genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  168  ( 20060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23784530--23784681	25	6.3	25	80	11	183	46	13	0	39	1.44
23784502--23784656	45	3.4	44	79	11	193	49	13	0	37	1.43
23784502--23784681	95	1.9	94	96	1	333	47	13	0	38	1.43
23785143--23785182	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
23786027--23786064	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
23800185--23800217	16	2.1	16	100	0	66	42	6	21	30	1.77
23800524--23800586	26	2.4	26	86	0	90	38	12	11	38	1.79
23811037--23811092	25	2.2	25	87	0	76	28	26	17	26	1.98
23817478--23817628	64	2.4	64	95	0	266	44	17	14	23	1.86
23826158--23826200	21	2.0	21	82	8	52	41	27	16	13	1.86
23827963--23827997	16	2.1	17	89	5	54	11	2	42	42	1.55
23828954--23829236	54	5.3	54	83	3	333	45	20	15	18	1.85
23828954--23829236	27	10.6	27	83	2	302	45	20	15	18	1.85
23837567--23837605	19	2.1	19	100	0	78	30	10	10	48	1.70
23844173--23844463	33	8.8	33	81	1	269	42	14	21	21	1.88
23844189--23844463	99	2.8	99	82	3	329	43	14	20	21	1.87
23848443--23848494	25	2.1	25	96	0	95	46	0	17	36	1.48
23868567--23868714	75	2.0	75	98	0	287	35	12	16	35	1.86
23879534--23879604	25	2.8	25	86	0	106	32	19	22	25	1.98
23893698--23893884	91	2.1	91	97	1	358	28	20	14	35	1.92
23895873--23895902	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
23903105--23903214	54	2.0	54	96	0	202	46	23	3	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23906823--23906894	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
23911957--23912022	25	2.6	25	78	2	78	37	9	19	33	1.84
23913060--23913088	12	2.4	12	100	0	58	37	0	20	41	1.53
23919370--23919416	24	1.9	24	86	4	67	34	0	36	29	1.58
23920050--23920453	81	5.0	81	88	0	531	37	21	18	22	1.94
23920049--23920473	27	15.8	27	80	3	417	37	20	19	22	1.95
23920500--23920569	11	6.0	11	69	12	50	18	5	25	50	1.69
23920492--23920577	24	3.6	24	88	0	109	22	5	23	48	1.71
23920645--23920701	27	2.1	27	81	12	64	21	24	21	33	1.97
23920703--23920757	26	2.1	26	86	0	74	12	18	32	36	1.88
23920748--23920904	32	4.9	32	82	0	179	24	21	18	35	1.96
23923492--23923525	14	2.3	15	85	10	52	26	0	23	50	1.50
23923499--23923548	22	2.2	22	86	10	66	26	2	22	50	1.60
23923951--23924020	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
23923999--23924093	45	2.1	44	90	1	145	32	7	27	32	1.84
23924253--23924287	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23924380--23924421	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23924389--23924430	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23924174--23924446	147	1.9	147	95	1	494	46	2	3	46	1.34
23924499--23924550	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
23934087--23934326	50	4.7	50	84	3	273	27	20	28	22	1.99
23934545--23934583	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23940024--23940048	6	4.2	6	100	0	50	16	52	16	16	1.76
23940634--23940689	25	2.2	25	90	0	85	16	10	21	51	1.74
23945973--23946262	50	5.7	50	84	3	314	20	30	22	26	1.98
23953578--23953824	50	4.8	51	78	6	189	23	27	21	26	1.99
23965770--23965811	17	2.5	17	88	0	57	14	35	38	11	1.83
23967206--23967320	57	2.0	57	94	0	203	36	24	23	15	1.94
23976252--23976314	30	2.1	30	100	0	126	31	6	25	36	1.81
23981908--23981943	13	2.8	13	91	0	54	44	0	13	41	1.44
23985751--23985941	51	3.8	50	76	11	192	30	27	16	25	1.96
23985747--23985933	101	1.8	102	88	3	288	31	27	16	24	1.96
23985744--23985971	101	2.2	102	81	6	277	30	27	15	26	1.96
23990410--23990448	17	2.4	17	86	4	53	28	12	28	30	1.93
23998316--23998415	43	2.4	42	93	6	177	16	21	36	27	1.94
23998322--23998428	43	2.5	43	90	3	137	17	19	36	26	1.94
24000074--24000242	40	4.2	40	74	8	121	28	17	24	28	1.97
24000427--24000487	22	2.7	24	80	14	76	47	0	1	50	1.10
24000461--24000502	16	2.6	16	96	0	75	47	0	7	45	1.30
24000491--24000633	68	2.1	67	92	2	243	41	5	9	44	1.60
24000575--24000602	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
24001170--24001420	7	35.7	7	70	7	116	19	1	31	47	1.60
24001303--24001365	22	3.0	22	79	4	76	19	4	38	38	1.73
24001302--24001370	29	2.4	29	81	13	88	18	4	36	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24001558--24001636	42	1.9	42	86	2	115	30	15	26	27	1.96
24001983--24002018	16	2.2	16	90	0	54	5	50	13	30	1.65
24003260--24003672	119	3.4	121	90	3	670	44	7	2	45	1.46
24003732--24003803	9	8.0	9	73	11	58	50	16	0	33	1.46
24003831--24004057	9	24.8	9	76	12	178	44	18	0	35	1.54
24003831--24004069	56	4.3	56	78	16	264	44	18	0	35	1.54
24003894--24003960	21	3.4	21	76	16	88	44	14	0	40	1.46
24003876--24004048	38	4.7	39	81	11	213	45	19	0	35	1.55
24003914--24004073	61	2.5	64	83	12	204	45	19	0	35	1.51
24014107--24014238	28	4.6	27	72	16	97	28	25	14	31	1.95
24014107--24014296	57	3.3	56	84	4	238	27	25	14	32	1.95
24016112--24016214	49	2.2	46	86	8	136	36	12	14	35	1.84
24016302--24016365	15	4.1	15	69	25	51	42	1	15	40	1.57
24016329--24016373	13	3.4	12	80	19	54	37	0	13	48	1.42
24016665--24016730	24	2.7	23	77	9	69	54	18	0	27	1.44
24016696--24016733	17	2.3	17	86	4	51	55	18	0	26	1.43
24020919--24020956	14	2.7	14	87	0	58	39	18	7	34	1.80
24020996--24021039	22	2.0	23	95	4	81	50	15	4	29	1.64
24021508--24021546	6	6.7	6	88	5	62	82	17	0	0	0.68
24023242--24023287	21	2.2	21	84	0	56	45	6	2	45	1.41
24029979--24030008	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
24030011--24030043	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24030575--24030663	45	2.0	45	86	0	124	25	22	13	38	1.91
24037334--24037372	17	2.1	20	86	13	57	38	0	10	51	1.36
24043332--24043439	51	2.1	52	87	5	157	28	20	6	44	1.76
24048584--24048862	27	10.3	27	83	2	285	43	18	17	19	1.88
24049042--24049138	26	3.7	26	83	4	124	16	24	22	36	1.94
24049245--24049317	30	2.4	30	88	4	112	21	27	20	30	1.98
24058312--24058467	33	4.6	33	69	23	108	34	28	19	16	1.94
24058115--24058471	102	3.5	103	92	2	612	32	29	19	18	1.96
24071056--24071081	10	2.6	10	100	0	52	50	0	23	26	1.50
24071068--24071129	16	4.1	16	83	12	94	45	0	16	38	1.47
24074172--24074222	20	2.6	19	82	11	59	56	15	11	15	1.66
24077176--24077206	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
24081390--24081511	40	3.0	40	87	0	172	31	16	28	23	1.96
24084757--24084800	6	7.5	6	84	5	63	79	4	0	15	0.89
24090854--24090878	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
24091502--24091534	11	3.2	11	91	8	52	24	0	0	75	0.80
24099517--24099555	20	1.9	21	89	5	62	28	25	12	33	1.93
24099613--24099647	16	2.2	16	94	0	61	28	17	20	34	1.95
24105300--24105352	23	2.2	24	80	3	63	22	18	9	49	1.76
24110763--24110886	40	3.1	39	88	4	176	33	17	25	22	1.96
24113928--24114113	51	3.7	50	82	5	205	27	15	26	30	1.96
24126510--24126562	27	1.9	28	82	17	67	73	0	18	7	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24126518--24126564	21	2.2	22	85	14	64	74	0	17	8	1.05
24126531--24126576	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
24126610--24126676	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
24129278--24129346	32	2.2	32	82	7	79	34	26	11	27	1.91
24133986--24134207	111	2.0	111	100	0	444	41	9	23	26	1.84
24140597--24142961	792	3.0	788	85	2	3017	33	19	15	31	1.93
24140648--24142961	779	3.0	780	84	3	2946	33	19	15	31	1.93
24159247--24159328	9	9.0	9	72	18	55	57	0	0	42	0.98
24159263--24159327	17	3.7	18	78	15	73	60	0	0	40	0.97
24163138--24163290	22	7.0	22	90	0	225	32	14	26	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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