genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8419635--8419680	23	2.0	23	83	8	58	47	0	4	47	1.21
8419683--8419744	25	2.3	27	81	18	67	67	4	3	24	1.25
8423334--8423363	14	2.1	14	100	0	60	46	40	0	13	1.43
8425065--8425110	23	2.0	24	83	12	60	52	2	6	39	1.40
8426162--8426202	21	2.0	21	85	9	57	51	0	2	46	1.14
8426495--8426541	23	2.0	23	95	0	85	31	14	34	19	1.92
8430348--8430388	11	3.7	11	80	0	55	26	12	2	58	1.46
8436973--8437067	37	2.6	36	73	11	86	40	16	15	27	1.89
8442131--8442181	15	3.5	15	81	5	52	47	3	3	45	1.40
8445176--8445311	40	3.4	40	77	4	139	44	27	16	12	1.83
8447568--8447603	3	12.0	3	87	0	54	61	0	2	36	1.11
8449408--8450526	99	11.3	99	88	2	1541	22	19	23	34	1.97
8449475--8450329	49	17.3	49	66	10	310	22	20	23	33	1.97
8449420--8450526	298	3.7	300	90	2	1601	22	19	23	34	1.97
8462980--8463010	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
8464648--8464699	27	1.9	27	92	0	86	36	9	23	30	1.87
8468727--8468762	15	2.4	15	90	0	54	36	22	13	27	1.92
8472767--8472889	13	9.4	13	73	15	74	38	17	1	43	1.59
8472768--8472889	26	4.7	25	74	11	84	38	16	1	43	1.58
8472823--8472898	39	1.9	40	81	2	91	36	19	1	42	1.60
8472989--8473105	45	2.6	45	91	0	189	23	18	16	41	1.89
8474831--8474991	63	2.6	63	81	4	173	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8477409--8477539	45	2.9	45	84	3	149	41	16	14	27	1.87
8482809--8482967	78	2.0	78	86	4	223	36	16	20	26	1.94
8493613--8493637	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
8495886--8495928	23	2.0	23	86	9	63	58	0	0	41	0.98
8500083--8500108	6	4.3	6	100	0	52	15	46	19	19	1.85
8504307--8504358	18	2.8	19	85	8	63	38	0	7	53	1.30
8504322--8504358	19	2.0	18	89	5	56	40	0	5	54	1.24
8504586--8504647	19	3.3	20	78	12	62	32	0	11	56	1.35
8508292--8508340	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
8512695--8512743	25	2.0	25	83	0	62	59	2	30	8	1.38
8512699--8512754	25	2.2	24	78	9	58	57	1	32	8	1.40
8513194--8513243	20	2.7	18	81	15	57	42	0	4	54	1.19
8514263--8514646	210	1.8	212	90	2	621	27	16	15	39	1.90
8515688--8516003	171	1.8	171	89	1	499	39	22	11	26	1.88
8518958--8519007	26	2.0	25	92	4	82	38	24	22	16	1.93
8519802--8519861	30	2.0	30	100	0	120	40	16	13	30	1.87
8526626--8526696	25	2.8	24	77	8	79	29	18	29	22	1.97
8526808--8526876	26	2.7	25	80	6	84	40	20	23	15	1.91
8526676--8526867	24	7.8	26	70	12	95	33	22	25	18	1.97
8530107--8530340	46	5.6	43	82	13	235	35	14	21	28	1.93
8530145--8530255	37	3.0	37	93	0	186	38	13	19	27	1.90
8540312--8540364	18	2.9	19	72	27	53	62	0	1	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8542549--8542598	27	1.9	26	92	8	84	46	8	0	46	1.32
8542650--8542707	27	2.1	27	93	0	98	29	31	27	12	1.92
8542802--8542841	11	3.7	11	86	6	64	72	0	25	2	0.97
8542976--8543037	3	20.7	3	96	0	115	1	0	30	67	1.00
8543188--8543264	36	2.2	35	81	11	95	35	0	10	54	1.35
8543916--8543959	18	2.4	18	92	0	70	29	4	54	11	1.56
8545276--8545307	15	2.1	15	100	0	64	40	6	0	53	1.26
8545709--8545753	22	2.0	22	100	0	90	55	0	8	35	1.31
8546570--8546691	4	30.0	4	70	22	60	0	31	0	68	0.90
8546503--8546692	38	5.0	38	80	16	184	0	32	0	67	0.91
8546533--8546673	40	3.4	43	83	13	165	0	30	0	69	0.89
8546533--8546683	78	1.9	76	89	6	232	0	31	0	68	0.90
8546663--8546702	18	2.2	18	86	8	55	0	40	2	57	1.12
8546734--8546803	27	2.6	27	93	4	115	15	28	28	27	1.96
8546734--8546812	27	2.9	27	88	0	113	15	30	27	26	1.96
8546854--8546884	11	2.8	11	90	0	53	0	0	12	87	0.55
8546884--8546951	28	2.5	28	87	2	102	45	1	10	42	1.47
8548782--8548842	19	3.2	19	69	17	63	52	1	3	42	1.27
8548764--8548845	38	2.2	38	97	0	155	51	2	2	43	1.28
8550567--8550641	38	2.0	38	91	0	123	42	10	10	36	1.74
8551250--8551308	28	2.1	28	84	3	75	8	59	15	16	1.60
8551452--8551493	3	14.3	3	95	5	77	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8551426--8551501	20	3.8	20	75	19	79	64	0	35	0	0.94
8551666--8551784	60	2.0	60	94	0	211	34	0	12	52	1.39
8551798--8551962	72	2.3	72	96	2	305	31	0	14	53	1.41
8551840--8551957	38	3.2	38	70	16	122	29	0	14	55	1.39
8551806--8551919	34	3.2	34	69	18	106	33	0	12	54	1.38
8552053--8552334	104	2.7	103	86	5	361	28	1	16	53	1.49
8552086--8552334	104	2.4	107	87	4	364	29	0	15	54	1.47
8564580--8564619	21	1.9	21	94	0	71	70	0	5	25	1.08
8570645--8570776	67	2.0	67	92	3	221	33	13	18	34	1.90
8572555--8572601	24	2.0	24	82	0	58	78	2	6	12	1.02
8585052--8585111	27	2.2	27	90	0	93	30	5	16	48	1.67
8586036--8586072	19	2.0	20	89	10	60	56	0	8	35	1.29
8589315--8589340	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8595004--8595043	21	1.9	21	90	10	64	70	5	2	22	1.19
8595068--8595118	12	4.5	11	74	11	50	60	0	3	35	1.15
8595065--8595111	24	2.0	24	86	0	67	57	0	4	38	1.18
8595392--8595417	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
8596963--8597002	21	1.9	21	89	0	62	52	0	0	47	1.00
8598348--8598436	34	2.6	34	83	0	115	31	16	23	28	1.96
8598686--8598736	14	3.6	14	81	0	57	37	13	13	35	1.85
8598686--8598752	28	2.4	28	84	0	80	32	13	14	38	1.86
8601430--8601607	46	3.9	46	73	4	117	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8603612--8603649	18	2.1	18	100	0	76	23	5	26	44	1.74
8604239--8604270	16	2.0	16	100	0	64	31	25	6	37	1.81
8611368--8611412	2	22.5	2	86	8	65	44	2	0	53	1.13
8611428--8611476	25	1.9	25	87	4	71	28	0	2	69	1.00
8611466--8611519	26	2.1	25	82	3	63	31	3	1	62	1.23
8612247--8612404	57	2.8	57	80	5	167	44	14	15	25	1.85
8612879--8612905	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
8621636--8621707	25	2.9	24	79	8	74	38	8	20	31	1.83
8621917--8621950	16	2.2	16	89	5	52	20	14	14	50	1.78
8624559--8624610	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8626527--8626578	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8627277--8627331	27	2.0	27	93	6	94	32	9	27	30	1.88
8630283--8630313	16	1.9	16	100	0	62	38	29	12	19	1.89
8631037--8631071	6	6.0	6	93	6	63	34	17	0	48	1.47
8631765--8631887	16	7.5	16	72	18	101	34	26	14	24	1.94
8631765--8631890	33	3.8	33	91	4	209	34	25	14	25	1.94
8631776--8631871	17	5.8	17	71	18	85	34	25	16	23	1.95
8634567--8634599	17	1.9	17	93	0	57	9	6	3	81	0.95
8635334--8635373	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8637629--8637663	18	1.9	18	88	0	52	60	25	8	5	1.49
8638933--8639048	57	2.0	57	98	0	223	51	4	10	33	1.55
8639533--8639627	52	1.9	48	83	10	120	52	5	8	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8651017--8651051	17	2.0	18	94	5	63	54	0	0	45	0.99
8651692--8651740	24	2.0	24	92	0	80	28	18	8	44	1.78
8653067--8653105	18	2.1	19	95	4	71	17	10	20	51	1.74
8662845--8663356	172	3.0	172	91	1	830	49	17	7	25	1.72
8685056--8685102	19	2.5	19	100	0	94	23	14	8	53	1.69
8685805--8685935	29	4.5	29	88	1	192	35	19	19	25	1.95
8685990--8686084	29	3.4	29	77	20	103	35	26	17	20	1.95
8721284--8721325	20	2.0	20	86	9	57	38	4	21	35	1.75
8733901--8733933	16	2.0	17	88	5	50	12	24	0	63	1.28
8748460--8748507	5	10.2	5	80	14	50	66	2	0	31	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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