genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  114  of  168  ( 20060 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33321780--33321815	15	2.4	15	95	0	63	52	0	36	11	1.37
33322215--33322259	20	2.4	18	85	7	54	17	2	2	77	0.97
33327861--33327903	18	2.4	19	81	18	56	37	4	2	55	1.33
33329542--33329598	19	3.3	19	66	31	54	70	0	10	19	1.16
33329530--33329603	33	2.2	33	95	0	130	67	0	10	21	1.21
33345699--33345728	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
33345905--33346469	215	2.6	215	81	12	586	40	8	6	44	1.62
33346011--33346934	259	3.9	236	75	15	801	38	10	7	44	1.66
33346401--33346494	7	13.0	7	69	18	50	43	3	3	50	1.34
33346322--33346980	242	2.7	245	75	12	616	38	9	7	44	1.65
33346925--33346997	30	2.4	31	82	11	80	38	1	9	50	1.44
33354407--33354473	28	2.4	28	80	5	73	20	11	11	55	1.68
33354430--33354591	28	5.9	27	76	7	114	22	14	7	55	1.64
33354466--33354596	27	4.7	27	78	6	129	24	16	6	52	1.67
33354454--33354601	55	2.7	55	86	6	183	22	16	6	54	1.66
33354454--33354608	56	2.8	54	84	9	179	23	16	7	53	1.67
33355974--33356083	53	2.0	54	84	3	141	55	6	5	32	1.48
33356360--33356405	3	15.3	3	82	8	58	69	0	0	30	0.89
33356624--33356662	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
33356843--33356885	23	1.9	22	90	4	68	44	13	4	37	1.65
33356843--33356940	19	4.8	19	85	9	97	39	14	8	37	1.76
33356877--33356939	21	3.1	21	90	9	112	38	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33359701--33359762	22	3.0	22	77	22	71	43	1	3	51	1.27
33360204--33360236	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
33378683--33378807	31	4.0	31	96	2	232	32	9	15	43	1.79
33378683--33378807	63	2.0	62	96	1	232	32	9	15	43	1.79
33379110--33379168	29	2.1	27	81	12	66	23	6	1	67	1.24
33379232--33379272	21	2.0	21	85	9	57	34	7	24	34	1.83
33379560--33379590	15	2.1	15	93	0	53	54	3	0	41	1.16
33379572--33379610	12	3.3	12	82	7	53	56	2	2	38	1.27
33385178--33385352	88	2.0	89	84	3	228	34	22	3	40	1.71
33385177--33385331	58	2.6	59	83	5	170	36	21	2	40	1.67
33385177--33385331	30	5.2	29	85	4	177	36	21	2	40	1.67
33385806--33385862	7	8.0	7	75	11	53	68	0	29	1	1.00
33385817--33385856	21	1.9	21	100	0	80	65	0	32	2	1.06
33386474--33386577	38	2.7	40	76	8	115	37	13	10	38	1.79
33386474--33386577	19	5.4	18	71	21	61	37	13	10	38	1.79
33386474--33386577	20	5.4	19	71	18	72	37	13	10	38	1.79
33386801--33386897	18	5.5	17	78	13	92	26	13	10	49	1.74
33386802--33386897	35	2.8	34	81	9	122	27	13	10	48	1.75
33386767--33386898	17	7.5	17	72	10	79	29	13	9	47	1.74
33392550--33392586	11	3.5	11	92	3	58	86	10	2	0	0.67
33393438--33393615	77	2.3	76	89	5	261	25	17	20	35	1.95
33393769--33393926	30	5.2	30	85	6	187	34	22	2	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33393769--33393926	61	2.6	60	84	6	203	34	22	2	40	1.67
33394269--33394316	9	5.6	9	80	14	57	79	2	18	0	0.84
33394414--33394471	7	8.0	7	83	12	64	79	0	20	0	0.74
33394414--33394463	18	2.7	18	90	3	73	78	0	22	0	0.76
33394576--33394616	16	2.5	16	88	4	55	65	12	14	7	1.45
33395139--33395199	20	3.0	20	73	17	63	34	13	9	42	1.77
33395096--33395199	19	5.4	18	72	22	61	35	15	9	39	1.80
33395385--33395466	18	4.7	18	74	14	64	31	13	6	48	1.67
33395421--33395516	35	2.8	34	78	9	113	27	12	10	50	1.73
33395386--33395517	17	7.5	17	71	10	70	30	12	8	48	1.71
33395420--33395516	18	5.5	17	77	13	83	26	12	10	50	1.72
33397124--33397148	7	3.6	7	100	0	50	12	0	12	76	1.04
33401795--33401898	4	25.2	4	66	16	52	67	3	3	25	1.25
33401795--33401835	13	3.1	13	85	3	55	70	4	0	24	1.06
33406560--33406601	22	1.9	22	85	9	59	9	16	0	73	1.08
33407353--33407437	30	2.8	29	83	5	89	44	4	0	50	1.22
33410691--33410730	7	5.9	7	85	14	57	45	0	0	55	0.99
33410691--33410733	12	3.3	12	90	9	59	44	0	0	55	0.99
33410762--33410851	22	4.2	22	91	2	139	47	31	0	21	1.51
33410762--33410860	43	2.3	41	83	10	135	47	30	1	21	1.57
33410883--33410912	12	2.5	12	94	0	51	46	0	0	53	1.00
33410935--33411052	21	5.5	21	86	4	173	45	30	0	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33410662--33411029	174	2.1	176	90	3	580	47	21	1	29	1.58
33410775--33411131	195	1.8	196	93	1	619	48	21	1	29	1.57
33410935--33411066	43	3.1	42	84	6	167	46	27	0	25	1.58
33412187--33412217	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
33417827--33418048	47	4.7	47	83	0	246	32	14	24	27	1.95
33418163--33418237	34	2.2	35	83	9	93	45	14	9	30	1.77
33420636--33420696	27	2.3	27	88	0	86	22	31	22	22	1.99
33439252--33439419	49	3.4	49	95	0	291	44	2	7	45	1.48
33441855--33442264	124	3.3	123	90	2	642	29	20	18	32	1.96
33442451--33442476	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
33442543--33442619	40	1.9	40	82	10	95	23	29	25	20	1.99
33444404--33444451	25	1.9	25	86	0	69	47	0	2	50	1.12
33444440--33444500	20	3.2	19	81	6	70	37	0	8	54	1.31
33446704--33446744	21	2.0	21	90	0	64	39	12	9	39	1.76
33447934--33448488	229	2.4	226	79	9	592	23	22	25	27	2.00
33447933--33448488	114	4.9	114	78	8	499	23	23	25	27	2.00
33448775--33448823	7	6.7	7	81	9	62	12	0	38	48	1.41
33448775--33448823	15	3.4	14	86	8	62	12	0	38	48	1.41
33452788--33452831	7	6.4	7	85	15	56	72	0	2	25	0.96
33453198--33453231	9	3.8	9	88	0	50	50	23	0	26	1.50
33455639--33455809	66	2.6	65	84	6	202	38	19	28	13	1.89
33455781--33455824	21	2.1	21	91	0	70	36	18	43	2	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33455788--33455831	21	2.1	21	86	0	61	34	20	43	2	1.64
33455800--33455892	42	2.2	42	82	3	107	34	13	44	7	1.73
33455838--33455892	21	2.6	21	85	0	74	34	10	47	7	1.66
33456241--33456377	43	3.2	43	89	5	188	21	18	28	32	1.96
33462553--33462594	18	2.3	18	87	0	57	45	7	28	19	1.76
33474922--33474958	10	3.9	10	82	13	51	18	18	2	59	1.50
33480475--33480547	38	1.9	37	84	13	96	42	2	2	52	1.30
33480488--33480623	68	1.9	72	85	5	190	40	2	5	51	1.38
33483466--33483504	20	2.0	20	94	0	69	56	2	10	30	1.46
33484722--33484771	25	2.0	25	100	0	100	52	4	24	20	1.63
33493465--33493544	40	2.0	40	90	0	124	43	13	8	33	1.75
33496764--33496829	28	2.4	28	97	0	123	40	10	0	48	1.38
33497243--33497308	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
33497522--33497580	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
33506238--33506317	41	2.0	41	97	0	151	50	10	6	33	1.61
33510208--33510247	18	2.2	19	95	4	73	45	12	5	37	1.64
33516643--33516672	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
33516943--33516980	19	2.0	20	84	5	51	34	2	7	55	1.43
33533872--33533929	16	3.6	16	78	21	52	53	1	0	44	1.10
33533895--33533929	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
33533782--33534096	155	2.0	157	93	1	535	44	3	4	47	1.41
33534050--33534084	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33534105--33534383	39	7.0	38	64	18	111	48	6	2	42	1.42
33534170--33534204	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
33534290--33534324	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
33534033--33534438	120	3.4	120	96	2	719	48	5	2	43	1.38
33534461--33534669	92	2.3	91	84	6	217	46	4	3	44	1.42
33548020--33548059	19	2.1	19	85	4	53	15	5	15	65	1.44
33550262--33550365	54	1.9	54	82	0	127	20	27	21	30	1.98
33550959--33551028	30	2.4	29	77	11	81	48	4	4	42	1.42
33576699--33576738	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
33583819--33583877	30	2.0	30	82	0	73	33	22	8	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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