genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr06 ID=Chr06-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  51074515

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28445443--28445509	25	2.7	25	83	4	82	32	16	10	40	1.82
28445470--28445520	25	2.0	25	85	7	68	37	15	11	35	1.84
28445839--28445886	18	2.7	18	81	9	62	37	16	4	41	1.68
28458673--28458719	23	2.1	22	84	7	60	61	4	0	34	1.15
28459269--28459319	23	2.1	23	82	13	59	43	1	1	52	1.23
28460885--28460909	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28462001--28462086	43	2.0	45	90	4	140	37	0	12	50	1.41
28462011--28462166	70	2.3	69	92	2	251	42	0	12	44	1.46
28462047--28462159	35	3.2	35	65	18	99	40	0	13	45	1.49
28462182--28462619	29	16.4	29	73	21	331	46	25	0	28	1.55
28462182--28462619	59	8.2	58	70	24	304	46	25	0	28	1.55
28462320--28462365	22	2.2	20	88	11	67	45	26	0	28	1.54
28462291--28462463	51	3.4	51	82	12	196	46	24	0	29	1.53
28462267--28462487	73	2.9	74	86	6	284	46	25	0	27	1.53
28462364--28462479	23	5.0	20	77	14	61	49	20	0	30	1.50
28462306--28462587	125	2.3	124	90	5	428	47	24	0	28	1.52
28462496--28462549	22	2.5	22	93	3	92	48	24	0	27	1.52
28462320--28462629	102	3.1	101	82	11	372	47	23	0	29	1.52
28462247--28462614	73	4.8	74	74	15	224	46	24	0	28	1.55
28462279--28462596	176	1.8	172	89	6	473	46	25	0	28	1.53
28462645--28462861	116	1.9	116	95	0	391	38	9	8	42	1.69
28462837--28462878	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28465890--28466253	124	2.8	125	87	5	496	32	21	16	29	1.96
28467846--28467876	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
28472318--28472593	91	3.0	90	83	3	331	35	23	14	25	1.93
28478382--28478451	27	2.7	26	78	8	70	62	10	4	22	1.43
28478673--28478724	21	2.5	21	87	6	70	63	1	5	28	1.28
28478638--28478728	25	3.8	24	76	13	91	62	2	4	30	1.27
28490234--28490295	22	2.8	22	87	0	79	67	12	12	6	1.40
28490241--28490295	11	5.0	11	86	0	83	65	12	14	7	1.46
28490693--28490750	22	2.4	26	80	13	79	63	0	0	36	0.94
28490695--28490735	14	2.9	15	83	16	52	70	0	0	29	0.87
28492523--28492608	23	3.7	23	82	4	102	43	12	9	34	1.75
28495543--28495665	64	1.9	64	86	0	174	27	22	27	21	1.99
28495552--28495695	64	2.3	64	82	3	166	26	21	29	22	1.99
28495667--28495773	54	2.0	54	92	0	178	29	23	33	13	1.92
28496684--28496712	14	2.1	14	100	0	58	34	13	37	13	1.85
28497559--28497595	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
28502614--28502665	24	2.1	24	82	10	61	69	13	1	15	1.28
28504634--28504674	21	1.9	22	85	5	57	68	2	4	24	1.22
28504655--28504691	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
28508827--28508947	26	4.7	26	80	4	136	40	19	16	23	1.91
28508818--28508947	52	2.5	53	86	3	183	41	17	16	24	1.89
28509179--28509228	26	1.9	26	87	0	73	20	22	22	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28511080--28511137	29	2.0	29	100	0	116	51	6	24	17	1.69
28516003--28516239	26	9.0	26	80	1	204	39	18	15	26	1.90
28516350--28516399	26	1.9	26	87	0	73	26	20	18	36	1.95
28526295--28526321	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28526491--28526538	19	2.3	21	89	10	73	33	4	0	62	1.14
28526462--28526524	30	2.0	33	88	11	98	38	1	0	60	1.07
28529737--28529800	25	2.6	25	87	0	92	48	6	21	23	1.73
28539562--28539665	30	3.5	30	97	0	190	16	37	25	20	1.93
28540274--28540322	18	2.8	18	84	3	55	71	6	18	4	1.23
28541915--28541975	3	20.3	3	100	0	122	32	0	0	67	0.91
28543908--28543948	17	2.4	17	100	0	82	9	34	43	12	1.75
28544157--28544189	17	1.9	17	93	0	57	36	6	18	39	1.75
28547501--28547615	28	3.9	28	67	18	81	45	16	6	32	1.72
28553069--28553109	20	2.0	20	95	0	73	36	31	9	21	1.86
28556665--28556730	29	2.3	28	80	12	80	43	18	6	31	1.74
28556759--28556864	34	3.1	34	80	2	133	41	18	4	34	1.72
28558263--28558373	40	2.8	39	78	5	107	41	19	19	18	1.91
28558273--28558373	39	2.5	40	78	12	100	40	19	19	19	1.92
28558433--28558717	41	7.0	41	79	2	270	21	17	29	31	1.96
28558430--28558726	123	2.4	121	81	6	312	20	17	29	32	1.95
28558827--28558886	7	8.7	7	79	3	59	13	1	41	43	1.54
28558958--28558998	21	2.0	21	85	0	55	19	2	26	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28560530--28560609	31	2.6	31	86	7	117	20	15	21	43	1.87
28562319--28562345	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
28563569--28563804	43	5.5	43	81	4	246	25	19	30	25	1.98
28563625--28563790	85	2.0	85	87	2	244	25	21	27	25	1.99
28567737--28567802	31	2.2	31	83	2	80	46	4	1	46	1.32
28569147--28569189	19	2.3	19	84	11	54	25	4	4	65	1.32
28568970--28569442	154	3.1	154	86	4	609	40	9	6	42	1.64
28570383--28571186	134	6.0	134	94	1	1321	32	13	13	40	1.84
28572667--28572721	13	4.2	13	74	23	53	58	3	1	36	1.26
28572680--28572737	25	2.3	25	90	0	98	56	1	1	39	1.19
28580269--28580312	20	2.2	20	87	0	61	6	6	18	68	1.35
28582610--28582654	22	2.0	22	95	0	81	35	11	17	35	1.86
28586753--28586809	15	3.9	14	76	19	53	70	3	3	22	1.18
28588161--28588190	15	2.0	15	93	0	51	63	0	23	13	1.29
28594642--28595852	599	2.0	602	90	3	1910	33	19	18	28	1.95
28601543--28601575	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
28608400--28608431	7	4.6	7	96	0	55	40	9	31	18	1.83
28608359--28608469	58	1.9	57	98	1	213	32	15	24	27	1.95
28613157--28613240	36	2.3	37	93	2	143	28	10	23	36	1.89
28613145--28613379	87	2.7	88	83	13	306	29	13	23	33	1.93
28613194--28613481	44	6.0	51	84	12	401	30	13	24	31	1.93
28616289--28616344	22	2.5	22	97	0	103	28	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28623999--28624254	27	9.5	27	82	0	314	19	17	21	41	1.90
28624934--28624995	30	2.1	30	96	0	115	29	38	0	32	1.57
28627748--28627819	36	2.0	35	91	2	117	31	8	27	31	1.86
28632895--28632966	36	2.0	35	91	2	117	34	8	25	31	1.85
28643956--28644000	19	2.4	19	85	7	56	48	20	13	17	1.80
28659344--28659374	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
28663044--28663238	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
28663271--28663304	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
28663271--28663309	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
28663275--28663314	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
28663394--28663445	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
28663270--28663561	120	2.4	120	91	5	459	41	2	5	50	1.40
28663343--28663526	59	3.1	59	65	21	148	41	2	7	49	1.42
28663523--28663564	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
28663514--28663555	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
28663518--28663772	123	2.0	126	95	3	462	49	5	2	43	1.37
28663900--28663938	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
28663913--28663969	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
28667925--28667970	24	1.9	24	95	0	83	28	23	28	19	1.98
28672541--28672588	23	2.1	23	84	7	62	47	2	4	45	1.33
28680566--28681050	44	11.0	44	89	0	693	29	19	23	27	1.98
28681660--28681690	7	4.4	7	91	0	53	54	35	0	9	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28682697--28682737	3	13.7	3	94	0	73	29	2	0	68	1.03
28682901--28682957	22	2.6	21	68	15	53	31	8	5	54	1.53
28685039--28685151	53	2.2	52	87	4	174	40	15	15	29	1.87
28684944--28685251	161	1.9	160	88	5	462	34	16	18	30	1.93
28685103--28685512	108	3.9	108	81	10	488	32	17	20	29	1.95
28686570--28686691	54	2.2	54	83	1	145	28	22	0	47	1.57
28686590--28686710	54	2.2	55	92	1	208	23	23	0	52	1.52
28686725--28686767	22	2.0	22	90	0	68	11	20	25	41	1.86
28686849--28687202	43	8.3	43	86	1	453	29	31	18	20	1.97
28687200--28687241	17	2.5	17	88	0	57	52	4	0	42	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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