genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14690004--14690049	22	2.1	22	88	8	67	45	4	0	50	1.21
14691101--14691185	33	2.5	32	88	5	116	68	0	3	28	1.06
14699566--14699747	29	6.7	29	68	15	97	35	11	12	40	1.79
14699593--14699659	30	2.3	29	81	2	80	41	13	10	34	1.79
14699686--14699730	23	2.0	23	86	0	63	28	13	15	42	1.85
14699690--14700073	80	4.7	81	76	10	297	34	15	9	40	1.80
14700758--14700822	29	2.3	29	89	2	96	30	7	10	50	1.65
14700880--14700962	26	3.2	26	98	0	157	32	6	10	50	1.62
14701136--14701187	27	2.0	26	85	7	70	42	13	9	34	1.77
14705505--14705603	20	4.9	20	81	2	92	17	20	48	14	1.81
14711662--14711958	153	2.0	150	82	5	350	28	18	16	36	1.93
14713001--14713067	34	2.0	34	93	0	116	25	4	35	34	1.76
14733711--14733753	18	2.4	19	84	11	63	46	6	20	25	1.76
14734895--14734949	26	2.2	24	76	17	58	36	1	3	58	1.26
14736439--14736487	24	2.0	24	100	0	98	55	16	0	28	1.42
14739062--14739136	36	2.1	35	92	2	123	56	20	6	17	1.63
14751011--14751061	17	3.1	17	76	15	54	74	17	3	3	1.12
14751577--14751615	20	1.9	21	89	5	62	35	0	0	64	0.94
14751776--14751833	27	2.1	26	81	9	62	67	3	1	27	1.17
14751826--14751922	40	2.4	40	80	0	113	58	12	1	27	1.41
14752388--14752420	16	2.1	17	88	11	52	39	0	6	54	1.25
14752433--14752475	17	2.4	18	80	3	52	53	2	4	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14756166--14756203	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
14756555--14756579	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
14759290--14759347	13	4.3	13	73	6	53	15	5	3	75	1.11
14759286--14759559	137	2.0	136	97	2	514	32	3	2	61	1.27
14759427--14759484	13	4.3	13	73	6	53	17	5	1	75	1.06
14759532--14759621	29	3.1	29	76	13	78	42	3	0	54	1.17
14760396--14760450	28	2.0	28	82	7	67	60	16	1	21	1.45
14763347--14763519	84	2.1	84	95	0	310	43	15	17	23	1.86
14764512--14764547	18	2.0	18	88	0	54	25	11	50	13	1.75
14766831--14766864	16	2.1	16	88	0	50	41	26	5	26	1.78
14766855--14766933	38	2.1	38	87	0	113	44	7	2	45	1.45
14771050--14771138	37	2.4	37	88	0	142	22	19	15	42	1.88
14771069--14771147	37	2.1	37	88	0	113	27	12	15	44	1.82
14774670--14774729	29	2.1	29	96	0	111	31	31	6	30	1.83
14783045--14783098	21	2.6	20	77	8	54	24	11	27	37	1.89
14789335--14789435	49	2.0	50	92	1	168	35	7	8	47	1.64
14793468--14793579	28	3.9	28	86	2	143	33	25	18	23	1.97
14796090--14796129	21	2.0	20	90	5	62	7	12	0	80	0.91
14796095--14796138	21	2.0	21	82	4	52	11	13	0	75	1.06
14796541--14796790	128	2.0	128	93	0	428	30	14	20	34	1.92
14809100--14809150	15	3.4	15	81	7	59	66	3	0	29	1.09
14810357--14810387	13	2.4	13	94	0	53	54	16	6	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14810446--14810627	54	3.4	54	82	5	154	32	18	13	36	1.89
14810495--14810649	54	2.9	53	84	3	204	32	18	14	34	1.90
14810499--14810663	53	3.1	54	82	6	203	33	18	12	35	1.89
14814788--14814888	24	3.8	26	71	19	66	46	2	1	48	1.28
14830748--14830888	46	3.1	46	97	0	264	30	9	21	37	1.86
14834114--14834207	45	2.1	45	91	0	152	38	17	15	28	1.90
14834159--14834421	61	4.3	61	73	9	173	38	17	19	25	1.93
14834159--14834243	31	2.8	31	76	13	95	41	14	17	27	1.88
14834329--14834424	30	3.2	30	80	7	122	33	16	22	27	1.96
14841596--14841940	162	2.1	162	83	0	438	15	39	20	24	1.91
14847080--14847117	6	6.3	6	87	0	58	47	0	28	23	1.52
14849653--14849706	25	2.2	25	86	6	74	31	14	16	37	1.89
14849757--14849848	48	1.9	48	84	2	123	32	16	15	35	1.90
14855695--14855725	16	1.9	16	93	0	53	29	0	12	58	1.35
14855808--14855838	16	1.9	16	93	0	53	32	0	3	64	1.09
14859397--14859554	80	2.0	81	87	6	232	31	10	16	41	1.81
14863427--14863580	73	2.1	73	98	1	299	12	16	15	55	1.70
14869877--14869952	2	37.5	2	83	7	82	52	2	2	40	1.29
14869879--14869964	45	1.9	45	100	0	163	53	3	4	37	1.39
14874049--14874077	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
14886221--14886249	14	2.1	14	100	0	58	6	0	41	51	1.28
14888411--14888529	35	3.3	35	85	7	150	25	38	10	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14888411--14888529	37	3.3	36	84	7	152	25	38	10	26	1.87
14894254--14894279	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14902249--14902301	14	3.6	14	80	7	61	77	0	20	1	0.87
14902249--14902288	18	2.3	18	91	4	64	77	0	20	2	0.88
14917261--14917316	28	2.2	27	84	15	75	48	32	10	8	1.69
14917268--14917335	28	2.4	28	85	4	84	45	32	13	8	1.74
14920760--14920825	29	2.2	29	86	2	87	56	6	3	34	1.40
14925072--14925296	81	2.8	81	87	4	303	40	11	7	41	1.69
14925564--14925646	18	4.7	18	86	1	98	33	14	27	24	1.94
14925723--14925970	100	2.5	100	92	0	415	33	18	24	23	1.97
14925723--14925971	49	5.0	50	87	3	358	33	18	24	23	1.97
14925929--14926005	35	2.2	35	95	0	136	36	20	24	18	1.95
14933671--14933799	63	2.0	63	93	0	222	41	22	17	19	1.91
14933734--14934056	36	8.5	36	72	13	204	38	21	17	23	1.93
14933734--14934068	76	4.4	76	87	2	485	39	20	16	23	1.92
14934865--14934981	61	1.9	61	91	0	189	33	15	7	43	1.75
14934865--14934971	28	3.6	28	79	11	124	31	15	7	44	1.75
14935268--14935492	81	2.8	81	93	2	371	39	11	8	40	1.73
14935761--14935818	18	3.2	18	85	0	62	36	17	20	25	1.94
14935788--14935826	18	2.2	17	95	4	69	33	20	20	25	1.97
14935788--14935834	18	2.7	18	90	3	60	36	17	19	27	1.93
14935901--14936149	49	5.0	50	84	5	324	34	18	23	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14935894--14936148	100	2.5	100	90	0	393	34	18	23	22	1.96
14936107--14936183	35	2.2	35	92	0	127	36	19	24	19	1.95
14940434--14940482	23	2.1	24	84	3	64	18	4	6	71	1.23
14940990--14941032	19	2.3	19	95	0	77	37	9	6	46	1.63
14945529--14945561	6	5.5	6	96	0	57	36	36	15	12	1.84
14948142--14948213	4	18.0	4	82	0	81	51	0	4	44	1.20
14950688--14950722	3	11.7	3	87	0	52	74	0	0	25	0.82
14950688--14950725	12	3.2	12	92	0	58	76	0	0	23	0.79
14954808--14954838	12	2.6	12	94	0	53	35	9	35	19	1.85
14957499--14957523	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
14969700--14969738	20	2.1	19	85	9	53	17	5	20	56	1.60
14970715--14970757	17	2.6	16	82	7	59	44	0	6	48	1.29
14974989--14975044	15	3.9	15	74	4	53	50	0	0	50	1.00
14976407--14976506	21	4.8	21	73	0	92	36	9	40	15	1.78
14976447--14976518	21	3.5	20	75	7	72	36	9	38	15	1.80
14976407--14976506	42	2.4	41	88	5	146	36	9	40	15	1.78
14992346--14992750	200	2.0	201	93	2	699	40	15	10	32	1.82
15003502--15003526	13	1.9	13	100	0	50	24	4	40	32	1.73
15005151--15005192	21	2.0	22	90	4	68	59	11	4	23	1.51
15005629--15005666	17	2.1	19	85	9	53	44	7	0	47	1.32
15006699--15006872	86	2.1	79	87	8	249	45	5	0	48	1.26
15015155--15015186	3	11.0	3	93	6	57	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15016796--15016860	2	34.5	2	81	17	68	50	1	3	44	1.26
15018497--15018542	5	9.4	5	95	2	76	39	0	58	2	1.10
15018894--15018947	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
15020303--15020329	6	4.5	6	100	0	54	33	48	0	18	1.49
15024163--15024226	24	2.7	24	95	0	110	48	12	17	21	1.80
15031725--15031768	22	2.0	22	100	0	88	18	22	9	50	1.75
15048436--15048460	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
15050827--15050905	28	2.6	31	73	13	76	36	6	5	51	1.49
15062083--15062107	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
15066768--15066865	26	3.6	29	77	10	107	32	10	13	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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