genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21113796--21113844	20	2.3	21	80	16	57	46	2	4	46	1.33
21113916--21113968	25	2.1	25	82	6	63	47	1	1	49	1.23
21117559--21117588	15	1.9	16	93	6	53	20	0	0	80	0.72
21121295--21121433	73	1.9	72	88	1	206	49	15	5	28	1.68
21121516--21121557	7	5.9	7	86	5	57	16	0	38	45	1.48
21122614--21122653	19	2.1	19	85	0	53	30	2	7	60	1.38
21133654--21133699	24	1.9	24	86	0	65	43	6	10	39	1.66
21138045--21138562	259	2.0	258	92	1	867	37	11	20	30	1.89
21144759--21144803	12	4.1	12	75	21	53	13	26	0	60	1.34
21149052--21149416	183	2.0	182	87	3	527	31	12	18	38	1.87
21155916--21155953	20	2.0	20	89	5	60	13	7	23	55	1.64
21157882--21158029	9	16.4	9	68	16	60	62	2	2	33	1.21
21158016--21158064	22	2.3	22	89	6	75	57	4	0	38	1.18
21158026--21158073	22	2.2	22	92	0	78	56	8	0	35	1.30
21159308--21159341	17	1.9	18	94	5	61	50	5	5	38	1.51
21161125--21161187	26	2.4	27	97	2	119	42	28	14	14	1.84
21168616--21168711	27	3.6	27	80	14	117	42	21	16	18	1.89
21168616--21168725	27	4.1	26	79	17	100	42	19	18	20	1.89
21169032--21169087	28	2.0	27	89	3	85	21	25	26	26	1.99
21171474--21171544	38	1.9	36	85	5	97	32	1	5	60	1.29
21174198--21174292	30	3.1	30	76	11	104	68	0	1	30	0.97
21174218--21174261	21	2.2	19	88	8	61	75	0	0	25	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21174754--21174817	20	3.1	20	71	13	58	35	0	1	62	1.05
21174762--21174802	20	2.1	20	90	4	66	41	0	0	58	0.98
21174789--21174864	30	2.5	30	81	12	93	32	0	3	63	1.13
21181949--21182036	16	5.4	16	75	11	90	53	2	0	44	1.13
21181883--21182050	61	2.7	63	79	9	173	52	2	1	43	1.24
21182031--21182073	21	2.0	21	91	8	70	65	0	0	34	0.93
21184657--21184698	18	2.2	20	83	12	61	71	21	0	7	1.09
21186924--21186951	13	2.2	13	100	0	56	46	0	14	39	1.44
21190531--21190633	38	2.7	38	95	0	188	32	10	19	37	1.86
21190742--21190932	43	4.6	41	75	5	175	28	24	15	32	1.95
21196784--21196884	51	2.0	51	82	3	123	41	2	17	37	1.65
21202580--21202639	31	1.9	31	93	0	102	53	10	18	18	1.71
21208428--21208472	16	2.8	16	100	0	90	37	15	13	33	1.86
21209315--21209362	25	1.9	25	91	0	78	39	20	12	27	1.89
21209515--21209540	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
21213396--21213449	3	17.0	3	80	14	56	33	1	1	62	1.16
21213393--21213459	22	3.2	20	82	14	66	29	1	2	65	1.16
21213396--21213457	12	5.2	11	80	16	54	30	1	3	64	1.19
21226051--21226313	45	5.8	45	90	0	382	28	16	25	29	1.97
21227908--21227961	3	17.0	3	80	14	56	33	1	1	62	1.16
21227905--21227971	22	3.2	20	82	14	66	29	1	2	65	1.16
21227908--21227969	12	5.2	11	80	16	54	30	1	3	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21232295--21232363	22	3.1	22	93	0	111	30	17	26	26	1.97
21239661--21239688	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21244314--21244368	6	9.3	6	75	11	51	16	1	5	76	1.06
21251261--21251343	3	27.7	3	100	0	166	33	0	32	33	1.58
21251342--21251420	3	26.7	3	94	2	142	65	0	1	32	1.00
21254437--21254480	22	2.0	22	95	0	79	40	25	0	34	1.56
21258923--21258980	3	19.3	3	100	0	116	67	0	32	0	0.91
21260595--21260643	20	2.3	21	86	6	64	73	0	0	26	0.83
21268625--21268695	6	11.7	6	72	13	56	77	4	2	15	1.04
21268625--21268695	20	3.5	20	73	21	67	77	4	2	15	1.04
21270334--21270383	24	2.1	24	81	7	57	62	8	10	20	1.52
21270404--21270429	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
21274001--21274043	20	2.2	19	87	4	59	76	4	0	18	0.95
21276518--21276542	12	2.1	12	100	0	50	52	32	0	16	1.44
21279571--21279605	4	8.8	4	100	0	70	77	0	22	0	0.78
21284007--21284048	18	2.3	18	100	0	84	42	9	0	47	1.36
21284951--21284979	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
21285866--21285921	28	2.0	28	100	0	112	21	3	39	35	1.71
21293964--21294016	27	1.9	28	81	11	65	52	13	15	18	1.74
21302001--21302034	17	2.0	17	100	0	68	23	5	41	29	1.78
21305643--21305918	101	2.7	99	78	8	279	25	15	28	30	1.96
21305680--21305915	51	4.7	49	76	9	181	24	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21312377--21312423	18	2.6	18	83	13	60	31	6	21	40	1.78
21312397--21312430	18	1.9	18	88	5	52	32	5	20	41	1.76
21312962--21313021	27	2.2	27	88	5	86	38	21	21	18	1.94
21313174--21313243	26	2.7	26	81	0	95	22	14	21	41	1.89
21320032--21320077	18	2.5	18	83	13	58	30	8	21	39	1.84
21320837--21320895	26	2.3	26	90	0	91	28	16	15	38	1.89
21321099--21321133	17	2.0	17	88	5	52	22	40	22	14	1.90
21323482--21323694	81	2.6	81	86	2	286	21	18	20	40	1.92
21323482--21323702	27	8.2	27	80	6	250	20	18	20	40	1.91
21328350--21328408	20	2.6	23	72	22	54	37	3	15	44	1.63
21336030--21336068	19	2.0	20	90	10	62	43	0	15	41	1.46
21338529--21338557	13	2.1	14	93	6	51	13	0	6	79	0.93
21347311--21347479	47	3.7	45	71	19	134	44	2	3	48	1.35
21347237--21347434	91	2.2	92	88	0	299	45	3	4	46	1.39
21347258--21347419	44	3.6	43	70	19	125	45	1	3	49	1.30
21347337--21347419	27	3.1	28	80	8	86	46	1	3	48	1.27
21347594--21347648	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
21347711--21347815	44	2.5	42	77	11	117	30	28	5	35	1.81
21347799--21347852	16	3.4	16	86	0	72	29	33	0	37	1.58
21353744--21353798	25	2.2	25	83	0	74	30	16	12	40	1.86
21354128--21354172	19	2.5	19	85	7	58	35	20	2	42	1.64
21358195--21358275	40	2.0	40	95	0	144	27	28	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21364290--21364332	23	1.9	23	90	4	70	67	9	4	18	1.36
21365772--21366517	114	6.6	114	81	1	798	32	16	22	27	1.96
21365843--21366517	228	3.0	228	93	0	1116	33	16	22	27	1.95
21366792--21366881	7	13.0	7	71	11	51	12	0	43	44	1.41
21366825--21366878	14	3.9	13	81	11	63	7	0	50	42	1.30
21367418--21367444	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
21368933--21369036	45	2.3	44	80	11	113	31	7	17	43	1.77
21370065--21370136	25	2.7	26	71	16	67	43	15	4	37	1.66
21370125--21370366	126	1.9	126	93	1	414	42	17	3	36	1.68
21370336--21370476	50	2.8	50	77	7	142	41	16	3	38	1.65
21370128--21370447	126	2.6	126	85	7	349	42	17	3	36	1.66
21370336--21370476	25	5.6	25	75	9	126	41	16	3	38	1.65
21370765--21370810	7	6.0	7	87	9	56	52	15	0	32	1.43
21370501--21370803	9	34.0	9	82	3	328	46	18	1	33	1.59
21376829--21376992	85	1.9	85	83	9	210	27	24	20	28	1.99
21376828--21377008	42	4.2	41	82	9	186	25	24	20	28	1.99
21377086--21377129	22	2.0	22	86	0	61	47	27	15	9	1.76
21380948--21380986	19	2.1	19	90	0	60	7	12	17	61	1.54
21382372--21382406	9	3.9	9	88	0	52	45	0	2	51	1.16
21382369--21382414	13	3.5	13	84	3	56	45	0	4	50	1.21
21385126--21385225	28	3.6	28	75	10	105	28	23	16	33	1.95
21387712--21387796	37	2.3	37	95	0	152	56	7	29	7	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21390602--21390643	20	2.2	19	87	12	59	16	16	2	64	1.40
21409688--21409719	15	2.1	15	94	0	55	50	3	18	28	1.62
21409926--21409959	17	1.9	18	88	5	52	26	11	11	50	1.73
21411299--21411351	23	2.4	22	90	3	79	30	13	26	30	1.94
21419090--21420255	132	8.8	132	94	0	1972	30	19	24	24	1.98
21421668--21421716	20	2.4	21	86	3	64	32	8	4	55	1.48
21421748--21421807	26	2.3	27	81	16	74	33	6	6	53	1.53
21424547--21424642	47	2.0	47	95	0	174	31	17	13	37	1.89
21429897--21429926	15	2.0	15	93	0	51	16	6	16	60	1.56
21436174--21436226	12	4.4	12	78	4	54	0	18	3	77	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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