genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28206567--28206703	69	2.0	69	85	2	186	25	16	20	37	1.93
28206636--28206896	45	5.8	45	81	4	294	26	18	20	34	1.96
28206749--28206819	21	3.2	21	64	11	52	29	19	22	28	1.98
28206651--28206896	134	1.8	135	91	2	406	26	18	20	34	1.96
28208771--28208974	104	2.0	102	98	0	381	29	3	18	47	1.67
28208776--28209008	104	2.2	104	90	2	367	27	4	17	49	1.66
28211552--28211611	27	2.3	27	80	5	70	68	3	26	1	1.15
28212417--28212441	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
28215863--28215904	21	2.0	21	90	0	66	33	26	16	23	1.96
28216049--28216127	29	2.8	29	90	3	117	36	10	13	39	1.79
28223153--28223258	43	2.5	43	82	3	124	26	16	35	20	1.94
28223272--28223331	23	2.6	23	86	0	75	28	1	36	33	1.67
28226140--28226182	21	2.0	21	90	0	68	41	16	16	25	1.88
28240012--28240104	46	2.0	46	83	4	116	47	9	11	31	1.73
28244201--28244260	23	2.6	23	86	0	75	28	1	36	33	1.67
28262214--28262619	201	2.0	201	90	4	658	31	11	21	34	1.89
28264116--28264140	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
28282967--28283014	2	24.5	2	91	4	80	47	2	0	50	1.12
28283397--28283422	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28286508--28286576	30	2.3	30	85	2	95	39	14	10	36	1.80
28286554--28286625	25	2.9	25	81	8	92	29	15	15	40	1.88
28286553--28286625	26	2.9	24	80	8	83	28	15	15	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28286651--28286845	45	4.3	45	84	0	264	28	18	20	32	1.97
28294922--28294954	15	2.2	15	94	0	57	39	24	0	36	1.56
28295002--28295043	15	2.8	15	88	0	66	57	14	2	26	1.50
28297762--28297798	19	1.9	19	88	0	56	29	18	2	48	1.62
28298147--28298211	8	8.2	8	85	10	53	13	0	0	86	0.58
28298153--28298212	16	3.9	15	80	6	66	11	0	0	88	0.52
28298161--28298195	1	35.0	1	94	0	61	2	0	0	97	0.19
28298144--28298212	11	6.0	11	78	9	57	14	0	0	85	0.60
28301765--28301802	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
28307089--28307130	21	2.0	21	95	0	75	30	26	19	23	1.98
28307117--28307220	26	4.0	25	76	17	88	38	13	14	33	1.85
28322778--28322822	22	2.0	22	86	0	63	42	4	4	48	1.43
28322807--28322833	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28324155--28324210	25	2.2	25	80	3	58	57	7	8	26	1.55
28326188--28326219	13	2.6	13	90	9	50	78	15	6	0	0.95
28338241--28338499	139	1.9	133	95	0	410	36	5	7	47	1.56
28342217--28342344	16	8.3	16	66	21	51	46	0	1	50	1.16
28342253--28342307	24	2.2	25	83	9	67	52	0	1	45	1.11
28342263--28342348	16	5.3	17	72	16	58	46	0	2	51	1.13
28342394--28342489	25	3.7	26	78	9	81	53	2	0	44	1.12
28342374--28342513	22	6.1	22	70	17	79	53	2	0	44	1.12
28348766--28348819	23	2.3	23	87	3	72	55	0	22	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28350594--28350644	18	2.9	17	85	5	66	45	21	7	25	1.79
28352875--28352959	42	2.0	42	95	0	152	27	18	20	34	1.96
28353076--28353203	64	2.0	64	93	0	220	32	12	21	33	1.90
28354026--28354080	24	2.2	24	93	3	92	34	21	5	38	1.77
28357829--28357874	2	22.5	2	95	4	83	50	0	47	2	1.13
28365850--28365874	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
28366652--28366695	17	2.6	16	82	10	61	25	18	0	56	1.41
28368598--28368729	44	3.0	44	68	14	128	29	28	14	26	1.95
28368556--28368729	87	2.0	87	98	1	332	29	28	13	27	1.94
28368559--28368698	44	3.2	43	70	14	142	28	27	15	27	1.95
28368725--28368768	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
28369022--28369058	19	2.0	19	94	5	67	37	21	5	35	1.77
28369418--28369456	20	1.9	21	89	5	62	33	23	12	30	1.92
28382432--28382461	15	1.9	16	93	6	53	56	16	6	20	1.62
28384016--28384044	11	2.7	11	94	5	51	44	0	0	55	0.99
28385116--28385260	23	6.3	23	84	0	182	28	12	34	24	1.92
28385126--28385261	46	3.0	46	91	0	218	29	11	34	25	1.90
28385210--28385412	73	2.6	77	78	6	225	29	12	33	25	1.93
28385362--28385458	23	4.2	23	80	5	79	28	7	39	24	1.82
28385371--28385458	46	1.9	46	83	0	113	28	6	40	23	1.80
28385603--28385686	23	3.5	25	78	9	79	29	14	30	25	1.95
28385646--28385699	23	2.3	23	90	0	81	29	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28386581--28386684	31	3.4	31	87	0	154	30	17	16	35	1.92
28387200--28387234	3	11.7	3	88	11	54	71	0	0	28	0.86
28388764--28388942	90	2.0	90	93	0	304	22	12	21	42	1.87
28389625--28389691	21	3.0	21	80	10	64	68	2	4	23	1.22
28389922--28389963	21	2.0	21	86	9	59	64	4	4	26	1.33
28403008--28403050	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28404186--28404229	23	1.9	23	90	0	70	43	9	13	34	1.76
28404648--28404700	23	2.2	24	86	3	72	45	9	15	30	1.77
28405084--28405133	25	2.0	25	88	0	73	48	10	16	26	1.77
28411797--28411870	21	3.5	21	96	0	130	16	17	31	35	1.92
28411836--28412040	95	2.1	96	89	0	304	23	13	26	35	1.93
28411886--28412018	69	1.9	72	83	9	175	24	13	25	36	1.92
28411857--28412021	26	6.7	26	77	12	161	24	13	26	36	1.92
28412052--28412130	22	3.6	22	81	6	99	43	22	11	22	1.85
28412551--28412915	184	2.0	181	98	1	694	42	13	18	24	1.87
28413478--28413510	15	2.3	15	89	5	50	18	27	0	54	1.44
28424060--28424096	19	1.9	19	94	0	65	29	2	29	37	1.71
28424262--28424321	30	2.1	29	81	6	68	30	8	23	38	1.84
28425472--28425496	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
28433529--28433951	44	9.7	44	79	8	337	31	15	13	39	1.85
28433562--28433895	130	2.6	131	81	5	381	33	15	13	37	1.87
28433562--28433966	87	4.7	85	80	6	327	32	15	14	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28433558--28433966	174	2.3	173	78	5	430	32	15	14	38	1.87
28434305--28434364	31	1.9	31	83	10	77	60	3	23	13	1.48
28437997--28438060	29	2.2	29	83	2	76	45	17	6	31	1.73
28446850--28446892	21	2.0	21	81	0	50	30	9	34	25	1.87
28451486--28451521	18	1.9	19	88	5	56	63	2	2	30	1.22
28462438--28462488	22	2.3	22	96	0	93	50	0	5	43	1.26
28465292--28465330	22	1.9	21	85	15	55	17	25	7	48	1.74
28471842--28471870	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
28479723--28479843	61	2.0	60	91	3	190	33	18	9	38	1.82
28488169--28488352	96	1.9	96	85	2	253	48	20	14	16	1.81
28489787--28489946	71	2.3	71	83	2	205	33	13	13	40	1.83
28490100--28490141	21	2.0	22	90	4	68	28	16	4	50	1.66
28490207--28490259	27	2.0	27	81	7	63	37	9	9	43	1.70
28490203--28490276	29	2.7	27	81	8	78	37	9	10	41	1.73
28490007--28490334	120	2.7	121	76	5	300	35	13	9	42	1.76
28491352--28491387	2	19.0	2	88	11	58	47	0	0	52	1.00
28492702--28492753	13	3.6	15	77	15	56	51	0	0	48	1.00
28492698--28492754	28	2.0	29	89	3	89	52	0	0	47	1.00
28492756--28492786	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
28492917--28493019	51	2.0	51	81	10	122	49	4	1	43	1.35
28492954--28492987	17	2.0	17	88	0	50	50	2	0	47	1.16
28493129--28493202	23	3.3	23	83	5	80	56	4	1	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28493127--28493203	22	3.5	21	79	11	91	58	3	1	36	1.25
28493286--28493360	27	2.8	27	80	8	73	52	4	1	42	1.28
28493952--28494043	27	3.5	27	89	4	136	43	0	3	53	1.17
28494257--28494316	23	2.8	20	76	20	59	48	0	3	48	1.18
28494429--28494478	7	7.1	7	74	17	50	44	0	2	54	1.11
28494401--28494478	35	2.2	34	84	8	95	42	1	1	55	1.16
28494421--28494491	28	2.5	28	72	19	74	46	1	1	50	1.18
28493970--28494499	213	2.5	210	81	12	650	43	1	2	52	1.24
28493970--28494548	214	2.7	216	85	7	770	43	1	2	52	1.24
28494478--28494619	43	3.2	43	81	8	137	43	1	1	53	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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