genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  37323695

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22770459--22770623	88	1.9	89	82	6	210	41	9	10	37	1.73
22776222--22776404	73	2.5	74	82	5	221	24	18	16	40	1.91
22779116--22779198	42	2.0	42	90	0	130	19	22	34	22	1.96
22779173--22779410	103	2.3	103	97	0	449	28	8	31	31	1.87
22792162--22792213	25	2.1	25	96	0	95	30	9	32	26	1.89
22792553--22793057	249	2.0	250	90	1	789	43	15	14	26	1.85
22797716--22797902	67	2.8	68	82	6	202	37	26	10	25	1.89
22797750--22797905	35	4.6	34	69	15	92	39	25	10	23	1.87
22809603--22809644	19	2.2	20	82	4	50	40	9	14	35	1.78
22810959--22811031	2	39.0	2	84	13	84	46	1	1	49	1.19
22816609--22816655	25	1.9	24	91	4	76	10	34	4	51	1.56
22820381--22820489	43	2.5	43	87	0	146	23	21	34	20	1.96
22827100--22827151	27	2.0	26	85	11	70	26	21	21	30	1.98
22827100--22827151	26	2.0	27	81	11	63	26	21	21	30	1.98
22828409--22828559	43	3.5	43	89	3	216	24	19	35	19	1.95
22828563--22828618	3	18.7	3	77	14	53	26	1	39	32	1.67
22828562--22828616	20	2.8	21	86	10	80	27	1	40	30	1.67
22832670--22832824	80	1.9	79	88	6	233	25	37	12	23	1.91
22832749--22832823	36	2.0	37	82	10	91	26	40	10	22	1.87
22842850--22843016	55	3.0	55	78	3	192	26	39	15	18	1.91
22848985--22849136	54	2.8	54	93	0	268	25	40	13	20	1.88
22850948--22851103	66	2.4	66	88	0	231	31	26	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22859944--22860050	35	3.2	35	63	10	87	34	24	11	29	1.90
22859973--22860073	31	3.1	31	63	10	76	34	24	12	27	1.92
22859934--22860080	66	2.2	66	92	0	249	33	26	13	26	1.94
22874746--22874793	21	2.3	21	89	10	73	27	2	8	62	1.35
22881329--22881518	96	2.0	96	97	0	362	37	21	17	23	1.94
22887005--22887088	37	2.2	38	87	6	125	22	38	11	27	1.89
22887877--22887901	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
22888632--22888713	37	2.2	37	82	8	96	41	19	17	21	1.90
22888700--22888788	37	2.4	37	84	0	124	32	17	25	23	1.97
22890243--22890422	61	3.0	59	78	10	141	36	16	10	36	1.83
22897767--22897881	37	3.1	37	96	0	212	27	9	37	25	1.87
22899300--22899352	25	2.1	25	92	0	88	26	35	15	22	1.93
22899300--22899359	25	2.4	25	88	0	75	28	31	13	26	1.94
22904408--22904532	42	2.9	42	87	9	173	23	36	17	23	1.95
22905325--22905378	6	9.7	6	86	11	71	0	18	0	81	0.69
22905327--22905395	5	13.6	5	83	7	70	0	18	1	79	0.80
22905326--22905373	16	3.0	16	93	6	80	0	14	0	85	0.60
22905325--22905378	22	2.5	22	93	0	90	0	18	0	81	0.69
22905327--22905380	16	3.4	16	85	10	74	0	18	0	81	0.69
22905551--22905627	34	2.3	34	84	10	97	32	25	9	32	1.87
22905663--22905755	35	2.6	37	77	16	106	38	27	7	25	1.83
22909479--22909550	12	6.0	13	72	18	50	73	1	23	1	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22909483--22909556	10	7.6	10	71	15	57	75	1	21	1	0.95
22909479--22909554	24	3.1	24	76	12	75	73	1	23	1	0.98
22909479--22909557	36	2.2	36	78	10	92	73	1	24	1	0.98
22909638--22909679	4	10.2	4	80	14	50	76	0	23	0	0.79
22909630--22909679	20	2.8	17	82	14	64	78	0	22	0	0.76
22910563--22910743	60	3.0	59	89	4	263	26	17	32	24	1.97
22914121--22914201	42	1.9	43	87	7	121	25	34	14	24	1.94
22938389--22938424	18	1.9	18	88	5	54	47	36	11	5	1.63
22938680--22938725	20	2.2	20	84	7	56	47	8	28	15	1.74
22954239--22954268	15	2.0	15	93	0	51	23	6	23	46	1.75
22960592--22960624	17	2.0	17	88	5	50	30	3	3	63	1.24
22961465--22961546	43	1.9	43	97	0	155	43	17	17	21	1.87
22962042--22962070	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
22964635--22964675	19	2.1	20	86	4	57	80	4	0	14	0.87
22966825--22967026	28	7.0	28	80	8	208	43	9	10	36	1.72
22966825--22967026	61	3.5	59	80	7	218	43	9	10	36	1.72
22966852--22967026	89	2.0	87	86	4	244	44	9	10	36	1.72
22968360--22968408	19	2.6	19	71	12	55	46	6	2	44	1.39
22969838--22969894	20	2.9	18	84	10	69	50	17	0	31	1.46
22969837--22969886	6	8.7	6	82	8	68	50	18	0	32	1.47
22969949--22969979	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
22970004--22970152	6	24.7	6	75	11	54	38	6	12	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22969989--22970084	46	2.1	45	94	1	165	38	7	13	40	1.72
22969979--22970065	26	3.6	26	66	20	71	40	8	11	40	1.71
22970063--22970091	13	2.1	14	93	6	51	31	3	20	44	1.68
22970080--22970129	22	2.3	22	89	0	73	44	12	6	38	1.66
22970031--22970154	10	12.1	10	68	11	63	40	7	10	41	1.67
22970122--22970152	16	1.9	16	100	0	62	38	0	9	51	1.35
22970080--22970160	22	3.5	22	73	12	72	39	8	9	41	1.69
22971109--22971143	11	3.1	12	92	8	56	65	0	25	8	1.21
22984493--22984520	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22988239--22988276	20	1.9	20	94	0	67	31	5	18	44	1.72
22988330--22988387	28	2.1	27	81	12	73	31	22	22	24	1.99
22990987--22991026	5	8.0	5	91	0	62	40	0	22	37	1.54
23003592--23003647	28	2.0	28	85	3	76	35	25	17	21	1.95
23006164--23006326	41	4.0	41	78	13	158	26	36	14	22	1.92
23009987--23010030	22	2.0	22	86	8	63	31	20	6	40	1.79
23013224--23013344	55	2.2	55	80	5	138	28	10	11	48	1.73
23014461--23014565	55	1.9	55	84	7	142	35	10	9	44	1.71
23026664--23026725	25	2.5	25	91	0	97	16	22	12	48	1.80
23026728--23026752	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
23026807--23026851	22	2.0	22	86	0	63	11	42	8	37	1.72
23027358--23027399	11	3.8	11	81	9	50	0	19	4	76	0.96
23027627--23027667	20	2.0	20	95	0	73	34	41	0	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23027627--23027676	20	2.5	20	87	6	57	32	44	0	24	1.54
23028835--23028867	17	2.0	17	88	5	50	6	12	12	69	1.35
23030121--23030239	35	3.4	35	88	0	166	29	33	10	26	1.90
23038148--23038257	42	2.6	41	81	5	112	25	20	30	22	1.98
23043528--23043565	20	1.9	20	94	0	67	36	7	42	13	1.73
23048090--23048130	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
23048090--23048136	21	2.2	21	84	3	58	55	8	21	14	1.66
23061927--23061963	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
23063017--23063071	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
23066314--23066365	22	2.4	22	86	0	68	25	21	23	30	1.99
23066325--23066372	22	2.2	22	88	0	69	25	20	22	31	1.98
23069159--23069243	42	2.0	42	93	0	143	32	22	17	27	1.96
23070221--23070331	54	2.1	54	96	0	204	36	30	11	20	1.89
23070281--23070511	22	10.5	22	69	2	124	39	28	10	21	1.87
23070277--23070445	66	2.6	66	80	1	214	37	28	11	21	1.89
23071256--23071631	188	2.0	189	96	1	684	32	10	14	41	1.80
23071706--23071742	16	2.3	16	85	0	56	16	2	13	67	1.34
23073389--23073430	22	2.0	21	85	4	57	52	4	16	26	1.63
23081665--23081702	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
23083269--23083307	20	1.9	21	89	5	62	66	7	5	20	1.36
23085666--23085966	80	3.8	79	88	4	437	33	23	9	33	1.87
23087053--23087107	21	2.6	21	97	0	101	43	18	9	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088664--23088693	13	2.2	14	94	5	53	43	0	23	33	1.54
23089792--23089849	22	2.6	22	97	0	107	27	17	20	34	1.95
23090897--23090946	2	25.0	2	80	15	59	48	4	2	46	1.32
23097822--23097880	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
23104699--23104739	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
23119956--23119981	9	2.9	9	100	0	52	23	0	57	19	1.40
23132392--23132436	22	2.0	23	83	12	58	48	2	6	42	1.41
23133009--23133144	68	2.0	67	82	5	166	30	6	12	50	1.66
23140617--23140877	129	2.0	129	90	0	414	28	31	17	22	1.97
23142280--23142343	29	2.2	29	86	2	85	45	18	6	29	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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