genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28880821--28880908	2	47.0	2	76	20	84	43	2	0	53	1.13
28880821--28880928	57	1.9	56	92	3	173	41	2	0	53	1.21
28881346--28881391	19	2.4	19	81	0	56	2	15	2	80	0.91
28881346--28881401	9	6.0	9	76	14	51	1	16	3	78	0.97
28891999--28892049	2	26.0	2	90	4	77	47	0	1	50	1.12
28891675--28892037	202	1.8	202	84	7	485	47	4	7	39	1.52
28917307--28917350	22	2.0	22	100	0	88	36	22	4	36	1.75
28921141--28921205	34	1.9	34	100	0	130	20	13	10	55	1.68
28925125--28925178	24	2.2	26	80	12	60	44	9	11	35	1.72
28932787--28932826	20	1.9	22	90	10	66	22	20	17	40	1.92
28934068--28934109	18	2.3	18	87	4	57	7	11	7	73	1.23
28962276--28962305	15	1.9	16	93	6	53	73	6	6	13	1.24
28966118--28966154	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
28969008--28969098	27	3.3	28	73	17	84	53	0	0	46	1.00
28969027--28969109	27	3.1	27	79	16	93	53	0	0	46	1.00
28969040--28969157	15	7.9	15	72	14	75	47	0	0	52	1.00
28969029--28969148	60	2.0	63	83	11	160	50	0	0	50	1.00
28969184--28969276	37	2.4	39	82	8	102	53	0	1	45	1.07
28969219--28969317	15	6.9	15	71	16	68	50	0	1	48	1.07
28969227--28969324	25	4.0	25	79	12	89	50	0	1	48	1.07
28969086--28969286	41	5.1	37	66	18	104	52	0	0	46	1.07
28969249--28969335	26	3.5	26	74	13	67	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28972262--28972608	129	2.7	129	90	2	545	29	12	22	36	1.90
28982611--28982649	20	2.0	20	94	0	69	41	5	0	53	1.23
28982888--28982934	23	2.0	24	91	4	78	40	6	0	53	1.27
28989641--28989702	11	5.3	11	74	12	52	20	1	3	74	1.05
28989681--28989739	20	3.1	18	75	15	57	23	5	0	71	1.06
28989657--28989737	27	2.9	26	76	10	81	23	4	1	70	1.14
28989681--28989745	27	2.5	27	77	5	62	24	6	0	69	1.11
28989933--28989994	16	3.9	15	70	17	54	24	4	0	70	1.06
28989957--28989997	21	2.0	21	85	9	57	24	2	0	73	0.96
28989957--28989997	18	2.4	18	88	8	59	24	2	0	73	0.96
28991887--28991994	1	108.0	1	68	0	63	1	0	12	84	0.76
28991887--28991994	14	7.5	14	78	9	110	1	0	12	84	0.76
28991887--28991994	17	6.4	16	76	20	96	1	0	12	84	0.76
28991995--28992489	38	13.1	38	83	4	488	40	19	16	23	1.91
28991990--28992489	150	3.3	148	83	5	542	39	19	16	24	1.91
28991995--28992489	113	4.4	114	82	4	493	40	19	16	23	1.91
28993666--28993817	79	1.9	79	86	0	214	13	25	10	50	1.74
28994199--28994251	18	2.7	20	80	11	65	15	18	0	66	1.26
28994994--28995040	23	2.0	25	91	8	80	72	0	0	27	0.85
28995004--28995040	11	3.3	11	85	7	56	72	0	0	27	0.84
28995513--28995552	14	2.8	14	96	3	71	77	0	22	0	0.77
28995511--28995557	19	2.5	19	83	10	60	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28996024--28996118	38	2.5	36	75	11	91	72	2	7	17	1.17
28996289--28996321	7	4.9	7	92	7	59	75	0	0	24	0.80
28996289--28996321	13	2.4	14	95	5	59	75	0	0	24	0.80
29008263--29008866	62	9.9	61	84	8	721	32	11	19	36	1.88
29008263--29008866	249	2.5	245	85	7	804	32	11	19	36	1.88
29008263--29008964	182	3.9	181	82	9	713	32	11	18	37	1.87
29008263--29008870	120	5.0	119	84	6	731	32	11	18	37	1.88
29009073--29009106	13	2.6	13	86	13	52	76	0	0	23	0.79
29009073--29009122	19	2.7	18	85	14	66	76	0	0	24	0.80
29010229--29010283	27	2.0	27	85	3	74	20	1	9	69	1.25
29017583--29017678	20	4.9	18	70	20	61	23	4	0	71	1.03
29017562--29017657	32	3.0	33	76	17	94	23	5	1	69	1.15
29017581--29017672	27	3.2	27	75	21	73	25	3	0	71	1.00
29017773--29017806	9	3.7	9	88	7	50	17	0	0	82	0.67
29017774--29017816	10	4.2	10	88	11	61	16	2	0	81	0.79
29017773--29017816	19	2.2	21	88	8	65	18	2	0	79	0.83
29017868--29017928	16	3.7	17	77	10	65	22	4	0	72	1.04
29019003--29019043	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
29019621--29019663	18	2.4	18	80	0	50	34	0	2	62	1.08
29020290--29020714	211	2.0	211	91	0	690	38	12	15	33	1.85
29024299--29024332	4	8.5	4	93	0	59	0	23	2	73	0.97
29026662--29026744	39	2.1	39	95	0	148	39	19	3	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026727--29026791	27	2.4	27	84	0	85	40	18	12	29	1.87
29032026--29032249	117	1.9	117	99	0	432	44	7	4	43	1.51
29037579--29037639	31	2.0	31	84	9	81	55	1	1	40	1.19
29037570--29037640	29	2.4	30	77	11	76	59	1	1	38	1.15
29040611--29040726	22	5.6	22	69	13	84	30	8	15	45	1.76
29040796--29040898	22	4.7	22	71	7	66	48	15	6	29	1.71
29042691--29042735	15	3.1	14	81	18	56	46	0	0	53	1.00
29042692--29042761	20	3.8	20	74	18	78	48	0	0	51	1.00
29050172--29050262	41	2.2	41	86	1	121	28	7	1	62	1.30
29050243--29050364	26	4.5	25	72	21	79	29	4	0	64	1.20
29050243--29050340	32	3.2	31	77	11	96	27	6	1	65	1.23
29050323--29050364	21	2.0	21	90	0	66	33	0	0	66	0.92
29051049--29051078	12	2.6	12	94	5	53	73	0	26	0	0.84
29052429--29052490	26	2.3	26	84	10	81	43	8	3	45	1.49
29052544--29052587	22	2.0	22	100	0	88	40	4	4	50	1.43
29054397--29054454	26	2.2	27	78	9	66	58	1	3	36	1.25
29054537--29054581	21	2.2	20	80	11	54	51	2	0	46	1.13
29054579--29054619	16	2.7	16	85	14	52	53	0	0	46	1.00
29054449--29054610	82	2.0	83	79	10	181	51	1	1	44	1.22
29071673--29071764	27	3.3	29	77	8	84	36	13	13	36	1.83
29071710--29071824	27	4.4	27	73	6	101	30	12	11	46	1.76
29071714--29071894	77	2.3	78	81	8	199	34	11	10	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29071974--29072021	13	3.4	13	78	18	51	41	4	4	50	1.41
29074512--29074554	20	2.2	20	82	0	50	39	2	2	55	1.25
29079202--29079253	25	2.1	25	92	3	88	36	32	9	21	1.86
29106446--29106540	40	2.4	38	81	13	104	46	2	3	48	1.30
29142311--29142347	5	7.4	5	87	0	56	75	2	18	2	1.04
29150066--29150101	2	19.0	2	88	11	58	52	0	47	0	1.00
29160829--29160858	14	2.1	14	100	0	60	20	0	6	73	1.05
29161664--29161758	30	3.3	30	71	15	92	55	5	4	34	1.42
29174956--29174981	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
29206233--29206267	11	3.3	11	84	8	54	57	0	0	42	0.99
29210152--29210230	40	2.0	40	94	0	140	17	22	25	34	1.96
29212434--29212489	29	1.9	30	85	10	80	21	5	7	66	1.37
29212610--29212794	91	2.0	90	92	4	318	35	9	16	37	1.82
29212888--29212966	40	2.0	40	92	5	133	18	22	24	34	1.97
29220833--29220890	30	1.9	30	85	0	80	24	20	10	44	1.82
29221034--29221106	32	2.3	31	83	6	85	49	9	20	20	1.77
29229056--29229088	8	4.2	8	88	3	50	72	0	15	12	1.12
29229056--29229088	16	2.1	15	94	5	57	72	0	15	12	1.12
29240541--29240574	17	1.9	18	88	5	52	44	5	8	41	1.60
29242598--29242676	31	2.5	31	100	0	158	27	21	21	29	1.99
29242598--29242706	31	3.6	30	88	6	123	25	23	23	26	2.00
29247446--29247536	42	2.2	41	88	2	128	51	12	12	24	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29248978--29249063	37	2.4	37	88	7	124	43	16	2	38	1.61
29249604--29249651	2	23.0	2	91	4	69	45	0	4	50	1.21
29250516--29250560	19	2.4	19	85	3	56	53	0	4	42	1.21
29251348--29251397	22	2.3	22	82	6	57	64	4	18	14	1.44
29252875--29252901	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
29255313--29255364	25	2.2	25	86	6	72	30	1	7	59	1.36
29257966--29258008	2	21.5	2	86	9	61	46	4	0	48	1.22
29258442--29258493	27	1.9	27	84	0	68	28	9	9	51	1.66
29261966--29262059	46	2.0	47	93	2	163	22	21	14	41	1.89
29263989--29264108	39	3.1	38	71	7	98	43	14	20	21	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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