genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22129916--22130089	59	3.0	57	84	6	215	38	10	10	40	1.75
22129916--22130083	29	5.8	28	83	7	192	39	10	10	39	1.74
22137242--22137287	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
22137247--22137287	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
22141695--22141813	37	3.2	37	83	7	161	26	9	39	25	1.85
22144150--22144224	34	2.2	34	85	0	105	33	10	22	33	1.89
22144218--22144274	24	2.5	22	76	20	62	31	10	21	36	1.87
22146536--22146623	22	4.0	22	89	0	122	31	7	19	40	1.80
22146617--22146644	11	2.5	11	100	0	56	32	0	14	53	1.41
22151033--22151135	38	2.6	39	87	3	145	21	18	38	21	1.93
22157051--22157097	18	2.7	18	87	9	62	42	0	8	48	1.33
22157070--22157118	23	2.2	22	85	7	64	42	0	10	46	1.37
22163631--22165538	232	8.4	230	76	8	1606	37	10	13	37	1.80
22163683--22165244	690	2.3	693	80	6	1704	37	10	13	38	1.79
22166473--22166505	16	2.1	16	100	0	66	18	0	51	30	1.46
22167822--22167954	60	2.2	61	83	1	169	21	18	24	35	1.95
22168966--22169627	231	2.9	232	81	7	738	39	10	12	37	1.78
22168835--22169687	232	3.7	231	78	7	881	38	10	13	37	1.80
22170036--22170669	231	2.7	229	83	4	774	38	10	13	37	1.79
22176228--22176274	17	2.6	18	80	10	60	57	0	8	34	1.29
22179732--22179824	40	2.3	40	83	1	116	33	20	19	26	1.96
22181964--22182886	232	4.0	231	77	10	785	37	11	14	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22182052--22182886	462	1.8	461	81	4	1040	37	11	15	36	1.83
22188222--22188324	38	2.7	38	83	8	127	24	39	15	20	1.91
22189223--22189264	19	2.2	19	83	8	50	47	9	30	11	1.72
22195455--22195558	38	2.7	39	83	4	129	21	34	17	26	1.95
22197671--22197712	19	2.2	19	86	0	57	21	33	9	35	1.86
22200392--22201211	232	3.5	230	78	6	850	38	11	13	36	1.81
22202289--22202339	5	10.4	5	79	12	52	1	21	1	74	1.02
22202289--22202339	15	3.5	14	84	7	66	1	21	1	74	1.02
22203129--22203266	55	2.6	53	84	6	167	21	14	36	27	1.93
22205263--22205303	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
22205263--22205307	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
22205261--22205308	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
22206120--22206205	39	2.2	40	74	17	92	36	2	16	45	1.60
22207132--22207172	12	3.5	12	83	12	50	60	0	29	9	1.28
22210840--22210970	39	3.4	39	83	9	121	25	13	35	25	1.93
22210858--22210971	39	3.0	39	85	8	130	25	11	35	27	1.90
22211066--22211090	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
22217655--22219914	232	9.7	231	75	10	1791	38	13	10	37	1.79
22218871--22218902	11	2.9	11	95	0	55	18	3	0	78	0.89
22217655--22219096	704	2.0	707	81	4	1674	38	14	10	37	1.80
22217723--22219820	475	4.5	460	75	10	1365	37	13	10	37	1.80
22218919--22219308	212	1.8	212	86	1	566	37	13	11	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22222436--22223093	231	2.8	232	79	3	752	37	14	10	36	1.81
22223845--22223885	2	20.5	2	89	0	64	46	0	4	48	1.23
22223890--22223952	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
22223951--22224069	43	2.8	43	89	2	168	19	37	21	21	1.94
22227461--22227538	37	2.1	37	92	4	131	24	37	10	28	1.88
22228969--22229400	231	1.9	231	84	2	580	39	14	8	37	1.76
22229490--22230595	232	4.8	229	78	5	996	37	13	9	38	1.78
22229490--22230596	464	2.4	463	80	5	1245	37	13	9	38	1.79
22244331--22246555	232	9.6	231	81	5	2320	38	13	10	37	1.80
22244344--22246554	697	3.2	691	82	5	2493	38	13	10	37	1.80
22247944--22248023	42	1.9	42	92	0	133	26	18	33	21	1.96
22264879--22264904	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
22288547--22288744	74	2.7	74	84	3	263	20	18	19	41	1.91
22289471--22289545	23	3.2	23	85	9	107	20	30	0	49	1.49
22292071--22292156	27	3.1	27	61	26	63	24	40	16	18	1.90
22292072--22292158	29	3.1	29	61	26	69	25	40	16	18	1.90
22292025--22292172	55	2.7	54	87	6	217	25	37	17	18	1.93
22296901--22296973	35	2.1	35	86	0	101	28	34	10	26	1.90
22297005--22297048	19	2.3	19	88	0	61	25	47	15	11	1.79
22298605--22298729	43	2.9	43	79	11	132	23	36	17	23	1.95
22299929--22299969	21	2.0	20	86	13	57	29	2	24	43	1.67
22302204--22302249	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22303651--22303689	19	2.1	19	90	0	60	35	10	35	17	1.84
22311835--22311940	38	2.7	38	85	2	131	22	39	15	22	1.91
22312134--22312391	129	2.0	129	96	0	471	37	19	12	30	1.88
22319422--22319601	36	5.2	35	88	3	233	36	8	12	42	1.73
22319537--22319617	36	2.3	36	84	2	101	38	8	14	38	1.77
22321152--22321210	22	2.9	21	74	25	63	69	0	28	1	0.98
22321157--22321211	15	3.7	15	80	11	60	70	0	27	1	0.97
22334637--22334730	36	2.6	36	96	0	170	45	14	4	35	1.65
22338300--22338379	42	1.9	41	97	0	142	32	20	15	31	1.93
22341832--22341890	15	3.9	15	73	10	57	72	0	27	0	0.84
22344559--22344594	14	2.6	14	91	4	56	25	0	16	58	1.38
22349653--22349777	42	3.0	42	90	0	196	20	22	35	21	1.96
22349818--22349860	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
22351712--22351835	60	2.1	60	83	3	151	35	16	21	26	1.94
22351848--22351889	21	2.0	22	90	4	68	28	21	23	26	1.99
22352132--22352250	43	2.8	43	80	2	123	22	33	17	26	1.96
22354981--22355014	12	2.8	12	81	0	50	20	20	0	58	1.39
22355760--22356460	171	4.1	170	80	4	836	37	14	15	32	1.88
22357127--22357198	32	2.2	32	85	7	90	41	15	6	36	1.74
22358400--22361432	170	17.8	171	76	5	2397	37	14	15	33	1.87
22358600--22361432	683	4.2	682	80	4	2723	36	14	15	33	1.88
22361768--22361806	20	2.1	19	85	9	53	35	15	20	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22362239--22362359	35	3.6	33	76	9	111	27	13	24	34	1.93
22362265--22362367	32	3.1	32	76	13	118	27	14	23	34	1.94
22362219--22362394	67	2.6	67	83	1	201	27	11	25	35	1.91
22366091--22366218	43	3.0	43	86	5	179	21	33	19	25	1.97
22367878--22369985	171	12.5	171	77	5	1852	38	13	13	34	1.85
22368542--22368839	160	1.9	154	82	6	366	39	12	14	32	1.84
22370020--22370624	170	3.5	171	76	8	478	39	15	12	32	1.84
22378273--22379435	171	6.8	169	74	7	799	37	12	15	34	1.84
22385110--22385150	21	1.9	21	85	5	55	17	24	9	48	1.76
22385665--22385703	19	2.1	19	85	0	51	30	17	2	48	1.61
22402831--22402875	21	2.1	21	84	12	56	40	13	6	40	1.71
22403477--22403516	20	2.1	19	85	4	53	7	22	7	62	1.47
22416578--22416625	21	2.3	20	79	10	60	14	22	6	56	1.61
22416583--22416623	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
22417314--22420553	172	19.1	169	69	13	695	36	13	15	34	1.87
22418122--22420697	171	15.1	170	76	6	1979	37	13	15	33	1.87
22418125--22420697	343	7.5	341	76	8	2033	37	13	15	33	1.87
22423452--22433994	171	61.9	169	76	8	7134	37	13	14	33	1.86
22423452--22433994	341	30.9	339	76	7	8201	37	13	14	33	1.86
22428903--22428943	20	2.0	21	86	9	59	48	7	12	31	1.68
22430286--22430344	29	2.0	29	96	0	109	42	10	20	27	1.84
22445811--22445839	10	2.7	11	89	10	51	37	0	27	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22447580--22447623	22	2.0	22	90	0	70	29	9	22	38	1.85
22462073--22462667	171	3.6	171	75	11	586	38	14	13	33	1.85
22462348--22462651	156	1.9	157	80	4	346	36	13	13	36	1.84
22462673--22465089	171	14.3	162	72	12	696	38	14	14	32	1.87
22462984--22465401	171	14.3	170	73	9	1191	38	14	14	32	1.86
22462977--22463666	170	4.1	171	78	6	665	37	14	16	31	1.89
22463519--22463822	155	2.0	155	85	3	416	33	13	19	33	1.91
22463190--22464094	495	1.8	496	84	2	1226	36	14	16	32	1.89
22463683--22465404	171	10.1	171	76	5	1462	39	14	13	32	1.85
22463664--22470487	341	20.1	337	68	12	2104	38	14	13	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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