genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1894282--1894339	29	2.0	29	93	3	80	27	5	0	67	1.12
1894289--1894343	3	18.7	3	80	10	60	29	3	0	67	1.08
1894860--1894926	5	14.2	5	78	12	79	37	0	1	61	1.05
1894862--1894928	22	3.0	22	79	12	75	40	0	1	58	1.07
1902872--1902913	19	2.2	19	87	8	59	9	4	7	78	1.08
1906463--1906568	44	2.4	44	82	13	130	23	20	28	27	1.99
1910002--1910151	9	16.2	9	67	19	51	27	2	14	55	1.53
1910003--1910055	25	2.1	25	86	6	72	32	0	16	50	1.46
1909998--1910141	13	11.8	13	67	18	78	27	2	14	55	1.53
1909996--1910059	25	2.8	22	76	15	67	31	0	15	53	1.43
1910033--1910171	30	4.4	30	73	14	111	27	3	13	55	1.55
1911523--1911661	71	2.0	71	100	0	278	23	14	15	46	1.82
1913092--1913494	81	5.0	80	87	4	508	43	19	15	21	1.87
1913092--1913483	27	14.5	27	84	5	433	44	19	15	20	1.87
1913603--1913704	26	3.9	26	75	2	80	16	18	23	41	1.90
1916354--1916403	23	2.2	23	96	0	91	14	6	18	62	1.51
1917650--1917680	16	1.9	16	100	0	62	25	19	16	38	1.92
1917652--1917689	16	2.4	16	90	0	58	28	23	13	34	1.92
1925791--1925893	52	2.0	50	92	3	170	59	9	9	21	1.58
1927833--1927888	18	3.1	17	80	17	60	14	23	1	60	1.43
1927835--1927887	6	8.8	6	83	4	54	15	24	1	58	1.47
1927880--1927985	53	2.0	51	83	7	133	28	18	7	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1951572--1951619	20	2.4	20	96	0	87	33	0	27	39	1.57
1951655--1951896	76	3.2	76	87	1	342	19	22	22	34	1.96
1951650--1951863	35	5.8	35	68	16	126	18	22	24	34	1.96
1953367--1953402	15	2.5	14	86	4	54	75	2	5	16	1.12
1963140--1963179	15	2.7	16	88	11	59	72	0	17	10	1.11
1963867--1963910	16	2.9	15	83	6	52	47	6	0	45	1.29
1966802--1966845	17	2.6	17	92	3	72	18	18	25	38	1.92
1967136--1967185	26	1.9	26	84	8	66	8	16	8	68	1.38
1968420--1968479	16	3.5	16	72	28	52	68	1	3	26	1.15
1976624--1976653	9	3.2	9	95	4	51	50	0	3	46	1.18
1978899--1978970	25	2.7	26	81	10	74	43	0	2	54	1.15
1978908--1978987	21	3.8	20	77	14	74	41	0	5	53	1.22
1978922--1978978	28	2.1	27	84	15	73	42	0	5	52	1.24
1981062--1981087	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1985473--1985560	26	3.4	26	85	6	115	43	15	13	27	1.85
1990145--1990184	20	2.0	20	90	0	62	35	15	7	42	1.75
2002254--2002324	35	2.0	35	88	0	106	36	8	23	30	1.85
2007401--2007471	35	2.0	35	91	0	115	35	8	25	30	1.86
2012989--2013037	24	1.9	27	84	12	68	40	8	4	46	1.52
2016224--2016259	7	5.6	7	90	9	51	25	0	13	61	1.33
2016278--2016458	53	3.7	53	73	21	194	49	7	3	40	1.47
2016324--2016397	33	2.2	34	87	4	105	51	9	1	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016292--2016475	93	2.0	93	95	0	332	48	7	4	39	1.50
2016519--2016575	16	3.6	16	92	0	96	45	5	3	45	1.43
2016549--2016611	22	2.7	23	90	4	92	47	1	1	49	1.20
2018493--2018530	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2019791--2019912	43	2.8	44	80	9	144	33	28	19	18	1.95
2024214--2024660	34	13.3	34	82	1	488	35	19	15	29	1.92
2026236--2026293	15	3.9	15	86	0	80	29	22	17	31	1.96
2026227--2026293	30	2.2	30	89	0	98	28	19	19	32	1.96
2032041--2032114	5	14.8	5	100	0	148	39	20	0	40	1.52
2034333--2034369	19	1.9	19	89	10	58	13	5	2	78	1.03
2041086--2041128	22	2.0	22	85	0	59	20	20	41	16	1.90
2043821--2043879	19	3.1	19	79	15	68	38	0	3	57	1.15
2043821--2043879	31	1.9	31	89	0	91	38	0	3	57	1.15
2044910--2044955	21	2.2	21	84	7	58	15	34	21	28	1.94
2045945--2046004	24	2.5	24	83	2	75	38	33	18	10	1.84
2056700--2056737	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
2056830--2056867	20	1.9	20	100	0	76	50	2	0	47	1.15
2058112--2058206	32	2.9	32	95	1	163	51	16	3	28	1.60
2058179--2058233	27	2.0	27	86	6	76	50	18	3	27	1.63
2061553--2061739	4	46.8	4	100	0	374	50	24	0	25	1.50
2072810--2072885	21	3.6	21	72	0	62	42	15	25	17	1.88
2072810--2072922	42	2.7	42	79	2	129	41	15	23	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075659--2075802	74	1.9	74	90	0	225	36	11	11	40	1.77
2078957--2079133	39	4.5	39	91	0	273	33	3	17	45	1.65
2079130--2079185	22	2.5	23	88	8	73	42	12	14	30	1.82
2079140--2079185	22	2.1	22	95	0	83	39	15	13	32	1.85
2086872--2086947	3	25.3	3	89	0	98	34	6	0	59	1.24
2087354--2087446	45	2.1	45	97	0	177	37	2	22	37	1.67
2088714--2088749	19	1.9	19	88	5	56	58	2	19	19	1.52
2100910--2100965	27	2.1	27	89	0	85	28	10	23	37	1.88
2105025--2105104	42	1.9	42	84	0	106	25	35	18	21	1.96
2107467--2109480	839	2.4	836	84	3	2546	34	18	13	34	1.90
2115495--2115534	20	2.0	20	95	0	71	17	20	22	40	1.92
2119307--2119358	22	2.4	22	83	6	61	3	32	0	63	1.12
2119494--2119563	31	2.3	31	80	7	81	25	11	20	42	1.85
2120437--2120464	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
2121103--2121133	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2127875--2128042	84	2.0	84	89	0	255	36	17	14	30	1.90
2129475--2129540	2	32.5	2	76	8	53	45	3	7	43	1.47
2130868--2130905	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
2133044--2133467	129	3.3	127	80	6	455	31	17	20	30	1.96
2136334--2136381	22	2.3	20	82	10	60	41	0	2	56	1.11
2136334--2136389	21	2.7	21	86	8	78	41	0	1	57	1.09
2139878--2139940	29	2.1	30	88	2	92	31	19	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144670--2144782	47	2.5	46	80	11	142	39	6	15	38	1.72
2144670--2144789	44	2.6	45	80	6	136	40	5	14	39	1.70
2144753--2144888	61	2.2	61	98	0	263	37	4	15	42	1.67
2144998--2145026	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2145016--2145132	47	2.4	49	82	5	157	36	7	15	40	1.76
2145250--2145365	41	2.8	41	81	2	144	18	20	29	31	1.97
2149025--2149159	69	2.0	69	88	4	202	40	2	5	51	1.39
2150797--2150874	31	2.6	29	76	7	84	37	21	16	24	1.94
2152790--2152852	32	2.0	32	96	0	117	15	4	22	57	1.57
2158420--2158517	42	2.3	42	81	6	117	22	24	32	20	1.98
2159848--2159883	18	1.9	19	88	5	56	22	25	5	47	1.73
2160327--2160437	38	2.9	38	87	0	159	36	15	15	33	1.89
2163552--2163676	38	3.3	38	83	0	151	33	12	16	38	1.85
2163811--2163968	45	3.5	44	75	3	136	22	15	24	38	1.92
2169540--2169660	43	2.8	44	77	10	124	22	16	19	42	1.89
2175603--2175634	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
2191453--2191497	18	2.5	18	82	7	56	40	17	4	37	1.70
2194704--2195086	46	8.4	46	94	1	632	32	15	21	29	1.95
2194704--2195086	91	4.2	92	92	2	632	32	15	21	29	1.95
2194704--2195086	137	2.8	137	93	1	637	32	15	21	29	1.95
2195605--2195684	41	1.9	43	87	5	119	63	0	1	35	1.02
2195657--2195689	7	4.7	7	100	0	66	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196236--2196269	17	2.0	17	88	11	52	23	47	17	11	1.81
2200340--2200379	21	1.9	21	85	10	55	17	32	22	27	1.96
2204914--2205102	35	5.4	35	90	0	297	19	13	32	35	1.90
2208615--2208814	102	2.0	102	93	0	346	24	12	24	40	1.88
2214416--2214454	17	2.4	16	84	16	53	56	0	12	30	1.37
2218382--2218435	22	2.5	22	87	0	81	33	14	1	50	1.54
2224468--2224586	60	2.0	60	86	3	168	26	18	17	37	1.93
2225010--2225038	6	4.8	6	100	0	58	34	0	13	51	1.42
2229739--2229790	28	1.9	27	84	7	70	44	17	0	38	1.49
2229952--2230130	56	3.1	57	83	4	236	29	20	6	43	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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