411487	41	2.1	41	93	0	147	22	11	28	36	1.89
21413243--21413377	42	3.2	42	82	9	159	25	15	31	27	1.96
21413891--21413930	19	2.1	19	90	0	62	32	27	20	20	1.97
21419629--21419668	17	2.4	17	87	4	55	20	0	12	67	1.22
21427264--21427367	50	2.1	50	94	0	181	42	5	23	28	1.77
21431305--21431346	20	2.1	20	86	0	57	47	14	19	19	1.82
21431239--21431398	73	2.2	73	80	6	173	41	18	19	21	1.91
21435707--21435807	38	2.6	40	84	3	134	25	14	35	23	1.94
21449493--21449530	12	3.2	12	96	0	67	5	31	0	63	1.17
21449501--21449552	17	3.1	17	76	17	56	3	28	0	67	1.08
21450243--21450275	11	2.8	12	86	13	50	6	0	12	81	0.85
21451038--21451196	54	2.9	54	95	0	282	26	5	11	55	1.58
21453342--21453506	28	5.7	28	83	7	177	36	12	10	39	1.79
21453342--21453502	59	2.8	57	83	6	189	37	13	10	38	1.79
21453342--21453496	29	5.3	29	82	6	163	37	12	10	38	1.79
21459754--21459779	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
21459712--21459820	57	1.9	57	84	5	148	39	16	15	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21459770--21459931	45	3.7	43	76	15	152	39	14	17	28	1.89
21459767--21460084	44	7.3	44	73	9	206	39	15	16	28	1.89
21459767--21459931	89	1.9	89	92	2	278	40	15	16	27	1.89
21459770--21460030	44	5.9	44	75	6	213	39	14	18	27	1.90
21459766--21459975	89	2.4	89	84	3	271	40	15	17	26	1.89
21460475--21460518	19	2.3	19	84	7	54	47	2	31	18	1.61
21460833--21460859	10	2.7	10	100	0	54	0	18	0	81	0.69
21475702--21475741	21	2.0	21	85	14	57	62	0	2	35	1.09
21475695--21475737	17	2.4	17	82	17	52	60	0	4	34	1.17
21476532--21476572	5	7.8	5	91	8	64	78	0	21	0	0.76
21483887--21483927	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
21483887--21483931	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
21483885--21483932	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
21491559--21491609	6	8.5	6	76	8	50	78	1	5	13	1.02
21492069--21492098	13	2.3	13	94	0	51	13	0	3	83	0.77
21505556--21505609	27	2.0	28	85	7	76	24	16	20	38	1.92
21506255--21506522	137	2.0	137	89	0	410	44	7	19	29	1.78
21518088--21518208	43	2.8	43	75	2	118	25	17	35	21	1.95
21518205--21518264	23	2.6	23	91	0	84	25	5	38	31	1.77
21522856--21522943	29	2.8	30	70	13	70	18	14	28	38	1.90
21527189--21527216	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
21530834--21530888	21	2.6	21	82	8	67	41	14	16	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21531981--21532048	34	2.0	34	82	2	82	29	27	13	29	1.94
21547720--21547786	34	2.0	33	93	0	107	32	5	22	37	1.78
21555871--21556019	35	4.5	32	75	13	131	36	26	13	23	1.92
21555871--21555982	32	3.4	33	75	12	113	33	27	14	24	1.94
21555844--21556019	67	2.6	66	86	3	237	35	25	13	25	1.93
21556898--21556935	17	2.2	17	86	9	51	10	31	21	36	1.87
21558060--21558280	113	2.0	112	84	1	282	35	10	12	41	1.77
21594370--21594547	67	2.7	66	84	3	205	37	26	10	25	1.88
21594403--21594551	35	4.5	33	74	12	117	37	27	10	24	1.88
21604741--21604791	5	10.2	5	89	0	75	39	19	1	39	1.63
21605231--21605259	14	2.1	14	100	0	58	86	0	0	13	0.58
21610996--21611034	15	2.4	16	83	12	53	48	0	2	48	1.15
21613384--21613707	171	1.9	171	90	1	515	38	15	16	29	1.89
21617336--21617383	22	2.2	22	100	0	96	31	18	29	20	1.97
21620173--21620223	22	2.3	22	86	0	66	23	21	7	47	1.77
21622216--21622240	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21623874--21623898	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
21630133--21630207	23	3.0	25	79	11	91	29	16	16	38	1.90
21635125--21635413	151	1.9	149	90	4	465	33	10	11	44	1.74
21639016--21639093	35	2.2	36	88	4	113	24	10	12	52	1.70
21648395--21648429	11	3.3	11	88	8	54	65	11	22	0	1.24
21649259--21649302	11	4.3	11	78	21	51	68	9	22	0	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21654983--21655188	60	3.6	60	75	13	195	26	16	30	27	1.96
21656332--21656468	69	2.0	70	80	8	156	30	17	2	48	1.62
21657504--21657585	28	2.9	28	76	7	85	31	21	13	32	1.92
21658079--21658159	21	3.9	21	86	1	110	29	9	19	40	1.84
21661501--21661538	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
21664309--21664359	15	3.3	15	88	2	75	74	0	21	3	0.98
21664309--21664359	8	6.6	8	76	17	54	74	0	21	3	0.98
21664301--21664359	31	1.9	30	86	10	84	74	0	20	5	1.00
21665800--21665970	43	3.9	43	77	9	177	24	18	33	23	1.96
21665801--21665964	86	1.9	88	93	3	287	23	18	34	23	1.96
21671882--21671922	21	2.0	21	85	0	55	26	14	19	39	1.90
21673757--21673802	22	2.0	23	84	12	60	47	15	8	28	1.74
21679484--21679531	21	2.3	21	82	3	62	45	18	4	31	1.68
21679558--21679658	21	4.8	21	77	11	91	49	17	4	27	1.67
21679572--21679658	21	4.1	21	82	5	95	50	18	5	25	1.69
21687882--21687913	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
21708504--21708581	28	2.8	28	82	0	93	32	19	12	35	1.89
21709066--21709171	20	5.0	20	72	17	88	33	12	14	40	1.83
21709437--21709508	21	3.3	21	84	5	81	51	19	4	25	1.64
21709571--21709637	21	3.2	21	84	0	89	47	19	5	26	1.72
21711111--21711181	36	2.0	36	82	0	88	19	16	21	42	1.89
21715843--21715953	42	2.6	42	84	1	123	23	33	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21715872--21715958	42	2.1	42	91	0	138	20	33	19	26	1.97
21737903--21737955	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
21738000--21738045	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
21743395--21743438	22	2.0	22	86	0	61	43	18	6	31	1.76
21750609--21750661	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
21750706--21750751	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
21758647--21758699	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
21758744--21758789	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
21760230--21760300	4	16.8	4	75	10	61	46	4	1	47	1.30
21760256--21760300	17	2.8	16	90	6	72	51	6	0	42	1.28
21760253--21760300	25	1.9	25	95	0	87	50	6	0	43	1.27
21760253--21760317	25	2.6	24	83	9	60	50	4	0	44	1.22
21773142--21773174	12	2.8	12	95	0	57	42	0	9	48	1.35
21775998--21776091	47	2.0	47	93	4	163	45	6	11	36	1.66
21776588--21776643	29	1.9	29	92	0	94	28	8	7	55	1.57
21777225--21777268	21	2.0	22	83	12	56	52	0	4	43	1.22
21778435--21778483	21	2.2	23	82	13	59	32	2	0	65	1.04
21779676--21779787	35	3.6	32	72	20	94	50	5	23	21	1.69
21779685--21779791	30	3.5	31	71	20	84	52	3	22	21	1.63
21780467--21780550	35	2.4	36	85	2	107	42	14	23	19	1.87
21781054--21781099	21	2.2	21	85	14	60	28	23	8	39	1.84
21781145--21781514	186	2.0	182	91	4	591	39	16	8	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21785838--21785991	37	4.2	37	71	8	107	20	20	19	39	1.93
21785887--21786028	37	3.8	37	69	14	103	16	20	23	39	1.92
21793330--21793402	38	1.9	38	94	0	128	20	32	19	27	1.97
21793658--21793690	15	2.2	15	100	0	66	33	12	18	36	1.88
21793704--21793759	22	2.5	22	88	2	85	23	12	21	42	1.86
21795563--21795592	15	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
21795599--21795658	24	2.5	24	81	10	70	66	0	3	30	1.07
21795672--21795734	21	3.1	21	71	13	60	69	0	0	30	0.88
21795669--21795749	26	3.1	26	80	1	81	66	1	0	32	0.99
21795574--21795751	33	5.8	30	69	22	102	66	0	2	29	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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