genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22465649--22465709	30	2.0	30	100	0	122	54	13	3	29	1.55
22464999--22466635	686	2.4	678	87	6	2348	40	14	13	32	1.84
22465684--22466090	171	2.4	170	83	4	473	42	13	12	31	1.80
22466683--22470487	171	22.2	170	74	7	2637	38	14	13	32	1.86
22466687--22470487	341	11.1	341	75	8	2120	38	14	13	32	1.86
22470558--22472509	171	11.4	168	74	8	1304	38	15	14	31	1.87
22470988--22472287	508	2.5	508	78	5	1275	38	15	14	31	1.88
22472754--22473065	171	1.8	171	80	5	371	37	14	14	33	1.86
22475177--22475201	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22477149--22477207	30	2.1	28	84	9	75	32	8	22	37	1.84
22477163--22477220	30	2.0	30	82	3	73	37	8	22	31	1.84
22490664--22492026	169	8.0	169	75	6	1063	38	14	14	32	1.87
22490671--22492026	340	4.0	340	75	6	1117	38	14	14	32	1.87
22490696--22491855	511	2.3	510	79	4	1234	37	15	14	32	1.88
22491945--22492184	125	1.9	125	82	3	295	38	15	11	34	1.83
22491503--22492657	635	1.8	632	81	5	1443	38	14	13	33	1.85
22492070--22493456	171	8.1	170	78	4	1242	37	14	13	34	1.85
22494148--22494188	21	1.9	22	90	5	66	53	4	24	17	1.63
22494147--22494194	21	2.2	21	81	3	60	60	4	20	14	1.51
22495628--22496892	171	7.4	171	80	5	1213	36	14	15	33	1.88
22495628--22496887	510	2.5	511	83	4	1619	36	14	15	33	1.88
22495628--22496892	341	3.7	338	79	7	1308	36	14	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22496656--22497139	247	2.0	247	82	5	593	34	13	17	35	1.88
22496908--22500089	171	18.6	170	78	5	2689	37	13	15	33	1.87
22496318--22497495	588	2.0	588	81	4	1365	34	14	16	34	1.89
22496904--22500089	514	6.2	509	78	6	2697	37	13	15	33	1.87
22500531--22503507	171	17.4	168	75	7	2004	38	14	14	32	1.87
22500511--22503507	514	5.9	502	76	7	2190	38	14	14	32	1.87
22504688--22504826	40	3.7	38	80	11	151	22	35	20	21	1.96
22506157--22508928	341	8.1	339	79	3	2368	38	14	13	32	1.86
22506147--22508928	171	16.3	171	78	3	2297	38	14	13	32	1.86
22506157--22508933	511	5.4	511	81	3	2609	38	14	13	32	1.86
22510240--22510299	23	2.6	23	89	0	84	26	1	38	33	1.67
22526140--22526194	21	2.6	21	88	0	83	25	20	18	36	1.94
22532330--22532499	82	2.1	82	90	1	268	51	14	21	12	1.75
22536803--22536994	71	2.7	71	87	0	285	35	20	16	28	1.94
22538455--22538495	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
22538455--22538499	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
22538453--22538500	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
22544419--22544892	59	7.9	59	77	5	360	32	17	13	36	1.89
22544419--22544892	119	4.0	120	77	4	451	32	17	13	36	1.89
22544419--22544892	239	2.0	239	81	4	562	32	17	13	36	1.89
22545596--22545661	21	3.1	21	70	14	64	33	12	24	30	1.91
22545566--22545661	41	2.2	42	80	12	97	32	10	22	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22545743--22545802	23	2.7	23	81	2	77	36	13	18	31	1.89
22545477--22545896	187	2.2	187	82	4	490	35	13	18	32	1.90
22545743--22545856	21	5.3	21	75	7	77	34	12	21	31	1.91
22553185--22553225	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
22555115--22555158	19	2.3	20	81	14	58	47	6	15	29	1.72
22558356--22558393	19	2.0	19	94	0	67	26	0	28	44	1.54
22559632--22559656	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
22570879--22570926	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
22571992--22572029	19	2.0	19	90	10	60	10	13	5	71	1.30
22573689--22573761	27	2.6	28	91	4	121	38	9	12	39	1.76
22573701--22573839	28	4.9	26	76	14	91	43	8	9	38	1.68
22574002--22574034	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
22586813--22586853	3	13.7	3	89	0	55	34	24	0	41	1.55
22587243--22587276	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22588271--22588336	17	4.1	15	79	12	62	74	1	4	19	1.07
22588271--22588316	22	2.1	22	87	0	65	73	0	4	21	1.00
22588675--22588701	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
22589269--22589310	21	2.0	21	95	0	75	23	21	23	30	1.99
22601567--22601612	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
22611804--22611876	30	2.4	30	93	0	128	8	43	8	39	1.64
22613366--22613688	42	7.6	39	71	16	223	44	7	7	40	1.61
22613368--22613696	86	3.8	86	93	0	552	44	7	7	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22624614--22624703	25	3.6	25	68	14	69	23	13	21	42	1.88
22626449--22626486	12	3.2	12	88	0	58	36	7	34	21	1.82
22632339--22632424	35	2.5	35	98	0	163	30	32	11	25	1.91
22631683--22632388	371	1.9	371	91	1	1155	35	19	16	28	1.93
22633127--22633191	30	2.2	30	83	5	80	30	6	20	43	1.76
22635810--22635913	32	3.2	32	72	12	102	34	25	14	25	1.94
22635830--22635938	35	3.2	34	72	15	100	31	24	14	29	1.95
22635783--22635958	67	2.6	67	88	3	248	34	25	14	25	1.94
22635857--22635954	32	3.0	32	75	10	99	33	26	17	22	1.96
22636381--22636569	73	2.6	73	81	3	202	21	19	19	40	1.91
22657923--22657963	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
22658219--22658278	28	2.1	28	81	0	66	31	18	16	33	1.93
22663987--22664032	19	2.4	19	96	0	83	65	10	0	23	1.24
22665946--22665986	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
22677201--22677324	42	3.0	42	86	0	167	28	32	16	22	1.96
22679884--22680103	78	2.8	81	89	4	338	22	13	38	25	1.91
22679921--22680066	42	3.6	41	72	20	119	24	13	37	24	1.91
22679879--22680024	36	3.8	37	71	21	120	20	13	41	24	1.88
22679879--22680013	37	3.5	37	72	23	132	20	11	42	25	1.85
22680255--22680300	20	2.2	22	85	11	62	23	10	21	43	1.84
22682556--22682642	2	44.0	2	91	2	131	45	1	1	50	1.16
22683048--22683100	25	2.1	25	85	0	70	24	16	35	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22685931--22685981	23	2.2	23	86	6	68	21	9	31	37	1.86
22688517--22688561	2	22.0	2	86	4	63	51	2	2	44	1.26
22688601--22688646	2	23.0	2	86	8	67	50	2	2	45	1.26
22693578--22693666	42	2.1	42	89	0	133	37	8	17	35	1.82
22695026--22695133	35	3.1	35	89	2	128	30	31	9	28	1.88
22696702--22696778	2	39.0	2	89	2	120	0	46	1	50	1.09
22716697--22716760	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
22720915--22720957	14	3.1	14	76	10	52	58	4	0	37	1.19
22722368--22722477	49	2.2	49	83	0	130	40	24	6	28	1.79
22725574--22725636	20	3.2	20	82	8	76	26	1	36	34	1.67
22725641--22725675	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
22732234--22732355	43	2.8	43	81	2	138	24	17	38	19	1.93
22736287--22736335	22	2.2	22	82	7	55	40	26	10	22	1.86
22738636--22738661	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
22738663--22738725	20	3.2	20	71	13	67	53	20	3	22	1.59
22738650--22738725	39	1.9	39	97	0	143	52	21	2	23	1.59
22742358--22742495	39	3.6	39	87	2	165	25	35	13	25	1.93
22743644--22743683	13	3.2	13	86	10	57	0	30	2	67	1.04
22743650--22743688	20	1.9	21	89	5	62	0	30	2	66	1.05
22745657--22745704	22	2.3	22	82	7	55	31	18	25	25	1.98
22745726--22745931	74	2.8	73	80	5	236	32	24	16	25	1.96
22745726--22746001	74	3.8	73	77	8	220	31	25	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22746808--22746836	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
22750896--22750936	21	1.9	22	85	5	57	51	4	26	17	1.65
22750894--22750941	21	2.3	20	75	10	51	56	4	25	14	1.56
22754581--22754751	39	4.5	39	85	2	195	27	35	12	24	1.91
22764788--22764923	43	3.2	43	81	6	141	25	14	34	25	1.94
22768499--22768550	4	13.2	4	76	11	54	73	0	26	0	0.84
22768491--22768550	20	3.1	19	88	9	86	71	0	28	0	0.86
22770506--22770562	30	1.9	30	85	7	80	43	8	7	40	1.63
22770450--22770609	59	2.8	58	80	6	173	40	10	11	38	1.75
22770450--22770609	29	5.5	28	78	7	149	40	10	11	38	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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