genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  93  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27663857--27663932	32	2.3	33	81	4	82	27	22	25	25	2.00
27667233--27667577	46	7.6	46	95	1	599	32	15	22	29	1.95
27669869--27669908	21	1.9	21	85	10	55	40	2	2	55	1.27
27671944--27672196	139	1.8	140	87	4	377	40	8	10	40	1.69
27673466--27673737	76	3.5	77	82	3	298	33	15	12	38	1.84
27677983--27678012	15	2.0	15	100	0	60	33	0	6	60	1.23
27679873--27679925	24	2.3	24	78	18	60	50	11	1	35	1.49
27679942--27679982	21	2.0	21	85	4	57	70	0	2	26	0.99
27680219--27680266	24	2.0	25	87	4	71	33	8	27	31	1.86
27682197--27682471	41	6.7	41	90	3	410	16	22	30	31	1.96
27682908--27682955	13	3.5	14	77	13	55	16	2	47	33	1.58
27683651--27683704	27	2.0	27	100	0	108	55	3	18	22	1.58
27687003--27687097	43	2.2	43	90	0	145	33	11	9	45	1.73
27687168--27687224	22	2.6	21	86	8	69	33	0	1	64	1.04
27687357--27687647	43	6.8	43	87	4	394	23	17	32	26	1.96
27687357--27687647	127	2.3	129	88	5	421	23	17	32	26	1.96
27689249--27689303	19	2.9	19	86	10	69	38	0	7	54	1.28
27689249--27689308	20	3.0	20	81	11	63	36	0	6	56	1.26
27689388--27689417	9	3.3	9	90	0	51	33	6	10	50	1.62
27690595--27690628	11	3.1	11	86	0	50	20	5	20	52	1.67
27691384--27691453	29	2.3	30	90	4	106	32	4	17	45	1.67
27691384--27691453	31	2.3	29	87	4	95	32	4	17	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27691398--27691483	34	2.7	32	82	12	97	34	5	12	46	1.66
27692680--27692731	17	3.1	17	83	8	61	34	5	15	44	1.70
27692702--27692735	17	2.1	16	89	10	52	29	11	14	44	1.81
27698103--27698215	44	2.6	42	85	9	156	23	15	28	33	1.94
27698110--27698248	42	3.2	43	80	7	131	25	15	27	31	1.96
27698110--27698267	43	3.7	43	77	9	153	24	16	27	31	1.96
27701801--27701834	17	2.0	17	100	0	68	29	23	17	29	1.97
27720152--27720185	17	1.9	18	88	5	52	2	2	11	82	0.89
27720190--27720219	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27720315--27720350	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
27720437--27720467	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27731434--27731470	11	3.4	11	84	0	56	40	0	16	43	1.48
27740432--27740525	47	2.0	47	95	0	170	29	11	11	46	1.76
27740489--27740566	37	2.1	37	95	0	138	25	11	15	47	1.79
27742205--27742244	16	2.4	18	76	16	50	45	2	2	50	1.28
27744812--27744848	19	1.9	19	94	0	65	35	0	40	24	1.55
27744811--27744848	18	2.1	19	90	5	60	34	0	42	23	1.55
27751562--27751616	24	2.3	24	90	0	83	12	29	32	25	1.93
27754360--27754438	30	2.6	30	92	4	124	21	34	27	16	1.95
27756959--27757071	34	3.3	34	84	0	145	40	16	15	26	1.89
27766046--27766106	30	2.0	30	100	0	122	32	9	19	37	1.85
27766599--27767111	249	2.1	249	92	0	848	28	17	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27766599--27767111	125	4.1	125	92	0	832	28	17	23	31	1.97
27770115--27770385	114	2.4	114	98	0	515	41	7	10	40	1.68
27770396--27770693	21	13.8	21	78	11	248	25	0	26	46	1.57
27770393--27770694	63	4.7	63	80	10	324	25	0	27	46	1.57
27770514--27770657	49	3.1	48	78	12	163	26	0	26	46	1.58
27770735--27770773	19	2.2	18	86	9	53	48	0	0	51	1.00
27771954--27771979	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
27772148--27772185	20	1.9	20	89	10	60	57	5	2	34	1.35
27773079--27773120	11	3.9	11	78	6	50	64	0	0	35	0.94
27773175--27773228	11	4.8	12	73	26	55	38	0	33	27	1.57
27773175--27773228	23	2.4	23	87	9	76	38	0	33	27	1.57
27782504--27782543	18	2.1	20	86	9	57	42	7	10	40	1.67
27783140--27783189	25	2.0	25	100	0	100	52	4	16	28	1.61
27792069--27792093	13	1.9	13	100	0	50	24	12	8	56	1.62
27796106--27796188	25	3.4	25	77	8	89	39	14	10	34	1.81
27796082--27796236	49	3.1	49	72	8	125	40	14	11	32	1.82
27797905--27797950	23	2.0	23	82	0	56	43	17	17	21	1.88
27802436--27802487	16	3.5	16	77	15	58	36	1	0	61	1.07
27802447--27802502	28	2.0	29	86	10	80	39	0	1	58	1.08
27802347--27802961	121	5.1	120	94	2	983	41	1	4	52	1.30
27802545--27802582	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09
27802780--27802820	18	2.3	18	87	4	57	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27803087--27803192	44	2.5	41	76	18	126	35	31	2	30	1.72
27803100--27803192	44	2.1	46	91	4	154	37	31	3	27	1.73
27803174--27803227	16	3.4	16	84	0	72	31	33	1	33	1.69
27806277--27806381	51	2.1	51	100	0	210	61	3	15	19	1.48
27806291--27806375	26	3.3	26	62	15	68	67	4	15	12	1.39
27808047--27808241	98	2.0	98	93	0	336	28	9	23	37	1.87
27810868--27810913	19	2.3	20	79	17	51	67	4	2	26	1.21
27810867--27810917	20	2.5	20	78	12	59	66	5	1	25	1.24
27811121--27811197	10	7.9	9	75	12	55	32	2	6	58	1.37
27811120--27811197	30	2.6	30	78	6	79	32	2	7	57	1.40
27811129--27811183	20	2.7	20	86	13	69	29	3	7	60	1.41
27811131--27811188	21	2.8	21	80	15	59	32	3	8	55	1.47
27813450--27813735	43	6.7	43	81	5	296	32	30	16	20	1.95
27813430--27813722	86	3.4	85	82	4	329	31	29	17	21	1.96
27813450--27813735	129	2.2	129	83	4	337	32	30	16	20	1.95
27814086--27814176	43	2.1	43	86	6	123	43	9	10	35	1.73
27815193--27815247	25	2.2	26	83	9	78	52	16	3	27	1.60
27817801--27818128	145	2.3	146	87	2	455	30	11	16	41	1.84
27819060--27819122	33	1.9	33	96	0	117	34	42	6	15	1.73
27819279--27819307	15	1.9	15	100	0	58	44	34	0	20	1.52
27820084--27820249	41	4.0	41	88	0	233	28	28	24	18	1.98
27820285--27820420	40	3.5	40	83	7	163	21	22	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27820425--27820450	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
27827834--27827881	25	1.9	25	87	8	71	12	6	4	77	1.11
27828495--27828562	26	2.6	27	81	6	77	42	5	4	47	1.48
27828590--27828616	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
27833603--27833646	7	6.3	7	80	19	56	70	0	15	13	1.17
27833603--27833646	21	2.1	21	87	8	63	70	0	15	13	1.17
27834948--27835980	44	23.4	44	82	6	1021	30	13	24	32	1.93
27834921--27835973	265	4.0	264	90	3	1485	30	13	24	32	1.93
27834921--27835973	88	11.9	88	89	2	1395	30	13	24	32	1.93
27837849--27837880	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
27838926--27838963	20	1.9	19	89	5	58	31	0	2	65	1.06
27839982--27840025	20	2.3	19	84	4	52	54	6	0	38	1.27
27840184--27840223	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
27846267--27846328	29	2.1	29	85	5	81	17	19	35	27	1.94
27846287--27846357	29	2.4	29	83	4	81	15	16	38	29	1.90
27846265--27846365	29	3.5	29	73	10	80	16	18	35	28	1.93
27861588--27861642	26	2.1	26	90	6	85	41	5	18	34	1.73
27861598--27861658	26	2.3	26	86	5	79	40	3	22	32	1.70
27867408--27867474	21	3.1	22	70	6	57	34	4	11	49	1.60
27870173--27870223	24	2.1	24	81	0	57	19	0	27	52	1.46
27877159--27877215	21	2.7	22	81	10	75	12	40	19	28	1.87
27881787--27881811	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27882370--27882407	18	2.1	18	100	0	76	52	0	5	42	1.24
27899768--27899824	7	8.0	7	79	16	64	70	0	14	15	1.18
27899767--27899815	8	6.6	8	81	13	61	73	0	12	14	1.10
27899769--27899824	21	2.6	21	88	2	85	69	0	14	16	1.19
27899767--27899824	15	4.0	15	78	14	68	70	0	13	15	1.17
27901213--27901922	132	5.4	132	81	5	814	29	18	22	29	1.98
27902112--27902370	50	5.2	50	70	8	186	34	23	18	23	1.96
27902100--27902370	100	2.7	99	80	5	296	34	22	18	23	1.96
27902818--27902846	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
27907960--27908045	45	1.9	45	97	0	163	34	23	16	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168