genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8913475--8913499	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8913928--8913986	23	2.6	22	81	10	66	45	0	0	54	0.99
8913952--8913989	20	1.9	20	88	0	58	47	0	0	52	1.00
8941159--8941213	28	1.9	29	85	3	76	56	1	9	32	1.41
8941595--8941668	36	2.1	36	82	5	87	47	1	18	32	1.58
8945232--8945273	20	2.2	19	87	12	59	4	26	0	69	1.08
8957138--8957364	114	2.0	114	97	0	427	51	20	8	19	1.72
8959379--8959426	1	48.0	1	95	0	87	0	0	97	2	0.15
8959749--8959783	10	3.4	11	88	11	56	77	0	8	14	0.99
8960350--8960396	8	5.9	8	80	9	60	74	0	0	25	0.82
8960350--8960396	17	2.9	17	84	9	62	74	0	0	25	0.82
8960373--8960402	15	1.9	16	93	6	53	70	0	3	26	1.03
8960500--8960570	14	5.2	13	75	10	52	73	0	5	21	1.04
8960606--8960638	16	2.0	17	94	5	59	36	15	6	42	1.71
8960593--8960647	13	3.9	14	76	23	53	41	9	7	41	1.64
8964031--8964444	217	1.9	216	97	0	774	25	10	21	41	1.86
8971909--8972016	45	2.4	45	98	0	207	31	12	35	21	1.90
8972809--8973235	37	11.5	37	86	4	578	22	15	19	41	1.89
8972809--8973235	73	5.8	73	89	3	606	22	15	19	41	1.89
8976895--8976934	16	2.4	17	84	16	57	40	2	0	57	1.12
8977017--8977085	22	2.9	23	74	16	59	53	1	0	44	1.09
8980320--8980373	24	2.2	24	90	0	81	5	7	64	22	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8980910--8980963	24	2.2	24	90	0	81	5	7	64	22	1.40
8980045--8981220	590	2.0	589	99	0	2343	25	14	26	32	1.95
8986224--8986367	6	24.0	6	75	2	83	4	10	67	17	1.37
8986266--8986345	24	3.3	24	91	0	124	6	7	67	18	1.37
8986224--8986297	36	2.1	36	89	5	114	5	12	68	13	1.36
8990802--8990845	21	2.0	22	91	4	72	4	2	65	27	1.23
8990845--8990899	21	2.6	21	82	0	65	9	7	63	20	1.47
8994062--8994138	12	6.4	12	77	14	70	23	1	1	74	0.97
8994067--8994138	4	17.5	4	73	21	60	23	1	1	73	0.99
8996341--8996391	25	2.0	25	84	7	66	39	11	15	33	1.84
8998432--8998531	33	2.7	36	77	16	107	44	18	7	31	1.76
9008879--9008906	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
9015000--9015027	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9016156--9016195	18	2.2	18	90	0	62	52	10	2	35	1.48
9018507--9018778	51	5.4	50	88	4	388	23	24	19	32	1.97
9018507--9018780	100	2.7	100	91	2	451	23	24	19	32	1.98
9018783--9018848	25	2.7	25	90	9	102	22	22	16	37	1.93
9025157--9025230	25	3.0	25	94	4	123	41	8	33	16	1.77
9025161--9025239	25	3.2	24	85	7	72	41	7	36	13	1.74
9033625--9033667	22	2.1	19	83	12	50	6	16	20	55	1.64
9035006--9035030	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
9044633--9044692	24	2.5	24	80	2	66	31	1	3	63	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9057761--9057819	28	2.2	28	87	6	86	61	0	0	38	0.96
9062370--9062402	16	2.1	17	88	11	52	51	0	0	48	1.00
9062840--9062875	16	2.2	17	95	5	65	58	5	0	36	1.22
9062881--9063016	40	3.4	40	88	1	182	23	1	16	58	1.46
9062918--9063055	40	3.6	37	82	10	129	28	1	11	58	1.42
9063054--9063082	7	4.3	7	95	4	51	24	0	0	75	0.80
9063012--9063071	27	2.1	29	85	11	81	31	1	3	63	1.20
9065113--9065232	63	1.9	62	81	8	145	32	10	0	56	1.38
9065202--9065333	71	1.9	71	90	0	210	37	12	6	43	1.69
9068278--9068325	18	2.7	18	83	3	53	45	2	2	50	1.25
9083381--9083412	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9103929--9103958	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9106707--9106753	23	2.0	23	84	8	60	40	0	2	57	1.11
9114861--9114915	25	2.1	26	86	6	76	40	0	0	60	0.97
9114861--9114921	26	2.3	27	83	8	81	37	0	0	62	0.96
9115335--9115417	33	2.5	33	82	0	94	34	8	20	36	1.83
9117666--9117766	27	3.7	27	82	0	112	33	16	17	31	1.93
9118357--9118429	27	2.7	27	78	0	83	30	16	15	38	1.89
9118587--9118834	27	9.2	26	79	8	160	29	18	18	33	1.95
9118150--9118706	283	2.0	285	87	2	816	28	19	14	37	1.91
9118616--9118833	81	2.7	79	80	11	228	30	18	17	33	1.94
9118577--9118825	54	4.6	54	75	8	202	28	19	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9118618--9118833	27	8.0	27	80	6	190	29	18	17	33	1.94
9128257--9128293	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
9128388--9128416	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9131218--9131242	11	2.3	11	100	0	50	44	0	16	40	1.47
9137981--9138045	2	34.0	2	83	9	73	47	1	3	47	1.27
9138015--9138491	215	2.2	217	83	7	612	42	6	4	46	1.48
9138228--9138274	17	2.8	18	78	12	55	46	4	4	44	1.42
9138627--9138754	45	2.9	43	77	9	132	36	17	17	28	1.93
9138627--9138741	45	2.6	45	82	8	137	37	17	17	27	1.92
9138721--9138778	24	2.4	24	85	0	80	43	24	13	18	1.87
9138747--9139051	45	6.7	45	83	4	380	34	20	20	24	1.97
9138676--9138823	69	2.1	69	84	0	197	37	19	17	25	1.94
9138638--9138853	114	1.9	114	88	3	328	37	18	18	25	1.93
9138750--9139051	91	3.3	89	86	4	379	34	20	19	25	1.97
9138877--9139075	24	8.6	24	75	9	173	36	22	17	24	1.95
9138734--9139075	45	7.4	47	81	6	195	35	20	19	24	1.95
9138628--9139294	251	2.7	250	85	3	853	34	19	19	26	1.95
9139037--9139230	45	4.3	45	83	3	248	31	19	21	26	1.97
9139204--9139251	21	2.3	21	85	0	69	25	18	25	31	1.98
9139238--9139295	24	2.4	25	82	8	75	41	18	12	27	1.86
9139305--9139365	29	2.1	29	84	6	79	31	16	14	37	1.89
9142659--9142908	102	2.5	101	80	4	286	42	12	21	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9143926--9143950	13	1.9	13	100	0	50	48	0	32	20	1.50
9144170--9144239	29	2.4	29	85	0	95	50	10	22	17	1.76
9144475--9144598	35	3.5	35	84	0	131	18	18	19	43	1.88
9144475--9144606	70	1.9	70	82	3	167	18	17	19	43	1.88
9145739--9145822	31	2.7	30	76	12	80	40	1	1	57	1.14
9152657--9152685	13	2.1	14	93	6	51	89	0	6	3	0.57
9152657--9152706	27	1.9	27	84	8	68	80	2	12	6	0.98
9152671--9152710	21	2.0	20	85	5	53	75	2	15	7	1.14
9157158--9157251	44	2.1	44	94	3	163	47	15	17	19	1.82
9160676--9160741	33	2.0	34	82	8	82	50	1	0	48	1.10
9175958--9176000	18	2.5	17	84	3	50	53	2	2	41	1.26
9177539--9177567	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
9184589--9184737	45	3.4	45	71	9	144	28	16	23	31	1.96
9184623--9184687	21	3.1	21	97	0	121	18	16	29	35	1.93
9186001--9186185	94	2.0	94	84	8	243	52	5	7	35	1.52
9194178--9194232	23	2.3	23	84	3	65	43	7	10	38	1.68
9194570--9194607	17	2.2	18	85	4	51	81	0	13	5	0.85
9197087--9197893	144	5.6	144	87	0	1033	29	21	12	36	1.91
9214246--9214288	22	2.0	22	81	9	52	30	16	13	39	1.87
9215903--9215947	21	2.3	18	85	11	54	51	0	2	46	1.13
9226531--9226567	9	3.7	10	89	10	58	37	0	2	59	1.12
9229286--9229320	14	2.5	14	90	0	52	2	2	40	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9233750--9233774	13	1.9	13	100	0	50	48	0	32	20	1.50
9238380--9238404	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9242948--9242999	24	2.2	24	100	0	104	28	17	7	46	1.75
9260908--9261132	117	1.9	119	85	3	312	41	9	8	40	1.67
9261149--9261187	18	2.2	18	86	4	53	53	10	0	35	1.35
9264096--9264201	50	2.1	49	84	5	133	23	16	9	50	1.73
9268994--9269054	21	2.9	21	73	11	61	37	1	0	60	1.07
9269119--9269163	3	15.7	3	86	9	67	28	0	0	71	0.87
9280719--9280759	15	2.8	14	82	10	55	73	4	2	19	1.13
9280724--9280766	16	2.8	15	82	3	50	76	6	2	13	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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