genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559--2593	5	7.0	5	93	0	61	77	2	0	20	0.90
7565--7668	51	2.0	51	100	0	208	26	15	23	34	1.94
8639--8673	5	7.0	5	93	0	61	77	2	0	20	0.90
17376--17433	22	2.7	21	76	10	62	41	20	5	32	1.75
22335--22661	139	2.4	139	92	2	525	40	8	4	45	1.55
25603--25686	20	4.2	20	71	6	80	9	30	21	38	1.85
25670--25766	40	2.4	40	96	1	176	14	26	17	41	1.88
25694--25758	20	3.2	21	70	16	73	13	30	13	41	1.84
27290--27319	9	3.3	9	95	0	51	13	0	0	86	0.57
27316--27341	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
27349--27379	11	2.8	11	100	0	62	38	0	0	61	0.96
27408--27447	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
27407--27454	21	2.2	20	79	13	51	33	2	4	60	1.27
28953--29184	42	5.5	41	82	7	259	20	18	23	37	1.94
28953--29184	84	2.8	84	91	0	374	20	18	23	37	1.94
31755--31792	5	7.8	5	85	5	51	18	2	0	78	0.86
35212--35249	15	2.5	15	100	0	76	31	13	36	18	1.89
36262--36301	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
44385--44858	50	9.5	50	69	6	298	30	21	23	24	1.99
44378--44866	100	4.9	99	95	1	843	30	21	23	24	1.99
49225--49249	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
51625--51701	38	2.0	38	90	5	120	37	18	19	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58408--58458	19	2.7	20	81	6	61	27	0	19	52	1.46
60226--60321	20	4.8	20	75	11	72	14	25	17	42	1.87
60469--60493	7	3.6	7	100	0	50	16	12	32	40	1.84
65785--65864	22	3.6	22	70	11	65	52	1	8	37	1.41
68583--68616	13	2.6	13	90	0	50	47	14	5	32	1.69
82424--82452	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
85567--85603	19	1.9	19	94	0	65	27	16	16	40	1.89
86334--86411	25	3.1	25	88	0	111	34	19	16	29	1.94
102632--102708	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
102648--102687	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
102636--102702	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
102671--102710	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
103189--103230	20	2.1	20	100	0	84	33	21	16	28	1.95
103195--103246	20	2.6	20	87	0	68	36	23	11	28	1.90
104414--104444	5	6.2	5	100	0	62	0	58	41	0	0.98
104446--104484	19	1.9	19	85	10	51	66	2	0	30	1.05
104452--104486	18	2.0	17	88	5	52	68	2	0	28	1.04
104450--104521	24	3.0	23	80	13	74	63	1	1	33	1.11
106517--106603	27	3.3	27	93	1	149	21	19	18	40	1.92
112808--112846	20	1.9	21	89	5	62	66	2	2	28	1.18
134054--134158	39	2.6	40	86	5	142	33	1	0	64	1.04
134054--134158	40	2.6	40	89	4	149	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134085--134158	11	7.2	10	76	19	55	33	1	0	64	1.02
150923--151164	39	6.2	39	81	5	274	16	17	31	34	1.92
150923--151164	117	2.1	117	87	3	344	16	17	31	34	1.92
158114--158147	18	1.9	18	88	5	52	41	0	11	47	1.40
158481--158786	39	7.9	39	88	0	445	16	17	33	33	1.92
158808--158921	39	2.9	37	76	11	104	21	14	30	33	1.93
161654--161781	40	3.2	40	86	1	175	21	26	20	31	1.98
164056--164081	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
172996--173055	31	2.0	30	96	3	111	48	10	18	23	1.78
172996--173050	19	3.3	19	67	32	61	49	9	16	25	1.75
184596--184727	50	2.6	50	80	4	149	26	18	30	25	1.98
188320--188459	20	7.0	20	72	3	93	35	20	29	15	1.93
188320--188485	60	2.8	60	86	1	235	33	19	30	16	1.94
188320--188459	40	3.5	40	73	3	120	35	20	29	15	1.93
196119--196151	15	2.2	15	100	0	66	24	24	6	45	1.75
201991--202025	17	2.1	17	100	0	70	40	11	0	48	1.39
206620--206720	50	2.0	50	92	0	166	24	23	6	44	1.78
206670--206809	72	1.9	72	98	0	271	26	23	7	42	1.79
210413--210466	28	2.0	27	82	13	67	40	1	16	40	1.59
210721--210789	3	22.7	3	88	2	93	62	1	4	31	1.24
211904--211939	14	2.5	15	90	4	56	0	11	44	44	1.39
212341--213610	96	13.0	97	84	5	1298	21	20	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212399--213450	49	21.5	49	64	13	251	21	19	25	33	1.97
212334--213610	199	6.5	195	82	7	1315	21	20	24	33	1.97
212691--213610	49	18.9	47	72	10	312	21	20	25	33	1.97
212349--213597	50	25.5	49	69	11	520	21	20	24	33	1.97
227493--227528	14	2.5	15	90	4	56	0	11	44	44	1.39
227462--227622	82	2.0	82	100	0	322	16	11	31	40	1.83
227575--227610	14	2.5	15	90	4	56	0	11	44	44	1.39
227957--227983	6	4.5	6	100	0	54	0	18	66	14	1.25
233971--234029	30	2.0	30	89	0	91	32	18	10	38	1.84
234235--234271	18	2.1	18	94	0	65	13	37	13	35	1.84
236657--236765	13	8.8	12	73	20	64	52	4	4	38	1.43
236683--236749	13	5.2	13	87	5	91	55	5	1	37	1.34
236657--236784	40	2.9	45	76	16	133	50	3	5	39	1.44
236686--236763	27	3.0	26	79	9	86	53	5	2	38	1.37
236683--236765	39	2.1	40	88	2	123	54	4	2	38	1.35
237687--237716	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
241988--242032	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
242143--242293	79	1.9	79	95	0	275	25	21	12	41	1.88
244689--244732	19	2.3	19	84	7	54	25	25	11	38	1.89
248906--248961	24	2.3	24	90	0	85	32	14	26	26	1.95
249238--249692	44	10.2	44	78	4	394	30	18	22	28	1.97
249283--249668	45	8.7	45	78	4	201	30	18	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249258--249692	178	2.4	178	89	1	633	30	17	23	28	1.97
249419--249667	134	1.9	133	82	2	320	29	19	23	28	1.98
249779--250184	224	1.8	224	81	6	509	31	17	19	30	1.95
250070--250219	44	3.4	44	76	9	137	32	18	17	31	1.94
250221--250496	89	3.1	89	86	0	381	26	22	24	27	2.00
251034--251091	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
251200--251353	79	1.9	79	96	0	281	24	24	12	39	1.89
255495--255569	31	2.4	31	85	10	100	37	2	9	50	1.49
255795--255829	18	1.9	18	88	11	54	48	0	0	51	1.00
255995--256063	30	2.4	28	79	13	77	36	0	4	59	1.17
255996--256052	30	1.9	30	85	7	80	33	0	5	61	1.18
255997--256054	16	3.9	15	72	19	50	34	0	5	60	1.19
256168--256239	35	2.1	33	87	10	101	51	1	0	47	1.09
258407--258452	22	2.1	22	100	0	92	28	21	13	36	1.91
262825--262877	24	2.2	24	96	3	99	45	7	22	24	1.78
268509--268540	16	1.9	17	93	6	57	40	3	0	56	1.15
271492--271528	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
272967--273010	16	2.9	15	83	6	54	65	0	9	25	1.21
278152--278220	29	2.3	31	78	9	81	30	18	7	43	1.77
279667--280081	126	3.3	125	87	2	573	33	19	19	26	1.96
283450--283489	21	1.9	21	84	0	53	5	20	45	30	1.72
285601--285643	10	4.0	10	85	14	59	39	0	32	27	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286518--286552	16	2.1	17	94	5	63	25	11	20	42	1.85
291797--291828	16	1.9	17	93	6	57	37	9	0	53	1.34
295474--295577	30	3.3	30	86	5	136	49	15	2	32	1.59
297701--297731	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
305474--305499	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
305599--305701	40	2.6	38	71	10	89	54	0	3	41	1.19
308742--308800	2	29.5	2	92	0	91	0	55	0	44	0.99
316960--317027	3	22.7	3	93	0	118	67	2	0	29	1.05
322906--322935	13	2.3	13	94	0	51	3	6	16	73	1.18
324568--324621	26	2.1	25	82	3	63	51	5	5	37	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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