genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26130550--26130589	16	2.6	15	76	7	53	65	5	5	25	1.34
26130783--26130820	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
26130784--26130827	20	2.3	19	84	4	52	38	11	29	20	1.87
26131087--26131124	20	1.9	19	89	5	58	13	26	15	44	1.83
26134533--26134571	20	2.0	20	89	0	60	33	30	12	23	1.92
26135021--26135072	27	1.9	27	84	0	68	40	13	23	23	1.89
26138908--26138954	20	2.3	20	88	0	67	25	17	31	25	1.97
26139701--26139754	27	2.1	27	82	6	67	9	31	3	55	1.49
26140760--26140804	11	4.1	11	88	8	65	22	6	2	68	1.24
26140760--26140805	12	4.1	12	89	8	62	23	6	2	67	1.25
26143752--26144124	43	8.7	43	81	6	373	23	24	21	30	1.99
26143752--26144141	85	4.6	85	80	5	410	23	24	20	30	1.99
26143750--26144141	128	3.1	128	84	4	472	24	24	20	30	1.99
26144499--26144544	21	2.2	21	88	0	65	6	41	15	36	1.73
26158423--26158509	32	2.7	32	96	0	156	22	14	27	34	1.94
26159251--26159375	62	2.0	62	100	0	250	24	17	20	37	1.94
26161084--26161127	21	2.1	22	87	8	65	68	0	22	9	1.18
26161166--26161239	12	6.2	12	73	17	55	62	1	24	12	1.38
26162766--26162928	82	2.0	82	86	2	229	33	14	25	26	1.95
26162964--26163050	32	2.7	32	96	0	156	22	14	27	34	1.94
26163792--26163917	63	2.0	63	98	1	245	23	17	20	38	1.93
26164494--26164536	12	3.8	12	78	12	54	72	2	4	20	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26164484--26164534	22	2.3	22	89	0	75	76	1	7	13	1.09
26164579--26164643	22	3.0	22	73	8	53	61	1	16	20	1.42
26165637--26165710	12	6.2	12	73	17	55	62	1	24	12	1.38
26167236--26167398	82	2.0	82	86	2	229	33	14	25	26	1.95
26167434--26167520	32	2.7	32	96	0	156	22	14	27	34	1.94
26200059--26200105	20	2.3	20	85	7	60	25	17	29	27	1.97
26201992--26202046	15	3.0	19	70	25	55	9	27	0	63	1.24
26202087--26202128	15	2.8	15	92	7	68	16	16	0	66	1.25
26204699--26204748	10	5.0	10	78	9	57	30	14	28	28	1.95
26204702--26204748	20	2.3	20	89	7	69	27	14	29	27	1.96
26209458--26209492	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
26210453--26210494	7	5.9	7	78	15	50	16	2	0	80	0.81
26210452--26210493	14	2.9	14	89	3	66	16	2	0	80	0.81
26212589--26212639	11	4.8	11	78	4	52	9	9	3	76	1.14
26212579--26212639	33	1.9	31	83	6	77	8	11	6	73	1.24
26216874--26216994	6	20.0	6	71	8	66	69	1	20	8	1.23
26216868--26216952	18	5.0	17	76	12	86	70	2	20	7	1.22
26221504--26221576	31	2.3	32	90	6	114	79	2	8	9	1.03
26222385--26222425	21	1.9	22	90	5	66	65	0	24	9	1.22
26237178--26237204	12	2.2	12	100	0	54	37	11	29	22	1.89
26242148--26242209	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
26242148--26242210	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26256779--26256827	22	2.2	23	96	3	91	48	8	4	38	1.52
26270089--26270135	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
26270079--26270138	10	5.9	10	75	9	50	26	28	15	30	1.96
26271640--26271669	14	2.2	14	94	5	53	76	6	3	13	1.11
26271646--26271721	40	1.9	40	84	10	102	75	5	15	3	1.14
26271660--26271722	13	5.0	12	73	17	56	76	3	19	1	1.01
26272852--26272905	18	3.0	18	70	24	51	64	0	25	9	1.23
26274781--26274840	10	5.9	10	78	9	59	26	28	13	31	1.94
26274781--26274837	20	2.8	20	86	7	71	26	29	14	29	1.95
26281867--26281927	20	3.1	19	82	15	70	32	11	29	26	1.91
26288224--26288275	20	2.6	20	77	17	54	30	13	30	25	1.94
26291776--26291825	17	2.9	17	93	0	82	30	26	16	28	1.96
26300112--26300159	18	2.7	17	78	9	51	79	2	8	10	1.02
26300267--26300321	17	3.2	17	87	5	76	29	27	18	25	1.98
26306394--26306431	17	2.3	16	86	13	51	78	2	10	7	1.04
26308820--26308855	18	1.9	19	88	5	56	38	19	0	41	1.52
26324330--26324374	20	2.3	19	84	7	54	31	11	33	24	1.90
26342076--26342122	20	2.3	20	85	7	60	25	17	29	27	1.97
26344702--26344782	12	6.8	12	69	17	53	12	24	1	61	1.38
26344717--26344772	18	3.0	20	68	26	59	10	26	0	62	1.28
26345895--26345942	15	3.2	14	77	11	51	6	18	2	72	1.15
26345937--26345982	18	2.5	17	86	10	56	8	4	4	82	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26347480--26347526	20	2.3	20	85	7	60	25	17	29	27	1.97
26349948--26349990	22	2.0	22	86	4	61	41	25	11	20	1.86
26350424--26350510	25	3.5	25	80	1	95	29	21	19	28	1.98
26354589--26354645	30	1.9	30	85	0	78	31	24	14	29	1.94
26358270--26358328	16	3.6	16	70	22	50	10	25	8	55	1.61
26358272--26358345	33	2.2	34	88	7	107	10	27	5	56	1.55
26358339--26358387	12	4.3	12	77	15	50	8	18	0	73	1.07
26358322--26358388	33	2.0	34	82	2	82	10	20	0	68	1.18
26362364--26362431	27	2.5	27	82	0	82	35	11	19	33	1.88
26372805--26372847	10	3.7	11	84	15	52	76	6	6	9	1.15
26372803--26372848	23	2.0	23	91	8	76	73	8	6	10	1.23
26375078--26375141	20	3.0	21	76	17	60	60	3	21	14	1.47
26377999--26378060	22	2.8	22	92	0	97	35	14	25	24	1.93
26379559--26379609	26	2.0	26	88	0	75	33	17	21	27	1.96
26381441--26381473	17	2.0	17	94	5	59	54	0	15	30	1.41
26383047--26383095	4	12.0	4	91	4	71	24	4	0	71	1.03
26383051--26383094	21	2.1	21	91	0	70	22	4	0	72	1.02
26383650--26383710	16	3.8	17	85	8	83	37	4	24	32	1.77
26383650--26383720	32	2.2	32	85	5	90	38	4	23	33	1.75
26383667--26383720	16	3.4	16	89	0	72	38	1	24	35	1.66
26383887--26384020	55	2.4	57	85	8	168	49	2	0	47	1.19
26386884--26386952	13	5.3	13	73	13	70	15	33	24	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26386885--26386952	26	2.6	26	95	0	118	16	32	25	26	1.96
26386926--26387021	48	2.0	48	83	4	122	16	26	28	29	1.97
26391859--26391902	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
26393004--26393028	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
26394177--26394221	9	4.8	10	84	15	53	31	0	11	57	1.33
26394246--26394781	23	23.8	23	87	4	781	49	24	0	26	1.51
26394246--26394781	67	7.9	68	90	4	743	49	24	0	26	1.51
26394246--26394781	90	5.9	91	89	3	761	49	24	0	26	1.51
26394242--26394781	113	4.8	113	91	3	835	49	24	0	26	1.51
26397639--26398008	125	3.0	124	93	1	616	31	22	15	30	1.95
26399303--26399345	22	2.0	22	100	0	86	41	0	30	27	1.56
26401887--26401933	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
26421303--26421354	24	2.2	24	85	0	68	26	40	19	13	1.88
26426477--26426527	20	2.6	19	81	3	57	25	23	0	50	1.49
26428492--26428830	51	6.7	51	78	6	300	30	25	15	28	1.96
26428489--26428830	102	3.4	103	81	6	380	30	25	15	28	1.96
26430382--26430426	16	2.7	17	82	3	65	71	0	8	20	1.12
26430835--26430930	34	2.8	34	74	3	93	21	23	25	29	1.99
26430820--26430930	34	3.2	34	70	10	89	19	24	25	30	1.98
26430905--26431104	75	2.7	73	81	4	220	21	20	24	35	1.96
26431769--26431793	8	3.1	8	100	0	50	12	0	24	64	1.27
26434143--26434176	17	1.9	18	88	5	52	20	2	2	73	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26434168--26434256	23	4.0	22	71	10	72	19	12	1	67	1.29
26434183--26434284	45	2.3	45	96	0	186	19	10	0	68	1.25
26438829--26439046	116	1.9	116	97	0	409	42	9	9	38	1.69
26439048--26439093	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
26439072--26439152	29	2.7	29	90	3	126	29	0	25	44	1.54
26439052--26439646	23	23.5	23	72	21	371	28	0	25	45	1.54
26439344--26439884	29	19.4	29	80	13	606	28	0	26	44	1.54
26439081--26439775	192	3.3	198	79	13	624	29	0	25	45	1.54
26439399--26439439	22	1.9	22	95	5	75	24	0	31	43	1.54
26439298--26439877	141	4.2	138	86	9	757	28	0	26	45	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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