genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   

This is table  72  of  93  ( 11113 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27890310--27890348	2	19.0	2	94	5	69	48	0	2	48	1.15
27890369--27890401	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
27890370--27890399	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
27890369--27890402	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
27894772--27894880	35	3.2	34	73	15	109	27	13	28	30	1.94
27894795--27894900	32	3.2	31	74	17	97	24	14	28	33	1.94
27894752--27894923	67	2.6	67	85	5	215	25	12	27	34	1.92
27894791--27894939	67	2.2	66	85	4	174	25	14	27	32	1.94
27895879--27895909	15	2.1	15	93	0	53	25	0	3	70	1.02
27897246--27897298	17	3.2	16	78	19	56	22	0	9	67	1.19
27901753--27901833	40	2.0	40	85	0	108	38	46	12	2	1.55
27912827--27912852	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
27920553--27920642	42	2.1	42	85	4	119	51	2	2	44	1.26
27927304--27927328	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27937797--27937838	19	2.3	18	84	8	50	28	0	4	66	1.12
27941324--27941397	28	2.6	28	91	0	112	32	20	18	28	1.96
27941324--27941411	28	3.1	28	85	0	77	34	19	18	28	1.95
27955570--27955615	5	8.6	5	81	13	56	23	0	0	76	0.79
27955570--27955623	10	5.0	11	84	8	67	24	0	0	75	0.80
27955560--27955637	16	4.8	16	78	9	59	23	3	0	73	1.00
27955554--27955660	21	5.0	20	73	21	60	23	4	0	71	1.04
27955572--27955656	11	7.9	12	73	21	57	24	3	0	71	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27955891--27955948	14	4.4	13	76	18	57	22	6	1	68	1.22
27956185--27956234	11	4.6	11	76	14	50	30	2	0	68	1.01
27956189--27956230	7	6.0	7	81	8	50	26	2	0	71	0.98
27956711--27956741	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
27957716--27957790	1	75.0	1	72	0	60	1	2	9	86	0.72
27957719--27957787	14	4.8	14	77	11	68	1	2	10	85	0.76
27957733--27957790	8	7.5	8	83	9	68	0	1	10	87	0.60
27957720--27957798	37	2.1	37	81	4	88	5	2	10	82	0.92
27977415--27977452	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
27980409--27980513	29	3.7	26	75	17	86	21	6	0	71	1.09
27980413--27980491	13	6.2	12	70	18	54	21	3	0	74	0.97
27980601--27980663	16	4.2	14	77	22	58	20	3	1	74	1.04
27980597--27980667	21	3.3	21	78	20	65	21	2	1	74	1.02
27981017--27981070	8	6.4	8	82	18	65	27	1	0	70	0.98
27981539--27981572	10	3.3	10	87	4	50	0	14	0	85	0.60
28009630--28009673	23	1.9	23	85	0	61	31	18	25	25	1.97
28011736--28011828	49	1.9	49	93	2	161	31	13	15	39	1.86
28014619--28014672	27	2.0	27	88	0	81	35	18	12	33	1.89
28019865--28020020	73	2.2	72	89	3	242	36	2	17	42	1.63
28022630--28022683	25	2.2	25	89	0	81	37	1	11	50	1.49
28026686--28026749	11	6.1	10	76	8	56	48	15	1	34	1.55
28026694--28026734	21	2.0	21	90	0	64	53	19	2	24	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28034020--28034219	27	7.3	28	77	6	151	43	13	7	36	1.71
28033996--28034165	55	3.1	55	77	5	155	40	14	8	37	1.75
28034022--28034210	82	2.3	82	80	4	211	43	13	7	34	1.72
28034068--28034219	55	2.8	55	81	2	171	43	13	6	36	1.70
28042534--28042570	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
28044400--28044441	22	1.9	22	90	0	66	0	16	7	76	1.00
28044961--28044998	12	2.9	13	88	7	51	7	10	5	76	1.15
28048926--28048965	18	2.2	18	86	0	53	32	2	12	52	1.52
28049321--28049354	14	2.3	15	90	5	52	52	0	2	44	1.16
28056574--28056687	57	2.0	57	98	0	219	36	17	11	34	1.86
28076963--28076996	15	2.3	15	100	0	68	47	17	17	17	1.84
28077331--28077355	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
28081895--28081928	18	1.9	18	94	5	61	70	8	5	14	1.31
28085932--28085960	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28088407--28088486	38	2.1	38	95	0	142	31	12	31	25	1.92
28106252--28106289	15	2.5	15	95	0	67	63	5	2	28	1.30
28108185--28108220	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28108441--28108482	17	2.6	16	82	14	50	23	2	0	73	0.94
28108441--28108522	27	2.9	27	75	14	78	24	4	0	70	1.06
28108441--28108524	14	6.3	13	69	20	66	23	4	0	71	1.05
28108434--28108521	23	4.0	23	69	19	62	22	4	1	71	1.11
28108457--28108524	20	3.5	18	75	16	57	22	5	0	72	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28108454--28108525	27	2.6	27	77	4	81	23	6	0	69	1.12
28108625--28108673	17	3.0	16	83	13	64	24	2	0	73	0.94
28108938--28109005	24	2.9	23	74	8	64	16	8	1	73	1.15
28110649--28110740	1	92.0	1	69	0	58	4	0	10	84	0.75
28110641--28110740	13	7.4	13	75	12	76	5	1	10	84	0.83
28110640--28110738	39	2.5	39	82	12	123	5	1	11	82	0.86
28110770--28111115	38	9.2	38	87	1	464	43	19	13	23	1.87
28110770--28111110	75	4.5	75	87	1	468	43	19	14	22	1.87
28121616--28121645	15	2.1	15	93	6	53	66	13	6	13	1.43
28122587--28122669	11	7.4	11	74	18	73	24	3	0	72	1.01
28122582--28122668	33	2.6	33	83	7	104	22	3	1	72	1.07
28122602--28122670	19	3.6	20	71	21	67	23	4	0	72	1.02
28122768--28122840	15	5.3	14	75	18	73	24	1	0	73	0.90
28122768--28122819	16	3.5	15	78	14	54	25	1	0	73	0.94
28122792--28122839	8	5.9	8	83	11	62	25	0	0	75	0.81
28122770--28122839	17	3.9	17	75	15	70	25	1	0	72	0.92
28123102--28123167	13	4.9	13	71	20	55	19	9	0	71	1.12
28123979--28124003	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
28123981--28124010	15	2.1	15	93	6	53	0	16	0	83	0.65
28124340--28124389	15	3.1	16	75	16	50	0	2	16	82	0.77
28132137--28132167	16	1.9	16	93	0	53	0	16	0	83	0.64
28135046--28135077	7	4.6	7	100	0	64	43	31	12	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28141672--28141770	25	3.8	28	81	12	95	51	1	0	47	1.07
28141704--28141790	40	2.1	41	81	6	106	47	1	0	51	1.08
28141669--28141928	15	17.5	15	66	18	77	48	1	0	49	1.13
28142029--28142075	21	2.2	22	81	11	53	17	34	29	19	1.94
28157504--28157728	79	2.8	78	80	6	238	40	7	8	44	1.62
28157682--28157806	55	2.3	55	85	0	160	38	5	9	46	1.60
28157495--28157840	27	12.9	27	67	12	104	39	6	9	45	1.62
28157705--28157840	55	2.5	55	85	2	166	39	4	8	47	1.55
28157602--28157855	28	9.4	28	70	6	146	39	5	10	44	1.62
28167295--28167358	28	2.3	28	100	0	128	20	20	29	29	1.97
28175679--28175846	71	2.3	72	80	5	171	39	17	16	26	1.91
28176575--28176649	36	2.1	36	83	11	93	36	6	25	32	1.82
28189320--28189357	18	2.1	18	95	0	67	18	0	5	76	0.97
28195428--28195452	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
28200443--28200483	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
28201566--28201603	16	2.2	18	86	9	53	44	5	5	44	1.49
28202386--28202421	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
28205036--28205100	32	2.0	32	100	0	130	35	15	18	30	1.92
28205518--28205567	23	2.2	23	89	3	75	16	26	4	54	1.59
28205958--28206026	31	2.3	30	92	5	113	34	11	14	39	1.82
28205965--28206075	26	4.2	25	77	15	80	31	13	14	40	1.85
28206002--28206075	24	2.9	24	78	9	67	27	14	16	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28206038--28206086	24	2.0	24	84	8	62	24	12	20	42	1.86
28205972--28206104	31	4.8	28	76	17	100	28	12	15	42	1.84
28206092--28206321	45	5.1	45	82	0	235	28	17	19	33	1.95
28206298--28206344	23	2.0	23	88	12	69	25	17	14	42	1.87
28206204--28206434	113	2.0	114	83	0	293	26	18	18	36	1.94
28206318--28206478	45	3.6	45	83	4	193	28	19	17	34	1.95
28206451--28206502	24	2.2	24	89	6	79	25	17	13	44	1.85
28206366--28206592	114	2.0	114	85	0	310	27	19	17	35	1.94
28206480--28206634	45	3.4	45	82	1	195	28	18	18	34	1.94
28206163--28206796	159	4.0	159	89	1	957	27	18	18	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93