genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854909--14854953	22	2.0	22	87	8	65	51	20	0	28	1.48
14858632--14858716	23	3.8	23	68	22	81	22	25	2	49	1.62
14867957--14868028	25	3.0	25	73	15	62	16	23	19	40	1.91
14868092--14868162	27	2.7	25	81	10	79	18	28	19	33	1.95
14877650--14877818	30	5.7	30	75	9	132	39	11	27	20	1.88
14877609--14877853	90	2.7	91	80	3	264	37	12	27	22	1.90
14877609--14877820	60	3.5	60	70	11	200	39	13	26	20	1.90
14877805--14877862	30	1.9	30	96	0	107	31	8	31	29	1.87
14877690--14877891	90	2.2	90	82	1	217	36	12	28	22	1.90
14878036--14878079	21	2.0	22	83	12	56	34	6	20	38	1.79
14879586--14879629	22	2.0	22	86	0	61	34	2	4	59	1.30
14889469--14889519	25	2.0	25	88	0	75	27	19	19	33	1.96
14889483--14889566	25	3.4	25	75	9	75	28	17	21	32	1.96
14892913--14892973	24	2.6	24	87	7	81	47	9	24	18	1.78
14898914--14899016	51	2.1	49	87	3	143	29	8	12	49	1.70
14905810--14905911	50	2.1	49	86	1	141	32	8	9	49	1.67
14907937--14908005	28	2.4	28	80	2	75	26	30	18	24	1.98
14908126--14908173	18	2.8	17	71	6	51	27	27	16	29	1.97
14910767--14910796	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
14925542--14925745	48	4.2	48	86	0	246	27	20	28	24	1.99
14930038--14930136	37	2.7	36	85	3	153	38	15	20	26	1.92
14935077--14935164	45	2.0	45	93	0	149	34	22	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14935175--14935361	51	3.7	49	79	11	218	31	26	16	25	1.96
14935174--14935357	101	1.8	101	92	3	316	32	26	16	25	1.96
14945202--14945236	17	2.1	17	94	0	61	65	0	0	34	0.93
14951895--14951959	29	2.2	28	76	10	69	58	1	1	38	1.17
14952077--14952122	24	1.9	24	90	0	74	45	0	2	52	1.13
14959541--14959727	50	3.6	50	79	4	167	27	20	28	23	1.99
14959978--14960016	12	3.2	12	85	0	51	56	5	20	17	1.60
14966454--14966520	33	2.0	33	97	0	125	43	14	16	25	1.86
14967534--14967572	20	2.0	20	89	0	60	58	5	17	17	1.56
14968852--14968951	29	3.5	29	74	8	96	28	16	27	29	1.97
14968985--14969069	29	2.9	30	77	5	84	30	21	25	22	1.98
14971425--14971537	33	3.4	33	87	0	154	15	15	47	21	1.82
14973931--14973996	27	2.4	27	80	5	71	22	27	15	34	1.94
14974138--14974297	29	5.7	28	88	3	214	31	26	11	31	1.91
14974138--14974299	56	2.9	57	86	3	220	30	26	11	31	1.91
14986552--14986592	18	2.3	18	86	0	55	41	24	14	19	1.89
14986768--14986807	18	2.2	18	86	0	53	37	47	2	12	1.55
14986781--14986805	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
14986940--14986990	9	5.7	9	83	6	59	27	7	19	45	1.78
14986940--14986991	18	2.9	18	82	0	68	26	7	19	46	1.77
15001077--15001113	11	3.5	11	78	14	51	18	21	40	18	1.91
15001067--15001116	20	2.5	20	96	3	91	18	22	40	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15001188--15001360	27	6.4	27	82	2	204	36	17	20	25	1.94
15001187--15001355	81	2.1	81	86	2	241	36	17	20	26	1.94
15001188--15001380	54	3.6	52	82	7	219	35	17	21	24	1.95
15001405--15001485	24	3.4	24	81	5	85	18	7	25	48	1.74
15001660--15001795	32	4.3	31	80	4	148	22	19	19	38	1.93
15001660--15001780	64	1.9	64	87	0	179	23	19	19	38	1.94
15004552--15004588	18	2.0	19	89	5	58	24	0	29	45	1.53
15004829--15004879	22	2.3	22	83	6	59	21	3	23	50	1.65
15010228--15010265	20	1.9	20	88	0	58	36	10	2	50	1.51
15015170--15015216	23	2.0	23	100	0	94	25	27	12	34	1.92
15017708--15017733	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
15027789--15027813	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
15030373--15030419	24	2.0	24	100	0	94	44	0	29	25	1.54
15040816--15041154	30	11.2	30	75	7	276	25	27	12	35	1.92
15040812--15041154	90	3.8	89	77	9	320	25	27	12	34	1.92
15046147--15046330	51	3.7	49	81	5	199	25	18	25	30	1.98
15052056--15052423	30	12.3	31	77	7	248	24	26	12	36	1.91
15052112--15052188	29	2.6	30	87	2	120	19	29	10	40	1.85
15052084--15052389	89	3.4	89	79	6	366	24	26	12	36	1.91
15052042--15052274	119	2.0	119	82	1	288	24	26	13	36	1.92
15052056--15052423	179	2.1	179	86	1	522	24	26	12	36	1.91
15053193--15053240	21	2.3	23	76	23	61	20	8	4	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15059733--15059761	15	1.9	15	100	0	58	34	24	6	34	1.82
15064607--15064671	34	1.9	34	100	0	130	30	15	15	38	1.88
15068634--15068859	113	2.0	113	96	0	416	27	13	16	42	1.86
15076473--15076508	7	5.3	7	96	3	65	16	13	27	41	1.87
15082541--15083004	234	2.0	235	87	3	675	30	22	20	26	1.98
15082767--15091667	301	29.6	302	80	4	9188	32	20	18	28	1.96
15084158--15084198	19	2.2	19	95	0	73	21	24	19	34	1.97
15084187--15091667	302	24.9	302	80	4	7560	32	20	18	28	1.96
15092049--15092073	13	1.9	13	100	0	50	32	24	36	8	1.84
15092059--15093096	302	3.4	302	82	6	1326	32	22	18	26	1.97
15093549--15093875	168	1.9	168	84	4	437	25	25	19	29	1.98
15093870--15097130	302	10.8	300	83	4	3716	32	22	17	27	1.96
15093870--15097130	602	5.4	602	82	5	3680	32	22	17	27	1.96
15097136--15100889	302	12.3	302	82	3	4361	32	20	18	25	1.95
15097136--15100889	602	6.2	604	81	3	4388	32	20	18	25	1.95
15101387--15103295	303	6.3	302	86	3	2582	32	21	19	27	1.97
15101387--15103293	907	2.1	902	86	3	2638	32	21	18	27	1.97
15101387--15103295	604	3.2	605	87	3	2703	32	21	19	27	1.97
15117416--15120120	302	9.0	302	84	2	3409	32	21	18	27	1.96
15117417--15120120	606	4.5	603	86	2	3491	32	21	18	27	1.96
15120874--15122240	302	4.5	301	84	2	1715	33	20	18	27	1.96
15124248--15125356	302	3.7	301	90	2	1672	32	22	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15135362--15138556	304	10.6	303	83	3	4054	32	22	18	23	1.95
15135362--15138556	607	5.3	607	84	5	4178	32	22	18	23	1.95
15148314--15149002	296	2.3	296	90	4	1073	30	24	20	24	1.98
15150334--15152076	308	5.7	303	88	2	2430	31	23	19	25	1.98
15150334--15152076	602	2.9	602	87	3	2458	31	23	19	25	1.98
15150334--15152076	306	5.7	304	88	3	2463	31	23	19	25	1.98
15168182--15168280	37	2.7	37	90	0	153	38	12	23	26	1.90
15168242--15168365	46	2.8	46	91	3	191	32	16	23	28	1.96
15168820--15172749	303	12.9	303	87	4	5475	32	22	18	25	1.97
15174098--15174283	37	5.0	37	94	0	300	37	14	21	26	1.92
15174246--15174369	46	2.8	46	91	3	191	32	16	23	28	1.96
15174824--15176327	302	5.0	301	89	2	2197	33	22	18	25	1.97
15174826--15176327	607	2.5	602	89	3	2260	33	22	18	25	1.97
15176144--15176523	195	1.9	195	87	2	548	36	20	16	25	1.94
15176339--15176831	264	1.9	265	83	2	641	34	19	18	27	1.95
15176570--15178268	304	5.7	302	83	5	1995	33	21	17	27	1.95
15178112--15178468	195	1.8	195	93	0	624	35	21	16	26	1.94
15178280--15178851	302	1.9	303	88	1	880	34	21	15	28	1.94
15185963--15186009	10	4.6	10	82	12	60	59	2	0	38	1.09
15185965--15186009	22	2.0	23	91	4	74	57	2	0	40	1.11
15186697--15186735	20	1.9	20	89	5	60	0	20	0	79	0.73
15188783--15188836	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15194728--15195087	27	13.4	27	83	7	389	45	20	18	16	1.86
15194728--15195731	54	18.8	53	80	6	906	43	20	18	16	1.88
15194728--15195719	81	12.4	81	77	8	852	44	20	18	16	1.87
15195070--15195100	16	1.9	16	100	0	62	45	12	29	12	1.80
15195042--15195130	43	2.1	43	89	0	133	46	19	21	13	1.84
15195083--15195731	27	24.0	27	81	1	620	42	21	18	16	1.88
15195013--15195157	70	2.1	70	85	0	191	44	20	20	15	1.86
15196106--15196212	28	3.8	28	88	2	153	22	18	27	31	1.97
15196110--15196224	28	4.1	28	84	4	133	23	19	25	32	1.97
15196175--15196234	28	2.1	28	81	6	68	26	15	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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