genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  33  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748453--8748506	19	2.7	20	83	16	67	64	3	0	31	1.11
8748460--8748504	24	1.9	23	86	13	65	66	2	0	31	1.04
8750056--8750106	20	2.6	20	88	11	79	54	0	9	35	1.33
8750129--8750165	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8754324--8754357	15	2.3	15	90	5	52	32	17	8	41	1.80
8759237--8759305	27	2.6	26	79	4	84	31	17	1	49	1.56
8759397--8759462	26	2.5	26	90	0	96	24	28	25	21	1.99
8763849--8763913	26	2.5	26	72	18	71	38	15	7	38	1.76
8771420--8771805	184	2.1	182	82	6	458	33	12	9	45	1.73
8773715--8773828	62	1.9	59	87	5	165	51	5	2	40	1.38
8778330--8778779	71	6.3	71	87	4	618	41	16	12	29	1.86
8778469--8778769	23	12.7	23	67	15	141	42	16	13	26	1.86
8778469--8778723	48	5.4	47	69	11	155	42	16	14	26	1.87
8779614--8779712	28	3.5	28	84	5	128	32	26	11	30	1.91
8781881--8781913	16	1.9	18	88	11	52	15	30	6	48	1.69
8794120--8794171	19	2.9	17	81	10	59	40	11	15	32	1.83
8794130--8794173	19	2.1	22	88	12	67	40	9	15	34	1.79
8794387--8794435	23	2.1	23	84	0	62	24	0	14	61	1.33
8794455--8794487	15	2.1	16	94	5	59	30	15	0	54	1.41
8794591--8794640	23	2.2	23	82	7	57	36	2	0	62	1.07
8795155--8795193	19	2.0	19	90	5	60	30	20	5	43	1.73
8803702--8803796	47	2.0	47	81	4	111	44	17	21	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8805073--8806221	45	25.6	45	84	1	1426	29	15	24	30	1.96
8807800--8807839	20	2.0	20	85	0	53	25	5	2	67	1.23
8807952--8807994	20	2.2	20	86	0	59	37	6	0	55	1.27
8811470--8811499	14	2.1	15	93	6	53	13	3	0	83	0.77
8812219--8812251	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
8812264--8812329	14	4.9	14	73	17	50	39	6	0	54	1.25
8816695--8816741	10	5.0	9	92	7	60	78	10	0	10	0.96
8816702--8816741	10	4.0	10	100	0	80	80	10	0	10	0.92
8816755--8816793	6	6.3	6	83	16	53	79	0	17	2	0.84
8816748--8816790	15	3.2	14	84	15	56	79	0	16	4	0.90
8819796--8819834	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8819939--8819967	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
8820054--8820129	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
8828498--8828670	49	3.5	49	73	10	172	31	24	22	20	1.98
8828498--8829625	50	23.3	50	72	11	765	31	21	21	25	1.98
8828496--8829625	95	11.7	95	85	5	1263	31	21	21	25	1.98
8828496--8830222	50	35.2	50	69	11	605	32	22	20	24	1.98
8828487--8830222	100	17.7	99	84	5	1367	32	22	20	24	1.98
8830206--8830250	23	2.0	23	90	0	72	37	22	28	11	1.88
8830229--8830518	101	2.9	100	86	3	370	33	22	19	24	1.97
8830255--8830511	50	5.1	50	68	8	130	34	22	18	24	1.96
8830015--8830453	224	2.0	223	90	0	698	33	23	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8830238--8830561	100	3.2	100	84	3	366	32	21	20	25	1.97
8830337--8830567	50	4.6	50	74	6	182	32	21	19	25	1.97
8830615--8830940	132	2.5	132	82	5	356	31	17	23	26	1.97
8830691--8830905	44	4.9	44	69	11	143	30	17	24	27	1.97
8830694--8830967	132	2.1	132	90	0	440	30	18	22	28	1.98
8830937--8831508	218	2.6	218	88	2	828	29	19	24	27	1.98
8830959--8831467	44	11.7	44	70	11	203	29	18	24	27	1.98
8831177--8831336	85	1.9	85	81	2	196	26	18	26	28	1.98
8831648--8831836	88	2.1	88	91	0	297	33	21	18	26	1.96
8832539--8832567	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
8833553--8833623	23	2.9	24	72	19	67	39	8	1	50	1.41
8835095--8835136	20	2.0	20	86	9	57	64	0	7	28	1.20
8835600--8835651	19	2.7	20	85	8	63	57	9	1	30	1.42
8835664--8835710	8	6.0	8	76	14	53	61	0	0	38	0.96
8835613--8835719	42	2.5	43	74	18	107	57	3	0	39	1.17
8841928--8842128	110	1.8	110	81	6	255	33	10	17	37	1.85
8844143--8844188	16	2.6	19	74	25	55	23	2	6	67	1.25
8848127--8848381	90	2.8	90	79	3	237	52	10	7	29	1.64
8854078--8854131	28	1.9	28	88	7	83	46	5	0	48	1.25
8858842--8858933	37	2.5	37	85	0	112	43	9	22	23	1.83
8860578--8860616	19	2.1	19	95	0	69	25	15	12	46	1.81
8870654--8870708	17	3.3	17	92	2	85	5	30	5	58	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8874100--8874163	25	2.6	25	85	2	85	28	25	26	20	1.99
8876293--8876348	3	18.3	3	89	10	87	66	1	1	30	1.12
8876296--8876351	28	2.0	27	93	3	94	66	3	1	28	1.19
8883467--8883501	3	11.3	3	87	6	52	62	2	2	31	1.24
8887586--8887683	46	2.2	46	94	1	171	33	3	19	43	1.66
8892162--8892259	46	2.2	46	94	1	171	33	3	19	43	1.66
8893834--8893889	30	1.9	28	85	7	76	42	1	0	55	1.10
8894426--8894471	20	2.3	19	82	10	56	28	4	2	65	1.23
8895287--8895317	16	1.9	16	93	0	53	38	19	32	9	1.84
8905111--8905186	38	2.0	38	100	0	152	18	7	36	36	1.80
8905123--8905184	20	3.2	20	68	9	65	17	8	37	37	1.80
8907793--8908975	302	3.9	302	97	0	2192	29	20	15	34	1.94
8920194--8920246	13	3.9	13	75	18	54	64	1	0	33	1.05
8920196--8920250	16	3.4	16	80	5	58	63	1	0	34	1.05
8920202--8920268	27	2.4	27	85	7	82	59	1	1	37	1.16
8923988--8924126	51	2.7	51	94	0	233	49	10	14	25	1.74
8924164--8924467	82	3.6	85	79	5	287	43	9	11	35	1.74
8924420--8924714	79	3.6	79	84	5	322	39	14	15	30	1.87
8924558--8924813	88	2.9	87	86	4	336	40	14	14	30	1.86
8925010--8925083	27	2.6	28	83	8	80	62	1	4	32	1.22
8941637--8941770	29	4.6	29	72	4	108	41	20	14	24	1.89
8943802--8943834	17	1.9	17	93	0	57	57	12	18	12	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8948787--8948882	41	2.3	41	98	0	183	23	23	23	28	2.00
8950252--8950277	9	2.9	9	100	0	52	30	11	11	46	1.76
8959774--8959800	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
8966279--8966630	126	2.8	126	86	2	521	29	16	21	32	1.95
8969611--8969828	116	1.9	116	94	0	382	41	9	9	39	1.70
8969830--8969916	23	4.0	22	70	22	67	28	1	25	44	1.61
8969864--8970437	23	24.3	23	76	15	532	28	1	22	47	1.59
8970085--8970334	50	5.1	49	77	16	218	26	0	26	46	1.56
8970177--8970237	28	2.2	28	93	0	104	26	1	26	45	1.63
8970167--8970251	28	3.2	27	67	16	79	28	1	21	49	1.57
8970355--8970411	30	1.9	30	85	0	78	24	0	21	54	1.45
8970332--8970435	53	2.0	53	82	3	129	26	0	23	49	1.57
8970443--8970528	43	2.0	45	90	4	140	50	12	0	37	1.41
8970951--8970985	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
8971638--8971662	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8972804--8972926	51	2.4	51	90	1	194	46	0	25	28	1.53
8972911--8972942	10	3.2	10	100	0	64	43	0	37	18	1.51
8973468--8973494	12	2.2	12	100	0	54	77	0	7	14	0.97
8973466--8973498	16	2.1	16	94	0	57	75	0	9	15	1.03
8985273--8985348	23	3.3	23	94	0	134	32	26	19	21	1.97
8985435--8985463	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8985582--8985620	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8991884--8991983	27	3.7	27	81	7	105	36	17	27	20	1.94
8991934--8991999	27	2.4	27	87	0	96	46	18	19	15	1.83
8993202--8993443	23	10.5	23	92	0	394	38	18	13	29	1.89
8994195--8994329	40	3.3	40	82	5	155	32	28	15	23	1.95
9000686--9000765	23	3.5	23	89	0	124	36	18	13	31	1.90
9001510--9001642	40	3.3	41	76	3	135	36	26	14	23	1.93
9010684--9010708	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
9015324--9015401	18	4.3	18	66	18	54	37	1	7	53	1.38
9015324--9015466	49	2.8	53	80	11	170	37	1	5	55	1.32
9018063--9018187	59	2.1	59	98	0	241	40	8	11	40	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168