genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554543--2554629	44	2.0	45	88	6	133	40	0	10	49	1.37
2554597--2554689	25	3.7	25	97	0	168	46	0	12	40	1.42
2554705--2554800	30	3.2	30	86	2	149	45	29	0	25	1.53
2554705--2555240	29	19.3	29	69	21	271	44	27	0	27	1.59
2554785--2554830	22	2.2	20	88	11	67	45	28	0	26	1.54
2554756--2555211	51	8.9	50	76	13	412	44	26	0	28	1.59
2554924--2554982	7	8.3	7	81	10	75	42	38	1	16	1.59
2554927--2554982	22	2.6	22	88	2	78	39	41	1	17	1.60
2555093--2555189	22	4.2	20	71	28	70	45	26	0	27	1.54
2555223--2555266	21	2.1	21	87	8	63	43	22	0	34	1.54
2554834--2555269	102	4.3	102	76	11	437	44	26	0	28	1.59
2556455--2556832	126	3.0	125	86	5	566	32	21	15	29	1.95
2560983--2561023	20	2.0	20	100	0	82	19	9	29	41	1.83
2562328--2562477	76	2.0	76	83	0	192	34	20	20	24	1.96
2564160--2564197	16	2.4	16	87	12	53	57	0	5	36	1.21
2567018--2567210	103	1.9	103	85	4	273	44	11	17	26	1.83
2569917--2570312	195	2.0	195	98	0	756	35	15	15	34	1.89
2578523--2578562	11	3.6	11	79	0	53	25	15	2	57	1.50
2578512--2578570	22	2.7	22	84	2	84	23	11	1	62	1.38
2581620--2581654	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
2582894--2582922	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
2582865--2583094	62	3.7	62	92	0	370	48	7	6	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2588573--2588640	22	3.1	22	79	8	84	41	16	23	19	1.90
2588621--2588670	25	2.0	25	84	0	64	36	16	24	24	1.94
2589332--2589401	34	2.0	35	94	2	124	28	24	1	45	1.62
2589585--2589609	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2591018--2591175	34	4.6	34	85	1	165	31	6	18	43	1.76
2591018--2591175	68	2.3	68	82	0	199	31	6	18	43	1.76
2594318--2594355	14	2.7	14	88	8	51	47	7	10	34	1.67
2594951--2595000	25	2.0	25	84	7	66	42	0	2	56	1.11
2596750--2596855	30	3.5	30	77	16	121	38	0	5	54	1.30
2596748--2596855	32	3.6	30	79	18	118	38	0	5	54	1.30
2596776--2596818	21	2.1	20	83	12	52	39	2	6	51	1.42
2596846--2596874	12	2.3	13	94	5	51	13	0	13	72	1.13
2597058--2597092	9	4.1	9	85	14	56	57	11	0	31	1.34
2597057--2597095	16	2.4	16	95	0	69	56	10	0	33	1.33
2597165--2597206	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2599652--2599704	2	26.5	2	96	0	97	52	0	0	47	1.00
2602296--2602334	21	1.9	20	89	5	60	56	2	7	33	1.41
2604354--2604688	88	3.8	89	85	1	453	29	24	18	27	1.98
2613708--2613825	3	39.3	3	74	0	74	29	10	1	58	1.41
2613709--2613793	27	3.3	26	78	9	93	27	10	1	61	1.36
2614052--2614089	13	3.0	13	84	3	51	21	0	2	76	0.91
2620384--2620679	140	2.1	140	80	6	323	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622039--2622559	265	2.0	259	96	2	970	31	11	23	32	1.91
2636479--2636603	42	3.0	42	80	8	137	32	19	23	25	1.98
2637051--2637115	21	3.1	20	88	4	85	1	43	20	35	1.61
2641460--2641499	7	6.0	7	88	11	66	12	15	0	72	1.12
2641460--2641499	13	3.0	13	88	3	62	12	15	0	72	1.12
2641463--2641499	20	1.9	20	94	5	67	10	13	0	75	1.04
2642330--2642367	6	6.0	6	88	11	58	0	18	0	81	0.69
2642330--2642365	14	2.8	13	91	8	56	0	16	0	83	0.65
2642330--2642367	13	3.0	12	88	11	58	0	18	0	81	0.69
2642392--2642417	10	2.6	10	100	0	52	11	0	0	88	0.52
2642393--2642439	16	2.9	15	80	20	51	6	4	2	87	0.74
2643157--2643193	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
2645716--2645752	18	2.1	18	100	0	74	29	27	21	21	1.99
2647858--2647897	16	2.5	17	84	11	50	5	5	35	55	1.44
2649342--2649730	9	43.7	9	80	6	438	33	1	16	49	1.55
2654275--2654354	14	5.6	14	71	14	56	47	30	0	22	1.52
2654313--2654351	21	1.9	20	89	5	60	43	35	0	20	1.52
2654417--2654877	210	2.2	209	79	6	473	25	22	19	32	1.98
2654984--2655269	112	2.5	112	78	2	306	25	23	19	31	1.98
2655525--2655582	30	2.0	29	86	10	82	65	0	1	32	1.03
2655539--2655587	24	2.1	22	92	7	80	63	0	0	36	0.95
2667317--2667373	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667619--2667653	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2671694--2671725	15	2.1	15	100	0	64	43	0	18	37	1.51
2675326--2675388	24	2.7	24	75	2	65	25	11	19	44	1.83
2675326--2675395	23	3.0	23	74	2	77	27	10	18	44	1.81
2679226--2679290	23	2.9	23	68	19	55	41	0	4	53	1.21
2679776--2679829	19	2.6	20	80	14	56	62	1	0	35	1.06
2680033--2680109	2	38.5	2	94	0	136	46	2	0	50	1.15
2685496--2685521	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2698459--2698537	25	3.2	25	81	15	101	24	25	18	31	1.98
2698459--2698574	49	2.3	50	82	8	139	25	23	18	31	1.97
2698477--2698572	25	3.9	25	76	13	83	26	22	19	31	1.98
2703992--2704044	17	3.2	17	78	2	54	60	1	1	35	1.19
2705590--2705634	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
2706218--2706485	42	6.4	42	91	1	423	29	19	22	27	1.98
2706218--2706528	126	2.5	124	87	6	423	29	19	23	27	1.98
2718083--2718119	3	12.3	3	100	0	74	64	0	35	0	0.94
2719310--2719440	67	2.0	67	89	0	199	32	18	22	27	1.97
2719716--2719774	29	2.0	29	81	12	68	25	20	20	33	1.97
2727851--2727887	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
2728855--2728923	30	2.4	29	85	9	88	49	17	8	24	1.75
2728965--2729003	20	1.9	20	89	5	60	30	17	23	28	1.97
2729038--2729067	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2729710--2729751	21	2.0	21	86	9	59	28	23	21	26	1.99
2738403--2738475	33	2.2	33	90	0	110	19	21	8	50	1.73
2748369--2748422	3	18.3	3	81	11	67	27	1	0	70	0.98
2748369--2748437	6	11.2	6	83	11	59	24	2	0	72	0.98
2753180--2753230	17	3.0	16	80	11	50	43	1	0	54	1.11
2753181--2753238	29	2.0	29	93	0	98	41	3	0	55	1.17
2771944--2771979	18	2.0	18	88	0	54	13	2	19	63	1.41
2772365--2772775	89	4.5	88	77	7	446	27	20	18	34	1.95
2772248--2772775	44	11.7	44	74	9	402	28	20	18	33	1.96
2774566--2774688	63	2.0	63	91	3	203	43	11	13	32	1.79
2789122--2789164	22	2.0	22	81	9	52	53	2	2	41	1.26
2789206--2789234	12	2.3	13	94	5	51	20	3	31	44	1.68
2790986--2791034	22	2.3	22	92	3	82	26	2	10	61	1.39
2797516--2797544	7	4.1	7	100	0	58	0	13	0	86	0.58
2818031--2818075	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2819394--2819432	19	2.1	19	85	9	53	53	0	7	38	1.30
2826313--2826363	21	2.3	23	80	16	63	62	0	3	33	1.13
2829563--2829609	24	2.0	24	83	8	60	38	4	2	55	1.31
2830291--2830324	10	3.4	10	100	0	68	55	0	0	44	0.99
2833803--2833928	21	6.0	21	72	6	94	23	18	34	23	1.96
2833796--2833899	42	2.5	42	85	0	127	25	17	32	24	1.96
2836610--2836662	18	2.9	18	83	5	54	41	3	18	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836990--2837054	25	2.6	25	78	4	69	38	12	15	33	1.85
2838643--2838673	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2838727--2838763	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
2840469--2840536	32	2.1	32	100	0	136	30	25	17	26	1.97
2844844--2844888	18	2.5	18	82	7	56	37	4	17	40	1.70
2847003--2847052	23	2.2	22	89	10	75	20	0	2	78	0.86
2851471--2851681	51	4.2	51	92	1	345	32	12	23	31	1.92
2851478--2851678	101	2.0	101	95	0	357	33	12	22	31	1.92
2851634--2851718	37	2.3	37	91	0	134	29	14	23	32	1.94
2860380--2860480	49	2.1	49	98	0	193	49	10	9	29	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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