genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  98  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28903255--28903291	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
28903447--28903529	30	2.8	30	94	0	148	25	24	6	44	1.76
28903447--28903522	15	5.1	15	66	12	57	26	22	6	44	1.77
28904556--28904650	43	2.2	43	88	0	136	20	18	26	34	1.96
28905749--28905824	11	6.9	11	80	15	86	43	0	30	26	1.55
28905749--28905824	33	2.3	33	84	8	102	43	0	30	26	1.55
28909325--28909674	124	2.8	124	93	2	580	29	16	22	31	1.96
28912781--28912805	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28912781--28912981	65	3.2	64	74	19	226	45	5	9	38	1.61
28912844--28912870	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
28912892--28912926	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
28912854--28913035	55	3.3	55	91	5	271	46	5	10	37	1.61
28913043--28913205	18	9.7	18	72	21	140	27	0	25	46	1.57
28913033--28913131	47	2.1	47	98	0	189	25	1	28	45	1.60
28913043--28913205	65	2.5	65	93	4	274	27	0	25	46	1.57
28913175--28913218	21	2.2	20	83	4	52	38	4	15	40	1.68
28913201--28913264	25	2.5	26	87	2	103	37	12	1	48	1.51
28913673--28913707	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
28916184--28916249	32	2.1	32	97	2	125	68	0	0	31	0.90
28916192--28916236	21	2.2	20	84	4	54	71	0	0	28	0.87
28916274--28916357	29	3.1	29	62	22	74	41	0	28	29	1.56
28916251--28916363	51	2.2	51	96	0	208	41	0	30	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28916335--28916399	22	3.0	22	90	2	96	44	0	32	23	1.53
28917322--28917792	158	3.1	150	81	8	499	43	8	5	43	1.57
28918339--28918389	24	2.1	24	88	0	75	39	5	7	47	1.57
28920903--28920965	25	2.6	25	92	2	101	60	1	1	36	1.16
28924767--28924941	46	3.8	46	87	1	237	36	9	24	29	1.88
28935641--28935670	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
28937246--28937311	27	2.3	31	82	10	77	59	10	0	30	1.31
28937916--28937950	17	2.0	18	88	5	54	31	8	11	48	1.69
28938626--28938679	23	2.4	23	82	17	69	25	31	1	40	1.66
28938624--28938679	11	4.9	12	77	18	66	25	32	1	41	1.66
28938639--28938738	51	2.0	51	90	4	157	27	27	2	44	1.65
28940547--28940586	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
28941167--28941402	21	11.0	21	86	8	316	44	35	0	20	1.52
28941167--28941402	43	5.5	41	82	9	285	44	35	0	20	1.52
28941146--28941330	21	8.0	27	72	22	99	43	36	0	20	1.52
28941130--28941394	64	4.1	64	79	11	247	43	35	0	21	1.53
28941146--28941398	110	2.3	112	89	4	413	43	35	0	20	1.52
28941167--28941402	131	1.8	131	94	0	411	44	35	0	20	1.52
28951991--28952538	74	7.2	76	88	2	726	28	17	20	33	1.95
28951991--28952538	155	3.6	153	88	3	766	28	17	20	33	1.95
28952688--28952841	30	5.2	30	80	3	143	38	19	1	40	1.63
28952690--28952841	59	2.6	59	81	4	171	38	19	1	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28953387--28953458	25	3.0	24	82	8	92	76	0	19	4	0.95
28953400--28953457	14	4.6	13	75	14	59	81	0	17	1	0.78
28953720--28953757	15	2.4	17	83	16	55	76	0	21	2	0.91
28953720--28953764	16	3.0	14	81	15	54	73	0	24	2	0.95
28953878--28953924	6	8.2	6	83	4	53	23	0	2	74	0.93
28953880--28953922	5	7.8	5	82	17	50	20	0	2	76	0.89
28954886--28954954	35	2.0	34	88	8	104	49	0	4	46	1.21
28955633--28955687	24	2.4	22	80	19	60	58	0	3	38	1.16
28960959--28961068	37	3.0	36	75	19	104	52	2	3	40	1.33
28962454--28962808	177	2.0	178	92	0	595	29	16	12	41	1.86
28965833--28965874	21	2.0	21	90	0	66	33	16	30	19	1.94
28967152--28967291	29	4.8	29	70	14	101	60	1	2	36	1.18
28967183--28967338	19	8.2	19	68	13	72	60	2	4	32	1.30
28967142--28967353	9	22.2	9	68	16	65	60	2	3	33	1.27
28967205--28967329	10	13.6	9	70	19	53	61	1	4	32	1.24
28967869--28967913	21	2.1	21	87	0	63	55	2	2	40	1.24
28967875--28967940	20	3.3	20	75	16	66	48	4	3	43	1.38
28967966--28967997	16	1.9	17	93	6	57	65	6	0	28	1.16
28973698--28973764	9	7.2	9	86	6	98	22	10	28	38	1.87
28973698--28973764	29	2.4	27	90	9	100	22	10	28	38	1.87
28974816--28974851	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
28975336--28975381	20	2.3	20	88	0	74	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28980195--28980279	31	2.8	29	74	8	80	35	10	12	41	1.78
28981431--28981481	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
28982813--28982883	27	2.6	27	95	0	124	28	29	26	15	1.96
28982909--28982966	27	2.1	27	90	6	91	60	0	39	0	0.97
28982924--28983026	16	5.8	18	73	22	69	66	0	31	1	1.02
28982921--28983108	47	3.9	48	73	14	124	68	0	29	2	1.02
28982985--28983073	46	1.9	46	82	13	112	70	0	25	3	1.02
28986406--28986445	11	3.7	11	86	6	64	0	30	0	70	0.88
28986408--28986446	21	1.9	20	94	5	69	0	30	0	69	0.89
28986622--28986689	30	2.4	27	77	17	75	48	0	8	42	1.34
28986618--28986689	27	2.6	27	83	12	101	47	0	8	44	1.33
28987796--28987856	32	2.0	30	93	6	104	67	3	0	29	1.07
28988011--28988053	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
28991122--28991161	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
29005701--29005745	3	15.0	3	85	0	54	31	8	0	60	1.28
29005899--29006009	51	2.2	48	80	16	113	36	10	0	52	1.43
29009373--29009406	17	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
29009588--29009624	18	2.1	18	100	0	74	45	10	21	21	1.82
29011655--29011779	12	9.8	12	67	14	54	51	8	14	25	1.71
29011660--29011706	25	1.9	24	82	4	58	48	8	14	27	1.73
29011722--29011786	14	4.6	14	75	7	60	55	7	12	24	1.63
29011774--29011811	18	2.1	18	85	9	51	60	7	15	15	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29012669--29012715	12	3.9	12	88	5	60	6	0	8	85	0.75
29012677--29012715	19	2.1	19	90	0	60	2	0	10	87	0.65
29013144--29013220	6	12.2	6	79	15	57	70	0	3	25	1.05
29013160--29013206	3	16.3	3	82	8	62	70	0	2	27	0.99
29017476--29017598	12	9.8	12	68	15	61	50	8	15	26	1.71
29017481--29017527	25	1.9	24	82	4	58	51	6	14	27	1.67
29017593--29017630	18	2.1	18	85	9	51	60	7	15	15	1.57
29020421--29020455	8	4.4	8	92	0	61	22	2	0	74	0.95
29022272--29022450	90	2.0	89	89	3	270	42	7	12	37	1.71
29025924--29025952	10	2.9	10	100	0	58	72	6	10	10	1.28
29026402--29026454	20	2.7	20	96	0	97	30	9	9	50	1.66
29029438--29029464	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
29030358--29030527	71	2.4	70	78	11	175	29	24	15	30	1.96
29030656--29030733	34	2.3	34	97	0	147	24	17	14	43	1.86
29034630--29034702	16	4.5	15	74	17	58	41	31	5	21	1.76
29034627--29034702	33	2.3	33	80	10	86	39	31	5	23	1.77
29036010--29036042	16	2.2	15	89	10	50	36	9	24	30	1.86
29039152--29039229	33	2.4	33	86	4	104	24	43	1	30	1.62
29041397--29041423	13	2.1	13	100	0	54	62	0	14	22	1.31
29042029--29042063	18	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
29042338--29042482	53	2.8	50	77	9	166	24	32	5	37	1.78
29043684--29043719	11	3.2	11	96	4	63	19	36	0	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29043792--29043830	10	4.0	10	80	6	53	33	0	0	66	0.92
29044913--29044937	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29045810--29045854	21	2.1	21	84	8	56	35	37	22	4	1.74
29046010--29046082	21	3.5	21	74	7	76	46	20	2	30	1.65
29046085--29046295	104	2.0	103	96	0	386	37	9	9	43	1.71
29046289--29046369	18	4.8	16	72	18	58	44	7	1	46	1.39
29049360--29049611	124	2.0	124	90	2	398	30	23	15	30	1.95
29053288--29053312	12	2.1	12	100	0	50	16	20	24	40	1.91
29063392--29063481	34	2.6	36	87	5	123	35	3	18	42	1.67
29063558--29063591	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168