genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24166963--24167003	19	2.1	20	90	4	66	39	7	2	51	1.43
24170861--24170913	26	2.0	27	85	3	72	26	24	7	41	1.81
24172900--24173046	50	2.9	48	79	10	141	25	20	31	22	1.98
24173336--24173374	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
24178827--24179075	50	4.9	51	78	7	197	27	19	28	24	1.99
24179278--24179326	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
24185782--24185875	40	2.3	40	83	3	127	28	18	14	38	1.90
24185822--24185960	59	2.3	60	82	7	167	25	18	19	36	1.94
24185824--24185949	20	6.3	20	67	5	76	26	17	19	36	1.94
24189892--24189951	23	2.6	23	75	0	66	18	16	23	41	1.90
24194827--24194865	14	2.8	14	84	0	51	35	12	23	28	1.91
24199971--24200089	49	2.4	49	90	0	175	21	20	21	37	1.94
24200287--24200319	13	2.8	12	86	13	50	39	12	6	42	1.67
24201052--24201395	102	3.4	101	85	3	426	29	15	26	28	1.96
24201052--24201389	51	6.7	50	79	6	351	28	15	26	28	1.96
24213806--24213979	91	1.9	91	85	4	244	32	11	17	38	1.85
24214577--24214642	26	2.5	26	85	4	80	28	25	18	27	1.98
24216511--24216547	19	1.9	19	94	0	65	64	13	5	16	1.45
24219542--24219595	23	2.3	23	96	0	99	46	14	0	38	1.45
24224302--24224369	34	2.0	34	100	0	136	20	20	23	35	1.96
24230444--24230500	3	19.0	3	92	0	96	33	0	0	66	0.92
24232794--24232854	29	2.1	30	82	14	74	45	3	1	49	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24233278--24233314	19	1.9	19	88	0	56	37	2	0	59	1.12
24236596--24236733	47	2.8	49	84	5	172	25	15	24	34	1.95
24236800--24236834	17	2.0	18	88	5	54	37	11	14	37	1.82
24248530--24248576	24	2.0	23	87	8	67	38	4	6	51	1.47
24254951--24255026	35	2.1	35	88	7	109	72	7	9	10	1.29
24254964--24255052	47	1.9	45	86	4	124	70	6	11	11	1.32
24255023--24255070	19	2.5	19	83	9	62	77	0	18	4	0.93
24255023--24255070	6	7.7	6	88	9	60	77	0	18	4	0.93
24257416--24257792	44	8.1	44	70	17	226	32	18	21	27	1.97
24257416--24257841	142	3.0	142	94	0	739	33	18	21	27	1.96
24257601--24257782	98	1.9	97	85	6	251	32	19	20	28	1.97
24259768--24259831	24	2.4	28	77	20	73	42	3	4	50	1.39
24268103--24268203	42	2.4	42	85	3	123	22	24	33	18	1.97
24270072--24270107	18	2.0	18	94	0	63	30	11	5	52	1.59
24276238--24276272	9	3.9	9	92	0	61	42	14	11	31	1.81
24276485--24276544	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
24278425--24278551	45	2.8	44	78	3	146	25	22	11	40	1.87
24282469--24282509	21	1.9	22	90	5	66	36	19	24	19	1.95
24282949--24282982	10	3.4	10	91	0	50	20	5	5	67	1.33
24292110--24292310	97	2.1	99	91	3	327	45	2	0	50	1.21
24293262--24293338	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
24293278--24293317	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24293266--24293332	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
24293909--24293955	19	2.4	20	82	13	62	40	0	6	53	1.27
24296070--24296134	32	2.1	32	88	5	98	58	13	4	23	1.54
24302851--24303059	103	2.0	103	94	1	366	29	19	16	34	1.94
24304471--24304517	15	3.1	15	74	17	51	23	14	10	51	1.74
24304922--24304970	23	2.1	23	85	7	64	77	2	10	10	1.07
24304913--24304964	15	3.4	14	80	15	50	80	1	11	5	0.96
24305331--24305382	24	2.2	24	85	0	68	57	9	1	30	1.42
24307298--24307349	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
24308617--24308644	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24308652--24308704	21	2.7	20	77	8	54	28	9	15	47	1.76
24320780--24320812	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24322014--24322115	42	2.4	41	84	11	125	59	4	27	7	1.46
24329094--24329118	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24330766--24330798	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
24332767--24332804	14	2.7	14	88	8	51	31	21	23	23	1.98
24334390--24334709	27	11.9	27	82	2	376	43	21	19	15	1.88
24334392--24334709	81	3.9	80	85	2	431	43	21	18	16	1.88
24334893--24334961	26	2.7	26	81	0	75	20	17	21	40	1.91
24335108--24335161	28	1.9	28	92	0	90	22	27	24	25	2.00
24339622--24339659	20	1.9	20	84	10	51	52	15	2	28	1.56
24341509--24341568	25	2.3	26	85	2	77	35	10	23	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24347651--24347727	29	2.6	29	83	4	91	46	14	14	24	1.81
24355164--24355241	31	2.5	31	89	0	111	32	10	15	42	1.80
24356754--24356882	66	2.0	67	84	6	174	50	10	12	26	1.73
24371703--24371821	39	3.1	39	100	0	238	43	27	5	23	1.74
24372343--24372367	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
24374112--24374218	20	5.3	20	70	4	81	30	18	33	16	1.94
24374083--24374351	40	6.7	40	81	0	259	33	15	29	20	1.94
24374083--24374351	80	3.4	80	81	1	288	33	15	29	20	1.94
24374142--24374310	20	8.4	20	66	7	83	32	15	30	21	1.94
24374704--24374786	39	2.1	39	97	0	157	26	30	9	33	1.88
24378760--24378786	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24397473--24397528	21	2.7	20	80	2	67	51	7	30	10	1.63
24399312--24399401	37	2.4	37	83	3	119	35	15	13	35	1.87
24401241--24401433	50	3.7	50	81	4	215	26	21	28	23	1.99
24403305--24403535	34	6.8	34	86	1	284	45	21	10	22	1.83
24408215--24408272	23	2.5	23	73	18	57	37	3	25	32	1.73
24410439--24410492	26	2.0	27	82	3	65	51	12	9	25	1.70
24411222--24411268	23	2.0	23	95	0	85	29	8	14	46	1.74
24418907--24418953	20	2.3	20	96	0	85	34	10	6	48	1.63
24419113--24419204	43	2.1	43	91	0	148	43	10	14	31	1.79
24420308--24420336	12	2.3	13	94	5	51	24	10	13	51	1.72
24421219--24421252	15	2.3	15	89	0	50	52	0	2	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24421419--24421458	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
24421442--24421481	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24421427--24421493	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
24421421--24421497	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
24432654--24432679	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
24433695--24433731	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
24433783--24433813	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24438190--24438223	18	1.9	17	88	5	50	29	5	23	41	1.78
24444799--24444920	25	4.8	25	68	15	70	36	18	24	20	1.94
24444937--24445031	24	3.9	25	73	4	77	37	20	26	15	1.92
24453812--24454047	116	2.0	116	98	0	454	39	10	15	34	1.81
24455790--24455849	31	1.9	31	93	0	102	58	3	20	18	1.53
24455976--24456050	32	2.4	31	86	4	105	41	4	6	48	1.48
24455977--24456030	18	3.3	17	69	26	53	38	1	7	51	1.41
24459887--24460029	47	3.0	47	80	4	144	30	16	30	22	1.96
24461254--24461314	26	2.3	26	82	2	77	34	9	8	47	1.66
24463133--24463215	25	3.3	25	81	9	89	22	21	21	33	1.97
24463133--24463246	50	2.3	51	78	6	117	24	20	22	32	1.98
24463398--24463459	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
24464859--24464991	63	2.1	63	91	0	212	36	25	11	27	1.90
24464965--24465157	68	2.8	67	88	3	287	36	19	5	39	1.74
24465990--24466015	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24466044--24466073	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
24466171--24466226	19	3.0	18	73	21	53	35	7	0	57	1.26
24472537--24472865	170	1.9	168	90	3	518	27	17	16	38	1.91
24478406--24478525	62	1.9	63	98	1	233	30	13	20	35	1.91
24483116--24483187	31	2.4	29	77	11	81	31	0	4	63	1.13
24483925--24483994	5	14.0	5	100	0	140	60	0	0	40	0.97
24484579--24484640	19	3.3	19	80	8	81	51	8	1	38	1.41
24484572--24484650	38	2.0	40	90	4	126	50	6	2	40	1.41
24484645--24484724	25	3.1	25	82	5	79	61	1	1	36	1.12
24484721--24484764	21	2.1	21	84	12	56	56	4	0	38	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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