genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   

This is table  79  of  168  ( 20060 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23151065--23151097	16	2.1	16	100	0	66	39	12	18	30	1.87
23151864--23151910	20	2.3	21	82	13	55	31	0	6	61	1.21
23152410--23152449	18	2.3	18	86	4	55	60	17	12	10	1.59
23153397--23153455	23	2.6	23	86	0	91	28	28	11	30	1.92
23163010--23163092	41	2.0	41	100	0	166	34	19	14	31	1.92
23168242--23168464	28	8.0	28	88	0	302	29	22	24	24	1.99
23168576--23168676	26	3.9	26	82	0	130	41	16	19	21	1.90
23168850--23169075	27	8.5	26	76	12	147	19	19	20	40	1.91
23168877--23169075	27	7.4	27	82	10	212	20	20	20	39	1.92
23168878--23169075	54	3.7	54	81	10	244	20	20	19	39	1.92
23168849--23169101	134	1.9	134	83	4	332	19	18	18	42	1.90
23194868--23194903	12	3.1	12	92	4	56	0	13	5	80	0.88
23196561--23196641	36	2.2	36	77	0	90	33	40	8	17	1.80
23198274--23198351	40	2.0	39	85	12	106	51	12	6	29	1.65
23201129--23201293	85	2.0	84	91	3	269	36	8	6	49	1.58
23201213--23201537	138	2.3	138	88	3	474	41	6	4	47	1.51
23204079--23204115	17	2.2	17	90	0	56	13	18	2	64	1.39
23206061--23206094	17	2.0	17	88	0	50	26	2	5	64	1.30
23207290--23207364	37	2.0	37	100	0	150	26	10	26	36	1.89
23209040--23209146	44	2.4	44	81	7	128	42	0	2	54	1.21
23227556--23227604	5	9.6	5	78	12	55	79	0	20	0	0.73
23227556--23227604	21	2.4	21	86	10	66	79	0	20	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23230848--23230877	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
23237885--23237948	22	3.0	20	74	17	58	48	0	7	43	1.32
23238096--23238147	3	17.7	3	92	4	88	65	0	1	32	1.04
23245546--23245596	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
23250169--23250289	27	4.4	27	82	6	102	23	22	14	39	1.91
23250186--23250289	27	3.9	27	84	3	120	22	23	13	41	1.89
23250199--23250284	26	3.2	25	85	8	100	22	22	12	43	1.87
23254262--23254352	46	2.0	46	97	0	173	39	18	6	35	1.77
23255626--23255688	26	2.5	25	89	2	90	33	6	14	46	1.70
23258493--23258781	143	2.0	143	97	0	542	27	20	11	40	1.87
23263518--23263553	16	2.2	16	100	0	72	38	16	25	19	1.92
23276219--23276245	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
23276442--23276482	20	2.0	20	86	9	57	48	12	4	34	1.62
23277613--23277710	27	3.7	26	76	5	88	23	10	23	42	1.84
23277585--23277720	54	2.5	53	76	7	139	25	10	23	40	1.86
23277615--23277737	54	2.3	54	78	5	124	26	10	20	43	1.84
23293092--23293210	42	2.8	42	81	1	139	21	30	24	24	1.99
23302326--23302356	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
23303350--23303396	5	9.2	5	80	13	51	23	25	14	36	1.93
23306963--23307006	20	2.1	21	88	12	65	29	0	15	54	1.42
23315556--23315593	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
23316873--23317026	77	2.0	77	98	1	301	50	11	14	23	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23316885--23317006	38	3.2	38	67	26	112	52	11	13	22	1.72
23318077--23318136	30	2.0	30	96	0	111	38	23	8	30	1.84
23318792--23318836	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
23320144--23320183	21	1.9	21	84	0	53	45	2	0	52	1.14
23320128--23320203	40	1.9	39	82	10	93	44	1	0	53	1.08
23320281--23320315	19	1.9	17	88	11	52	42	5	5	45	1.51
23325820--23325866	20	2.3	20	85	0	67	34	14	6	44	1.71
23327274--23327304	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
23327399--23327638	50	4.7	50	86	3	284	27	24	28	20	1.99
23327399--23327646	100	2.4	103	87	4	358	26	23	28	20	1.99
23331257--23331312	28	2.0	27	82	3	67	32	1	1	64	1.14
23334833--23334892	24	2.5	24	76	10	61	28	6	5	60	1.43
23337923--23338037	51	2.3	51	89	0	176	27	26	0	44	1.60
23338039--23338102	31	2.1	30	97	2	119	32	0	0	67	0.91
23339184--23339215	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
23340392--23340475	29	2.9	28	84	5	105	47	22	1	28	1.59
23340445--23340685	72	3.5	66	67	14	180	45	22	0	31	1.56
23340497--23340613	29	3.7	32	82	13	145	44	26	0	29	1.55
23340363--23340578	101	2.1	102	92	3	364	46	21	0	31	1.55
23340396--23340743	138	2.6	130	88	8	545	45	23	0	30	1.57
23340631--23340751	29	4.2	29	87	4	172	46	25	0	27	1.59
23340740--23340895	55	2.8	55	91	2	251	39	12	5	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23340879--23340903	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
23340822--23341213	125	3.3	122	78	16	482	37	8	9	44	1.68
23340988--23341157	53	3.2	53	99	0	331	32	7	12	47	1.69
23344245--23344592	123	2.8	123	91	0	563	33	21	15	29	1.94
23346683--23346747	28	2.3	29	89	2	105	41	10	18	29	1.84
23347750--23347807	31	1.9	31	89	3	91	34	8	10	46	1.69
23351696--23351831	50	2.7	50	88	0	173	21	30	21	26	1.98
23355046--23355125	41	2.0	41	87	0	115	35	17	16	31	1.92
23356003--23356068	7	8.6	7	78	18	53	53	1	1	43	1.19
23356000--23356065	8	8.4	8	70	21	50	51	1	1	45	1.19
23356000--23356068	27	2.5	26	76	23	79	52	1	1	44	1.19
23375315--23375486	41	4.2	41	90	0	245	19	20	6	52	1.68
23376132--23376199	31	2.2	31	97	2	127	45	29	5	19	1.73
23376868--23376906	21	2.0	19	85	14	53	12	5	10	71	1.28
23377083--23377214	68	1.9	69	83	7	171	43	6	4	45	1.51
23380551--23380575	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
23382565--23382607	11	4.1	11	79	11	54	58	0	0	41	0.98
23382549--23382609	28	2.2	27	85	8	79	57	0	0	42	0.98
23388653--23388698	24	1.9	24	86	0	65	34	2	34	28	1.70
23389342--23389549	27	7.7	27	82	0	227	38	21	18	21	1.93
23396165--23396312	35	4.2	35	81	5	156	25	18	27	29	1.98
23396138--23396331	105	1.8	104	80	6	230	26	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23405489--23405697	52	4.1	51	85	9	275	35	13	22	27	1.93
23405475--23405697	98	2.3	98	80	9	251	34	14	22	27	1.93
23405661--23405843	37	5.0	37	95	1	316	37	16	21	24	1.94
23406801--23406847	21	2.2	21	88	0	67	14	14	44	25	1.84
23423494--23423525	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23427756--23427787	17	1.9	16	93	6	55	15	18	37	28	1.92
23430981--23431042	31	2.0	31	96	0	115	29	27	6	37	1.82
23431309--23431375	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
23436580--23436635	20	2.8	20	70	5	51	19	8	5	66	1.39
23440421--23440445	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
23440642--23440725	41	2.0	42	88	2	125	34	17	17	29	1.94
23442347--23442393	23	2.0	23	88	8	69	51	2	0	46	1.13
23452468--23452568	28	3.6	28	81	1	96	32	15	23	27	1.95
23452512--23452586	27	2.7	27	79	6	71	29	20	21	29	1.98
23455812--23456040	50	4.5	49	82	6	192	22	27	21	27	1.99
23455848--23456045	50	3.8	50	85	4	243	22	28	21	27	1.99
23460379--23460407	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
23477304--23477484	100	1.8	100	91	2	301	39	4	12	42	1.65
23477628--23477653	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
23478404--23478463	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
23479409--23479445	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
23479498--23479528	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23479933--23479957	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23481781--23482039	33	7.6	32	67	27	128	18	20	27	33	1.96
23481855--23481905	27	1.9	26	96	4	93	13	23	33	29	1.93
23481777--23482093	103	3.1	103	94	2	548	19	19	29	31	1.96
23489096--23489146	27	1.9	26	96	4	93	13	23	33	29	1.93
23500226--23500280	25	2.1	27	83	6	69	40	9	3	47	1.53
23502257--23502388	65	2.0	65	82	8	162	28	5	14	52	1.63
23506919--23506953	18	1.9	18	88	0	52	22	28	5	42	1.76
23506926--23506976	21	2.4	21	83	0	57	21	33	7	37	1.82
23508172--23508218	22	2.1	22	100	0	94	38	19	17	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168