genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21787665--21787833	9	17.4	9	70	17	108	33	1	4	59	1.28
21787663--21787711	10	4.7	11	75	14	50	32	2	0	65	1.04
21787665--21787833	19	8.7	18	71	16	108	33	1	4	59	1.28
21790799--21790921	54	2.3	54	80	8	142	19	32	25	22	1.97
21794193--21794237	5	9.0	5	95	0	81	42	17	0	40	1.50
21801942--21801992	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
21803538--21803847	50	6.2	50	83	6	351	22	30	20	27	1.98
21803603--21803793	95	2.0	95	93	0	328	21	34	18	25	1.96
21803563--21803847	145	1.9	147	85	4	385	22	31	20	25	1.98
21806888--21806939	23	2.3	23	93	0	86	25	7	25	42	1.81
21810898--21810949	25	2.2	23	93	6	86	44	1	0	53	1.11
21810898--21810961	25	2.6	24	87	9	76	45	1	0	53	1.10
21810920--21810966	18	2.6	18	78	15	53	44	0	0	55	0.99
21811118--21811156	15	2.6	14	80	11	51	66	0	2	30	1.05
21813068--21813141	36	2.1	36	100	0	148	24	8	21	45	1.78
21832702--21832862	41	3.9	40	88	4	250	21	19	28	30	1.97
21833218--21833264	14	3.3	15	88	8	71	27	0	31	40	1.57
21833535--21833614	14	5.6	14	75	8	63	25	2	37	35	1.69
21833878--21834085	50	4.0	50	85	11	283	54	0	4	41	1.20
21833928--21834104	35	5.0	34	71	25	143	54	0	4	41	1.21
21833970--21834050	15	5.5	15	68	21	55	55	0	2	41	1.13
21833895--21833981	23	3.6	23	79	11	111	57	0	5	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21833932--21834052	58	2.1	58	98	0	233	53	0	4	42	1.20
21833884--21834085	108	1.9	109	93	3	354	54	0	4	41	1.20
21833995--21834085	23	3.7	24	79	13	105	54	0	4	40	1.20
21836320--21836414	27	3.5	27	70	16	72	67	3	2	27	1.17
21838232--21838263	13	2.5	13	100	0	64	53	12	0	34	1.39
21838453--21838679	43	5.3	43	86	4	289	19	18	32	29	1.96
21844940--21844999	29	2.0	32	83	9	81	48	6	26	18	1.72
21846846--21846905	30	2.0	30	83	6	77	58	6	3	31	1.40
21846851--21846927	26	3.0	23	75	17	64	63	5	2	28	1.29
21846895--21846955	30	2.1	28	84	6	77	70	3	0	26	1.02
21848632--21848779	45	3.3	45	77	0	145	23	22	18	34	1.96
21848765--21848922	44	3.7	44	77	7	128	31	24	20	24	1.98
21849220--21849769	44	12.8	44	81	6	608	28	25	18	28	1.98
21849261--21849769	214	2.4	214	89	0	750	28	25	17	28	1.98
21849220--21849769	126	4.3	128	83	6	566	28	25	18	28	1.98
21849736--21850170	88	5.0	88	81	3	306	20	23	27	28	1.99
21849783--21850170	88	4.5	86	85	2	492	20	23	27	29	1.99
21849783--21850170	173	2.2	174	86	1	528	20	23	27	29	1.99
21855915--21855978	30	2.2	28	86	8	83	67	3	1	28	1.15
21855990--21856039	26	2.0	26	84	11	68	58	4	6	32	1.41
21855989--21856039	27	1.9	26	84	4	66	56	3	5	33	1.42
21862895--21863028	71	1.9	71	87	3	198	24	23	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21864126--21864206	42	1.9	42	89	0	126	18	27	34	19	1.95
21864317--21864395	41	1.9	42	84	7	108	46	5	6	41	1.51
21864930--21864964	18	1.9	18	94	0	61	11	8	8	71	1.31
21871519--21871544	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
21872899--21874639	521	3.4	515	88	3	2523	27	13	24	34	1.93
21881339--21881410	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
21892547--21892600	27	2.0	27	96	0	99	24	40	9	25	1.85
21894811--21894836	11	2.4	11	100	0	52	30	0	7	61	1.24
21896563--21896594	15	2.1	15	94	0	55	37	3	6	53	1.42
21896812--21896842	16	1.9	16	93	0	53	51	12	6	29	1.65
21898566--21898624	24	2.4	25	72	13	59	54	6	5	33	1.49
21899052--21899085	17	2.1	17	88	5	52	61	20	8	8	1.52
21902175--21902201	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21902836--21902867	16	2.0	16	100	0	64	50	0	25	25	1.50
21903904--21903961	15	3.9	15	77	8	55	34	10	0	55	1.34
21903902--21903960	30	2.0	30	82	0	73	35	11	0	52	1.38
21905092--21905235	7	20.3	7	71	8	85	22	1	27	47	1.59
21905092--21905186	21	4.5	21	82	0	118	22	1	28	48	1.57
21905155--21905231	36	2.1	36	88	4	111	27	1	24	46	1.60
21905505--21905750	7	34.4	7	68	7	91	22	1	29	45	1.62
21908152--21908193	20	2.0	22	86	9	61	42	9	0	47	1.36
21908255--21908284	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21908269--21908321	20	2.6	21	84	3	72	43	9	0	47	1.36
21908207--21908413	97	2.1	98	92	0	344	42	10	0	47	1.37
21908232--21908719	121	4.0	118	87	7	610	41	9	1	46	1.47
21908125--21908534	218	1.9	218	91	1	678	43	9	1	46	1.43
21908299--21908742	121	3.7	121	90	2	705	41	10	2	46	1.50
21908488--21908534	20	2.3	21	88	3	69	42	8	0	48	1.33
21908300--21908742	241	1.8	243	95	1	802	41	10	2	46	1.50
21908889--21909237	52	6.3	55	85	9	380	46	18	0	35	1.49
21908811--21909219	61	6.8	59	81	12	346	46	18	0	34	1.50
21908926--21909019	47	2.0	47	97	0	179	45	19	0	35	1.50
21908805--21909237	9	48.1	9	73	14	245	46	18	0	34	1.50
21908881--21909235	61	6.1	60	85	10	406	46	18	0	35	1.49
21915056--21915320	43	6.2	43	83	2	311	28	18	22	30	1.97
21915056--21915341	85	3.3	86	81	5	339	29	18	22	30	1.97
21915880--21915919	20	2.0	20	85	0	53	25	0	5	70	1.08
21923746--21923800	24	2.3	24	74	0	56	12	18	0	69	1.19
21926530--21926573	21	2.2	20	84	8	54	22	31	18	27	1.97
21931285--21931346	24	2.6	24	94	0	106	41	0	17	40	1.50
21932668--21932705	19	2.0	19	85	10	51	42	0	15	42	1.47
21932845--21932904	28	2.0	31	84	12	81	46	0	0	53	1.00
21932848--21932913	5	13.6	5	79	17	77	42	0	0	57	0.98
21934051--21934088	13	2.8	13	85	14	51	60	0	10	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21934229--21934264	17	2.0	19	89	10	58	44	0	27	27	1.55
21934346--21934477	23	6.0	23	82	7	148	15	21	24	39	1.91
21934358--21934477	46	2.7	45	84	7	167	14	20	25	40	1.90
21939428--21939483	27	2.1	27	86	0	76	41	14	12	32	1.83
21948007--21948038	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21948132--21948195	32	2.0	32	100	0	128	62	15	9	12	1.54
21948201--21948237	19	1.9	19	89	10	58	48	5	5	40	1.49
21951499--21951523	13	1.9	13	100	0	50	16	8	0	76	1.02
21953448--21953497	4	12.5	4	76	16	50	2	26	0	72	0.96
21953439--21953496	24	2.3	25	82	5	73	1	25	0	72	0.94
21960309--21960504	35	5.6	35	83	2	241	19	13	29	37	1.90
21960309--21960504	70	2.8	70	85	1	268	19	13	29	37	1.90
21990053--21990156	55	1.9	55	89	0	163	28	24	17	29	1.97
21994261--21994290	15	2.0	15	93	0	51	33	23	20	23	1.97
21996956--21997005	20	2.2	24	86	13	72	66	0	10	24	1.22
22005547--22005613	18	3.7	18	82	6	82	35	19	10	34	1.86
22013098--22013130	16	1.9	18	88	11	52	66	0	0	33	0.92
22013587--22013630	18	2.3	20	85	11	58	63	2	0	34	1.07
22013870--22013915	14	2.9	16	79	20	60	26	0	4	69	1.07
22017713--22017924	45	4.7	45	85	2	248	25	16	24	33	1.96
22017717--22017948	45	5.2	45	84	6	231	25	15	25	33	1.96
22019187--22019280	44	2.1	45	90	2	145	25	15	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22019187--22019310	44	2.8	44	81	1	140	24	15	18	41	1.89
22020178--22020204	12	2.2	12	100	0	54	74	11	0	14	1.08
22020343--22020394	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
22020432--22020462	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
22020546--22020604	30	2.0	30	83	6	75	45	0	6	47	1.29
22021366--22021400	18	1.9	18	88	0	52	31	17	17	34	1.93
22021419--22021472	18	3.1	18	86	2	74	25	14	18	40	1.89
22023890--22023921	16	2.0	16	93	0	55	43	15	0	40	1.47
22024101--22024337	50	4.7	50	84	0	303	35	24	14	25	1.94
22030638--22030674	16	2.3	16	95	0	65	27	13	13	45	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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